View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11221_low_6 (Length: 487)

Name: NF11221_low_6
Description: NF11221
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11221_low_6
NF11221_low_6
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-469)||(42923786-42924242)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-469)||(1577445-1577918)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (4-469)||(31727834-31728307)
chr5 (11-72)||(14115876-14115937)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-469)||(43923671-43924145)
chr4 (5-469)||(48849561-48850033)
chr4 (176-317)||(26242003-26242145)
[»] scaffold0117 (1 HSPs)
scaffold0117 (4-393)||(26415-26811)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (42-446)||(55416766-55417178)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (4-273)||(40923967-40924236)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 469
Target Start/End: Original strand, 42923786 - 42924242
Alignment:
15 taaggaggccgccgaattcggtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaatttcattttaccac 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
42923786 taaggaggccgccgaattcggtacgctgagggttgccaagacaactcccatcaacattgagaatataacaagattggttgtcgcaattccattttaccac 42923885  T
115 ggtgtcagtggcgtgagaaagagagttatgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagacgattaagagaccactcc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||    
42923886 ggtgtcagtggcgtgagaaagagagttatgcaggaaggatgtgcggttaaaatcaatagagttatgaatgttgaatgcaagatgattaagagaccgctcc 42923985  T
215 tcattgttgagacacattaaattgcagtgacgccaagcccaccaaacacttgctgagaaggtaaaagattgagtacctgtgagaccatttttaaccaaac 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
42923986 tcattgttgagacacattaaattgcggtgacaccaagcccaccaaacacttgctgagaaggtaaaagattgagtacctgtgagaccatttttaaccaaac 42924085  T
315 ataggtgcttgtttctgcagagaaagcatct-aattaaaagtggtgtcaaatcttggaggagtgaggacagtcacgaatacaatgaagaaaggactaatc 413  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||    
42924086 ataggtgcttgtttccgcaaagaaagtatctaaattgaaagtggcgtcaaatcttggaggagtgaggacaatcactaatacaatgaagaaaggaataatc 42924185  T
414 ttgatggttgcaacgggtacacacgactgattgcgc-atgtttctatacgataatag 469  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||||||    
42924186 ttgttggttgcaacgggtacacacggctgattgggcaatgtttctataagataatag 42924242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 469
Target Start/End: Original strand, 1577445 - 1577918
Alignment:
4 cgcactgttcctaaggaggccgccgaattcggtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaattt 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
1577445 cgcactgttcctaaggaggccgcggaatccagtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaactc 1577544  T
104 cattttaccacggtgtcagtggcgtgagaaagagagttatgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagacgattaa 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1577545 cattttaccacggtgtcggtggcgtgagaaagagagttatgcaggaaggatgcgtggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagacgattaa 1577644  T
204 gagaccactcctcattgttgagacacattaaattgcagtgacgccaagcccaccaaacacttgctgagaaggtaaaagattgagtacctgtgagacca-t 302  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |    
1577645 gagaccactccttattgttgagacacattaaattgcggtgacgtcaagcccaccaaacacctgctgagaaggtaaaacattgagtacatgtgagaccatt 1577744  T
303 ttttaaccaaacataggtgcttgtttctgcagagaaagcat-ctaatt-----aaaagtggtgtcaaatcttggaggagtgaggacagtcacgaatacaa 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||      ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
1577745 ttttaaccaaacataggtgcttgtttccgcaaagaaagcatccgaattgaaaccaaagtggcgcaaaatcttggaggagtgaggacagtcacaaatacaa 1577844  T
397 tgaagaaaggactaatcttgatggttgcaacgggtacacacgactgattgcgc-atgtttctatacgataatag 469  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||||||    
1577845 tgaagaaaggactcatcttgttggttgcaacgggtacacacggctgattgggcaatgtttatatacgataatag 1577918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 4 - 469
Target Start/End: Original strand, 31727834 - 31728307
Alignment:
4 cgcactgttcctaaggaggccgccgaattcggtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaattt 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||     
31727834 cgcactgttcctaaggaggccgccgaatccagtacgctgagggttgccaagacaacccccgttaacattgagaatataataagagtggttgtcacaattc 31727933  T
104 cattttaccacggtgtcagtggcgtgagaaagagagttatgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagacgattaa 203  Q
    ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
31727934 cattttaccacggtgtcggtggctcgagaaagagagttatgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagtcgattaa 31728033  T
204 gagaccactcctcattgttgagacacattaaattgcagtgacgccaagcccaccaaacacttgctgagaaggtaaaagattgagtacctgtgagacca-t 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |    
31728034 gagaccactcctcattgttgagacacattaaattgcggtgacgccaagcccaccaaacccctgctgcgaaggtaaaagattgagtacccgtgaggccatt 31728133  T
303 ttttaaccaaacataggtgcttgtttctgcagagaaagcat-ctaatt-----aaaagtggtgtcaaatcttggaggagtgaggacagtcacgaatacaa 396  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  || ||||||||| | ||||      ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
31728134 ttttaaccaaacataggtgtttgtttccacaaagaaagcatccgaattgaaaccaaagtggcgccaaatcttggaggagtgaggacagtcacgaatacaa 31728233  T
397 tgaagaaaggactaatcttgatggttgcaacgggtacacacgactgattgcgc-atgtttctatacgataatag 469  Q
    |||||||| |||| ||| || | ||||||||| |||||||   |||||||  | |||||||||| |||||||||    
31728234 tgaagaaatgactcatcctgctagttgcaacgagtacacatagctgattggacaatgtttctatgcgataatag 31728307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 11 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 14115937 - 14115876
Alignment:
11 ttcctaaggaggccgccgaattcggtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacatt 72  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
14115937 ttcctaaggaggccgccgaattcgctacgctgagggttgccaagacaacttccgccaacatt 14115876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 43924145 - 43923671
Alignment:
1 tctcgcactgttcctaaggaggccgccgaattcggtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
43924145 tctcgcactgttcctaagggggccaccgaatccggtatgttgagggtttccaagacaactcccgtcaacattgagaatataataagagtggatgtcgcaa 43924046  T
101 tttcattttaccacggtgtcagtggcgtgagaaagagagttatgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagacgat 200  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
43924045 ttccattttaccacggtgtccgtggcctgagaaagagagttatgcaggaaggatg--cggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagttgat 43923948  T
201 taagagaccactcctcattgttgagacacattaaattgcagtgacgccaagcccaccaaacacttgctgagaaggtaaaagattgagtacctgtgagacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
43923947 taagagaccactcctcattgttgagacgcattaaattgcggtgacgccaagcccaccaaacccatgctgtgaaggtaaaagattgagtacctgtgaggcc 43923848  T
301 a-tttttaaccaaacataggtgcttgtttctgcagagaaagcat-ctaatt-----aaaagtggtgtcaaatcttggaggagtgaggacagtcacgaata 393  Q
    | |||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||| | ||||      |||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
43923847 attttttaactaaacatgggtgcttgtttccgcaaagaaagcatccgaattgaaaccaaagtggcaccaaatcctggaggagtgaggacagtcacgaata 43923748  T
394 caatgaagaaaggactaatcttgatggttgcaacgggtacacacgactgattgcgc-atgtttctatacgataatag 469  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||   ||||||| || |||||||||| |||||||||    
43923747 caatgaagaaaggactcatcctgctggttgcaacaggtacacatagctgattgggcaatgtttctatgcgataatag 43923671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 5 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 48850033 - 48849561
Alignment:
5 gcactgttcctaaggaggccgccgaattcggtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaatttc 104  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
48850033 gcactgttcttaaggaggccgccgaatccggtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagggtggttgtcgcaattcc 48849934  T
105 attttaccacggtgtcagtggcgtgagaaagagagttatgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagacgattaag 204  Q
    |||||||||| ||| | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
48849933 attttaccacagtgacggtggcctaggaaagagagttatgcaggaaagatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagtcgattaag 48849834  T
205 agaccactcctcattgttgagacacattaaattgcagtgacgccaagcccaccaaacacttgctgagaaggtaaaagattgagtacctgtgagacca--t 302  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | || || |||||| ||| | ||||||||| |||| |||  |    
48849833 agaccgctcctcattgttgagacacattaaattgtggtgacgccaagcccaccaaacccctgttgcgaaggt-aaataatgagtacctatgaggccattt 48849735  T
303 ttttaaccaaacataggtgcttgtttctgcagagaaagcatct-aatt-----aaaagtggtgtcaaatcttggaggagtgaggacagtcacgaatacaa 396  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||      ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
48849734 ttttaaccaaacataggtacttgtttccgcaaagaaagcatctgaattgaaaccaaagtggcgccaaatcttggaggagtgaggacagtcacgaatacaa 48849635  T
397 tgaagaaaggactaatcttgatggttgcaacgggtacacacgactgattgcgc-atgtttctatacgataatag 469  Q
    |||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||||   || |||| || |||||||||| |||||||||    
48849634 tgaagaaatgactcatcctgctggttgcaacgggtacacatagcttattgggcaatgtttctatgcgataatag 48849561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 317
Target Start/End: Original strand, 26242003 - 26242145
Alignment:
176 ttctgaatattgaatgcaagacgattaagagaccactcctcattgttgagacacattaaattgcagtgacgccaagcccaccaaacacttgctgagaagg 275  Q
    |||| ||||||||| |  || ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||  ||||  |||||||||||   |||||||| |    
26242003 ttcttaatattgaaggtgaggcgaataagagaccacacttcattgttgagacacattaagttgcggtgtagccacacccaccaaacaacagctgagaaag 26242102  T
276 taaaagattgagtacctgtga-gaccatttttaaccaaacata 317  Q
     || ||||||||  || || | ||| |||||||||||||||||    
26242103 caagagattgagagcccgtaaggacaatttttaaccaaacata 26242145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0117 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: scaffold0117
Description:

Target: scaffold0117; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 4 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 26811 - 26415
Alignment:
4 cgcactgttcctaaggaggccgccgaattcggtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaattt 103  Q
    |||| ||||||||| |||||||  |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
26811 cgcaatgttcctaatgaggccgttgaatccggtaggctaagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaattc 26712  T
104 cattttaccacggtgtcagtggcgtgagaaagagagttatgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagacgattaa 203  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
26711 cattttaccacggtgtcggtcgcttgagaaagggagttatacaggaaggttgtgcggttaacatcaatagagttttgaatattgaatgcaagtcgattaa 26612  T
204 gagaccactcctcattgttgagacacattaaattgcagtgacgccaagcccaccaaacacttgctgagaaggtaaaagattgagtacctgtgagaccat- 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||     
26611 gagaccactcctcattgttgagacacattaaattgcggtgacgccaagcccaccaaacccatgctgcgaaggtaaaagattgagtacctgtgaggccata 26512  T
303 ttttaaccaaacataggtgcttgtttctgcagagaaagca-tctaattaa-----aagtggtgtcaaatcttggaggagtgaggacagtcacgaata 393  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| || |||| |     || ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
26511 ttttaaccaaacataggtgcttgtatccgcaaagaaagcattcgaattgaaaccgaaatggagccaaatctttgaggagtgaggacagtcacgaata 26415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 42 - 446
Target Start/End: Original strand, 55416766 - 55417178
Alignment:
42 gagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaatttcattttaccacggtgtcagtggcgtgagaaagagagtt 141  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| || | ||    
55416766 gagggttaccaagacaactccgatcaacattcagaatataacaagagtggttgccgcaattccatttaaccacggtgtcagtggcttgagaatgataatt 55416865  T
142 atgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagacgattaagagaccactcctcattgttgagacacattaaattgcag 241  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
55416866 atgcagaaaggatgtgcggttgacatcaatagagttctaaatattgaaagcaagtcgattaagagaccactcctcattgttgagacacattaaatttcgg 55416965  T
242 tgacgccaagcccaccaaacacttgctgagaagg-taaaagattgagtacctgtgagacca-tttttaaccaaacataggtgcttgtttctgcagagaaa 339  Q
    | | | |||||||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
55416966 taatgtcaagcccaccaaacacctgttgagaaggttaagagattgagtacatgtgaggccattttttagccaaacataggtgcttgtttccgcaaagaaa 55417065  T
340 gcatct-aatt-----aaaagtggtgtcaaatcttggaggagtgaggacagtcacgaatacaatgaagaaaggactaatcttgatggttgcaacgggtac 433  Q
    |||||| ||||      ||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||  ||  | ||||||||||||||||    
55417066 gcatctgaattgaaaccaaagtggcgccaaatcttggaggagtgaggacaatcacgaatacagtgaagaaatgactcttcccgctggttgcaacgggtac 55417165  T
434 acacgactgattg 446  Q
    |||||| ||||||    
55417166 acacgattgattg 55417178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 7e-84; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 40924236 - 40923967
Alignment:
4 cgcactgttcctaaggaggccgccgaattcggtacgctgagggttgccaagacaactcccgtcaacattgagaatataacaagagtggttgtcgcaattt 103  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||     
40924236 cgcattgttcctaaggaggtcgccgaatccggtacgctaagggttgccaaaacaactcccatcaacattgagaatgtaacaagattggttgtcgcagttc 40924137  T
104 cattttaccacggtgtcagtggcgtgagaaagagagttatgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttctgaatattgaatgcaagacgattaa 203  Q
    ||||| ||||  ||||| | ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
40924136 catttaaccatagtgtcggcggcctgagaatgagaattatgcaggaaggatgtgcggttaacatcaatagagttatgaatattgaaagcaagccgattaa 40924037  T
204 gagaccactcctcattgttgagacacattaaattgcagtgacgccaagcccaccaaacacttgctgagaa 273  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||    
40924036 gagaccactgctcgttgttgagacacattaaactgcaatgacgccaaacccaccaaacacctcctgagaa 40923967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University