View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11225_low_3 (Length: 737)

Name: NF11225_low_3
Description: NF11225
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11225_low_3
NF11225_low_3
[»] chr7 (21 HSPs)
chr7 (1-723)||(31541062-31541784)
chr7 (29-703)||(31572335-31573008)
chr7 (1-533)||(31532595-31533127)
chr7 (131-723)||(31576040-31576635)
chr7 (131-723)||(31595097-31595692)
chr7 (131-723)||(31604706-31605301)
chr7 (131-717)||(31438610-31439199)
chr7 (131-723)||(31614581-31615169)
chr7 (131-723)||(31608300-31608895)
chr7 (1-447)||(33304631-33305083)
chr7 (131-723)||(31618310-31618905)
chr7 (144-711)||(31585462-31586032)
chr7 (486-720)||(33305100-33305334)
chr7 (159-604)||(21897908-21898353)
chr7 (578-723)||(31532439-31532584)
chr7 (149-335)||(32351735-32351921)
chr7 (251-335)||(32355799-32355883)
chr7 (140-273)||(31574240-31574373)
chr7 (557-622)||(31574120-31574185)
chr7 (140-228)||(32355706-32355794)
chr7 (129-167)||(32351178-32351216)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (143-723)||(52173916-52174499)
chr1 (458-576)||(49725106-49725224)
chr1 (149-303)||(49215069-49215223)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (131-723)||(15062957-15063552)
chr4 (510-723)||(29083893-29084098)
chr4 (363-481)||(29084231-29084350)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (528-723)||(1982-2177)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (434-576)||(31189597-31189739)
chr6 (498-576)||(30960969-30961047)
chr6 (498-576)||(30992451-30992529)
chr6 (434-576)||(31201404-31201546)
chr6 (500-576)||(30955226-30955302)
chr6 (441-576)||(31224417-31224552)
chr6 (434-576)||(31145539-31145681)
chr6 (434-576)||(31171852-31171994)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 686; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 686; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 31541784 - 31541062
Alignment:
Q  1 tattttagtacaaaggtggatcttgaggaaaacaacaaaatctattgacaacaatgtggaagattttatacagagttataatttgtctgtgccaataaag 100  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541784 tattttagtaaaaagatggatcttgaggaaaacaacaaaatctattgacaacaatgtggaggattttatacagagttataatttgtctgtgccaataaag 31541685  T
Q  101 caatatagatatgcagaagtgnnnnnnntgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatg 200  Q
    |||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541684 caatatagatatgcagaagtgaaaaaaatgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatg 31541585  T
Q  201 gtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541584 gtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacat 31541485  T
Q  301 tgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggattt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541484 tgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggattt 31541385  T
Q  401 catgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaa 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541384 catgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaa 31541285  T
Q  501 ttttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541284 ttttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatga 31541185  T
Q  601 tagtattgtgtctttacttggcacaagagggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgta 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31541184 tagtattgtgtctttacttggcacaagaggaactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgta 31541085  T
Q  701 tatagttatggtatgttaattct 723  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  31541084 tatagttatggtatgttaattct 31541062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 703
Target Start/End: Original strand, 31572335 - 31573008
Alignment:
Q  29 aaaacaacaaaatctattgacaacaatgtggaagattttatacagagttataatttgtctgtgccaataaagcaatatagatatgcagaagtgnnnnnnn 128  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||| | ||| || || |||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||||||           
T  31572335 aaaacaaaaaaatctattgactacaatgtggaggctttcatgcaaagttataatttgtcggtgccaatcaaacaatatggatatgcagaagtgaaaagaa 31572434  T
Q  129 tgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaa 228  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||| ||||||| || || ||| | |||||    
T  31572435 tgacaaactcatttcgagataaattaggttaaggaggatatggtgtcgtgtacaaagcaagtttacctgatggttgtcaagtggcggttaaagtaataaa 31572534  T
Q  229 tgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgag 328  Q
     || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  31572535 cgaatctaagggagatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttctgttatgag 31572634  T
Q  329 aacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgga 428  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || ||| | || ||||||||  ||||||||||||||| |  |||  |||||| |||||||||||    
T  31572635 aacaaaagagcactaatatatgaattcatgccaaatggttcactagacaagttcatctttaaaagtggatttcctagtgcactttgtaatttggattgga 31572734  T
Q  429 agacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaa 528  Q
    | || ||||||| ||||||||| || || ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  31572735 acacgttgtaccgaattgcaataggcatagctagaggactcgaatacttgcaacaaggatgtatttcaaggattttgcatcttgatataaaacc-caaaa 31572833  T
Q  529 cattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaaga 628  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||     
T  31572834 cattcttttggatgaagatttttgcccaaaaatctctgattttggactagctcaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtccatacttggcacaagg 31572933  T
Q  629 gggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatat 703  Q
    || ||||||||||| ||||| || |||||||| ||| ||   | ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31572934 ggaactataggatacatagctcctgaagtatttagcagagtgtttggtggagtttctcacaagtctgatgtatat 31573008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 533
Target Start/End: Complemental strand, 31533127 - 31532595
Alignment:
Q  1 tattttagtacaaaggtggatcttgaggaaaacaacaaaatctattgacaacaatgtggaagattttatacagagttataatttgtctgtgccaataaag 100  Q
    |||||||||| | ||||||||||| | |||||||| |||||||| |||| ||| ||| || ||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| |||    
T  31533127 tattttagtatataggtggatcttcaagaaaacaataaaatctactgaccacagtgtagaggattttatataaagttataacttgtcagtgccaattaag 31533028  T
Q  101 caatatagatatgcagaagtgnnnnnnntgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatg 200  Q
    || ||| | ||| ||||||||       |||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  31533027 cagtatgggtattcagaagtgaaaagaatgacaaactcatttcgagacagattgggtcaaggaggatatggtatggtttacaaagcaaacttacctgatg 31532928  T
Q  201 gtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacat 300  Q
    ||||| |||| || |||||| | ||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31532927 gtcgtgaagtggcggtgaaagtaataaacgagtcaaagggaaatagagaagaattcacaaatgaagttgcaagcattagtagaacatcacatgtgaacat 31532828  T
Q  301 tgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggattt 400  Q
     || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||     
T  31532827 cgtttcacttttgggtttttgctatgagaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccagaggatcattagataaattcatcctcaaaagtgggttg 31532728  T
Q  401 catgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaa 500  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  31532727 cctgatgctatttgtagtttagattggaacgcattgtaccaaattgcaatcggcattgctcaaggactagaatacttgcatcaaggatgtaattcaagga 31532628  T
Q  501 ttttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattc 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31532627 ttttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattc 31532595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 131 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 31576635 - 31576040
Alignment:
Q  131 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 230  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||| || |||||| | |||||||    
T  31576635 acaaactcatttcgggataaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatg 31576536  T
Q  231 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgaga- 329  Q
    | || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||| || ||||||||||||      
T  31576535 aatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggt 31576436  T
Q  330 --acaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 427  Q
      |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| | | |||||||||  ||| ||||||    
T  31576435 ggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattgg 31576336  T
Q  428 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaa 527  Q
    || || |||| |||||| ||||| || |||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  31576335 aacactttgttccaaatagcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatataaaacctcaaa 31576236  T
Q  528 acattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaag 627  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||  || | ||  ||||    
T  31576235 acattcttttggatgatgatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaag 31576136  T
Q  628 agggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||||| ||| |   || ||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  31576135 aggaacaataggatatatggcaccagaagcatttaatagatcatttggtggagtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattct 31576040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 131 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 31595692 - 31595097
Alignment:
Q  131 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 230  Q
    |||||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |    
T  31595692 acaaactcattccgtgataaattaggccacggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacg 31595593  T
Q  231 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgag-- 328  Q
    |||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||| || | |||||| |||      
T  31595592 agtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacatgaacattgtgtcacttttaggttattgttacgaggc 31595493  T
Q  329 -aacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 427  Q
     || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | || || |||||   |||||||||||||| ||| ||| |||||  ||| |||| |    
T  31595492 aaataaaagagcactaatatatgagttcatgcccaaaggatcactagacaaattcatctataaaagtggatttcctgacgctgtttgtgattttgattcg 31595393  T
Q  428 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaa 527  Q
    || || |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  31595392 aacactttgttccaaattgctatcggcattgctagaggtttagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactgcatcttgatatcaaacctcaaa 31595293  T
Q  528 acattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaag 627  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||  |||  || |||||    
T  31595292 acattcttttggacgaaaacttttgcccaaaaatctctgattttggactagcaaaaatatgtcaaatgaatgatagtattgtgtcaataccggggacaag 31595193  T
Q  628 agggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    ||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||| || ||| |||||| |||||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  31595192 aggaactataggatatatggcgccagaagtatttagcagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatacagttatggtatgttgattct 31595097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 131 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 31605301 - 31604706
Alignment:
Q  131 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 230  Q
    |||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||| || |||||| | |||||||    
T  31605301 acaaactctttccgagttaaattaggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaagtttaattgatggtcgtcaagtggcggtgaaagtaataaatg 31605202  T
Q  231 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgaga- 329  Q
    | || || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||| || ||||| || ||||||||||||      
T  31605201 aatccaaaggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacatcacacatgaacattgtgtcccttttaggcttttgttatgaggt 31605102  T
Q  330 --acaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 427  Q
      |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||| ||||| | | |||||||||  ||| ||||||    
T  31605101 ggacaaaagagcactaatatatgaattcatgcccaatggatcattggataagttcatctataaaagtgaatttcctaacgctatttgtgattttgattgg 31605002  T
Q  428 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaa 527  Q
    || || |||| |||||| ||||| || |||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| | |||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  31605001 aacactttgttccaaatagcaattggcattgctagaggtctagagtacttgcaccaaggatgcagttcaaggattctgcatcttgatataaaacctcaaa 31604902  T
Q  528 acattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaag 627  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||  || | ||  ||||    
T  31604901 acattcttttggatgatgatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaag 31604802  T
Q  628 agggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||||| ||| |   || ||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  31604801 aggaacaataggatatatggcaccagaagcatttaatagatcatttggtggagtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattct 31604706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 131 - 717
Target Start/End: Original strand, 31438610 - 31439199
Alignment:
Q  131 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 230  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||| || || |||||| | |||| ||    
T  31438610 acaaactcatttcgagataagttgggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttacctgatggccgtcatgttgcggtgaaagtaataagtg 31438709  T
Q  231 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga--- 327  Q
    |||  |||||| | |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       
T  31438710 agtgcaagggagacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataagtaaaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggtttttgttatgaaaa 31438809  T
Q  328 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 427  Q
    ||||||||| ||| | |||||||| ||| || |||| || ||||| |||||||||||   ||||||||||||||   |||||||||||  ||||||||||    
T  31438810 gaacaaaagtgcattgatatatgaattcatgtccaatgggtcattagataagttcatatataaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattgg 31438909  T
Q  428 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaa 527  Q
    || ||| ||| ||| ||||||||  | |||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31438910 aacacaatgttccatattgcaattagcattgctagaggactagagtacttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaacctcaaa 31439009  T
Q  528 acattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaag 627  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||| || ||| |||| ||  |||||||||||||    
T  31439010 acattcttttagatgaagatttttgtccaaaaatatctgattttggtctagctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtttccctacttggcacaag 31439109  T
Q  628 agggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgtt 717  Q
    ||| |||||||| |  |||||||| || |||||||| ||| ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  31439110 aggaactataggcttcatagcacccgaggtattcagtcgagcatttggtggagtttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgtt 31439199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 131 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 31615169 - 31614581
Alignment:
Q  131 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 230  Q
    |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||  |||||||||||| || || |||||| |  ||||||    
T  31615169 acaaactctttccgagataaattaggccaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaattgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtactaaatg 31615070  T
Q  231 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga--- 327  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||| || ||||| || |||||||||||       
T  31615069 agtcaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtcgaacattacacatgaacattgtatcccttttaggcttttgttatgaggt 31614970  T
Q  328 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 427  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||  |||||    ||||||| ||||| | |||||||||||  |||  |||||    
T  31614969 gaacaaaagagcactaatatatgaattcatgtccaaaggatcattggatagtttcatctacaaaagtgaatttcctaatgctatttgtgattttaattgg 31614870  T
Q  428 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaa 527  Q
    || || |||| |||||||||||| || || ||| |||| ||||| ||||||||||       ||  ||||| ||| || ||||||||| |||||| ||||    
T  31614869 aacactttgttccaaattgcaattggcatcgctagaggtctagagtacttgcatc-------tagctcaaggattctgtatcttgataccaaacctcaaa 31614777  T
Q  528 acattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaag 627  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||  || | || |||||    
T  31614776 acattcttttggatgaagatttttgcccaaaaatctctgattttggactagcgaaaatatgccaaaagaaggatagtattgtgtcaatattaggtacaag 31614677  T
Q  628 agggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||| ||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  31614676 aggaactataggatatatggcaccagaagtatttagcagagcatttggcggagtttcttacaaatctgatgtatatagttatggaatgttgattct 31614581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 131 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 31608895 - 31608300
Alignment:
Q  131 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 230  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |    
T  31608895 acaaactcatttcgagataaattaggccatggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagtttaacggatggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaacg 31608796  T
Q  231 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgag-- 328  Q
    |||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||| || || ||||||||||||      
T  31608795 agtcaaaaggaaatggggaagagttcataaatgaagttgctagcatcagtagaacatcacacctgaacattgtgtcactcttaggtttttgttatgaggt 31608696  T
Q  329 -aacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 427  Q
     || |||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||  |||||||||||||   ||| |||||||||| ||| ||| |||||  ||| ||||||    
T  31608695 gaataaaagagcgctaatatatgaatacatgcccaaaggatccctggataagttcatctataagagtggatttcctgacgctgtttgtgattttgattgg 31608596  T
Q  428 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaa 527  Q
    || || |||| |||| |||| ||||| |||||| |||| || || ||||||||||||||||||| |||||| ||  | ||||||||||||||||| ||||    
T  31608595 aacactttgttccaagttgctatcggcattgctagaggtctcgagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggatactacatcttgatatcaaacctcaaa 31608496  T
Q  528 acattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaag 627  Q
    ||||||||||||||||| | ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||| |||| |||||||| || |||||||||||  || | || ||| |    
T  31608495 acattcttttggatgaagacttttgtccaaaaatatctgattttggacttgctaaaatatgtcaaaggaaggacagtattgtgtcaatattggggacacg 31608396  T
Q  628 agggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    ||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||  || ||| |||||| |||||| | || |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  31608395 aggaactataggatatatggcgccagaagtatttagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatgtatatagttatggcatgttgattct 31608300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 447
Target Start/End: Original strand, 33304631 - 33305083
Alignment:
Q  1 tattttagtacaaaggtggatcttgaggaaaa-caacaaaatctattgacaacaatgtggaagattttatacagagttataatttgtctgtgccaataaa 99  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||| |||  ||||||| |||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||| ||    
T  33304631 tattttagtacagaggtggatcttcaaaaaaaacaatgaaatctactgactacaatgcggaggatttcatacaaagttataatatgtcggtgccaatcaa 33304730  T
Q  100 gcaatatagatatgcagaagtgnnnnnnntgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgat 199  Q
     || |||||||||||||||||        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  33304731 acactatagatatgcagaagtaaaaagaatgacaaactcatttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcaagcttacctgat 33304830  T
Q  200 ggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtaga-----acatcacatgt 294  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||     || ||||||||    
T  33304831 ggtcgtcaagtggcagtgaaagtaataaaagagtccaagggaaatggagaagaatttataaatgaagttgctagcattagtagaacgtcacgtcacatgt 33304930  T
Q  295 gaacattgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagt 394  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||    
T  33304931 gaacattgtctcacttttgggtttttgttatgagaacaaaagagctctgatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatccatataagt 33305030  T
Q  395 ggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtaccaaattgc 447  Q
    |||| || |||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  33305031 ggatctcctgatgctatttgtgatttggattggaacacaatgtaccaaattgc 33305083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 131 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 31618905 - 31618310
Alignment:
Q  131 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 230  Q
    |||||||  |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||  | || |||||||||| ||||||||| | ||||  |    
T  31618905 acaaactattttcgagaaaagttaggccaaggagggtatggtgttgtctacaaagcaagtttatataatagtcgtcaagtggcagtgaaagtaataagcg 31618806  T
Q  231 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatga--- 327  Q
    || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| |||| |||||| ||       
T  31618805 agacaaagggaaatggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtaggacatcacatatgaacattgtgtcgcttttaggatattgttacgaaga 31618706  T
Q  328 gaacaaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 427  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||| | |||| ||||||  ||| ||||||    
T  31618705 gaacaaaagagcgctaatatatgaattcatgcccaaaggatcattggataagttcatctacaaaagtgaatttcctaatgccatttgtgattttgattgg 31618606  T
Q  428 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaa 527  Q
    || || ||||  | ||||||||| || ||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||    
T  31618605 aacactttgtttcgaattgcaattggcattgctaaaggtctagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattctacatcttgatataaaacctcaaa 31618506  T
Q  528 acattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaag 627  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  || | ||  ||||    
T  31618505 acattcttttggatgaagatttttgtccaaaaatctcagattttggactagctaaaatatgccaaaggaaggatagtattgtgtcaatattaggggcaag 31618406  T
Q  628 agggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    ||| ||||||||||| || ||||||||| |||| ||  || | | ||||||||||||  | |  |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  31618405 aggaactataggatacatggcaccagaaatatttagtagagcgtttggtggagtttcgtacagatctgatgtatatagttatggcatgttgattct 31618310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 144 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 31586032 - 31585462
Alignment:
Q  144 gagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaa 243  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||  |||||||||||| || || |||||| | ||||||||  ||||||||||    
T  31586032 gagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtgtacaaagcatgtttaagtgatggtcgtcatgtggcggtgaaagtaataaatgaaactaagggaaa 31585933  T
Q  244 tggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgag---aacaaaagagca 340  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||| || ||||| ||||||   ||||||||||||    
T  31585932 tggagaagaattcataaatgaagtttctagcattagtagaacatcacacatcaacattgtatcacttttaggcttttgctatgaggtgaacaaaagagca 31585833  T
Q  341 ctaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtacc 440  Q
     | |||||||| ||| || ||||||||||||||| |||||| ||   || |||   ||||| | ||||||| | |  ||| |||||||| || |||| ||    
T  31585832 ttgatatatgaattcatgtccaaaggatcattgggtaagtttatctatagaagccaatttcctaatgctatatatgattttgattggaacactttgttcc 31585733  T
Q  441 aaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttgga 540  Q
    |||||||| | || |||||| ||||  |||| || |||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  31585732 aaattgcagttggcattgctagaggtttagagtatttgcatcaaggatgtagttcgaggattctgcatcttgatatcaaaccccaaaacattcttttgga 31585633  T
Q  541 tgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaagagggactatagga 640  Q
    |||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| || ||| ||||||| ||||||  | || ||  ||||||| |||||||||    
T  31585632 tgaagatttttgtccaaaaatatctgattttggactagcaaaaatatgccgaaagaaggatagtactgtgtcaatgctaggggcaagaggaactatagga 31585533  T
Q  641 tatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatgg 711  Q
    ||||| ||||||||| ||||||   || | | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  31585532 tatatggcaccagaaatattcattagagcctttggtggagtttctcacaagtctgatgtgtatagttatgg 31585462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 486 - 720
Target Start/End: Original strand, 33305100 - 33305334
Alignment:
Q  486 gatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagt 585  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || |    
T  33305100 gatgtatttcaaggattttgcatcttgatgtcaaaccccaaaacattcttttggattaagatttttgcccaaaaatctcagattttggactagctcaaat 33305199  T
Q  586 atgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaagagggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttct 685  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  33305200 atgtcaaaggaaggatagcattgtatccatacttggtacaagaggaactataggatacatagcaccggaagtatttagtcgaacatttggtggagtttct 33305299  T
Q  686 cataagtctgatgtatatagttatggtatgttaat 720  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  33305300 cataagtccgatgtatacagttatggtatgttaat 33305334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 159 - 604
Target Start/End: Original strand, 21897908 - 21898353
Alignment:
Q  159 aaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggagaagatttcat 258  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||| || ||||||||    |||| | ||||| ||||||| ||    
T  21897908 aaggaggatttgctgttgtctacaaagcaagcttaccagatggtcgtccagtagctgtgaagataataaatgatggaaaggcagatggacaagattttat 21898007  T
Q  259 aaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaagagcactaatatatgagttcttg 358  Q
     |||||| | |  || |||||||||||  | |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  ||| |||||| |||||| || ||||| ||| ||    
T  21898008 gaatgaactagacagtattagtagaaccgcccatgtgaacattgtgtcacttttggggttttgctgcgagcacaaaatagcactcatttatgaattcatg 21898107  T
Q  359 cccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtaccaaattgcaatcggaattg 458  Q
     |||||||||| |||||||| |||||  | || | |||| ||| ||||| ||| || ||||||||| |||| ||  |||   |||||||||| || || |    
T  21898108 accaaaggatctttggataaattcataatgaacactggacttcctgatggtatatgcagtttggataggaacaccatgtgtaaaattgcaataggcatcg 21898207  T
Q  459 ctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatgaaaatttttgccccaa 558  Q
    ||   ||||| || ||||||||||||||||||  ||| || ||| ||||||| |||||||| || || ||||||||  |||||||  |||||||||| ||    
T  21898208 ctaagggactggactacttgcatcaaggatgtgcttcgaggattgtgcatctggatatcaagccccacaacattctgctggatgatgatttttgcccaaa 21898307  T
Q  559 aatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagt 604  Q
    |||| ||||||||||||| || ||| | ||||||| ||||| ||||    
T  21898308 aatcgctgattttggactggcgaaaatctgccaaaagaatgttagt 21898353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 578 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 31532584 - 31532439
Alignment:
Q  578 gctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaagagggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtg 677  Q
    |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  31532584 gctaaaatatgccaaaagaatgacagtattgtgtctatacttggcacaagaggaaccataggatacatagcaccagaagtgtttagtcgaacatatggtg 31532485  T
Q  678 gagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  31532484 gagtttctcacaagtctgatgtatacagttatgggatgttaattct 31532439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 149 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 32351921 - 32351735
Alignment:
Q  149 aaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggag 248  Q
    ||||||||| ||||||||| | | ||||| |||||   || ||||| |||| ||| ||||||||  |||||||| |||||||| || |||||| |||||     
T  32351921 aaattaggtaaaggaggatttagggttgtgtacaatataagcttacgtgatagtcatcaagtagaggtgaaaataataaatgattcaaagggagatggaa 32351822  T
Q  249 aagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32351821 aagatttcataaatgaagtagatagaattactagaacctcacatgtgaacattgtttcacttttgggtttttgttatgagaacaaaa 32351735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 251 - 335
Target Start/End: Original strand, 32355799 - 32355883
Alignment:
Q  251 gatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgagaacaaaa 335  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||| ||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32355799 gatttcataaatgaagtagatagaattggtaaaacctcacatatgaacattgtttcacttttgggtttttgttatgagaacaaaa 32355883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 31574373 - 31574240
Alignment:
Q  140 tttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagg 239  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||| || |||| | ||||||  || |||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||| |  ||||    
T  31574373 tttcaagagaaattaggtaaaggaggatttgatgttatgtacaaataaagcttacctgattgtcgtcaagtagttgtgaaaataataaatgattgaaagg 31574274  T
Q  240 gaaatggagaagatttcataaatgaagttgctag 273  Q
     | | ||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  31574273 aagaaggacaagatttcataaatggagtagctag 31574240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 557 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 31574185 - 31574120
Alignment:
Q  557 aaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggc 622  Q
    ||||||||  |||||||||||| |||| ||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  31574185 aaaatctcaaattttggactagataaaatatgctaaagtaatgttagtattgtgtctatacttggc 31574120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 140 - 228
Target Start/End: Original strand, 32355706 - 32355794
Alignment:
Q  140 tttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaa 228  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||||||   ||| ||| |||||  ||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  32355706 tttcaagagaaattaggtaaaggaggattcagtgatgtgtacaattcaagcttacgtgatggtcgtcaagtagcggtgaaaataataaa 32355794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 129 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 32351216 - 32351178
Alignment:
Q  129 tgacaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggat 167  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32351216 tgacaaacttgtttcgagataaattaggtgaaggaggat 32351178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 143 - 723
Target Start/End: Original strand, 52173916 - 52174499
Alignment:
Q  143 cgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaa 242  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| || || ||| | ||||| ||||  |||||      
T  52173916 cgagataaattaggccaaggaggatatggtgttgtatacaaagcaagtttacctgatggtcgtcaagtggctgttaaagtaataaacgagttaaaggggg 52174015  T
Q  243 atggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgag---aacaaaagagc 339  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || | ||||||||||   |||||||||||    
T  52174016 atggagaagaattcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacacgtgaacattgtgtcacttttaggctattgttatgaggtgaacaaaagagc 52174115  T
Q  340 actaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattggaagacattgtac 439  Q
    |||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||| |||||||   |||||||||||||  ||| ||| |||||  |||  ||||||| || |||| |    
T  52174116 actaatatatgaattcatgcgccaaggatcattggatcagttcatctataaaagtggattttctgaagctgtttgtgattttaattggaacactttgttc 52174215  T
Q  440 caaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttgg 539  Q
    ||||||||||| || ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  52174216 caaattgcaattggcattgctaaaggactagagtacttgcatcaaggatgtagttcaaggattttgcatcttgatatcaaacctcaaaacattattttgg 52174315  T
Q  540 atgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaagagggactatagg 639  Q
    ||||| | |||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  52174316 atgaagacttttgcccaaaaatatctgatttcggactagcaaaaatatgccaaaggaaggatagtgttgtgtcaatacttggcacaagaggaactatagg 52174415  T
Q  640 atatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    |||||| || ||||||||||  ||  || ||| |||||| |||||| | || |||||| |||| |||||||| ||||| |||||    
T  52174416 atatatggcgccagaagtatatagtagagcatttggtggtgtttcttacaaatctgatatatacagttatggcatgttgattct 52174499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 458 - 576
Target Start/End: Original strand, 49725106 - 49725224
Alignment:
Q  458 gctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatgaaaatttttgcccca 557  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  |||| || | | | |||||||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||| |||||   |||||    
T  49725106 gctcgagggctagaatacctgcacaaaggctgcaatactagaattttgcattttgacataaaacctcataacattcttttggatgagaatttcaacccca 49725205  T
Q  558 aaatctctgattttggact 576  Q
     ||| || |||||||||||    
T  49725206 gaatttcggattttggact 49725224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 149 - 303
Target Start/End: Original strand, 49215069 - 49215223
Alignment:
Q  149 aaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatgagtctaagggaaatggag 248  Q
    ||||||||||| ||||| || || | ||| |||||||  || |||| |||||  |||  ||| ||||||||| || ||| ||| || || ||  |||| |    
T  49215069 aaattaggtcagggagggtacggaggtgtatacaaagggaagttacatgatgagcgtatagttgcagtgaaagttttaagtgaatcaaaaggcgatggcg 49215168  T
Q  249 aagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgt 303  Q
    ||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  49215169 aagattttattaatgaagttgcgagtattagtagaacttcacatgtcaacgttgt 49215223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 230; Significance: 1e-126; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 131 - 723
Target Start/End: Original strand, 15062957 - 15063552
Alignment:
Q  131 acaaactcgtttcgagataaattaggtcaaggaggatatggtgttgtttacaaagcaaacttacctgatggtcgtcaagtagcagtgaaaattataaatg 230  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| |||||| | ||||  |    
T  15062957 acaaactcgtttcgagataagttgggccaaggaggatatggtgttgtttacaaagccagtttacctgatggccgtcatgtagcggtgaaagtgataagcg 15063056  T
Q  231 agtctaagggaaatggagaagatttcataaatgaagttgctagcattagtagaacatcacatgtgaacattgtctcacttttgggattttgttatgagaa 330  Q
    |||  |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |  | |||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  15063057 agtgcaagggaaacggagaagaatttataaatgaagttgcaagcataacaaaaacatcacatatgaacgttgtttcacttttgggtttttgttatgagaa 15063156  T
Q  331 ---caaaagagcactaatatatgagttcttgcccaaaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggattgg 427  Q
       |||||||||| | |||||||| ||| || |||| |||||||| |||||||||||    |||||||||||||   |||||||||||  ||||||||||    
T  15063157 gaacaaaagagcattgatatatgaattcatgtccaatggatcattagataagttcatatacaaaagtggatttccaaatgctatttgtgatttggattgg 15063256  T
Q  428 aagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaa 527  Q
    || ||||| | |||||| | ||| || ||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15063257 aacacattattccaaatcgtaattggcattgctcgaggtctagagtatttacatcaaggttgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaacctcaaa 15063356  T
Q  528 acattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaag 627  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||| ||| || ||| |||||||  | ||||| |||||    
T  15063357 acattcttttagatgaagatttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaag 15063456  T
Q  628 agggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    ||| |||||||| || ||| |||| |||||||| || ||| | | ||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  15063457 aggaactataggctacatatcaccggaagtatttagtcgagcttttggtgcagtttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgattct 15063552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 510 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 29084098 - 29083893
Alignment:
Q  510 ttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatgaaaatttttgccccaaaa-tctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattg 608  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||  |||| |||  |||||||||||||||||| |||| |||  |||| |||||||||    
T  29084098 ttgatatcaaaccccaaaacattcttttggatgacgatttttgccaaaaaaatctaagattttggactagctaaaatatgtcaagagaatcatagtattg 29083999  T
Q  609 tgtctttacttggcacaagagggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagtta 708  Q
    ||||| |||||||||||         |||||||| |||| ||   ||||||| || | |||||||||||||| |||||| |||||  ||||||  || ||    
T  29083998 tgtctatacttggcaca---------ataggatacatagtacttaaagtatttagaccaacatatggtggagcttctcacaagtcaaatgtatgcagcta 29083908  T
Q  709 tggtatgttaattct 723  Q
    ||| |||||||||||    
T  29083907 tggcatgttaattct 29083893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 29084350 - 29084231
Alignment:
Q  363 aaggatcattggataagttcattcttaaaagtggatttcatgatgctatttgtagtttggatt-ggaagacattgtaccaaattgcaatcggaattgctc 461  Q
    |||| ||||||| ||||||||| || ||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||| |||| | ||||||||||||||||| |   |||| ||    
T  29084350 aagggtcattgggtaagttcatcctcaaaagtggacttcctgatggtatttgcagtttggatttggaacatattgtaccaaattgcaaacaccattgatc 29084251  T
Q  462 gaggactagaatacttgcat 481  Q
    ||||||| |||| |||||||    
T  29084250 gaggactggaattcttgcat 29084231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 68; Significance: 6e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 528 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 2177 - 1982
Alignment:
Q  528 acattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggactagctaaagtatgccaaaggaatgatagtattgtgtctttacttggcacaag 627  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||| |||| |||| ||| || ||| |||||||  | ||||| |||||    
T  2177 acattcttttagatgaagatttttgcccaaaaatatctgattttggtcttgctaaaatatgtcaaaagaaagagagtgttgtgtccatgcttgggacaag 2078  T
Q  628 agggactataggatatatagcaccagaagtattcagccgaacatatggtggagtttctcataagtctgatgtatatagttatggtatgttaattct 723  Q
    ||| |||||||| || ||| |||| |||||||| || ||| | | ||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  2077 aggaactataggctacatatcaccggaagtatttagtcgagcttttggtgcagtttcttctaagtctgatgtatacagttatggcatgttgattct 1982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 434 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 31189739 - 31189597
Alignment:
Q  434 ttgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattc 533  Q
    ||||| ||||||||||  || || || || |||||||| |||||||||  ||||||||   |||||||||| ||| | || || |||||||| |||||||    
T  31189739 ttgtatcaaattgcaaaagggatagcccgtggactagagtacttgcatagaggatgtaccacaagaattttacatttcgacataaaaccacataacattc 31189640  T
Q  534 ttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggact 576  Q
    |||| ||||| ||||| || || ||||| || |||||||||||    
T  31189639 ttttagatgagaatttatgtccaaaaatttcagattttggact 31189597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 498 - 576
Target Start/End: Original strand, 30960969 - 30961047
Alignment:
Q  498 gaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggact 576  Q
    ||||||| ||| |||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  30960969 gaattttacattttgacataaaaccacataacattcttttagatgagaatttttgtccaaagatctcagattttggact 30961047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 498 - 576
Target Start/End: Original strand, 30992451 - 30992529
Alignment:
Q  498 gaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggact 576  Q
    ||||||| ||| |||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  30992451 gaattttacattttgacataaaaccacataacattcttttagatgagaatttttgtccaaagatctcagattttggact 30992529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 434 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 31201546 - 31201404
Alignment:
Q  434 ttgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattc 533  Q
    ||||| ||||||||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||||  ||||||||   |  ||||||| ||| | || || |||||||| || ||||    
T  31201546 ttgtatcaaattgcaaaaggaatagctcgtggactagagtacttgcatagaggatgtaccactcgaattttacatttcgacataaaaccacataatattc 31201447  T
Q  534 ttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggact 576  Q
    |||| ||||| |||||||| || || || || |||||||||||    
T  31201446 ttttagatgagaatttttgtccaaagatttcagattttggact 31201404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 500 - 576
Target Start/End: Original strand, 30955226 - 30955302
Alignment:
Q  500 attttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggact 576  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || || || || |||||||||||    
T  30955226 attttacattttgatataaaaccacataacattcttttagatgaaaatttatgtccaaagatttcagattttggact 30955302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 441 - 576
Target Start/End: Original strand, 31224417 - 31224552
Alignment:
Q  441 aaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattcttttgga 540  Q
    |||||||||  || || ||||| |||||||| |||||||||  ||||||||   | |||||||| ||| |||| || |||||||| ||||| ||||| ||    
T  31224417 aaattgcaaaagggatagctcgtggactagagtacttgcatggaggatgtaccactagaattttacattttgacataaaaccacacaacatccttttaga 31224516  T
Q  541 tgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggact 576  Q
    ||| ||||| || || || || || |||||||||||    
T  31224517 tgataatttatgtccgaagatttcagattttggact 31224552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 434 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 31145681 - 31145539
Alignment:
Q  434 ttgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattc 533  Q
    ||||| ||||||||||  || || ||||| || ||||| |||||||||  ||||||||   |  ||||||| ||| |||| || |||||||| |||||||    
T  31145681 ttgtatcaaattgcaaaagggatagctcgtgggctagagtacttgcatagaggatgtaccactcgaattttacattttgacataaaaccacataacattc 31145582  T
Q  534 ttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggact 576  Q
    |||| |||||||| || || || || || || |||||||||||    
T  31145581 ttttagatgaaaacttatgtccaaagatttcagattttggact 31145539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 434 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 31171994 - 31171852
Alignment:
Q  434 ttgtaccaaattgcaatcggaattgctcgaggactagaatacttgcatcaaggatgtatttcaagaattttgcatcttgatatcaaaccacaaaacattc 533  Q
    ||||| ||||||||||  || || ||||| || ||||| |||||||||  ||||||||   |  ||||||| ||| |||| || |||||||| |||||||    
T  31171994 ttgtatcaaattgcaaaagggatagctcgtgggctagagtacttgcatagaggatgtaccactcgaattttacattttgacataaaaccacataacattc 31171895  T
Q  534 ttttggatgaaaatttttgccccaaaatctctgattttggact 576  Q
    |||| |||||||| || || || || || || |||||||||||    
T  31171894 ttttagatgaaaacttatgtccaaagatttcagattttggact 31171852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University