View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11238_high_5 (Length: 508)

Name: NF11238_high_5
Description: NF11238
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11238_high_5
NF11238_high_5
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (10-492)||(21131515-21131997)
chr7 (10-492)||(21112555-21113037)
chr7 (10-480)||(18659677-18660147)
chr7 (10-492)||(21123949-21124434)
chr7 (85-481)||(21097226-21097622)
chr7 (218-477)||(21106849-21107108)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-484)||(39130747-39131221)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (368-417)||(26700107-26700156)
chr3 (368-417)||(26735264-26735313)
chr3 (368-417)||(26693259-26693308)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 467; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 492
Target Start/End: Original strand, 21131515 - 21131997
Alignment:
Q  10 atgaaacataccaattttttgacaagttttttcgactgtaaacacgaatattaccgtcagaatccatgctcaaccttctttgcataaccatgccataatc 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21131515 atgaaacataccaattttttgacaagttttttcgactgtaaacacgaatattaccgtcagaatccatgctcaaccttctttgcataaccatgccataatc 21131614  T
Q  110 atatgtggaaaaagtgtaattatcagatgaaatgaactttccaagagaatctaagaaagcaattctactactattgtaattgaaccttccagcttcccaa 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21131615 atatgtggaaaaagtgtaattatcagatgaaatgaactttccaagagaatctaagaaagcaattctactactattgtaattgaaccttccagcttcccaa 21131714  T
Q  210 cttaacaaccaaggtggtggccaatatgtgcttgaaacatcaggaccatcataatcgagacgaatgatattgttatcatcaaagaaacacttatagaagc 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21131715 cttaacaaccaaggtggtggccaatatgtgcttgaaacatcaggaccatcataatcgagacgaatgatattgttatcatcaaagaaacacttatagaagc 21131814  T
Q  310 cagaagaatgattactctggcttcttgaagaaacaagttttgtgtatctagtgagtggttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagctttg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21131815 cagaagaatgattactctggcttcttgaagaaacaagttttgtgtatctagtgagtggttgattaggaaggagagtattggttgggaaatcatagctttg 21131914  T
Q  410 ccacaaaatggtagttccttgaagctcacgtaacacaagattaccatcttctttgagatacaactctaatggagtatctgatg 492  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  21131915 ccacaaaatggtacttccttgaagctcacgtaacacaagattaccatcttctttgagatacaactctaacggagcatctgatg 21131997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 492
Target Start/End: Original strand, 21112555 - 21113037
Alignment:
Q  10 atgaaacataccaattttttgacaagttttttcgactgtaaacacgaatattaccgtcagaatccatgctcaaccttctttgcataaccatgccataatc 109  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||| | | || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  21112555 atgaaacataccaattttctaacaagttttttcggctgtaaactcgaatattaccatcagaatccaaggttaatcttctttgcataaccataccataatc 21112654  T
Q  110 atatgtggaaaaagtgtaattatcagatgaaatgaactttccaagagaatctaagaaagcaattctactactattgtaattgaaccttccagcttcccaa 209  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  21112655 atatgtggaaaaaaagtaattatcagatgatatgaactttccaagagaatccaacaaagcaattctagtactattgtaattggtccttccagcttgccaa 21112754  T
Q  210 cttaacaaccaaggtggtggccaatatgtgcttgaaacatcaggaccatcataatcgagacgaatgatattgttatcatcaaagaaacacttatagaagc 309  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||| ||||    
T  21112755 cttaacaaaaaagatggtggccaatatgtgcttgaaatatcaggaccatcataatcgagacgaataacattgttatcatcaaagaacaacttataaaagc 21112854  T
Q  310 cagaagaatgattactctggcttcttgaagaaacaagttttgtgtatctagtgagtggttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagctttg 409  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21112855 cagaagaatgattactatggcttcttgaagaaacaaggtttgtatatctagtgagaggttgattaggaaggagagtatttgtcgggaaatcatagctttg 21112954  T
Q  410 ccacaaaatggtagttccttgaagctcacgtaacacaagattaccatcttctttgagatacaactctaatggagtatctgatg 492  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21112955 ccacaagatggtaggtccttgaagctcacgtaacacaagattcccatcttctctaagatacaactctaatggagcatctgatg 21113037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 480
Target Start/End: Original strand, 18659677 - 18660147
Alignment:
Q  10 atgaaacataccaattttttgacaagttttttcgactgtaaacacgaatattaccgtcagaatccatgctcaaccttctttgcataaccatgccataatc 109  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||| | ||  |||||||||| ||||| ||||||||    
T  18659677 atgaaacatgccaatttgctgacaagttttttcgactgtaaactcgaacattaccatcagaatccatggttaattttctttgcatgaccataccataatc 18659776  T
Q  110 atatgtggaaaaagtgtaattatcagatgaaatgaactttccaagagaatctaagaaagcaattctactactattgtaattgaaccttccagcttcccaa 209  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||     
T  18659777 ataagtggaaaaaatgtaattatcagatgatatgaactttccaagagaatccaacaatgcaattctactactattgtaattggatcttccagcttgccag 18659876  T
Q  210 cttaacaaccaaggtggtggccaatatgtgcttgaaacatcaggaccatcataatcgagacgaatgatattgttatcatcaaagaaacacttatagaagc 309  Q
    ||||||||  |||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18659877 cttaacaataaagcaggtggccaatatgtacttgaaacatcaggaccatcataattgagacgaataacattgttatcatcaaagaaaaacttatagaagc 18659976  T
Q  310 cagaagaatgattactctggcttcttgaagaaacaagttttgtgtatctagtgagtggttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagctttg 409  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18659977 cagaagaatgattactttggctttttgaagaaacaagttttatgtatctagtgagaggttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagctttg 18660076  T
Q  410 ccacaaaatggtagttccttgaagctcacgtaacacaagattaccatcttctttgagatacaactctaatg 480  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18660077 ccacaagatggtagttccttgaagctcacgtaatacaagattaccatcttctttgagatacaactctaatg 18660147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 10 - 492
Target Start/End: Original strand, 21123949 - 21124434
Alignment:
Q  10 atgaaacataccaattttttgacaagttttttcgactgtaaacacgaatattaccgtcagaatccatgctcaaccttctttgcataaccatgccataatc 109  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||| ||| |||||||| | ||  |||||||||||||||| ||||||||    
T  21123949 atgaaacataccaattttctgacatgttttttcgactataaactcgaacattaccatcataatccatggttaattttctttgcataaccataccataatc 21124048  T
Q  110 atatgtggaaaaagtgtaattatcagatgaaatgaactttccaagagaatctaagaaagcaattctactactattgtaattgaaccttccagcttcccaa 209  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| |  |||||||||||||| | |||||| ||| ||||    
T  21124049 ataagtggaaaaagtgtaattatcagatgatatgaactttccaagagaatccaacaaagcaattatggtactattgtaattggatcttccaacttgccaa 21124148  T
Q  210 cttaacaaccaaggtggtggccaatatgtgcttgaaacatcaggaccatcataatcgagacgaatgatattgttatcatcaaagaaacacttatagaagc 309  Q
    ||||  ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21124149 cttagtaacaaagaaggtggccaatatgtgcttgaaacatcagggccatcataatcgagacgaataacattgttatcatcaaagaaacacttatagaagc 21124248  T
Q  310 cagaagaatgattactctggcttcttgaagaaacaagttttgtg---tatctagtgagtggttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagct 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21124249 cagaagaatgattactctggcttcttgaagaaataagttttgtgtattatctagtgagaggttgattaggaaggagagaatttgttgggaaatcatagct 21124348  T
Q  407 ttgccacaaaatggtagttccttgaagctcacgtaacacaagattaccatcttctttgagatacaactctaatggagtatctgatg 492  Q
    || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21124349 ttcccccaaaatggtagttctttgaagctcacgtaacacaagattaccatcttctttgagatacaactctaatggagcatctgatg 21124434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 85 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 21097622 - 21097226
Alignment:
Q  85 ttctttgcataaccatgccataatcatatgtggaaaaagtgtaattatcagatgaaatgaactttccaagagaatctaagaaagcaattctactactatt 184  Q
    ||||||||| |||  | ||||||||| | || ||||||||| ||||||| ||||||  |||  | |||| |||||| || |  ||| |||| ||||||||    
T  21097622 ttctttgcagaacagttccataatcagaagttgaaaaagtgaaattatctgatgaatggaaactaccaaaagaatccaacactgcatttctgctactatt 21097523  T
Q  185 gtaattgaaccttccagcttcccaacttaacaaccaaggtggtggccaatatgtgcttgaaacatcaggaccatcataatcgagacgaatgatattgtta 284  Q
    | ||||  | || ||| | |||||||||| || ||||||   ||||||||| | ||| ||||||||  |||| || ||||  ||||  |  || || | |    
T  21097522 gaaattagatctgccaacatcccaacttagcagccaaggacttggccaataagagctagaaacatcgcgaccgtcgtaatgaagaccgagaatgttttca 21097423  T
Q  285 tcatcaaagaaacacttatagaagccagaagaatgattactctggcttcttgaagaaacaagttttgtgtatctagtgagtggttgattaggaaggagag 384  Q
    |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||| ||||| || || ||||||   ||||||||||    
T  21097422 tcatcaaagaagaacatatagaagccagaagaatgattactctcacttattgaagatacaagctttgtatatcttgtaagaggttgacctggaaggagag 21097323  T
Q  385 tatttgttgggaaatcatagctttgccacaaaatggtagttccttgaagctcacgtaacacaagattaccatcttctttgagatacaactctaatgg 481  Q
    ||| ||||||  | ||| | || |||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||| ||| ||||||||    
T  21097322 tatctgttggagagtcaaaactctgccacaaaatgttgattccttgaagctcacgcaacacaagatttccatcatttttgagatgcaattctaatgg 21097226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 218 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 21107108 - 21106849
Alignment:
Q  218 ccaaggtggtggccaatatgtgcttgaaacatcaggaccatcataatcgagacgaatgatattgttatcatcaaagaaacacttatagaagccagaagaa 317  Q
    |||||||  ||||||||| | ||| |||| |||||| ||||||||||  |||| ||  | |||   |||||||||| |  |||| |||||||||| ||||    
T  21107108 ccaaggttttggccaataagagctagaaatatcagggccatcataatgaagaccaagaacatttgcatcatcaaagtagaacttgtagaagccagtagaa 21107009  T
Q  318 tgattactctggcttcttgaagaaacaagttttgtgtatctagtgagtggttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagctttgccacaaaa 417  Q
    ||||||||||  ||||||||||  ||||| ||||| ||||| || || ||||||   ||||||||||||| ||||||  | ||| | || ||||||||||    
T  21107008 tgattactctcacttcttgaagctacaagctttgtatatcttgtaagaggttgacctggaaggagagtatctgttggagagtcaaaactctgccacaaaa 21106909  T
Q  418 tggtagttccttgaagctcacgtaacacaagattaccatcttctttgagatacaactcta 477  Q
    | ||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  21106908 ttgtgattccttgaagctcacgcaacacaagatttccatcatctttgagatgcaactcta 21106849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 39131221 - 39130747
Alignment:
Q  10 atgaaacataccaattttttgacaagttttttcgactgtaaacacgaatattaccgtcagaatccatgctcaaccttctttgcataaccatgccataatc 109  Q
    |||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||| | || |||||    
T  39131221 atgaaacataccaattttctaacaaactttttcgactgtaaacacgaatattaccatcagaatccatggttaatcttctttgcataaccgtaccgtaatc 39131122  T
Q  110 atatgtggaaaaagtgtaattatcagatgaaatgaactttccaagagaatctaagaaagcaattctactactattgtaattgaaccttccagcttcccaa 209  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  39131121 atatgtggaaaaaatgtaattatcagatgaaataaactttccatgagaatccaacaaagcaattctactactattataattgaaccttccagcttgccaa 39131022  T
Q  210 cttaacaaccaaggtggtggccaatatgtgcttgaaacatcaggaccatcataatcgagacgaatgatattgttatcatcaaagaaacacttatagaagc 309  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||    
T  39131021 cttaacaaccatggtggtggccaatatgtgcttgaaacatcaggaccatcatattctagacgaataatattgttatcatcaaaaaacaacttatagaagc 39130922  T
Q  310 cagaagaatgattactctggcttcttgaagaaacaagttttgtgtatctagtgagtggttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagctttg 409  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39130921 cagaagaatgattactctgacttcttgaggaaccaagttttgtgtatctagtgagaggttgattaggaaggagagtatttgttggaaaatcatagctttg 39130822  T
Q  410 ccacaaaatggtagttccttgaagctcacgtaacacaagattaccatcttctttgagatacaactctaatggagt 484  Q
    |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  39130821 ccacaagatcgtagtaccttgaagctcacgtaacacaagattgccatcttcttttagatacaactctagtggagt 39130747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000007; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 368 - 417
Target Start/End: Original strand, 26700107 - 26700156
Alignment:
Q  368 ttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagctttgccacaaaa 417  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26700107 ttgatcaggaaggagagtatctgttgggaaatcaaaactttgccacaaaa 26700156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 368 - 417
Target Start/End: Original strand, 26735264 - 26735313
Alignment:
Q  368 ttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagctttgccacaaaa 417  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26735264 ttgatcaggaaggagagtatctgttgggaaatcaaaactttgccacaaaa 26735313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 368 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 26693308 - 26693259
Alignment:
Q  368 ttgattaggaaggagagtatttgttgggaaatcatagctttgccacaaaa 417  Q
    ||||| ||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  26693308 ttgatcaggaaggagggtatctgttggaaaatcaaagctttgccacaaaa 26693259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University