View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1125_low_20 (Length: 481)

Name: NF1125_low_20
Description: NF1125
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1125_low_20
NF1125_low_20
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (105-469)||(53146119-53146483)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (105-417)||(5532346-5532658)
chr4 (105-423)||(5921369-5921687)
chr4 (224-423)||(5934829-5935028)
chr4 (216-423)||(38177153-38177360)
chr4 (105-165)||(38177411-38177471)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (108-420)||(45452574-45452886)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (107-414)||(34841417-34841724)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (212-423)||(45320229-45320440)
chr8 (224-417)||(40916443-40916636)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (203-423)||(11732009-11732229)
chr2 (105-165)||(11732267-11732327)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 365; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 105 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 53146483 - 53146119
Alignment:
Q  105 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146483 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttac 53146384  T
Q  205 tgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcaga 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146383 tgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcaga 53146284  T
Q  305 ggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtcta 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146283 ggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtcta 53146184  T
Q  405 gtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagatgtcgtccacttttattgggaactctacttca 469  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53146183 gtgtgtgtgatatcccacccaagaatttgaagatgtcgtccacttttattgggaactctacttca 53146119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 105 - 417
Target Start/End: Original strand, 5532346 - 5532658
Alignment:
Q  105 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttac 204  Q
    |||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||| | ||||| ||||| || ||||||||     | || |     
T  5532346 agcttgctgtgaatctcattccattcccgcgtcttcactttttcatggtgggatttgctcctttgacttcccgtggctcccagcagtacaggactctaag 5532445  T
Q  205 tgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcaga 304  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| | ||||| || || ||||| |||    
T  5532446 tgtccctgagctcactcaacaaatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctaggcatgggcgatacctcactgcttcagccatgtttaga 5532545  T
Q  305 ggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtcta 404  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5532546 ggcaagatgagcaccaaggaggttgatgaacaaatgatgaatgtccagaacaagaactcatcctactttgttgaatggattccaaacaatgtgaagtcta 5532645  T
Q  405 gtgtgtgtgatat 417  Q
     ||| ||||||||    
T  5532646 ctgtctgtgatat 5532658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 105 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 5921687 - 5921369
Alignment:
Q  105 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttac 204  Q
    |||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| | || ||||||||| | |||||  | || |||||||||||     |  | |     
T  5921687 agcttgctgtgaatctcattccattccctcgtcttcactttttcatgttgggttttgcacctttgacttcaagaggttctcagcagtaccgtgctttgag 5921588  T
Q  205 tgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcaga 304  Q
    ||| || || || ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||| | |||||||| || || ||||||    
T  5921587 tgtaccagagctcactcagcaaatgtgggattccaagaatatgatgtgtgctgccgaccctagacacggacgatacctcactgcatcagccatcttcaga 5921488  T
Q  305 ggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtcta 404  Q
    || || |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| || || |    
T  5921487 ggcaaaatgagcactaaagaagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgtcgaatggattccaaacaatgtcaaatcaa 5921388  T
Q  405 gtgtgtgtgatatcccacc 423  Q
     ||| |||||||| |||||    
T  5921387 ctgtttgtgatattccacc 5921369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 224 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 5935028 - 5934829
Alignment:
Q  224 caaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaag 323  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || || ||| | |||||||| || || |||||||| ||||||||||| || |    
T  5935028 caaatgtgggattccaagaacatgatgtgtgctgctgaccctagacacggacggtacctcactgcatcagccatcttcagaggcaagatgagcacaaagg 5934929  T
Q  324 aggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatatcccacc 423  Q
    | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||| || || | ||| |||||||| |||||    
T  5934928 aagttgatgaacaaatgatcaatgttcagaacaagaactcatcctacttcgttgaatggattccaaacaatgtcaaatcaactgtttgtgatattccacc 5934829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 216 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 38177360 - 38177153
Alignment:
Q  216 tgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgag 315  Q
    ||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || || ||||| || || ||||| || ||||||||| | || ||||||||    
T  38177360 tgactcagcagatgtgggatgctaagaatatgatgtgcgctgcagatccacgccacggtcgttatttgactgcttcagcaatgttccgtggtaagatgag 38177261  T
Q  316 caccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgat 415  Q
    |||||| ||||| || || || || || ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| |||||||||    
T  38177260 caccaaggaggtggacgagcagatgattaatgtacagaacaaaaactcttcttactttgttgagtggatacccaacaacgtcaagtctagcgtgtgtgat 38177161  T
Q  416 atcccacc 423  Q
    || |||||    
T  38177160 ataccacc 38177153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 105 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 38177471 - 38177411
Alignment:
Q  105 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacc 165  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  38177471 agcttgctgtcaaccttatcccattccctcgtctccatttctttatggttgggtttgcacc 38177411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 108 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 45452886 - 45452574
Alignment:
Q  108 tggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactgt 207  Q
    |||| |||||||| || || ||||| ||| | || || || ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||||||||   | | ||||||||    
T  45452886 tggcagtcaatctcattcctttccctcgtttgcatttcttcatggtgggatttgccccactcacttctcgtggttcacagcagtacagagctcttactgt 45452787  T
Q  208 cccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagagga 307  Q
     || || ||||| || || ||||||||  | ||||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||| || || || |||||||| |||||| | ||     
T  45452786 acctgagctgacccagcagatgtgggattcaaagaacatgatgtgcgccgctgatcctcgccacggtcgttatttgacagcatctgccatgttccgtggt 45452687  T
Q  308 aagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtg 407  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||    
T  45452686 aagatgagcaccaaggaggttgatgagcagatgatcaatgttcagaacaagaattcatcatactttgttgagtggattcccaacaatgtgaaatccactg 45452587  T
Q  408 tgtgtgatatccc 420  Q
    | |||||||||||    
T  45452586 tctgtgatatccc 45452574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 107 - 414
Target Start/End: Original strand, 34841417 - 34841724
Alignment:
Q  107 ctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacctctcacttctcgtgggtctcagcagtatgtatcccttactg 206  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||| || || ||||| || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| |||||||| ||     |  | ||||    
T  34841417 ctggcagtgaatctcatcccattccctcgcctgcacttcttcatggttggttttgctcctcttacatcccgtggctctcagcaataccgtgcattgactg 34841516  T
Q  207 tcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagagg 306  Q
    | || ||||| || || || ||||||||  |||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| | ||||| ||||| |||||||| ||    
T  34841517 ttccagaactcacccagcagatgtgggattccaaaaacatgatgtgtgctgctgatcctaggcatggtcgatacctcactgcgtctgccatgttcagggg 34841616  T
Q  307 aaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagt 406  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  34841617 taagatgagcaccaaagaggtggatgagcaaatgataaatgtccagaacaagaactcttcctactttgttgagtggatccccaacaatgttaagtcaagt 34841716  T
Q  407 gtgtgtga 414  Q
    || |||||    
T  34841717 gtttgtga 34841724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 212 - 423
Target Start/End: Original strand, 45320229 - 45320440
Alignment:
Q  212 gaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaaga 311  Q
    ||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || || || ||||| || || ||||| || || ||  |||| ||||| || |    
T  45320229 gaacttacacaacagatgtgggatgccaagaacatgatgtgtgcggcggatccacgccatggccgttatttaacagcctcagcggtgtttagagggaaaa 45320328  T
Q  312 tgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtg 411  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||  | || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  45320329 tgagcacaaaagaagtggatgaacaggtaatgaatgtgcagaacaagaattcttcttacttcgttgaatggattcccaataatgtgaagtccagtgtctg 45320428  T
Q  412 tgatatcccacc 423  Q
    |||| |||||||    
T  45320429 tgatgtcccacc 45320440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 224 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 40916636 - 40916443
Alignment:
Q  224 caaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttcagaggaaagatgagcaccaaag 323  Q
    ||||||||||| || |  || ||||||||||||||||| ||  |||||||| | ||  |||| || || ||||||||| | || || |||||||| ||||    
T  40916636 caaatgtgggatgcaagaaacatgatgtgtgctgctgatccaagacatggtaggtatctaacagcctcggcaatgttccgtggcaaaatgagcacaaaag 40916537  T
Q  324 aggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtctagtgtgtgtgatat 417  Q
    | |||||| |||| || || ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  40916536 aagttgatcaacagatgataaatgttcagaacaagaactcgtcttactttgtggaatggattccaaacaatgtgaaatcaagtgtttgtgatat 40916443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 203 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 11732229 - 11732009
Alignment:
Q  203 actgtcccggaactgactcaacaaatgtgggacgccaagaatatgatgtgtgctgctgaccctcgacatggtcgatacttaactgcatctgcaatgttca 302  Q
    ||||| || ||| ||||||| || ||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| || || || || ||||| |||||||||     
T  11732229 actgtaccagaattgactcagcagatgtgggattcaaagaacatgatgtgtgctgctgatccacgccatggccgttatttgaccgcatcagcaatgttcc 11732130  T
Q  303 gaggaaagatgagcaccaaagaggttgatgaacaaatcatcaatgtgcagaacaagaattcttcatactttgttgaatggattcccaacaatgtgaagtc 402  Q
    | || ||||||||||| || || || ||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||||    
T  11732129 gtggtaagatgagcacaaaggaagtagatgagcagatgatcaatgtgcaaaacaagaactcttcatactttgttgagtggataccaaataatgttaagtc 11732030  T
Q  403 tagtgtgtgtgatatcccacc 423  Q
     || || ||||||||||||||    
T  11732029 cagcgtatgtgatatcccacc 11732009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 105 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 11732327 - 11732267
Alignment:
Q  105 agctggctgtcaatctgatcccattcccacgtcttcacttttttatggttgggtttgcacc 165  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| || || || || || |||||||||||||||||    
T  11732327 agcttgctgtcaatcttatcccattccctcggctccatttcttcatggttgggtttgcacc 11732267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University