View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11238_high_8 (Length: 430)
Name: NF11238_high_8
Description: NF11238
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11238_high_8 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 413
Target Start/End: Original strand, 37714695 - 37715105
Alignment:
| Q |
5 |
taaaatgcactaataaagaaaaccttcatgagttatagattaacaacccctatccattccattatttt-ttattggatcacattagtgacataagaataa |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37714695 |
taaaatgcactaataaagaaaaccttaatgagttatagattaacaacccctatctattccattatttttttattggatcacattagtgacataagaataa |
37714794 |
T |
|
| Q |
104 |
tcaccgcgttttacgcatattagcctaacttatataaagaaaaatttatatagagctgaattctaactactaaaatgactaaaaaagaatataagttaat |
203 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37714795 |
tcaccgcattttacgcatattagcctaacttatataaagaaaaatttatatagaactgaattctaactactaaaatgaataaaaaagaatataagttaat |
37714894 |
T |
|
| Q |
204 |
aaggtttccgtnnnnnnnnccaagtcatgtaagcttgaaatatcctttttaaagatact-aaacagaagaaatgttctattcaatacaaatagcatacgt |
302 |
Q |
| |
|
||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37714895 |
aaggttttcctaaaaaaaaccaagtcatgtaagcttgaaatatcctttttaaagatactaaaacagaagaaatgttctattcaatacaaatagcatacgt |
37714994 |
T |
|
| Q |
303 |
gacataaattccaatttgttgctatattgtaaagttactactaatcccataggtggcatatgcatgaacaccgcgatagatgattatatctgtaaataac |
402 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
37714995 |
gacataaattccaatttgttgctatattgtaaagttactactaatcccataggtggcatatgcatgaacaccgcgattgatgattatatctgaaaataac |
37715094 |
T |
|
| Q |
403 |
gaagatgagtt |
413 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
37715095 |
gaagatgagtt |
37715105 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 334; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 4439679 - 4439270
Alignment:
| Q |
5 |
taaaatgcactaataaagaaaaccttcatgagttatagattaacaacccctatccattccattattttttattggatcacattagtgacataagaataat |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4439679 |
taaaatgcactaataaagaaaaccttcatgagttatagattaacaacccctatctattccattattttttattggatcacattagtgacataagaataat |
4439580 |
T |
|
| Q |
105 |
caccgcgttttacgcatattagcctaacttatataaagaaaaatttatatagagctgaattctaactactaaaatgactaaaaaagaatataagttaata |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4439579 |
caccgcgttttacgcagattagcctaacttatataaagaaaaatttatatagaactgaattctaactactaaaatgaataaaaaagaatataagttaata |
4439480 |
T |
|
| Q |
205 |
aggtttccgtnnnnnnnnccaagtcatgtaagcttgaaatatcctttttaaagatact-aaacagaagaaatgttctattcaatacaaatagcatacgtg |
303 |
Q |
| |
|
|| || | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4439479 |
agaatttcctaaaaaaaaccaagtcatgtaagcttaaaatatcctttttaaagatactaaaacagaagaaatgttctattcaatacaaatagcatacgtg |
4439380 |
T |
|
| Q |
304 |
acataaattccaatttgttgctatattgtaaagttactactaatcccataggtggcatatgcatgaacaccgcgatagatgattatatctgtaaataacg |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4439379 |
acataaattccaatttgttgctatattgtaaagttactactaatcccataggtggcatatgcatgaacaccgcgattgatgattatatctgtaaataaca |
4439280 |
T |
|
| Q |
404 |
aagatgagtt |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
4439279 |
aagatgagtt |
4439270 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 5 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 4095193 - 4094789
Alignment:
| Q |
5 |
taaaatgcactaataaagaaaaccttcatgagttatagattaacaacccctatccattccattattttttattggatcacattagtgacataagaataat |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4095193 |
taaaatgcactaataaagaaaaccttcatgagctatagattaacaacccctatctattccgttcttttttattagatcacattagtgacataagaataat |
4095094 |
T |
|
| Q |
105 |
caccgcgttttacgcatattagcctaacttatataaagaaaaatttatatagagctgaattctaactactaaaatgactaaaaaagaatataagttaata |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4095093 |
caccgcgttttacgcatattagcctaacttatataaagaaaactttatatagaactgaattctaactactaaaatgacaaaaaaagaatataagttaata |
4094994 |
T |
|
| Q |
205 |
aggtttccgtnnnnnnnnccaagtcatgtaagcttgaaatatcctttttaaagatact-aaacagaagaaatgttctattcaatacaaatagcatacgtg |
303 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4094993 |
aggtttcc-caaaaaaaaccaagtcatgtaagcttgaaatatcctttttaaagatactaaaacagaagaaatgttctat----tacaaatagcatacgtg |
4094899 |
T |
|
| Q |
304 |
acataaattccaatttgttgctatattgtaaagttactactaatcccataggtggcatatgcatgaacaccgcgatagatgattatatctgtaaataacg |
403 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4094898 |
acataaattccaatttgttgttatattgtaaagtcactactaatcccataggtagcatatgcatgaacaccgcgatcgaggattatatctgtaaataacg |
4094799 |
T |
|
| Q |
404 |
aagatgagtt |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
4094798 |
aagatgagtt |
4094789 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 413
Target Start/End: Original strand, 20913239 - 20913647
Alignment:
| Q |
5 |
taaaatgcactaataaagaaaaccttcatgagttatagattaacaacccctatccattccattattttttattggatcacattagtgacataagaataat |
104 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20913239 |
taaaatgcactaataaagaaaactttcatgagttatagattaacaacccctatctatttcattattttttattggatcacattagtgacataagaataat |
20913338 |
T |
|
| Q |
105 |
caccgcgttttacgcatattagcctaacttatataaagaaaaatttatatagagctgaattctaactactaaaatgactaaaaaagaatataagttaata |
204 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20913339 |
caccgcgttttacacatattagcctaacttatataaagaaaaatttatatagaactggattgtaactactaaaatgactaaaaaagaatataagttaata |
20913438 |
T |
|
| Q |
205 |
aggtttccgtnnnnnnnnccaagtcatgtaagcttgaaatatcctttttaaagatact-aaacagaagaaatgttctattcaatacaaatagcatacgtg |
303 |
Q |
| |
|
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
20913439 |
aggtttccct-aaaaaaaccaagtcatgtaagcttgaaatatcctttttaaagatactaaaacagaagaaatgttctattcaatacaaatagcataagtg |
20913537 |
T |
|
| Q |
304 |
acataaattccaatttgttgctatattgtaaagttactactaatcccataggtggcatatgcatgaacaccgcgatagatgattatatctgtaaataacg |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
20913538 |
acataaattccaatttgttgctatattgtaaagttactactaatcacataggtggcatatgcatgaacaccgcgattgatgattatatctgtaaataacg |
20913637 |
T |
|
| Q |
404 |
aagatgagtt |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||| |
|
|
| T |
20913638 |
aagatgagtt |
20913647 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 5 - 413
Target Start/End: Original strand, 46591174 - 46591568
Alignment:
| Q |
5 |
taaaatgcactaataaagaaaaccttcatgagttatagattaacaacccctatccattccattattttttattggatcacattagtgacataagaataat |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
46591174 |
taaaatgcactaataaagaaaaccttcatgagttatagattaacaacccctatctattccattattttttattggatcacattaatgacataagaataat |
46591273 |
T |
|
| Q |
105 |
caccgcgttttacgcatattagcctaacttatataaagaaaaatttatatagagctgaattctaactactaaaatgactaaaaaagaatataagttaata |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46591274 |
caccgcgttttacgcagattagcctaacttatataaagaaaaatttatatagaactgaattctaactactaaaatgaataaaaaagaatataagttaata |
46591373 |
T |
|
| Q |
205 |
aggtttccgtnnnnnnnnccaagtcatgtaagcttgaaatatcctttttaaagatact-aaacagaagaaatgttctattcaatacaaatagcatacgtg |
303 |
Q |
| |
|
||| || | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46591374 |
aggatttcctaaaaaaaaccaagtcatgtaagcttaaaatatcctttttaaagatactaaaacagaagaaatgttctattcaatacaaatagcatacgtg |
46591473 |
T |
|
| Q |
304 |
acataaattccaatttgttgctatattgtaaagttactactaatcccataggtggcatatgcatgaacaccgcgatagatgattatatctgtaaataacg |
403 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46591474 |
acataaattccaatttgttgctatattgtaaagtt---------------ggtggcatatgcatgaacaccgcgattgatgattatatctgtaaataacg |
46591558 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University