View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1125_high_26 (Length: 451)

Name: NF1125_high_26
Description: NF1125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1125_high_26
NF1125_high_26
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-423)||(19059187-19059605)
[»] scaffold0470 (1 HSPs)
scaffold0470 (8-423)||(4379-4800)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (8-423)||(6615093-6615514)
chr8 (34-418)||(6756452-6756824)
chr8 (34-418)||(6749661-6750033)
chr8 (34-412)||(6658620-6658986)
chr8 (34-412)||(6739022-6739388)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 19059605 - 19059187
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatccttctaaagatatagaatggttaaaagatatgaaaagtagcataagtttaacagcttccctaatcgcaactgtgacattttcacttgcc 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19059605 ccaaaaaaatccttctaaagatatagaatggttaaaagatatgaaaagtagcataagtttaacagcttccctaatcgcaactctgacattttcacttgcc 19059506  T
Q  108 actaatccacctggtggcgttgtgcaagttagtgctggtgataggaacgactgttccacaatattaatatccacaataaataccacaatatgcgtaggag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19059505 actaatccacctggtggcgttgtgcaagctagtgttggtgatagcaacgaatgtggcaaaatattaatatccacaataaataccacaatatgcgtaggag 19059406  T
Q  208 aagctatcttggca---aaatctcataataactatctagcttttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattcttgtgcttgt 304  Q
    ||||||||||||||   | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19059405 aagctatcttggcaactagatctcatgataagtatctagcttttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattcttgtgcttgt 19059306  T
Q  305 tagtggaattcctatcgacaataagttttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtttgctgca 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19059305 tagtggaattcctatcgacaataagttttcaatgtggcttttatcaatgggcatgtctatcatactctcaagccttgctcttacctacttgtttgctgca 19059206  T
Q  405 aacatggtcactccgaact 423  Q
    |||||||||||||||||||    
T  19059205 aacatggtcactccgaact 19059187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0470 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: scaffold0470
Description:

Target: scaffold0470; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 8 - 423
Target Start/End: Original strand, 4379 - 4800
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatccttctaaagatatagaatggttaaaagatatgaaaagtagcataagtttaacagcttccctaatcgcaactgtgacattttcacttgcc 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  4379 ccaacaaaatccttctaaagataataaatggttagacgatatgaaaggtagcataagtttaacagcttccctgatcgcaactctgacattttcacttgcc 4478  T
Q  108 actaatccacctggtggcgttgtgcaagttagtgctggtgataggaacgactgttccacaatattaatatccacaat---aaataccacaatatgcgtag 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||| ||| | ||||||||||||||||   ||| |||   |||||||||||||||| |||    
T  4479 actaatccacctggtggcgttgtgcaagctagtcttgatgatagcaactattgttccacaatattaaataccagaatggtaaataccacaatatgcttag 4578  T
Q  205 gagaagctatcttggcaaa---atctcataataactatctagcttttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattcttgtgct 301  Q
    ||||||||||||||||||    ||   |  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4579 gagaagctatcttggcaactagattaaaggatgactatctagcttttttgatatgcaatacattttgtttcattgcatcacttagtgttatttttgtgct 4678  T
Q  302 tgttagtggaattcctatcgacaataagttttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtttgct 401  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||| ||| || || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  4679 tgttagtggaattcctatcaacaataaatttttaatatggcttttatcaatagtcatgtccatcatactctcaggccttgctcttacctacttgtttgct 4778  T
Q  402 gcaaacatggtcactccgaact 423  Q
    |||   ||||||||||| ||||    
T  4779 gcaggaatggtcactccaaact 4800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 218; Significance: 1e-119; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 8 - 423
Target Start/End: Original strand, 6615093 - 6615514
Alignment:
Q  8 ccaagaaaatccttctaaagatatagaatggttaaaagatatgaaaagtagcataagtttaacagcttccctaatcgcaactgtgacattttcacttgcc 107  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  6615093 ccaacaaaatccttctaaagataataaatggttagacgatatgaaaggtagcataagtttaacagcttccctgatcgcaactctgacattttcacttgcc 6615192  T
Q  108 actaatccacctggtggcgttgtgcaagttagtgctggtgataggaacgactgttccacaatattaatatccacaat---aaataccacaatatgcgtag 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||  || |||||| ||| | ||||||||||||||||   ||| |||   |||||||||||||||| |||    
T  6615193 actaatccacctggtggcgttgtgcaagctagtcttgatgatagcaactattgttccacaatattaaataccagaatggtaaataccacaatatgcttag 6615292  T
Q  205 gagaagctatcttggcaaa---atctcataataactatctagcttttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattcttgtgct 301  Q
    ||||||||||||||||||    ||   |  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6615293 gagaagctatcttggcaactagattaaaggatgactatctagcttttttgatatgcaatacattttgtttcattgcatcacttagtgttatttttgtgct 6615392  T
Q  302 tgttagtggaattcctatcgacaataagttttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtttgct 401  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||| ||| || || || ||||||||||||||||||||||||||    
T  6615393 tgttagtggaattcctatcaacaataaatttttaatatggcttttatcaatagtcatgtccatcatactctcaggccttgctcttacctacttgtttgct 6615492  T
Q  402 gcaaacatggtcactccgaact 423  Q
    |||   ||||||||||| ||||    
T  6615493 gcaggaatggtcactccaaact 6615514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 34 - 418
Target Start/End: Original strand, 6756452 - 6756824
Alignment:
Q  34 aatggttaaaagatatgaaaagtagcataagtttaacagcttccctaatcgcaactgtgacattttcacttgccactaatccacctggtggcgttgtgca 133  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6756452 aatggttaaagcatatgaaaggtagcataagtttaacagcttccataatcgcaactatgacattttcacttgccactaatccacctggtggcgttgtgca 6756551  T
Q  134 agttagtgctggtgataggaacgactgttccacaatattaatatccacaataaataccacaatatgcgtaggagaagctatcttggcaaa--atc-tcat 230  Q
    || ||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||               ||| |||||||||||| ||||||||||||||| || |   ||| ||||    
T  6756552 agctagtgttggtgatagcaaccaatgttccacaata---------------aatcccacaatatgcgcaggagaagctatcttagctacttatcatcat 6756636  T
Q  231 aataactatctagcttttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattcttgtgcttgttagtggaattcctatcgacaataagt 330  Q
     || | ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  6756637 gatgaatatttaagatttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattctcttgcttgttagtggaattcctatcaacaataaat 6756736  T
Q  331 tttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtttgctgcaaacatggtcactcc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6756737 tttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtatgctgcaaacatggtcactcc 6756824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 34 - 418
Target Start/End: Original strand, 6749661 - 6750033
Alignment:
Q  34 aatggttaaaagatatgaaaagtagcataagtttaacagcttccctaatcgcaactgtgacattttcacttgccactaatccacctggtggcgttgtgca 133  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6749661 aatggttaaagcatatgaaaggtagcataagtttaacagcttccataatcgcaactatgacattttcacttgccactaatccacctggtggcgttgtgca 6749760  T
Q  134 agttagtgctggtgataggaacgactgttccacaatattaatatccacaataaataccacaatatgcgtaggagaagctatcttggcaa---aatctcat 230  Q
    |||||||| || |||||  | |   |||||||||||||               || |||||||||||| ||||||||||||||| || |   | | ||||    
T  6749761 agttagtgttgttgatattatcctttgttccacaatat---------------atcccacaatatgcgcaggagaagctatcttagctacttattatcat 6749845  T
Q  231 aataactatctagcttttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattcttgtgcttgttagtggaattcctatcgacaataagt 330  Q
     || | ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  6749846 gatgaatatttaagatttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattctcttgcttgttagtggaattcctatcaacaataaat 6749945  T
Q  331 tttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtttgctgcaaacatggtcactcc 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6749946 tttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtatgctgcaaacatggtcactcc 6750033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 34 - 412
Target Start/End: Original strand, 6658620 - 6658986
Alignment:
Q  34 aatggttaaaagatatgaaaagtagcataagtttaacagcttccctaatcgcaactgtgacattttcacttgccactaatccacctggtggcgttgtgca 133  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6658620 aatggttaaagcatatgaaaggtagcataagtttaacagcttccataatcgcaactatgacattttcacttgccactaatccacctggtggcgttgtgca 6658719  T
Q  134 agttagtgctggtgataggaacgactgttccacaatattaatatccacaataaataccacaatatgcgtaggagaagctatcttggcaa---aatctcat 230  Q
    |||||||| || ||||| || |   |||||||||||||               || |||||||||||| ||||||||||||||| || |   | | ||||    
T  6658720 agttagtgttgatgataagacccgttgttccacaatat---------------atcccacaatatgcgcaggagaagctatcttagctacttattatcat 6658804  T
Q  231 aataactatctagcttttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattcttgtgcttgttagtggaattcctatcgacaataagt 330  Q
     || | ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  6658805 gatgaatatttaagatttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattctcttgcttgttagtggaattcctatcaacaataaat 6658904  T
Q  331 tttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtttgctgcaaacatggt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6658905 tttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtttgctgcaaagatggt 6658986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 34 - 412
Target Start/End: Original strand, 6739022 - 6739388
Alignment:
Q  34 aatggttaaaagatatgaaaagtagcataagtttaacagcttccctaatcgcaactgtgacattttcacttgccactaatccacctggtggcgttgtgca 133  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6739022 aatggttaaagcatatgaaaggtagcataagtttaacagcttccataatcgcaactatgacattttcacttgccactaatccacctggtggcgttgtgca 6739121  T
Q  134 agttagtgctggtgataggaacgactgttccacaatattaatatccacaataaataccacaatatgcgtaggagaagctatcttggcaa---aatctcat 230  Q
    |||||||| || ||||| || |   |||||||||||||               || |||||||||||| ||||||||||||||| || |   | | ||||    
T  6739122 agttagtgttgatgataagacccgttgttccacaatat---------------atcccacaatatgcgcaggagaagctatcttagctacttattatcat 6739206  T
Q  231 aataactatctagcttttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattcttgtgcttgttagtggaattcctatcgacaataagt 330  Q
     || | ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  6739207 gatgaatatttaagatttttgatatgcaatacaatttgtttcattgcatcacttagtgttattctcttgcttgttagtggaattcctatcaacaataaat 6739306  T
Q  331 tttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtttgctgcaaacatggt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6739307 tttcaatgtggcttttatcaataggcatgtctatcgtaatcacaagccttgctcttacctacttgtttgctgcaaagatggt 6739388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University