View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11252_high_4 (Length: 654)

Name: NF11252_high_4
Description: NF11252
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11252_high_4
NF11252_high_4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-643)||(3899151-3899780)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 643
Target Start/End: Original strand, 3899151 - 3899780
Alignment:
Q  19 atatgtttgttaacatgtgctgcataattccctcaagaaattgattgttatatgtactcttttgacaacaacaa---taataataaccaatattaacata 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  3899151 atatgtttgttaacatgtgctgcataattccctcaagaaattgattgttatatgtactcttttgacaacaacaacaataataataaccaatattaacata 3899250  T
Q  116 catgtgtaccgagtttggagataatttttagttaaatgaaaagctatcatcaatgtg--tgtgtggtgggggttgcagtggtttttcttcctcttccaac 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3899251 catgtgtaccgagtttggagataatttttagttaaatgaaaagctatcatcaatgtgtgtgtgtggtgggggttgcagtggtttttctttctcttccaac 3899350  T
Q  214 catcgaaaaatgttgaaaagatatgagaatcaataaataatttccacaaacggcactaataatttagagtggacttgaagacgacaatttaaaattgctc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3899351 catcgaaaaatgttgaaaagatatgagaatcaataaataatttccacaaacagcactaataatttagagtggacttgaagacaacaatttaaaattgctc 3899450  T
Q  314 taacacgatggaggatcgatgttgatcagcaaaatgagcggtgtacctgattccaacgcataagccggtgagggttttaggagagtttataggtttaacc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899451 taacacgatggaggatcgatgttgatcagcaaaatgagtggtgtacctgattccaacgcttaagccggtgagggttttaggagagtttataggtttaacc 3899550  T
Q  414 gaatgaaaaatatacctttcacctggcatttaggttatgtttaattgattctaggttcaaaatggctacgcggttatgacatatcctacatgaatcacat 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899551 gaatgaaaaatatacctttcacctgacatttaggttatgtttaattgattctaggttcaaaatggctacgcggttatgacatatcctacatgaatcacat 3899650  T
Q  514 atcgtttgtctgattgtcacatagggccatgatttaatcaagagattttggttctttgtgttattgagcagggtgtggtctgtatcactaaagatgggca 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899651 atcgtttgtctgattgtcacatagggccatgatttaatcaagagaatttggttctttgtgttattgagcagggtgtggtctgtatcactaaagatgggca 3899750  T
Q  614 tttgtggattggtccgtgtttctcgttcat 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3899751 tttgtggattggtccgtgtttctcgttcat 3899780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University