View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11247_low_2 (Length: 766)

Name: NF11247_low_2
Description: NF11247
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11247_low_2
NF11247_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-750)||(46731251-46731984)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 46731984 - 46731251
Alignment:
Q  10 agcagcacagaacagcacggcacggcagagggtcagatttgttttggagtgcacaaagataacaacctctgccagtagaagtgatatatgacaatcaaag 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731984 agcagaacagaacagcacggcacggcagagggtcagatttgttttggagtgcacaaagataacaacctctgccagtagaagtgatatatgacaatcaaag 46731885  T
Q  110 acataaggcaaaatatccgtaccttttttggttctattatcattcagtatgcacattgcacagataatatagacaaaatattacaactattgatgatgtt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731884 acataaggcaaaatatccgtaccttttttggttctattatcattcagtatgcaca-------gataatatagacaaaatattacaactattgatgatgtt 46731792  T
Q  210 atgcctatgcttataataattaacaaaagtgaaatactattaatcatatcatatcaatataaatattgaatatactactatttctctacccaccttagcc 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731791 atgcctatgcttataataattaacaaaagtgaaatactattaatcatatcatatgaatataaatattgaatatactactatttctctacccaccttagcc 46731692  T
Q  310 ctcgtgatttgaggggcattgtttgcactttttcagttaaaaacagttatcgatggtgaccaagtttactttttctccaccatccccaagattttaatgt 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731691 ctcgtgatttgaggggcattgtttgcactttttcagttaaaaacagttatcgatggtgaccaagtttactttttctccaccatccccaagattttaatgt 46731592  T
Q  410 tcacaacgatacagtaatttaattaatgtgattattattgttcatatgcatgtctgcttgcttttatggacaaatgaagaaggtgaacacaaggtgctgc 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46731591 tcacaacgatacagtaatttaattaatgtgattattattgttcatatgcatgtctgcttgcttttatggacaaatgtagaaggtgaacacaaggtgctgc 46731492  T
Q  510 gttttatgctatgtgttttgtcccattaaaaccatccttgtccaattatgtctctttccaatggccccctcgtataaaattaagttttactttcacctaa 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46731491 gttttatgctatgtgttttgtcccattaaaaccatccttgtccaattatgtctctttccaatggccccctcgtataaaattaagttttactttcacctaa 46731392  T
Q  610 ctttggtccctttttaaaaacaaaagtatgatttaattctttgatttatcaacaattgatttttggtttctcatgagagtctaaaatactcgagaaatct 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46731391 ctttggtccctttttaaaaacaaaagtatgatttaattctttcatttatcaacaattgatttttggtttctcatgagaatctaaaatactcgagaaatct 46731292  T
Q  710 acatattacattggactaaaaacaacaatacaagttatttg 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46731291 acatattacattggactaaaaacaacaatacaagtgatttg 46731251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University