View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11240_low_2 (Length: 777)

Name: NF11240_low_2
Description: NF11240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11240_low_2
NF11240_low_2
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (18-767)||(36100763-36101512)
chr4 (18-767)||(36089559-36090313)
chr4 (18-767)||(21482754-21483500)
chr4 (18-759)||(34970876-34971623)
chr4 (18-767)||(36108022-36108777)
chr4 (26-120)||(36080166-36080260)
chr4 (38-111)||(38090786-38090859)
chr4 (39-129)||(38072881-38072971)
chr4 (39-129)||(38058553-38058643)
chr4 (41-83)||(38145746-38145788)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (26-753)||(8338655-8339382)
chr2 (26-105)||(11917650-11917729)
chr2 (26-105)||(11933821-11933900)
chr2 (26-105)||(11947042-11947121)
chr2 (38-102)||(11834995-11835059)
chr2 (38-102)||(11821305-11821369)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-759)||(6838783-6839530)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (26-93)||(2152495-2152562)
chr3 (30-111)||(2196698-2196779)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 767
Target Start/End: Original strand, 36100763 - 36101512
Alignment:
Q  18 gtaatatccttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36100763 gtaatatccttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaa 36100862  T
Q  118 actggttcaagtaactccacaagttactgttttcaatgtcaaaaggaacatggatgaaggtgcaactgatgttgtatacaaatggcaattagttgcacca 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36100863 actggttcaagtaactccacaagttactgttttcaatgtcaaaaggaacatggatgaaggtgcaactgatgttgtatacaaatggcaattagttgcacca 36100962  T
Q  218 aaattgcataaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagtggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36100963 aaattgcataaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagtggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaa 36101062  T
Q  318 caattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnn 417  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         
T  36101063 caattgaaagacttttgccgttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacattttt 36101162  T
Q  418 nnggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcag 517  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36101163 ttggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgaag 36101262  T
Q  518 aaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaag 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36101263 aaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaag 36101362  T
Q  618 agatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattga 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36101363 agatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattga 36101462  T
Q  718 acatcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgacgccctatg 767  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36101463 acatcgtgtgaatttttcaaggttgtttcacgaattcatgacgccctatg 36101512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 36090313 - 36089559
Alignment:
Q  18 gtaatatccttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaa 117  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| | | ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36090313 gtaatatccttgatagaagatcaatagaaaaagatcttttttgggctataagaggtggtggtggggctagttttggtgttattctttcatggaaactcaa 36090214  T
Q  118 actggttcaagtaactccacaagttactgttttcaatgtcaaaaggaacatggatgaaggtgcaactgatgttgtatacaaatggcaattagttgcacca 217  Q
    | || |||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||||||  || |||||| ||  ||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||    
T  36090213 attgattcaagtaactctagaagtgactgtttttaatgtgaaaaggaatgtgaatgaagatgtgactgatgttttctacaaatggcaattaatagcacca 36090114  T
Q  218 aaattgcataaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattag------tggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttt 311  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||| |      |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36090113 aaattgcataaagatctttttattagagctcaacataatgttgttcaaattggtgaacatggtgaaaaggtagtgcaagttagtttcattggtcaatttt 36090014  T
Q  312 tgggaacaattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccac 411  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  36090013 tagggacaattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaagtgattgttcttcaatgtcttggattaattccac 36089914  T
Q  412 annnnnnnggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactat 511  Q
            |||||| ||  |||||     ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| | ||||| |||    
T  36089913 -tttttttggtatggtaaaccaatcaattctcctcttgaagctttattggatgaaccaaaagaccctaaaccagtttatttcaaaggtaagtcagattat 36089815  T
Q  512 gtgcagaaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaagga 611  Q
    ||| ||||||| ||||| |   | | | |  | ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36089814 gtgaagaaacctattccaagggaggctttaaagtctatgtggaaattgatgattgaaggtgagactttgtctatgcaatggaatccttacggtggaagga 36089715  T
Q  612 tggaagagatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagc 711  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||     |    
T  36089714 tggaagagatatcgccatcaaaaacaccatttccacatagagcagggaacttgttcatgattcaatactttaattcttggacagaagaatgtcccaagac 36089615  T
Q  712 tattgaacatcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgacgccctatg 767  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||    
T  36089614 tattgaacgtcatgtgaatttttcaaggttgttttatgaattcatgacgccctatg 36089559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 767
Target Start/End: Original strand, 21482754 - 21483500
Alignment:
Q  18 gtaatatccttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaa 117  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||||||| ||    
T  21482754 gtaatatccttgatagaaaatcaatgggagaagatcttttttgggctataagaggtggtggtggtgctagttatggtgttattttgtcttggaaactcaa 21482853  T
Q  118 actggttcaagtaactccacaagttactgttttcaatgtcaaaaggaacatggatgaaggtgcaactgatgttgtatacaaatggcaattagttgcacca 217  Q
    | |||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || |||||  || |||||  || |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  21482854 attggttcaagtaacctcacaggttactgtttttaatgtgaagaggaatgtgaatgaaaatgtaactgatgttgtttacaaatggcaattaattgcacca 21482953  T
Q  218 aaattgcataaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagtggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaa 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  |||   ||||||||||   ||   |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21482954 aaattgcataaagatctttttattagactgcagtttaatgttgttcacat---tggtcaaaagatagtacaagttagtttcattggtcaatttttgggga 21483050  T
Q  318 caattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnn 417  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| || || |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||          
T  21483051 caattgaaagacttttacctttggtgaatgaaagtttccctgaattagggttgaaaaaaagtgattgcttttcaatgccttgggttaattccactctttt 21483150  T
Q  418 nnggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcag 517  Q
      |||||||||  |||||||| ||||||||||||| | | || |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  21483151 ttggtatgataagccaattggtactcctcttgaagtactattggatgaaccaaaagatcctcaaccaacttatatcaaaggtcaatcagattatgtgaag 21483250  T
Q  518 aaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaag 617  Q
    ||||| ||||| ||| ||  ||| |||| ||||||| |||||||  || ||||||| |  |||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21483251 aaacctattccaaaagaaattatagaatgtatatgggaattgataattaaaggtgaaagtttgcttatgcaatggaatccttacggtggaaggatggaag 21483350  T
Q  618 agatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattga 717  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||   |||  ||||  ||||||  | |||||| ||  |||||||||    
T  21483351 aaatattgccatcagaaacaccatttcctcatagagcagggaacttgttcttgattttgtactataataattggattaatgaatcttctcaagctattga 21483450  T
Q  718 acatcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgacgccctatg 767  Q
    ||  ||||||||||||||||||||  || | || |||||||| |||||||    
T  21483451 acgccatgtgaatttttcaaggtcagtttatgagttcatgacaccctatg 21483500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 18 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 34971623 - 34970876
Alignment:
Q  18 gtaatatccttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaa 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34971623 gtaatattcttgatagaaagtcaatgggagaagatctcttttgggctatcagaggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaa 34971524  T
Q  118 actggttcaagtaactccacaagttactgttttcaatgtcaaaaggaacatggatgaaggtgcaactgatgttgtatacaaatggcaattagttgcacca 217  Q
    | |||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||    |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  34971523 attggttcaagttacaccacatgttactgtgttcaatgtgaaaaggaatgcagatgaaggtgcaaccgatgttatttacaaatggcaattagttgcacca 34971424  T
Q  218 aaattgcataaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagt------ggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttt 311  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||| || ||| |||| |||| ||      || |||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  34971423 aaattgcataaagatcttttcattagagtgaaacctattgtagttaaaattggtcaagggggaaaaaaggtagtacaagttagttttattggccaatttt 34971324  T
Q  312 tgggaacaattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccac 411  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||    |||||||||||| ||||||| ||    
T  34971323 tagggacaattgaaagacttttacctttgatgaacgagagtttccctgaattaggtttgaaaaaaagtgattgtatgtcaatgccttgggttaattcaac 34971224  T
Q  412 annnnnnnggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactat 511  Q
            |||   |||  |||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||  || || ||||| || |||||| |||||||||||||    
T  34971223 tctcttttggtggaataagccaattggtactcctctagaaacattgttggatgaaccaaaagagtctgaagcaattaatttcaaagctcaatcagactat 34971124  T
Q  512 gtgcagaaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaagga 611  Q
    ||| | ||||| ||| | || ||| |||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34971123 gtgaaaaaacctatttcaaagaaaaatatagaatccatatggaaaatgatgattgatggtgagacgttgcatatggaatggaatccttatggtggaagga 34971024  T
Q  612 tggaagagatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagc 711  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||| | |||  |||| ||||||| ||||||||||||| ||     
T  34971023 tggaagagatattgtcatcagaaacaccgtttccccatagagcagggaatttgttcttgattgagtactataatacttggattgaagaatctcctgaagt 34970924  T
Q  712 tattgaacatcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgac 759  Q
    |||| ||| | | ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||    
T  34970923 tattaaacgtaacgtgaatttttcaaggtcgttttataaattcatgac 34970876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 18 - 767
Target Start/End: Original strand, 36108022 - 36108777
Alignment:
Q  18 gtaatatccttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaa 117  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36108022 gtaatattcttgatagaaaatcaatgggagaagatcttttttgggctataagaggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttca 36108121  T
Q  118 actggttcaagtaactccacaagttactgttttcaatgtcaaaaggaacatggatgaaggtgcaactgatgttgtatacaaatggcaattagttgcacca 217  Q
    | ||||||  ||||||||||| ||||  |||||| |||| ||||||||  |   |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  36108122 attggttccggtaactccacaggttatcgttttcgatgtgaaaaggaatgtcagtgaaggtgcaactgatattgtttacaaatggcaattaattgcacca 36108221  T
Q  218 aaattgcataaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagt------ggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttt 311  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||  |||| ||      || |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  36108222 aaattgcataaagatcttttcattagagcgcaacctaatgttgttcaaattggtcaagagggaaaaaaggtagtgcaaattagtttcattggtcagtttt 36108321  T
Q  312 tgggaacaattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccac 411  Q
    |||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| ||   ||||| ||||||||||| || ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36108322 tggggaaaattgaaagacttttaactttgatgaataaggaattccccgaattaggtttgaacaaaagcgattgcttttcaatgccttggattaattccac 36108421  T
Q  412 annnnnnnggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactat 511  Q
            |||||| |   |||||||| ||||||||||||| |||||| || || ||||| |||||| ||||| |||||   |||  | ||||||| |||    
T  36108422 tcttttttggtatggtgagccaattggtactcctcttgaagtattgttggacgagccaaaggatcctcaaccactttatcaaaaaaataaatcagattat 36108521  T
Q  512 gtgcagaaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaagga 611  Q
    ||| ||||||| ||||| |   | | | | || |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||   ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36108522 gtgaagaaacctattccaagggaggctttagagtctatatggaaattgatgattgaaggtgagaatttccttatgcaatggaatccatatggtggaagga 36108621  T
Q  612 tggaagagatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagc 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||   |||    | |||||| ||| ||     
T  36108622 tggaagagatattgccatcagaaacaccgttttctcatagagcaggaaacttgttcttgattcaataccttaatatatggtctaatgaatcttctgaagt 36108721  T
Q  712 tattgaacatcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgacgccctatg 767  Q
    || ||||| ||||||||||||||| || ||||||   ||||| |||||||| ||||    
T  36108722 tagtgaacgtcatgtgaatttttctagatcgttttttgaatttatgacgccttatg 36108777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 26 - 120
Target Start/End: Original strand, 36080166 - 36080260
Alignment:
Q  26 cttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaaact 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||  |||||||    
T  36080166 cttgatagaaaatcaatgggagaagatttattttgggctataaggggtggtggtggtgcaagttttggtgtcattcttaaatggaagattaaact 36080260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 111
Target Start/End: Original strand, 38090786 - 38090859
Alignment:
Q  38 tcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaa 111  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  38090786 tcaatgggggaagatgttttttgggctattagaggtggtggtggagctagttttggtgttattgtttcttggaa 38090859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 39 - 129
Target Start/End: Original strand, 38072881 - 38072971
Alignment:
Q  39 caatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaaactggttcaagt 129  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||| ||  ||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  38072881 caatgggtgaagatttgttttgggctattagaggtggtggaggagcaagttttggtgtcatagtttcatggaagattaaacttgttcaagt 38072971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 39 - 129
Target Start/End: Original strand, 38058553 - 38058643
Alignment:
Q  39 caatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaaactggttcaagt 129  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||| || |||||||| || || |||||||| || ||  ||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  38058553 caatgggtgaagatttgttttgggctattagaggtggtggaggagcaagttttggagtcataatttcatggaagattaaacttgttcaagt 38058643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 41 - 83
Target Start/End: Original strand, 38145746 - 38145788
Alignment:
Q  41 atgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtg 83  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  38145746 atgggagaggatctattttgggctataagaggtggtggaggtg 38145788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 753
Target Start/End: Original strand, 8338655 - 8339382
Alignment:
Q  26 cttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaaactggttc 125  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8338655 cttgatagaaaatcaatgggagaagatctgttttgggctattaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaaattggttc 8338754  T
Q  126 aagtaactccacaagttactgttttcaatgtcaaaaggaacatggatgaaggtgcaactgatgttgtatacaaatggcaattagttgcaccaaaattgca 225  Q
    || |||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8338755 aaataactccacaagtttcagttttcaatgtgaaaagaaatatggatgaaggtgcaactgatgttgtttacaaatggcaattagttgcaccaaaattgca 8338854  T
Q  226 taaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagtggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggaacaattgaa 325  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8338855 taaagatatttttattagagtgcaacataatgttgttaaaattagtggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttttgggcacaattgaa 8338954  T
Q  326 agacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccacannnnnnnggtatg 425  Q
    || ||| |||||||| | | ||||||||||||| |||| | ||| ||||||| |||||||| || |||||||||| | ||||||||        ||||||    
T  8338955 aggcttatacctttggtgagtgagagtttccctaaattggctttgaagaaaagtgattgctttttaatgccttgggtaaattccactcttttttggtatg 8339054  T
Q  426 atattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactatgtgcagaaaccaat 525  Q
    | |  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||| ||| ||||||||  ||| || | |||| | ||||| ||    
T  8339055 acaagccaattggtactcctcttgaagcattgttggatgaaccaaaatatcctcatccaatgtatctcaaaggtggatcggattctgtgaacaaacctat 8339154  T
Q  526 tcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaaggatggaagagatattg 625  Q
    ||| ||| ||| ||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  8339155 tccaaaagaagctatagaatcgatatggaaatcgatgattgaaggtgagactttgtttatgcaatggaatcctgatggcggaaggatggaagagatattg 8339254  T
Q  626 ccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaattcttggatagaagaatctcctggagctattgaacatcatg 725  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||  |||||  |||||| ||||||||| |  |||||||||||| |||||    
T  8339255 ccatcagaaacaccatttccccatagagcaggaaacttgttcttgattcaatatcttaatatttggattgaagaatcttcaagagctattgaacgtcatg 8339354  T
Q  726 tgaatttttcaaggtcgtttcacgaatt 753  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  8339355 tgaatttttcaaggtcgtttcatgaatt 8339382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 26 - 105
Target Start/End: Original strand, 11917650 - 11917729
Alignment:
Q  26 cttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttc 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||    
T  11917650 cttgatagaaaatcaatgggagaagatcttttttgggctataagaggtggtggtggagctaactttggtgttgttctttc 11917729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 105
Target Start/End: Original strand, 11933821 - 11933900
Alignment:
Q  26 cttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttc 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  11933821 cttgatagaaaatcaatgggagaagatcttttttgggctattaaaggtggtggtggagctagctttggtgttgttctttc 11933900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 105
Target Start/End: Original strand, 11947042 - 11947121
Alignment:
Q  26 cttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttc 105  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  11947042 cttgatagaaaatcaatgggagaagatcttttttgggctattaaaggtggtggtggagctagctttggtgttgttctttc 11947121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 38 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 11835059 - 11834995
Alignment:
Q  38 tcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattct 102  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11835059 tcaatgggtgaagatcttttttgggctatacgaggcggtggtggtgctagttttggtgttgttct 11834995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 102
Target Start/End: Original strand, 11821305 - 11821369
Alignment:
Q  38 tcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattct 102  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  11821305 tcaatgggtgaagatcttttttgggctatactaggtggtggtggtgctagtttcggtgttgttct 11821369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 18 - 759
Target Start/End: Original strand, 6838783 - 6839530
Alignment:
Q  18 gtaatatccttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttaa 117  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  6838783 gtaatattcttgatagaaaatcaatgggagaagatcttttttgggccataagaggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaaacttca 6838882  T
Q  118 actggttcaagtaactccacaagttactgttttcaatgtcaaaaggaacatggatgaaggtgcaactgatgttgtatacaaatggcaattagttgcacca 217  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||  |||||| |||| |||||| |  |   |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  6838883 actggttccggtaactccacaggttatcgttttcgatgtgaaaaggtatgttagtgaaggtgcaactgatattgtttacaaatggcaattaattgcacca 6838982  T
Q  218 aaattgcataaagatatttttattagagcgcaacataatgttgttacaattagt------ggtaaaaagatagtgcaagttagtttcattggtcaatttt 311  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||  |||| ||      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6838983 aaattgcataaagatcttttcattagagtgcaacctaatgttgttcaaattggtcaggagggaaaaaaggtagtgcaagttagtttcattggtcaatttt 6839082  T
Q  312 tgggaacaattgaaagacttttacctttgatcaatgagagtttccctgaattaggtttaaagaaaaatgattgctcttcaatgccttggattaattccac 411  Q
    |||||| ||||||||||||||||  |||| | | | |||  ||||| ||||||||||| || ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6839083 tgggaaaaattgaaagacttttagttttgttgagtaagaaattccccgaattaggtttgaacaaaagcgattgcttttcaatgccttggattaattccac 6839182  T
Q  412 annnnnnnggtatgatattccaattggcactcctcttgaagcattgttagatgaaccaaaagatcctaaaccaatttatatcaaaggtcaatcagactat 511  Q
            || ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||  |||  | ||||||| |||    
T  6839183 tcttttttggcatgataagccaattggtactcctcttgaagcattgttggatgaaccaaaggatcctcaaccactttataaaaaatataaatcagattat 6839282  T
Q  512 gtgcagaaaccaattcctaaaaaagatatcgaatctatatggaaattgatggttgaaggtgagacgttgtctatgcaatggaatccttatggtggaagga 611  Q
    ||| ||||||| ||||||||  ||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||   || | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  6839283 gtgaagaaacctattcctaaggaagctatagaatccatatggaaattgatgattgaaggtgaggatttatttatgcaatggaatccatatggtggaagga 6839382  T
Q  612 tggaagagatattgccatcagaaacaccatttcctcacagagctggaaacttgttcttgattcaatacattaat-tcttggatagaagaatctcctggag 710  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  || | |||||| ||| ||    
T  6839383 tgaaagagatattgccatcagaaacaccgtttcctcatagagcaggaaacttgttcttgattctatacattaatatctggtcta-atgaatcttctgaag 6839481  T
Q  711 ctattgaacatcatgtgaatttttcaaggtcgtttcacgaattcatgac 759  Q
     || ||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||    
T  6839482 ttagtgaacttcatatgaatttttcaaggtcgttttatgaatttatgac 6839530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 93
Target Start/End: Original strand, 2152495 - 2152562
Alignment:
Q  26 cttgatagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttgg 93  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || || ||| ||| | ||||||||||    
T  2152495 cttgatagaaaatcaatgggagaagatgttttttgggctattagaggaggtagtgctactagttttgg 2152562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 111
Target Start/End: Original strand, 2196698 - 2196779
Alignment:
Q  30 atagaaagtcaatgggagaagatctattttgggctataaggggtggtggtggtgctagttttggtgttattctttcatggaa 111  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||||||| || || || ||| ||| | |||||||||| || |||||| |||||||    
T  2196698 atagaaaatcaatgggagaagatgttttttgggccattagaggaggtagtgcttctagttttggagtcattcttgcatggaa 2196779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University