View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11223_high_9 (Length: 229)

Name: NF11223_high_9
Description: NF11223
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11223_high_9
NF11223_high_9
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (1-212)||(30224223-30224439)
chr8 (1-212)||(5567419-5567635)
chr8 (1-212)||(25248996-25249215)
chr8 (1-211)||(3375456-3375660)
chr8 (1-212)||(6428733-6428950)
chr8 (13-212)||(31032038-31032237)
chr8 (13-212)||(3379149-3379352)
chr8 (1-177)||(36535873-36536035)
chr8 (144-206)||(14935576-14935638)
chr8 (13-65)||(19473676-19473728)
chr8 (13-65)||(19544601-19544653)
chr8 (13-65)||(19588043-19588095)
chr8 (113-176)||(29274786-29274849)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-212)||(7040354-7040570)
chr4 (1-212)||(23564697-23564913)
chr4 (1-212)||(18656101-18656317)
chr4 (1-212)||(23566391-23566587)
chr4 (2-207)||(52520599-52520810)
chr4 (2-207)||(52518757-52518968)
chr4 (21-179)||(54296454-54296617)
chr4 (78-206)||(3529251-3529379)
chr4 (78-206)||(23985773-23985901)
chr4 (13-206)||(52545137-52545333)
chr4 (73-212)||(3274538-3274678)
chr4 (106-206)||(24807423-24807522)
chr4 (13-94)||(56074680-56074766)
chr4 (156-206)||(18395816-18395866)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (1-210)||(29758115-29758329)
chr2 (30-117)||(8759115-8759207)
chr2 (83-212)||(20516053-20516188)
chr2 (13-107)||(18612074-18612174)
chr2 (68-105)||(17149025-17149062)
chr2 (146-198)||(18739679-18739730)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-212)||(44963156-44963372)
chr7 (1-207)||(20046517-20046730)
chr7 (2-207)||(28124610-28124821)
chr7 (2-207)||(28126437-28126648)
chr7 (2-207)||(4895582-4895792)
chr7 (83-206)||(37405559-37405682)
chr7 (2-107)||(28014296-28014406)
chr7 (2-206)||(25471794-25472003)
chr7 (66-141)||(4880267-4880343)
chr7 (94-156)||(36989570-36989632)
chr7 (2-51)||(8405666-8405715)
chr7 (73-149)||(4571066-4571144)
chr7 (174-208)||(44962280-44962314)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (1-207)||(5376875-5377087)
chr6 (1-207)||(5378730-5378942)
chr6 (1-212)||(19645322-19645538)
chr6 (1-212)||(1088675-1088891)
chr6 (83-206)||(15868391-15868514)
chr6 (83-206)||(33866098-33866221)
chr6 (83-206)||(15866579-15866702)
chr6 (83-206)||(33869245-33869368)
chr6 (65-212)||(15149129-15149283)
chr6 (97-178)||(9415095-9415176)
chr6 (78-206)||(14611083-14611210)
chr6 (135-206)||(32079909-32079980)
chr6 (79-199)||(28884359-28884480)
chr6 (2-103)||(8915570-8915676)
chr6 (11-65)||(24544764-24544818)
chr6 (2-103)||(20985831-20985937)
chr6 (78-154)||(14618975-14619050)
chr6 (146-206)||(14620510-14620570)
chr6 (2-30)||(31528957-31528985)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (1-207)||(17402804-17403016)
chr3 (1-212)||(1140006-1140210)
chr3 (1-198)||(6789627-6789829)
chr3 (73-206)||(20302625-20302760)
chr3 (114-206)||(20327167-20327259)
chr3 (106-163)||(41874441-41874497)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (1-212)||(17449304-17449519)
chr1 (2-207)||(16808601-16808812)
chr1 (83-206)||(9312028-9312151)
chr1 (83-206)||(3282800-3282923)
chr1 (83-206)||(3284501-3284624)
chr1 (83-206)||(9310411-9310534)
chr1 (114-206)||(37664695-37664787)
chr1 (114-206)||(37674417-37674509)
chr1 (114-206)||(37702185-37702277)
chr1 (4-159)||(48941646-48941810)
chr1 (106-199)||(902083-902175)
chr1 (155-212)||(48940669-48940726)
chr1 (146-206)||(5924946-5925006)
chr1 (21-124)||(5924828-5924935)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (13-206)||(58785-58982)
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (83-206)||(6225-6348)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (83-206)||(39787168-39787291)
chr5 (65-206)||(25076206-25076348)
chr5 (65-206)||(25134175-25134317)
chr5 (15-65)||(20012959-20013009)
chr5 (106-150)||(6569888-6569932)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (29-206)||(39144-39325)
[»] scaffold0189 (1 HSPs)
scaffold0189 (2-88)||(19063-19153)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 30224439 - 30224223
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224439 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 30224340  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30224339 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 30224240  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    |||||| ||||||||||    
T  30224239 atagttgattactaact 30224223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 5567635 - 5567419
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5567635 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 5567536  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  5567535 tgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactccaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaact 5567436  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    |||||| ||||||||||    
T  5567435 atagttgattactaact 5567419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 25249215 - 25248996
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25249215 gtcatatatgtaagcaagatagcaagcataagggtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatcatgaa 25249116  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac---ttatcaacta 192  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| ||    
T  25249115 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttattatcaatta 25249016  T
Q  193 actatagttaattactaact 212  Q
    ||||||||| ||||||||||    
T  25249015 actatagttgattactaact 25248996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 3375456 - 3375660
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||     |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  3375456 gtcatagatgtaagtaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcattgta-----gaaatgaatagattga-aaaagataatgaatgggt 3375549  T
Q  101 acaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3375550 acaatagagttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagt 3375649  T
Q  201 taattactaac 211  Q
    | |||||||||    
T  3375650 tgattactaac 3375660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 6428950 - 6428733
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatga 94  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||      | |||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  6428950 gtcatagatgtaagtaagatagcaaacataagagtactcatgtgagagatactcaaagaaactcattgtagagtgaatagatttgattaaaagatgatga 6428851  T
Q  95 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  6428850 atgattacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttttaactaaggtactaactctagtttacttatcaactaat 6428751  T
Q  195 tatagttaattactaact 212  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  6428750 tatagttgattactaact 6428733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 13 - 212
Target Start/End: Original strand, 31032038 - 31032237
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagt 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    ||||||||||||||||||||| ||||||||||  | || |    
T  31032038 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatcatgaatgagtgtagtaat 31032137  T
Q  109 gttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattact 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31032138 gttcctatatatagagattagtttgagtaactaact----ctaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaactatagttgattact 31032233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 212
Target Start/End: Original strand, 3379149 - 3379352
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagt 108  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  3379149 agcaagaaagcaagtataaaagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaaaatgatgaatgagtacaatagt 3379248  T
Q  109 gttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattact 208  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||    
T  3379249 tttccttaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaaactactaactctagtttaactatcaactaactatagttgattact 3379348  T
Q  209 aact 212  Q
    ||||    
T  3379349 aact 3379352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 177
Target Start/End: Original strand, 36535873 - 36536035
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||               |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36535873 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatt--------------gaaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagt 36535958  T
Q  101 acaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 177  Q
    |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36535959 acaacagtattgctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 36536035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 144 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 14935638 - 14935576
Alignment:
Q  144 tctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  14935638 tctaactaacttctaaccaagttactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 14935576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 19473728 - 19473676
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  19473728 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 19473676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 19544653 - 19544601
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  19544653 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 19544601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 65
Target Start/End: Original strand, 19588043 - 19588095
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  19588043 agcaagaaagcaagaataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 19588095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 113 - 176
Target Start/End: Original strand, 29274786 - 29274849
Alignment:
Q  113 ctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 176  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| || |||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  29274786 ctatatataaagattaattggagtaattaactctaactaacccgtaaccaagctactaactcta 29274849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 7040570 - 7040354
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040570 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 7040471  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7040470 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 7040371  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    |||||| ||||||||||    
T  7040370 atagttgattactaact 7040354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 23564697 - 23564913
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564697 gtcatagatgtaagcaaaatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 23564796  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23564797 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 23564896  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    |||||| ||||||||||    
T  23564897 atagttgattactaact 23564913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 18656317 - 18656101
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18656317 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 18656218  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  18656217 tgagtacaatagttttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaactaagctactaactctagtttagctatcaactaact 18656118  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    |||||| ||||||||||    
T  18656117 atagttgattactaact 18656101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 23566391 - 23566587
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||    
T  23566391 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtacccatgagggagatactcaaagta---------------gattgataaaagataatgaatgagt 23566475  T
Q  101 acaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23566476 acaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaagtctagtttacttatcaactaactatagt 23566575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 52520810 - 52520599
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca----gaaatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  ||    |||||||| | ||| ||| ||||||| |||||    
T  52520810 tcatagatgtaagaaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattgaaatgaaaatatttgattaaaagatgatgaa 52520711  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52520710 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 52520611  T
Q  196 atagttaattac 207  Q
    |||||| |||||    
T  52520610 atagttgattac 52520599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 52518968 - 52518757
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| ||| ||||||| ||||     
T  52518968 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagaactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaaaagatgatgat 52518869  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52518868 tgagtacaacagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 52518769  T
Q  196 atagttaattac 207  Q
    |||||| |||||    
T  52518768 atagttgattac 52518757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 21 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 54296617 - 54296454
Alignment:
Q  21 agcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcag----aaatgaatagattgat-aaaagataatgaatgagtacaatagtgttccta 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||     |||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54296617 agcaagcataagagtactgatgagggagatactcatagaaactcattataaaatgaattgattgattaaaagatcatgaatgagtacaatagtgttccta 54296518  T
Q  116 tatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 179  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54296517 tatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtt 54296454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 78 - 206
Target Start/End: Original strand, 3529251 - 3529379
Alignment:
Q  78 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3529251 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactttag 3529350  T
Q  178 tttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  3529351 tttacctatcaactaactacagttgatta 3529379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 78 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 23985901 - 23985773
Alignment:
Q  78 ttgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 177  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23985901 ttgataaaagatggtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctag 23985802  T
Q  178 tttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  23985801 tttacctatcaactaactatagttgatta 23985773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 206
Target Start/End: Original strand, 52545137 - 52545333
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaa-tgagtacaatag 107  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||    
T  52545137 agcaagaaagcgagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagataataaaatga-tacatgag 52545235  T
Q  108 tgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  52545236 tgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaccaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 52545333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 73 - 212
Target Start/End: Original strand, 3274538 - 3274678
Alignment:
Q  73 atagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcct-atatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaa 171  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||  || |  | ||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  3274538 atagattgataaaagatgatgaatgattaccatgatgatgtttatatatagaaattaatttgagtaattaactctaactaacttctaatcaagccactaa 3274637  T
Q  172 ctctagtttacttatcaactaactatagttaattactaact 212  Q
    |||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  3274638 ctcttgtttacctatcaactaattatagttgattactaact 3274678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 106 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24807522 - 24807423
Alignment:
Q  106 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatt 205  Q
    ||||||||||||||||||  |||||| | ||||||| ||||  ||||||  |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||    
T  24807522 agtgttcctatatatagattttagtt-gtgtaactaactcttcctaactcttaaccaagcttctaactctaatttacctatcaactaactatagttgatt 24807424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 94
Target Start/End: Original strand, 56074680 - 56074766
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactc-----agaaatgaatagattgataaaagataatga 94  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||     ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  56074680 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcgttatagaaatgaatagaatgataaaagatgatga 56074766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 206
Target Start/End: Original strand, 18395816 - 18395866
Alignment:
Q  156 ctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  18395816 ctaaccaacctattaactatagtttacctatcaactaactatagttgatta 18395866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 29758329 - 29758115
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758329 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagataatgaa 29758230  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29758229 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 29758130  T
Q  196 atagttaattactaa 210  Q
    |||||| ||||||||    
T  29758129 atagttgattactaa 29758115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 117
Target Start/End: Original strand, 8759115 - 8759207
Alignment:
Q  30 aagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctata 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8759115 aagagtactcatgagggagatactcaaagaaactcattgtagaaatgaacagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagtgttcctata 8759207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 83 - 212
Target Start/End: Original strand, 20516053 - 20516188
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttg----agtaactac-----ctctaactaacttctaaccaagctactaact 173  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||    ||||||||      ||||||||| ||| ||||||||||||||||     
T  20516053 aaaaaataatgaatgagtacaatagtgttcttatatataaaaattagtttgtttgagtaactaaactaactctaactatcttttaaccaagctactaacc 20516152  T
Q  174 ctagtttacttatcaactaactatagttaattactaact 212  Q
    |||| | ||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  20516153 ctagctaactt---aactaactatagttaattactaact 20516188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 13 - 107
Target Start/End: Original strand, 18612074 - 18612174
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaag-ataatgaatgagtacaata 106  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | | |  ||||||     |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  18612074 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatatttacaaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagtataatgattgagtacaata 18612173  T
Q  107 g 107  Q
    |    
T  18612174 g 18612174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 68 - 105
Target Start/End: Original strand, 17149025 - 17149062
Alignment:
Q  68 aatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaat 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  17149025 aatgaatagattgataaaagataatgatagagtacaat 17149062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 146 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 18739730 - 18739679
Alignment:
Q  146 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactata 198  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  18739730 taactaact-ctaaccagactactaactctagttaacgtatcaactaactata 18739679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 161; Significance: 5e-86; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 44963372 - 44963156
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44963372 gtcatagatgtaagtaagatagcaagcataagagtattcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 44963273  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44963272 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 44963173  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    |||||| ||||||||||    
T  44963172 atagttgattactaact 44963156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 20046517 - 20046730
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaa-gataatga 94  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     ||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  20046517 gtcatagatgtaagcgagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaaagatattga 20046616  T
Q  95 atgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaa 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20046617 atgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaa 20046716  T
Q  194 ctatagttaattac 207  Q
    |||||||| |||||    
T  20046717 ctatagttgattac 20046730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Original strand, 28124610 - 28124821
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| ||| ||||||| |||||    
T  28124610 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaaaagatgatgaa 28124709  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28124710 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 28124809  T
Q  196 atagttaattac 207  Q
    |||||| |||||    
T  28124810 atagttgattac 28124821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Original strand, 28126437 - 28126648
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| ||| ||||||| |||||    
T  28126437 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaaaagatgatgaa 28126536  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28126537 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 28126636  T
Q  196 atagttaattac 207  Q
    |||||| |||||    
T  28126637 atagttgattac 28126648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 4895792 - 4895582
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagattgat-aaaagataatgaat 96  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||  |  || |    |||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  4895792 tcatagatgtaagcaagagagcaaacataagagtactcatctgggagatactcatagagatccatattggaatgaatatattgattaaaagatgatgaat 4895693  T
Q  97 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaacta 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4895692 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaaataactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaacta 4895593  T
Q  197 tagttaattac 207  Q
    ||||| |||||    
T  4895592 tagttgattac 4895582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Original strand, 37405559 - 37405682
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37405559 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttat 37405658  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  37405659 ctatcaactaactatagttgatta 37405682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 2 - 107
Target Start/End: Original strand, 28014296 - 28014406
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactc-----agaaatgaatagattgataaaagataatgaat 96  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||     ||||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  28014296 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtgctcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgaataat 28014395  T
Q  97 gagtacaatag 107  Q
    |||||||||||    
T  28014396 gagtacaatag 28014406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 206
Target Start/End: Original strand, 25471794 - 25472003
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcag-----aaatgaatagattgataaaagataatgaat 96  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||| | |||||||||| | || ||||||      ||||||||||||||||||||||| |  |||    
T  25471794 tcatagatgtaagaaagatagcaagcataagattattcacgtgggagatactaatagaaactcattatataaatgaatagattgataaaagatgaataat 25471893  T
Q  97 gagtacaatagtgttcc-tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttct-aaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    ||||||||||| ||    ||| |||||   | | || ||||||||| |||   |||||| || |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||    
T  25471894 gagtacaatagagtgaggtatttataggagtgacttggagtaactaactcc--ctaactactgaaccaacctactaactctagttaacctatcaactaac 25471991  T
Q  195 tatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||    
T  25471992 tatagttaatta 25472003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 4880343 - 4880267
Alignment:
Q  66 gaaatgaat-agattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaacta 141  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| ||  ||||||||    
T  4880343 gaaatgaattagattgataaaagatgatgaatgagtataatggtgttcatatatatcgagattaattgaagtaacta 4880267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 94 - 156
Target Start/End: Original strand, 36989570 - 36989632
Alignment:
Q  94 aatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttc 156  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||    
T  36989570 aatgactacaataatgtttctatatatagagattagtttgaataactaactctacataacttc 36989632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 8405715 - 8405666
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagata 51  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8405715 tcatatatgtaagcaaaatagcaagcataagagtattcatgggggagata 8405666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 4571144 - 4571066
Alignment:
Q  73 atagattgataaaagataatgaa--tgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaac 149  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4571144 atagattgataaaagataatgaaaatga-tacaatgagtgttcatatatatagagattagttgaagtaattaactctaac 4571066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 174 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 44962314 - 44962280
Alignment:
Q  174 ctagtttacttatcaactaactatagttaattact 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  44962314 ctagtttacttatcaactaactatagttgattact 44962280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 5377087 - 5376875
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5377087 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 5376988  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5376987 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 5376888  T
Q  195 tatagttaattac 207  Q
    ||||||| |||||    
T  5376887 tatagttgattac 5376875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 5378942 - 5378730
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5378942 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 5378843  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5378842 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 5378743  T
Q  195 tatagttaattac 207  Q
    ||||||| |||||    
T  5378742 tatagttgattac 5378730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 19645322 - 19645538
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||     ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19645322 gtcatagatgtaaccaagatagcaagtataagagtactcatgagggagatactcaaagaaattcattgtagaaataaatagattgataaaagataatgaa 19645421  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19645422 tgagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttgagtaactacctctgactaatttctaaccaagctactaactttagtttacttatcaactaact 19645521  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    ||| || ||||||||||    
T  19645522 ataattgattactaact 19645538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 1088675 - 1088891
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaa-gtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||  |    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  1088675 gtcatagatgtaagcaagatagcaaacataagagtactcatatgggagatactcaaaagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatgatgaa 1088774  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1088775 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgactaactaactctaactaacttctaacaaagctactaactctaatttacttatcaactaact 1088874  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    |||||| || |||||||    
T  1088875 atagttgatcactaact 1088891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 15868514 - 15868391
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15868514 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctattaactctagtttac 15868415  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  15868414 ctatcaactaactatagttgatta 15868391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 33866221 - 33866098
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33866221 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtctgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33866122  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  33866121 ctatcaactaactatagttgatta 33866098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 15866702 - 15866579
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  15866702 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctaaatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctacccaagctattaactctagtttac 15866603  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  15866602 ctatcaactaactatagttgatta 15866579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 33869368 - 33869245
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33869368 aaaagatagtgaatgcgtacaatagtgttcctatatatagagattagtttaagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 33869269  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  33869268 ctatcaactaactatagttgatta 33869245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 65 - 212
Target Start/End: Original strand, 15149129 - 15149283
Alignment:
Q  65 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaata-----gt--gttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttct 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     ||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  15149129 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacagtacaacagtacgttcctatatatagaaattaatttgagtaactaactctaactaacttct 15149228  T
Q  158 aaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattactaact 212  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15149229 aaccaagctactgaccctagtttacttatcaactaactatagttgattactaact 15149283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 97 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 9415176 - 9415095
Alignment:
Q  97 gagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 178  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9415176 gagtacaatagtgttcttatatatagagattagtttcactaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagt 9415095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 78 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 14611210 - 14611083
Alignment:
Q  78 ttgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactcta 176  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||||| |||||  |||| |||||||||||||||    
T  14611210 ttgataaaagataatgaaatga-tacacgagtgttcctatatatagagtttagtt-gtgtaactaactctaaataactcttaacgaagctactaactcta 14611113  T
Q  177 gtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     ||||| ||||||||||| |||||| ||||    
T  14611112 atttacctatcaactaaccatagttgatta 14611083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 135 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 32079980 - 32079909
Alignment:
Q  135 gtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  32079980 gtaactaactctaactaactcttaaccaagcttctaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 32079909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 79 - 199
Target Start/End: Original strand, 28884359 - 28884480
Alignment:
Q  79 tgataaaagataatgaatgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctag 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||  ||||||   ||||||| ||||   ||| ||||| ||||||||||    
T  28884359 tgataaaagataatgaatgagtacaatgattgttcctttatatacagattaattgaagtaaccgactctaaccaactataaacaaagcttctaactctag 28884458  T
Q  178 tttacttatcaactaactatag 199  Q
    || || ||||||||||||||||    
T  28884459 ttaacctatcaactaactatag 28884480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 8915676 - 8915570
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaact-----cagaaatgaatagattgataaaagataatgaat 96  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||| || ||||      ||||||||||||||| |||||||||  | |||    
T  8915676 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcgtgtggaagatactcatagaaacttattatagaaatgaatagattaataaaagatgctaaat 8915577  T
Q  97 gagtaca 103  Q
    |||||||    
T  8915576 gagtaca 8915570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 24544818 - 24544764
Alignment:
Q  11 taagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  24544818 taagcaagaaagcaagcataagagtactcatgagggagatactcatagaaactca 24544764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 2 - 103
Target Start/End: Original strand, 20985831 - 20985937
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactc-----agaaatgaatagattgataaaagataatgaat 96  Q
    |||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||| | |  || ||     ||||||||||||||||||||||||||   |||    
T  20985831 tcatagatgtaatcaagtttgcaagcataagagtactcatgtggtagatacttataaaaattcattatagaaatgaatagattgataaaagatagcaaat 20985930  T
Q  97 gagtaca 103  Q
    |||||||    
T  20985931 gagtaca 20985937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 14619050 - 14618975
Alignment:
Q  78 ttgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaact 154  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  14619050 ttgataaaagataatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaact 14618975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 146 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 14620570 - 14620510
Alignment:
Q  146 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| ||||    
T  14620570 taactaactcttaaccaagctactaactgtagtttacctatcaactaatcatagttgatta 14620510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 30
Target Start/End: Complemental strand, 31528985 - 31528957
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcata 30  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528985 tcatagatgtaagcaagatagcaagcata 31528957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 157; Significance: 1e-83; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 17402804 - 17403016
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||     ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17402804 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatattgaa 17402903  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatata-gagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaac 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17402904 tgagtacaatagtgttcctatatataagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaac 17403003  T
Q  195 tatagttaattac 207  Q
    ||||||| |||||    
T  17403004 tatagttgattac 17403016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 1140210 - 1140006
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1140210 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcattgtagaaatgaatagattgataaaagatgatgaa 1140111  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||    
T  1140110 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacc------------ctagtttacttatcaactaact 1140023  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    |||||| ||||||||||    
T  1140022 atagttgattactaact 1140006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 6789829 - 6789627
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaa-gatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||      |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  6789829 gtcatagatgtaagcaaagatagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattgtagaatgaatagattgaaaaaagatagtgaa 6789730  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  6789729 tgagtacaatagtattcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagttcacttatccactaact 6789630  T
Q  196 ata 198  Q
    |||    
T  6789629 ata 6789627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 73 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 20302760 - 20302625
Alignment:
Q  73 atagattgataaaagataatg--aatgagtacaat-agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctact 169  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || ||||| |||| ||||||| |||||    
T  20302760 atagatttataaaagataatggaaatg-gtacgatgagtgttcttatatatagagattagtttgaataaccaactataacttactt-taaccaatctact 20302663  T
Q  170 aactctagtttacttatcaact-aactatagttaatta 206  Q
    || ||||||| || | |||||| |||||||||| ||||    
T  20302662 aagtctagttaacctttcaactaaactatagtttatta 20302625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 114 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 20327259 - 20327167
Alignment:
Q  114 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaact-aactatagttaatta 206  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||| || | |||||| |||||||||| ||||    
T  20327259 tatatagagagattagtttgagtaaccaactataacttactt-taaccaagctactaagtctagttaacctttcaactaaactatagtttatta 20327167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 106 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 41874497 - 41874441
Alignment:
Q  106 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 163  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  41874497 agtgttcctatatatagagtttag-ttgtgtaactaactctaactaactcttaaccaa 41874441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 149; Significance: 7e-79; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 17449519 - 17449304
Alignment:
Q  1 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||     || ||||||||||||| |||||||||||||    
T  17449519 gtcatagatgtaagcaagatagcaagcaaaagagtactcatgtgggagatactcatagaatctcattgtagacatgaatagattga-aaaagataatgaa 17449421  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17449420 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaacgaagctactaaccctagtttacttatcaactaact 17449321  T
Q  196 atagttaattactaact 212  Q
    |||||| ||||||||||    
T  17449320 atagttgattactaact 17449304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 207
Target Start/End: Original strand, 16808601 - 16808812
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcaga----aatgaatagatt-gat-aaaagataatgaa 95  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||  |  || |    |||||| | ||| ||| ||||||| |||||    
T  16808601 tcatagatgtaagcaagagagcaagcataagagtactcatgtcggagatactcatagagatccatattggaatgaaaatatttgattaaaagatgatgaa 16808700  T
Q  96 tgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaact 195  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16808701 tgagtacaatagtgttcatatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaact 16808800  T
Q  196 atagttaattac 207  Q
    |||||| |||||    
T  16808801 atagttgattac 16808812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 9312151 - 9312028
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9312151 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9312052  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  9312051 ctatcaactaactatagttgatta 9312028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 3282923 - 3282800
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3282923 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3282824  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  3282823 ctatcaactaactatagttgatta 3282800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 3284624 - 3284501
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3284624 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 3284525  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  3284524 ctatcaactaactatagttgatta 3284501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 9310534 - 9310411
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9310534 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagatattaatttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 9310435  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  9310434 ttatcaactaactatagttgatta 9310411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 114 - 206
Target Start/End: Original strand, 37664695 - 37664787
Alignment:
Q  114 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37664695 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37664787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 114 - 206
Target Start/End: Original strand, 37674417 - 37674509
Alignment:
Q  114 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37674417 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37674509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 114 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 37702277 - 37702185
Alignment:
Q  114 tatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  37702277 tatatatagagattagtttgaataactaactctaactaatttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatagttgatta 37702185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 4 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 48941810 - 48941646
Alignment:
Q  4 atagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-------gaaatgaatagatt-gat-aaaagataatga 94  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| | |||||||||| |  ||||||       |||||||||||||| ||| |||||||| |||    
T  48941810 atagatgtaagcaagagagcaagtataagagtattcatgtgagagatactcatataaactcattatatagaaatgaatagatttgattaaaagatactga 48941711  T
Q  95 atgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaa 159  Q
    |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  48941710 atgagtacaatagtgtttatatgtatagagattagtttgagtaaccaactctaactaacttctaa 48941646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 106 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 902175 - 902083
Alignment:
Q  106 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatag 199  Q
    |||||||||||||| |||| ||| || | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  902175 agtgttcctatatagagagtttaatt-gtgtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctatcaactaactatag 902083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 155 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 48940726 - 48940669
Alignment:
Q  155 tctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaattactaact 212  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48940726 tctaaccaaactactaactctagtttacttatcaactaactatagttgattactaact 48940669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 146 - 206
Target Start/End: Original strand, 5924946 - 5925006
Alignment:
Q  146 taactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  5924946 taactaacttctaaccaaactactaactctaatttacctatcaactaactatagttgatta 5925006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 124
Target Start/End: Original strand, 5924828 - 5924935
Alignment:
Q  21 agcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctat 116  Q
    |||||||||||||||| ||||   ||||||||||| || ||||||  |    ||||||||||||||||||||| |||||  | ||||  ||||||| |||    
T  5924828 agcaagcataagagtattcatataggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatgatgaaataatacacgagtgttcttat 5924927  T
Q  117 atatagag 124  Q
    ||||||||    
T  5924928 atatagag 5924935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 58982 - 58785
Alignment:
Q  13 agcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactcagaa----atgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatagt 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||  |    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  58982 agcaagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaagatgatgaatgagtacaatagt 58883  T
Q  109 gttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||    
T  58882 gttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacctactaactaactatagttgatta 58785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0251 (Bit Score: 104; Significance: 5e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 6348 - 6225
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6348 aaaagatagtgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 6249  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||| ||||||||||| ||||    
T  6248 ctatcaattaactatagttgatta 6225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 83 - 206
Target Start/End: Original strand, 39787168 - 39787291
Alignment:
Q  83 aaaagataatgaatgagtacaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 182  Q
    |||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39787168 aaaagacagtgaatgagtaaaatagtgttcctatatatagagattagtttgagtaactaactctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttac 39787267  T
Q  183 ttatcaactaactatagttaatta 206  Q
     |||||||||||||||||| ||||    
T  39787268 ctatcaactaactatagttgatta 39787291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 65 - 206
Target Start/End: Original strand, 25076206 - 25076348
Alignment:
Q  65 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 163  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| || | |||  ||||||||||||   |||       
T  25076206 agaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagttggaatgacttactctaactaactctaaacttg 25076305  T
Q  164 gctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  25076306 gcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25076348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 65 - 206
Target Start/End: Original strand, 25134175 - 25134317
Alignment:
Q  65 agaaatgaatagattgataaaagataatgaatgagtacaatag-tgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaa 163  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| || | |||  ||||||||||||   |||       
T  25134175 agaaatgaatatattgataaaagatgatgaaagagtacaattgttgttcctatatctagagattagttggaatgacttactctaactaactctaaacttg 25134274  T
Q  164 gctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    ||| |||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  25134275 gcttctaattctagttaacctatcaactaactatagttgatta 25134317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 15 - 65
Target Start/End: Original strand, 20012959 - 20013009
Alignment:
Q  15 caagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca 65  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  20012959 caagaaagcaagcataagagtactcatgtgggagatactcatagaaactca 20013009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 106 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 6569932 - 6569888
Alignment:
Q  106 agtgttcctatatatagagattagtttgagtaactacctctaact 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||    
T  6569932 agtgttcctatatatagagattagttggactaactaactctaact 6569888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 29 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 39325 - 39144
Alignment:
Q  29 taagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca-----gaaatgaatagattgataaaagataatgaa-tgagtacaatagtgttcctatatatag 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||||||    
T  39325 taagagtactcatgtgggagatactcataaaaactcattatagaaatgaatagattgataaaagatgatgaaatga-tacatgagtgttcctatatatag 39227  T
Q  123 agattagtttgagtaactacctctaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttaatta 206  Q
    || |||||| | ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39226 agtttagtt-gtgtaactaactttaactaacttctaaccaagctactaactctagtttacttatcaactaactatagttgatta 39144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0189 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0189
Description:

Target: scaffold0189; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 2 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 19153 - 19063
Alignment:
Q  2 tcatagatgtaagcaagatagcaagcataagagtactcatgagggagatactcaaagtaactca----gaaatgaatagattgataaaaga 88  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| || ||||||      |||||||||||||||||||||    
T  19153 tcatagatgtaagcaagatagaaagcataggagtactcatgtgggagatgctcatagaaactcattatagaatgaatagattgataaaaga 19063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University