View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11261_low_1 (Length: 1086)

Name: NF11261_low_1
Description: NF11261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11261_low_1
NF11261_low_1
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (9-1086)||(38767918-38768997)
chr8 (10-1086)||(40476997-40478051)
chr8 (369-407)||(21024847-21024885)
chr8 (1018-1055)||(27435771-27435808)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (301-1086)||(13619357-13620146)
chr6 (9-306)||(13623553-13623831)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (66-425)||(24071212-24071571)
chr1 (369-407)||(20783666-20783704)
chr1 (369-407)||(29472168-29472206)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (376-423)||(27236096-27236143)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (369-407)||(29870605-29870643)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 965; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 965; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1086
Target Start/End: Complemental strand, 38768997 - 38767918
Alignment:
9 gagaagaacaatacttgggagttgtgcatactacccaaagggaagaagacaattggagtgaaatgggtgtataaggtgaaggtgaatccaaaaggagaag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
38768997 gagaagaacaatacttgggagttgtgcatactacccaaagggaagaagacagttggagtgaaatgggtgtataaggtgaaggtgaatccaaaagaagaag 38768898  T
109 tagtgaaatataaagcaagactagtggttagaggcttcttacaaaggcaaggcattgattatgaagaggtctttgcacctgttgcaagacttgaaactgt 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
38768897 tagtgaaatataaagcaagactagtggttagaggcttcttacaaaggcaaggcattgattatgaagaggtctttgcacatgttgcaagacttgaaactgt 38768798  T
209 gagattggtggttgcacatgccagtatgcaaggttggaacttacatcaattagatgttaagtaagcttttctcaatggagaattggaaaaggaagtgtac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
38768797 gagattggtggttgcacatgccaatatgcaaggttggaacttacatcaattagatgttaagtaagcttttctcaatggagatttggaagaggaagtgtac 38768698  T
309 atagaccagtcacaaggttttgtgaagaaaggtagtgaagataaggtgttgagattaagaaaggcattgtatggtttgaaacaagctccacgagcttgga 408  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38768697 atagaccagccacaaggttttgtgaagaaaggtagtgaagataaggtgttgagattaagaaaagcattgtatggtttgaaacaagctccacgagcttgga 38768598  T
409 ataagaggatagataaagctttaatcaatatgaaatttatcaaatgcatctcagaacatggtgtatatgtaaagtcagggggtgcagacatagtgattgt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38768597 ataagaggatagataaagctttaatcaatataaaatttatcaaatgcatctcagaacatggtgtatatgtaaagtcagggggtgcagacatagtgattgt 38768498  T
509 gtgtttgtatgtagatgatttgctggtgacaggaaatagtgaagctaaagtagctgaattcaagaaaaatatgatgagtgagtttgatatgacagatctt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38768497 gtgtttgtatgtagatgatttgctggtgataggaaatagtgaagctaaagtagctgaattcaagaaaaatatgatgagtgagtttgatatgacagatctt 38768398  T
609 ggggagttattttacttccttgggattgaatttagaagagcaagtgcaagaatgattattagtcaatagaaatacactgctgatgtgctcaccaggttta 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
38768397 ggggagttattttacttccttgggattgaattcagaagaacaagtgcaggaatggttcttagtcaatagaaatacactgccgatgtgctcaccaggttta 38768298  T
709 atatgttgaactgtaatagtgcagaaacacctgctgaagcaagactgaatcttgtgagagatggtgatgaagaagaggtgaactcaactgagtttagaca 808  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38768297 atatgttgaattgtaatagtgcagaaacacctgctgaagcaagactgaatcttgtgagagatggtgatgaagaagaggtgaactcaactgagtttagaca 38768198  T
809 gatggtaggtgcactgagatatctctgcaacactagaccaaatattgcattttgtgttggtgtgatcagcagagttatggacaggcctagtgtatcgcat 908  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
38768197 gatggtaggcgcactgagatatctctgcaacactagaccaaatattgcattctgtgttggtgtgattagcagagttatggacaggcctagtgtatcacat 38768098  T
909 ctcatggcagctaagtggatcatgagatacttgaagggaactatgagctatggaattttgtttccatgtaaaaggagtgaaaatttgaagaaattgtatg 1008  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
38768097 ctcatggcagctaagtggatcatgagatacttgaagggaactatgagctatggaattctgtttccatgtaaaaggagtgaaaatttgaagaaattgtatg 38767998  T
1009 gctacactgatgcagattggtgtggagataagaatgatagaaaaag--ttgttgggtttgtgttctttgcaggaacaaca 1086  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||    
38767997 gctactctgatgcaaattggtgtggagataagaatgatagaaaaagcactgttggttttgtgttctttgcaggaacaaca 38767918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 728; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1086
Target Start/End: Original strand, 40476997 - 40478051
Alignment:
10 agaagaacaatacttgggagttgtgcatactacccaaagggaagaagacaattggagtgaaatgggtgtataaggtgaaggtgaatccaaaaggagaagt 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||    
40476997 agaagcacaatacttgggagttgtgcatactacccaaagggaagaagacaattggagtgaaatgggtgtataaggtgaa------tccaaaaggagaagt 40477090  T
110 agtgaaatataaagcaagactagtggttagaggcttcttacaaaggcaaggcattgattatgaagaggtctttgcacctgttgcaagacttgaaactgtg 209  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
40477091 agtgaaatataaagtaagactagtggttagatgcttcttgcaaaggcaaggcattgattatgaagaggtctttgcacctgtggcaagacttgaaactgtg 40477190  T
210 agattggtggttgcacatgccagtatgcaaggttggaacttacatcaattagatgttaagtaagcttttctcaatggagaattggaaaaggaagtgtaca 309  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||     
40477191 aggttggtggttgcacatgctagtatgcaaggttggaacttacatcaattagatgttaagtcagcctttctcaatggagaattggaagaagtagtgtac- 40477289  T
310 tagaccagtcacaaggttttgtgaagaaaggtagtgaagataaggtgttgagattaagaaaggcattgtatggtttgaaacaagctccacgagcttggaa 409  Q
      ||        ||       | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
40477290 --ga--------aa-------ttaagaagggtagtgaagataaggtgttgagattaagaaaagcattgtatggtttaaaacaagatccacgagcttggaa 40477372  T
410 taagaggatagataaagctttaatcaatatgaaatttatcaaatgcatctcagaacatggtgtatatgtaaagtcagggggtgcagacatagtgattgtg 509  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
40477373 taagaggataaataaagctttaatcaatatgaaatttatcaaatgtatctcagaacatggtgtatatgtgaagtcagggggtgcaaacatagtgattatg 40477472  T
510 tgtttgtatgtagatgatttgctggtgacaggaaatagtgaagctaaagtagctgaattcaagaaaaatatgatgagtgagtttgatatgacagatcttg 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
40477473 tgtttgtatgtagatgatttgctggtgacatgaaatagtgaagctaaagtagttgaattcaaggaaaatatgatgagtgagtttgatatgacaaatcttg 40477572  T
610 gggagttattttacttccttgggattgaatttagaagagcaagtgcaagaatgattattagtcaatagaaatacactgctgatgtgctcaccaggtttaa 709  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||| || ||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
40477573 gggagttatcttacttccttgggattgaattcaggagaacaagtgcatgaatggttcttaatcaacataaatacactgctgatgtgctcaccaggtttaa 40477672  T
710 tatgttgaactgtaatagtgcagaaacacctgctgaagcaagactgaatcttgtgagagatggtgatgaagaagaggtgaactcaactgagtttagacag 809  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
40477673 tatgttgtactataacagtgcagaaacacctgctgaagcaagattgagtcttgtgagagatggtgatgaagaagaggtgaactcaactgagtttagacag 40477772  T
810 atggtaggtgcactgagatatctctgcaacactagaccaaatattgcattttgtgttggtgtgatcagcagagttatggacaggcctagtgtatcgcatc 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
40477773 atggtaggtgcactgagatatctctgcaacactagaccagatattgctttctgtgttggtgttattagcagagttatggacaggcctagtgtatcacatc 40477872  T
910 tcatggcagctaagtggatcatgagatacttgaagggaactatgagctatggaattttgtttccatgtaaaaggagtgaaaatttgaagaaattgtatgg 1009  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||| ||| ||||| ||||||||||    
40477873 tcatggcagctaagaggatcatgagatatttgaagggaacaatgagctatggaattctgtttccaagtaagagcagtgagaatatgaaggaattgtatgg 40477972  T
1010 ctacactgatgcagattggtgtggagataagaatgatagaaaaag--ttgttgggtttgtgttctttgcaggaacaaca 1086  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||| ||||||||||||||| ||||||||    
40477973 ttacactgatgcagattggtgtggagataagaatgatagaaaaagcactgctggttttgtgttctttgcaagaacaaca 40478051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 21024885 - 21024847
Alignment:
369 aaggcattgtatggtttgaaacaagctccacgagcttgg 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
21024885 aaggccttgtatggtttgaaacaagctccaagagcttgg 21024847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 1018 - 1055
Target Start/End: Complemental strand, 27435808 - 27435771
Alignment:
1018 atgcagattggtgtggagataagaatgatagaaaaagt 1055  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
27435808 atgcagattggtgtggagataagcaggatagaaaaagt 27435771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 301 - 1086
Target Start/End: Complemental strand, 13620146 - 13619357
Alignment:
301 aagtgtacatagaccagtcacaaggttttgtgaagaaaggtagtgaagataaggtgttgagattaagaaaggcattgtatggtttgaaacaagctccacg 400  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
13620146 aagtgtacatagaccagccacaaggttttgtgaagaagggtagtgaagataaagtgctgagattgagaaaagcattgtatggcttgaaacaagctccacg 13620047  T
401 agcttggaataagaggatagataaagctttaatcaatatgaaatttatcaaatgcatctcagaacatggtgtatatgta----aagtcagggggtgcaga 496  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    |||||||||||||||||    
13620046 agcttggaataagaggatagataaggccttgatcaatatgaattttatcaaatgcatctcataacatggtgtatatatatgtgaagtcagggggtgcaga 13619947  T
497 catagtgattgtgtgtttgtatgtagatgatttgctggtgacaggaaatagtgaagctaaagtagctgaattcaagaaaaatatgatgagtgagtttgat 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
13619946 catagtgattgtgtgtttgtatgtagatgatttgctggggataggaaataatgaagctaaagtagctgaattcaagaaaaacataatgagtgagtttgat 13619847  T
597 atgacagatcttggggagttattttacttccttgggattgaatttagaagagcaagtgcaagaatgattattagtcaatagaaatacactgctgatgtgc 696  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||| || | |||||  |||||||||||  ||||||||    
13619846 atgacagatcttagggagttatcttacttccttggtattgaattcaggagaacaagtgcaagaatggttctcagtcagcagaaatacactattgatgtgc 13619747  T
697 tcaccaggtttaatatgttgaactgtaatagtgcagaaacacctgctgaagcaagactgaatcttgtgagagatggtgatgaagaagaggtgaactcaac 796  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
13619746 tcaccaagtttaatatgttgaactgtaatagtgcagaaacacctgcagaagcaagattgagcct--tgagagatggcgatgaagaagaggtggactcaac 13619649  T
797 tgagtttagacagatggtaggtgcactgagatatctctgcaacactagaccaaatattgcattttgtgttggtgtgatcagcagagttatggacaggcct 896  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
13619648 tgagtttagacaaatggtaggtgcattgagatatctctgcaacactagaccggatattgccttctgtgttggtgttatcagcagagttatggacaggcct 13619549  T
897 agtgtatcgcatctcatggcagctaagtggatcatgagatacttgaagggaactatgagctatggaattttgtttccatgtaaaaggagtgaaaatttga 996  Q
    || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||| ||| |||    
13619548 agagtatcacatctcatggcagctaagaggatcatgagatatttgaaaggaactatgagctatggaattctgtttccaagtaagagcagtgagaatatga 13619449  T
997 agaaattgtatggctacactgatgcagattggtgtggagataagaatgatagaaaaag--ttgttgggtttgtgttctttgcaggaacaaca 1086  Q
    || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||| ||  ||||||||||||||||||||||||    
13619448 aggaattgtatggttacactgatgcagactggtgtggaggtaagaatgatagaaaaagcattgctgattttgtgttctttgcaggaacaaca 13619357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 9 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 13623831 - 13623553
Alignment:
9 gagaagaacaatacttgggagttgtgcatactacccaaagggaagaagacaattggagtgaaatgggtgtataaggtgaaggtgaatccaaaaggagaag 108  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       
13623831 gagaagaacaatacttaggagttgtgcatactacataaatggaagaagacaattggagtgaaatgggtgtataaggtgaag------------------- 13623751  T
109 tagtgaaatataaagcaagactagtggttagaggcttcttacaaaggcaaggcattgattatgaagaggtctttgcacctgttgcaagacttgaaactgt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||    
13623750 tagtgaaatataaagcaagactagtggttagaggcttcttacaaaggcaagacattgattatgaagaggtctttgcacctgtggcatgacttgaaattgt 13623651  T
209 gagattggtggttgcacatgccagtatgcaaggttggaacttacatcaattagatgttaagtaagcttttctcaatggagaattggaaaaggaagtgt 306  Q
     || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
13623650 aaggttggtggttgcatatgctagtatgcaaggttggaacttacatcaattagatgttaagtcagcctttctcaatggagaattggaagaggaagtgt 13623553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 72; Significance: 3e-32; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 66 - 425
Target Start/End: Original strand, 24071212 - 24071571
Alignment:
66 gtgaaatgggtgtataaggtgaaggtgaatccaaaaggagaagtagtgaaatataaagcaagactagtggttagaggcttcttacaaaggcaaggcattg 165  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||  ||||| ||||| ||||| || |||||| |  | ||||  ||||| ||| | |||||  | ||  |||    
24071212 gtgaaatgggtgtacaaagtgaaggtcaatcttaaaggtgaagtggtgaagtacaaagcacggttggtggccagaggattcctccaaagaaatggtgttg 24071311  T
166 attatgaagaggtctttgcacctgttgcaagacttgaaactgtgagattggtggttgcacatgccagtatgcaaggttggaacttacatcaattagatgt 265  Q
    | |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| | | ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||  |||||||| | |||||    
24071312 actatgaagaagtatttgcacccgttgcaagacttgaaactgtgaaagttgtggtagttcatgctagtatgcaagggtggaaaatacatcaacttgatgt 24071411  T
266 taagtaagcttttctcaatggagaattggaaaaggaagtgtacatagaccagtcacaaggttttgtgaagaaaggtagtgaagataaggtgttgagatta 365  Q
     || |  |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||  | || ||  ||  ||||||||||||  |||| |||||  | || || || | |||     
24071412 aaaatccgcttttctgaatggagaattggaagaggaagtatatgttgaacaaccatcaggttttgtgaaacaaggaagtgagaacaaagtcttaaaattg 24071511  T
366 agaaaggcattgtatggtttgaaacaagctccacgagcttggaataagaggatagataaa 425  Q
    ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
24071512 agaaaagccttatatggcttgaaacaagctccacgagcttggaacaagaaaatagataaa 24071571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 20783704 - 20783666
Alignment:
369 aaggcattgtatggtttgaaacaagctccacgagcttgg 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
20783704 aaggccttgtatggtttgaaacaagctccaagagcttgg 20783666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 407
Target Start/End: Original strand, 29472168 - 29472206
Alignment:
369 aaggcattgtatggtttgaaacaagctccacgagcttgg 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
29472168 aaggccttgtatggtttgaaacaagctccaagagcttgg 29472206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 376 - 423
Target Start/End: Original strand, 27236096 - 27236143
Alignment:
376 tgtatggtttgaaacaagctccacgagcttggaataagaggatagata 423  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
27236096 tgtatggtttgaagcaagctccaagagcttggaataagaaaatagata 27236143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 369 - 407
Target Start/End: Original strand, 29870605 - 29870643
Alignment:
369 aaggcattgtatggtttgaaacaagctccacgagcttgg 407  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
29870605 aaggccttgtatggtttgaaacaagctccaagagcttgg 29870643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University