View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11245_low_3 (Length: 427)

Name: NF11245_low_3
Description: NF11245
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11245_low_3
NF11245_low_3
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (17-412)||(13412787-13413180)
chr5 (34-275)||(13453771-13454012)
chr5 (20-251)||(13419291-13419522)
chr5 (40-265)||(13385424-13385649)
chr5 (20-251)||(13426182-13426413)
chr5 (20-239)||(13446854-13447073)
chr5 (20-258)||(13393632-13393870)
chr5 (40-265)||(13389245-13389470)
chr5 (34-249)||(13373035-13373250)
chr5 (109-248)||(13378832-13378971)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (39-265)||(47601099-47601325)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (113-221)||(28430701-28430809)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 13413180 - 13412787
Alignment:
Q  17 acatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatatagg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413180 acatacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatatagg 13413081  T
Q  117 tgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaag 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13413080 tgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgccaaagctttcggtgctaatgttaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaag 13412981  T
Q  217 gaagcaatagaacacttgggagctgattcatttctgataagtagtgacccaaagcagattcaggtaccatacaatatgtgattcatttgattttgagatg 316  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13412980 gaagcaatagaacacttaggagctgattcatttctgataagtagtgacccaaagcagattcaggtgccatacaatatatgattcatttgattttgagatg 13412881  T
Q  317 cattatttcagaaatcgacaattataatttataaacacatattattgataaatttttagggtgcaattggtactttggatggtattattgacacag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13412880 cattatttcagaaatcgacaattataatttataaacac--attattgataaatttttagggtgcaattggtactttggatggtattattgacacag 13412787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 34 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 13454012 - 13453771
Alignment:
Q  34 gctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtg 133  Q
    |||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||    
T  13454012 gctgctcctctcctttgtgctgggataaccgtatatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctgatatgaatataggtgttgttggtcttggtg 13453913  T
Q  134 gacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacactt 233  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  13453912 gacttggccatatggccgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcacctaaaaaggaaaaggaagcattagaacactt 13453813  T
Q  234 gggagctgattcatttctgataagtagtgacccaaagcagat 275  Q
      |||| || |||||||| |||||  |||| |||||||||||    
T  13453812 acgagcggactcatttctaataagccgtgatccaaagcagat 13453771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 20 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13419522 - 13419291
Alignment:
Q  20 tacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgt 119  Q
    ||||||||||   ||| |||||||| ||||| |||||  |||| || |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||| |  ||||||||||    
T  13419522 tacctcttgatgctgccggtcctcttctttgcgctggaatcacagtgtatagtcctcttcgacattttgaactcgacaagcctggtatgaatataggtgt 13419423  T
Q  120 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13419422 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaatttgcaaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctcacaaagaaaaggaa 13419323  T
Q  220 gcaatagaacacttgggagctgattcatttct 251  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  13419322 gcaatagaacacttgggagctgactcgtttct 13419291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 40 - 265
Target Start/End: Original strand, 13385424 - 13385649
Alignment:
Q  40 cctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttg 139  Q
    |||||||||||||||||  |||| || || ||||||||| |||  ||||||||||| || |||||| | ||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  13385424 cctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatactttggactcgacaaacctggtcttcatgtcggtgttgttggtcttggtgggcttg 13385523  T
Q  140 gccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagc 239  Q
    | || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  13385524 gtcacatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaatgtgaccgtaattagtacatctgctagcaaagaaaaggaagcaaaagaacacttaggagc 13385623  T
Q  240 tgattcatttctgataagtagtgacc 265  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||    
T  13385624 tgattcatttctgataagtcgtgacc 13385649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 13426413 - 13426182
Alignment:
Q  20 tacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgt 119  Q
    ||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||   ||||  |||||| ||||||||| |  ||||||| ||    
T  13426413 tacctcttgatgttgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgtcattttcaactcgacaagcctggtatgaatataggcgt 13426314  T
Q  120 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13426313 tgttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaattcgccaaagcttttggtgctaatgtaacagtaattagtacatcgcctagcaaagaaaaggaa 13426214  T
Q  220 gcaatagaacacttgggagctgattcatttct 251  Q
    || |||||||| || |||||||| || |||||    
T  13426213 gcgatagaacatttaggagctgactcgtttct 13426182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13447073 - 13446854
Alignment:
Q  20 tacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgt 119  Q
    ||||||||||   ||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| |  ||||||| ||    
T  13447073 tacctcttgatggtgccggtcctcttctttgcgctggagtcacagtgtatagtcctcttcgacattttggactcgacaagcctggtatgaatataggagt 13446974  T
Q  120 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  13446973 tgttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgctaaagcttttggtgctaaagtgaccgtaattagtacgtcgcctaaaaaggaaaaggaa 13446874  T
Q  220 gcaatagaacacttgggagc 239  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  13446873 gcaatagaacacttaggagc 13446854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 258
Target Start/End: Original strand, 13393632 - 13393870
Alignment:
Q  20 tacctcttgaatttgctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgt 119  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |  |||||||| |    
T  13393632 taccacttgaatctgctgctcctctcctttgtgccggtattactgtgtatagtcctcttcgatattttggactcgacaagcctggtatgaatataggtat 13393731  T
Q  120 tgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  ||| |||||| || || |||||||| || |||||||| || |||||||||||||| || |||||||| || |||    
T  13393732 tgttggtcttggtggacttggtcacttgggtgtgaagtttgcaaaagcttttggagctaatgtaacagtaattagtacatcacccaacaaagagaaagaa 13393831  T
Q  220 gcaatagaacacttgggagctgattcatttctgataagt 258  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||    
T  13393832 gcaatagaaaacctaggagctgattcatttcttataagt 13393870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 40 - 265
Target Start/End: Original strand, 13389245 - 13389470
Alignment:
Q  40 cctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggacttg 139  Q
    |||||||||||||||||  |||| || || ||||||||| ||| || |||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13389245 cctctcctttgtgctgggatcactgtgtacagtcctcttagatattatggactcgataaacctggtcttcgtataggtgttgttggtcttggtgggcttg 13389344  T
Q  140 gccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggagc 239  Q
    | || |||||||||||||| |||||||| || ||||| | ||| || || ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  13389345 gtcacatggctgtgaaatttgccaaagcatttggtgcgattgtaacagtgattagtacatcacccaacaaagagaaagaagcaatagaacacttaggagc 13389444  T
Q  240 tgattcatttctgataagtagtgacc 265  Q
     |||||||||||||||||| ||||||    
T  13389445 cgattcatttctgataagtcgtgacc 13389470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 34 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 13373250 - 13373035
Alignment:
Q  34 gctggtcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtg 133  Q
    |||| |||||| |||||||| ||  |||| |||||||| ||| |   || |||||||||  | ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  13373250 gctgctcctcttctttgtgcggggatcacagtatatagccctttgaaatattttggacttaacaagcctggtttacatgtgggtgtggttggtcttggtg 13373151  T
Q  134 gacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacactt 233  Q
    || | || |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| || || || || || || ||||||||| | |||||||| || ||||||||    
T  13373150 gattaggtcatatggctgtgaaatttaccaaagcttttggtgctaatgtaacagtgataagcacttctcctaacaaaaagaaggaagccattgaacactt 13373051  T
Q  234 gggagctgattcattt 249  Q
     |||||||| ||||||    
T  13373050 aggagctgactcattt 13373035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 109 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 13378971 - 13378832
Alignment:
Q  109 catataggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaaca 208  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||| || || ||  | ||||| || |||||||    
T  13378971 catataggtgtggttggtcttggtggattaggtcatatggctgtgaagttcgccaaagcctttggtgttaaggtaactgtggtaagtacttctcctaaca 13378872  T
Q  209 aagaaaaggaagcaatagaacacttgggagctgattcatt 248  Q
    || | |||||||| || |||| ||| |||||||| |||||    
T  13378871 aaaagaaggaagccattgaacgcttaggagctgactcatt 13378832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 39 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 47601325 - 47601099
Alignment:
Q  39 tcctctcctttgtgctggtgtcaccgtatatagtcctcttcgattttttggactcgataagcctggtttacatataggtgttgttggtcttggtggactt 138  Q
    |||||| |||||||| ||| |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47601325 tcctcttctttgtgccggtatcacagtgtatagtcctcttcgatattttggactcgataaacctggtatgcatataggtgttgttggtcttggtggactt 47601226  T
Q  139 ggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaagaaaaggaagcaatagaacacttgggag 238  Q
    || || |||||||| || || || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||  ||| ||||    
T  47601225 ggtcacatggctgttaagtttgctaaagcttttggggctaatgtgactgtaattagtacatcacctaacaaagaaaaagaagcaagagaatgcttaggag 47601126  T
Q  239 ctgattcatttctgataagtagtgacc 265  Q
    |||| |||||| |||||||| ||||||    
T  47601125 ctgactcatttttgataagtcgtgacc 47601099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 113 - 221
Target Start/End: Original strand, 28430701 - 28430809
Alignment:
Q  113 taggtgttgttggtcttggtggacttggccatatggctgtgaaattcgccaaagctttcggtgctaatgtgaccgtaattagtacatcgcctaacaaaga 212  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||| || || ||||||||| |    
T  28430701 taggtgtggttggtcttggtggacttggtcatatggctgtgaaatttgccaaagcttttggtgctaaggtaacagtgattagcacttctcctaacaaaaa 28430800  T
Q  213 aaaggaagc 221  Q
     ||||||||    
T  28430801 gaaggaagc 28430809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University