View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11240_low_11 (Length: 408)

Name: NF11240_low_11
Description: NF11240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11240_low_11
NF11240_low_11
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (23-398)||(712865-713240)
chr6 (19-330)||(702266-702577)
chr6 (23-353)||(710512-710842)
chr6 (19-330)||(717568-717879)
chr6 (23-332)||(716723-717029)
chr6 (89-195)||(722673-722779)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (65-313)||(35313595-35313843)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (68-204)||(20353897-20354033)
chr5 (80-217)||(20357809-20357946)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (89-217)||(5278442-5278570)
chr4 (89-217)||(5286423-5286551)
chr4 (68-204)||(5282505-5282641)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (68-234)||(6235378-6235544)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 398
Target Start/End: Original strand, 712865 - 713240
Alignment:
Q  23 gagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtc 122  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  712865 gagggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggcc 712964  T
Q  123 tcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatt 222  Q
    |||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  712965 tcattcactttcaattgaatgttgggtatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattgctaatgctgtatt 713064  T
Q  223 tggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaac 322  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  713065 tggatctaatccaaaaatttcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggataatcttcaaaaacaattctgggtggacaac 713164  T
Q  323 aactagaattgcaggctgtgatatgtgcttgaatcactaaatttattgttaaatttgttctttattttaccctatg 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  713165 aactagaattgcaggctgtgatatgtgcttgaatcactaaatttattgttaaatttgttctttattttaccctatg 713240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 19 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 702577 - 702266
Alignment:
Q  19 gttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  702577 gttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaatt 702478  T
Q  119 ggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702477 ggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctg 702378  T
Q  219 tatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtgga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  702377 tatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaattctgggtgga 702278  T
Q  319 caacaactagaa 330  Q
    |||| |||||||    
T  702277 caactactagaa 702266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 23 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 710842 - 710512
Alignment:
Q  23 gagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtc 122  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  710842 gagggtactctctatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtc 710743  T
Q  123 tcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  710742 tcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattgctaatgctgtatt 710643  T
Q  223 tggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaac 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  710642 tggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaattttgggtggacaac 710543  T
Q  323 aactagaattgcaggctgtgatatgtgcttg 353  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  710542 aactagaattgcaggtcgtgatatgtacttg 710512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 717879 - 717568
Alignment:
Q  19 gttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  717879 gttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcataacaaaagtactaaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaatt 717780  T
Q  119 ggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctg 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  717779 ggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattgctaatgctg 717680  T
Q  219 tatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtgga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  717679 tatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaattctgggtgga 717580  T
Q  319 caacaactagaa 330  Q
    ||||||||||||    
T  717579 caacaactagaa 717568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 23 - 332
Target Start/End: Original strand, 716723 - 717029
Alignment:
Q  23 gagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtc 122  Q
    |||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  716723 gagggtactctcaatgtcggttttgttacttctaacccagaaaaccgtctcattacaaaagttcttaacaaaggagatgtctttgtgtttccaattggtc 716822  T
Q  123 tcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatt 222  Q
    | ||||||||||||   ||| ||||  |||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||| ||| || | || ||||| |||  ||| |  |||||    
T  716823 ttattcacttccaacataatatgggggatggaaatgcggttgtcatttctggacttaacagccataattcaagagttatcactattattaaggaggtatt 716922  T
Q  223 tggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaac 322  Q
    ||| |||||||   |||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  716923 tgggtctaatc---aaatttcttcagaacttctcaccaaggctcttcaagtggacaataacatagttgacaatcttcagaaacaattctggttggacaac 717019  T
Q  323 aactagaatt 332  Q
    || |||||||    
T  717020 aattagaatt 717029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 89 - 195
Target Start/End: Original strand, 722673 - 722779
Alignment:
Q  89 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaa 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||   ||| |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| ||||    
T  722673 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttcgagcataatacaggagatggaaatgcggttgcaatttctggatttagcagtcaaa 722772  T
Q  189 atccagg 195  Q
    |||||||    
T  722773 atccagg 722779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 9e-43; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 65 - 313
Target Start/End: Original strand, 35313595 - 35313843
Alignment:
Q  65 aaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttg 164  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||  | ||  |||    
T  35313595 aaccgtctcttcaccaaagtattgaacaaaggtgatgtatttgtgtttccaatcggtctcattcacttccaattgaacgttggttatggggaggctattg 35313694  T
Q  165 ctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagc 264  Q
    | |||||||| ||||| |||||||| || || || || || ||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||  |||||||||||||||||    
T  35313695 ccattgctggtcttagtagccaaaaccctggagtgattaccattgcaaatgctgtgtttggatctaaaccaccaatttctttggaagttctcaccaaagc 35313794  T
Q  265 ttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgg 313  Q
     |||||||| || || ||| || | ||| |||||||||| |||||||||    
T  35313795 ctttcaagtggataaaaatgtaatcgactatcttcaaaagcaattctgg 35313843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 68 - 204
Target Start/End: Original strand, 20353897 - 20354033
Alignment:
Q  68 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 167  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || |||||||    
T  20353897 cgtctcttcaccaaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 20353996  T
Q  168 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcac 204  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  20353997 ttgctggacttagcagtcaaaatccaggagtaatcac 20354033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 80 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 20357946 - 20357809
Alignment:
Q  80 aaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggactta 179  Q
    ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  20357946 aaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaatgccgttgctattgctggactta 20357847  T
Q  180 gcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgct 217  Q
    |||| ||||||||||| || |||||  |||| ||||||    
T  20357846 gcagtcaaaatccaggagttatcaccgttgcaaatgct 20357809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 89 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 5278570 - 5278442
Alignment:
Q  89 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaa 188  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5278570 aacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaa 5278471  T
Q  189 atccaggtgtaatcacaattgctaatgct 217  Q
    ||||||| || |||||  |||| ||||||    
T  5278470 atccaggagttatcactgttgcaaatgct 5278442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 89 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 5286551 - 5286423
Alignment:
Q  89 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaa 188  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5286551 aacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgccgttgctattgctggacttagcagtcaaa 5286452  T
Q  189 atccaggtgtaatcacaattgctaatgct 217  Q
    ||||||| || |||||  |||| ||||||    
T  5286451 atccaggagttatcactgttgcaaatgct 5286423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 68 - 204
Target Start/End: Original strand, 5282505 - 5282641
Alignment:
Q  68 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 167  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||||| || ||  |||||||||||||||| || || |||||||    
T  5282505 cgtctcttcaccaaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgattggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 5282604  T
Q  168 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcac 204  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  5282605 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcac 5282641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 68 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 6235544 - 6235378
Alignment:
Q  68 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 167  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| || || |||||||    
T  6235544 cgtctcttcaccaaagtgctaaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactaaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 6235445  T
Q  168 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatcc 234  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  |||| |||||| | |||  |||||||||    
T  6235444 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcaccgttgcaaatgctttgtttaaatctaatcc 6235378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University