View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11233_low_2 (Length: 646)

Name: NF11233_low_2
Description: NF11233
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11233_low_2
NF11233_low_2
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-488)||(11670490-11670978)
chr7 (355-488)||(12178849-12178988)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-488)||(50316252-50316740)
chr1 (321-488)||(33982957-33983126)
chr1 (355-488)||(24437441-24437580)
chr1 (64-182)||(32957095-32957213)
chr1 (184-283)||(32956665-32956767)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-488)||(41880293-41880781)
chr3 (67-287)||(44459365-44459576)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (355-488)||(21354337-21354476)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (355-488)||(1443783-1443922)
chr6 (67-176)||(28049709-28049808)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (322-492)||(38729618-38729787)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Original strand, 11670490 - 11670978
Alignment:
Q  1 ctcttaaatcagagagagtttcacttctaactgaacaatataaagttggccgagttcttgtaactctggtctaggagttcttgcaactctggtgtcattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11670490 ctcttaaatcagagagagtttcgcttctaactgaacaatataaagttgcccgagttcttgcaactctggtctaggagttcttgcaactctggtgtcattt 11670589  T
Q  101 ctctcttttcggtttccattttcttccactgtgagagcttcaagctcataaattatcaatcaatactacagttttcatttcatatggttgaagttattta 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  11670590 ctctcttttcggtttcaattttcttccactgtgagagctttaagctcataaattatcaatcaataccccagttttcatttcatatggtagaagttcttta 11670689  T
Q  201 ttgttgattaagtttacaatgttaagcaactgacatagagaagatgcccaa-aaaattgcaatacaattatgattttgaataatgattggacaaattaag 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11670690 ttgttgattaagtttacaatgttaagcaactgacatagagaatatgcccaagaaaattgcagtacaattatgattttgaataatgattggacaagttaag 11670789  T
Q  300 caaatgttattgttgaataatgttatcacctttttctaaattttctcccataaattaaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaa 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11670790 caaatgttattgttgaataatgttatcacctttttctaaattttctcccataaat-----atgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaaatggacaa 11670884  T
Q  400 gttttggccacaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatacaa-----gagaagctacaaatggtatatttacaatttca 488  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11670885 gttttggcctcaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatacaaaccaggagaagctacaaatggtatatttacaatttca 11670978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 355 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 12178988 - 12178849
Alignment:
Q  355 taaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaagttttggccacaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgata- 453  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  12178988 taaacatgtacttactcatgtgacataggacaaaaaatgggacaagttttggcctcaaaatgataaagtatatgtttggtgaatggagaaatcacgatac 12178889  T
Q  454 -----caagagaagctacaaatggtatatttacaatttca 488  Q
         |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12178888 aaagtcaagagaagctacaaatggtatctttacaatttca 12178849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Original strand, 50316252 - 50316740
Alignment:
Q  1 ctcttaaatcagagagagtttcacttctaactgaacaatataaagttggccgagttcttgtaactctggtctaggagttcttgcaactctggtgtcattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50316252 ctcttaaatcagagagagtttcgcttctaactgaacaatataaagttgctcgagttcttgtaactctggtctaggagttcttgcaactctggtgtcattt 50316351  T
Q  101 ctctcttttcggtttccattttcttccactgtgagagcttcaagctcataaattatcaatcaatactacagttttcatttcatatggttgaagttattta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  50316352 ctctcttttcggtttccattttcttccaatgtgagagcttcaagctcataaattatcaatcaataccacaattttcatttcatatggtagaagttcttta 50316451  T
Q  201 ttgttgattaagtttacaatgttaagcaactgacatagagaagatgcccaa-aaaattgcaatacaattatgattttgaataatgattggacaaattaag 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  50316452 ttgttgattaagtttacaatgttaagcaactgacatagagaagatgcccaagaaaattgcagtacaattatgattttgaataatgattggacaagttaag 50316551  T
Q  300 caaatgttattgttgaataatgttatcacctttttctaaattttctcccataaattaaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaa 399  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50316552 aaaatgttattgttgaataatgttatcacctttttctaaattttctccca-----taaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaa 50316646  T
Q  400 gttttggccacaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatacaa-----gagaagctacaaatggtatatttacaatttca 488  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||     |||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  50316647 gttttggcctcaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatacataaatcatgatacaaaccaggagaagttataaatggtatatttacaatttca 50316740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 321 - 488
Target Start/End: Original strand, 33982957 - 33983126
Alignment:
Q  321 gttatcacctttttctaaattttctcccataaattaaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaagttttggccacaaaatgatg- 419  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||     
T  33982957 gttatcacctttttttaaattttctcccataaa-----catgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaatgggacaagttttggcctcaaaatgatga 33983051  T
Q  420 aagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatacaa------gagaagctacaaatggtatatttacaatttca 488  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  33983052 aagtatatatttggtgaatggagaaatcacgatacaaagtctgcagaagctacaaatggtatctttacaatttca 33983126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 355 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 24437580 - 24437441
Alignment:
Q  355 taaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaagttttggccacaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatac 454  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24437580 taaacatgtacttactcatgtgacataggacaaaaaatgagacagattttggcctcaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcacgatac 24437481  T
Q  455 aa------gagaagctacaaatggtatatttacaatttca 488  Q
    ||      ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24437480 aaagtcaggagaagctacaaatggtatctttacaatttca 24437441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 64 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 32957213 - 32957095
Alignment:
Q  64 ctctggtctaggagttcttgcaactctggtgtcatttctctcttttcggtttccattttcttccactgtgagagcttcaagctcataaattatcaatcaa 163  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||| |||  |||||| ||| |||||||||||||  |||    
T  32957213 ctctggtctaggagttcttgcaattctggtgtcatttctctgttttctgttgccactttcttccattgttcgagcttaaagttcataaattatcagccaa 32957114  T
Q  164 tactacagttttcatttca 182  Q
    ||  |||||||||||||||    
T  32957113 taacacagttttcatttca 32957095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 184 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 32956767 - 32956665
Alignment:
Q  184 atggttgaagttatttattgttgattaagtttacaatgttaagcaactgacatagagaagatgccc---aaaaaattgcaatacaattatgattttgaat 280  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   |||| |||||| |||| ||| ||||||||||    
T  32956767 atggtagaagttctttattgttgattaagtttacaatgttaagcagctgacttagagaagatgccctagaaaagattgcagtacatttaagattttgaat 32956668  T
Q  281 aat 283  Q
    |||    
T  32956667 aat 32956665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 41880781 - 41880293
Alignment:
Q  1 ctcttaaatcagagagagtttcacttctaactgaacaatataaagttggccgagttcttgtaactctggtctaggagttcttgcaactctggtgtcattt 100  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41880781 ctcttaaatcagagagagttccgcttataattgaacaatataaagttgcccgagttcttgtaactctggtctaggagttcttgcaactctggtgtcattt 41880682  T
Q  101 ctctcttttcggtttccattttcttccactgtgagagcttcaagctcataaattatcaatcaatactacagttttcatttcatatggttgaagttattta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  41880681 ctctcttttcggtttccattttcttccactgtgagtgcttcaagctcataaattatcaatcaataccacaattttcatttcatatggtagaagttcttta 41880582  T
Q  201 ttgttgattaagtttacaatgttaagcaactgacatagagaagatgcccaa-aaaattgcaatacaattatgattttgaataatgattggacaaattaag 299  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  41880581 ttgttgattaaatttacaatgttaagcaactgacataaagaagatgcccaagaaaattgcaatacaattatgattttgaataatgattggataagttaag 41880482  T
Q  300 caaatgttattgttgaataatgttatcacctttttctaaattttctcccataaattaaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaa 399  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41880481 caaatgatattgttgaataatgttatcacctttttctaaattttctccca-----taaacatgtacttactcatgttacgtaggacaaaaaattggacaa 41880387  T
Q  400 gttttggccacaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatacaa-----gagaagctacaaatggtatatttacaatttca 488  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  41880386 gttttgacctcaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatacaaatcaggagaagttacaaatggtatatttacaagttca 41880293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 67 - 287
Target Start/End: Original strand, 44459365 - 44459576
Alignment:
Q  67 tggtctaggagttcttgcaactctggtgtcatttctctcttttcggtttccattttcttccactgtgagagcttcaagctcataaattatcaatcaatac 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||          || ||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  44459365 tggtctaggagttcttgcaactctggtgtcatttctctatgttctgcttccatt----------gttagagcttcaagctcataaattatccgtcaatac 44459454  T
Q  167 tacagttttcatttcatatggttgaagttatttattgttgattaagtttacaatgttaagcaactgacatagagaagatgccc-aaaaaattgcaataca 265  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  44459455 cacagttttcatttcatatggtagaagttctttattgttgattaagtttacaatgttaagcaactgatatagagaagatgcccaaaaaaattggagtaca 44459554  T
Q  266 attatgattttgaataatgatt 287  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  44459555 attatgattttgaataatgatt 44459576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 6e-45; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 355 - 488
Target Start/End: Original strand, 21354337 - 21354476
Alignment:
Q  355 taaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaagttttggccacaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatac 454  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21354337 taaacatgtacttactcatgtgacataggacaaaaaatgggacaagttttggcctcaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcacgatac 21354436  T
Q  455 aa------gagaagctacaaatggtatatttacaatttca 488  Q
    ||      ||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  21354437 aaagtcaggagaagctacaaatggtatctttataatttca 21354476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 3e-40; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 355 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 1443922 - 1443783
Alignment:
Q  355 taaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaagttttggccacaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatac 454  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1443922 taaacatgtacttattcatgtgacataggacaaaaaatgagacaggttttggcctcaaaatgatgaagtatatgtttggtgaatggagaaatcacgatac 1443823  T
Q  455 aa------gagaagctacaaatggtatatttacaatttca 488  Q
    ||      ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1443822 aaagtcaggagaagctacaaatggtatctttacaatttca 1443783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 67 - 176
Target Start/End: Original strand, 28049709 - 28049808
Alignment:
Q  67 tggtctaggagttcttgcaactctggtgtcatttctctcttttcggtttccattttcttccactgtgagagcttcaagctcataaattatcaatcaatac 166  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||          | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28049709 tggtctaggagttcttgcaactctggtgtcatttctttattttc----------tgcttccattgttagagcttcaagctcataaattatcagtcaatac 28049798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 78; Significance: 5e-36; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 322 - 492
Target Start/End: Original strand, 38729618 - 38729787
Alignment:
Q  322 ttatcacctttttctaaattttctcccataaattaaacatgtacttactcatgtgacgtaggacaaaaaattggacaagttttggccacaaaatgatgaa 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||      |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| | ||||||||||    
T  38729618 ttatcacctttttctaaattttctccc-----gtaaacatgtaattactcatgtgacgtaggacataaaatgggacaaattttggcctc-aaatgatgaa 38729711  T
Q  422 gtatatgtttggtgaatggagaaatcatgatacaa------gagaagctacaaatggtatatttacaatttcatagt 492  Q
     ||||||||| |||||||||||||||| |||||||      |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  38729712 ttatatgtttagtgaatggagaaatcacgatacaaagtcaggagaagctacaaat-gtatctttacaatttcatagt 38729787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University