View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11265_low_1 (Length: 680)

Name: NF11265_low_1
Description: NF11265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11265_low_1
NF11265_low_1
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (156-672)||(32593321-32593825)
chr1 (193-672)||(51823486-51823970)
chr1 (215-672)||(31526627-31527080)
chr1 (250-672)||(37030012-37030419)
chr1 (42-115)||(32593870-32593943)
chr1 (47-103)||(51823360-51823416)
chr1 (129-161)||(32594053-32594085)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-330)||(52267388-52267717)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (202-672)||(49201773-49202253)
chr3 (156-672)||(49211272-49211782)
chr3 (210-672)||(49186806-49187273)
chr3 (202-665)||(49206734-49207201)
chr3 (276-672)||(49190571-49190964)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (296-672)||(26755869-26756251)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 156 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 32593825 - 32593321
Alignment:
Q  156 catgtatcacacaataaaatgtactactgctaaatataattaccaaaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaa 255  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  32593825 catgtatcacagaataaaaagtactactgctaaat-----taccaaaataaaaggtattactactataaacctaatacttgc----atcctcctaattaa 32593735  T
Q  256 gagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaaacaccag 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32593734 gagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcagcatcttgtaaacaccag 32593635  T
Q  356 caacctctttcatacccatagaaccttcgcctccattgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacttactgcctcagcattaat 455  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||   |  |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||    
T  32593634 caacctctttcatgcccatagaaccttccgtt--attc-cgcctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccatgtactgcctcagcattgat 32593538  T
Q  456 cttagccatctcttgaaacatgccgccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacact 555  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593537 cttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacact 32593438  T
Q  556 ccttgagcttgtccaattgtcacaatcccttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctg 655  Q
    |||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593437 ccttgagcattcccaagtgtcacaatcccttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctg 32593338  T
Q  656 ccaatgctttctgtgct 672  Q
    |||||||||||||||||    
T  32593337 ccaatgctttctgtgct 32593321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 193 - 672
Target Start/End: Original strand, 51823486 - 51823970
Alignment:
Q  193 aattaccaaaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggag 292  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51823486 aattaccaaaataaaaggtactacta---taaacctaatactt-cttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggag 51823581  T
Q  293 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcg-------- 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
T  51823582 gcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttgaacagaggtggcagcatcttgtagacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcggctattcc 51823681  T
Q  385 -cctccattgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacttactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccgcca 483  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  51823682 gcctccattgtcccctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacgtactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccacca 51823781  T
Q  484 tttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcttgtccaattgtcacaatcc 583  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||    
T  51823782 tttatcatcaagtaatcccttagagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcatttccaagtgtcacaatcc 51823881  T
Q  584 cttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 672  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51823882 cctctgcctcttttttctttgcgtatagatctgcttcagctgcttgcttgcacgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 51823970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 215 - 672
Target Start/End: Original strand, 31526627 - 31527080
Alignment:
Q  215 actactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526627 actactataaacctaatacttg----catcctcctaattaagagcttttgtctgataaggttcctatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatg 31526722  T
Q  315 gacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcgcctccattgtcacctccattagtccaaata 414  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31526723 gacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcgcctccattgtcacctccattagtccaaata 31526822  T
Q  415 ctaatcttaggttcaagtccacttactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccgccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgt 514  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31526823 ctaatcttaggttcaagtccacgtaccgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttagagctgtgt 31526922  T
Q  515 agttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcttgtccaattgtcacaatcccttctgcctcttttttctttgcgtatagctc 614  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31526923 agtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcatatagctc 31527022  T
Q  615 tgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 672  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31527023 cgcttcggctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgacaatgctttctgtgct 31527080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 250 - 672
Target Start/End: Original strand, 37030012 - 37030419
Alignment:
Q  250 aattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaaa 349  Q
    ||||||||| ||||||| |  |||  ||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  37030012 aattaagagtttttgtcaggcaagactcccatccaagcaggtggtaacattcccgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtaga 37030111  T
Q  350 caccagcaacctctttcatacccatagaaccttcgcctccattgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacttactgcctcagc 449  Q
    |||||||||| |||||||||||      |||| |          ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||| ||    
T  37030112 caccagcaacttctttcatacc------acctgct---------tcacccccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtcctcgtattgcctcggc 37030196  T
Q  450 attaatcttagccatctcttgaaacatgccgccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttaca 549  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  37030197 gttaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatccctcacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattaagaagtttacttaca 37030296  T
Q  550 tacactccttgagcttgtccaattgtcacaatcccttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttg 649  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  37030297 tacaccccttgagcttgtccaactgtcacaattccctctgcctcctttttctttgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttg 37030396  T
Q  650 catctgccaatgctttctgtgct 672  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  37030397 catctgccgatgctttctgtgct 37030419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 42 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 32593943 - 32593870
Alignment:
Q  42 aaaaagacattacttttgtaccaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaatcatcataaaaatcca 115  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32593943 aaaaatacattacttttgtaccatgcatgaaaaattagcaaacttatggcaagttaaatcattataaaaatcca 32593870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 47 - 103
Target Start/End: Original strand, 51823360 - 51823416
Alignment:
Q  47 gacattacttttgtaccaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaatcat 103  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51823360 gacattacttttgtacgaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaatcat 51823416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 32594085 - 32594053
Alignment:
Q  129 caaaaattccatttataaaataccaagcatgta 161  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32594085 caaaaattccattcataaaataccaagcatgta 32594053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 52267717 - 52267388
Alignment:
Q  1 cagttgtttaagatggtaagacgataatttactttagctttaaaaagacattacttttgtaccaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52267717 cagttgtttaagatggtaagacgataatttactttagctttaaaaagacattacttttgtaccaagcatgaaaaattagcatacttatggcaagttaaat 52267618  T
Q  101 catcataaaaatccaagcatgaaaaggacaaaaattccatttataaaataccaagcatgtatcacacaataaaatgtactactgctaaatataattacca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52267617 catcataaaaatccaagcatgaaaaagacaaaaattccatttataaaataccaagcatgtatcacacaataaaatgtactactgctaaatataattacca 52267518  T
Q  201 aaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52267517 aaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatg 52267418  T
Q  301 cctgtttgctcatggacagtcttaaacaaa 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52267417 cctgtttgctcatggacagtcttaaacaaa 52267388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 202 - 672
Target Start/End: Original strand, 49201773 - 49202253
Alignment:
Q  202 aataaaaggtactactactataaacctaatacttgc-ttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatg 300  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49201773 aataaaaggtactactgatataaacctaatacttgcattgcatcatcctaattaagggcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatg 49201872  T
Q  301 cctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcg---------cctccat 391  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||          || |||     
T  49201873 cccgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttttttcaccaccac 49201972  T
Q  392 tgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacttactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccgccatttatcat 491  Q
    | ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49201973 tatcactaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcat 49202072  T
Q  492 caagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcttgtccaattgtcacaatcccttctgcc 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |  |||| |||||||||||| ||||||    
T  49202073 caagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattcagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcc 49202172  T
Q  592 tcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 672  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  49202173 tcttttttctttgcgtatagctctgcttcggcttcttgcttgcaagcataaaatgttgcatctgctgacgctttctgtgct 49202253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 156 - 672
Target Start/End: Original strand, 49211272 - 49211782
Alignment:
Q  156 catgtatcacacaataaaatgtactactgctaaatataattaccaaaataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaa 255  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||| |||||     |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |     |||||||||||    
T  49211272 catgtatcacatgataaaaggtactactgttaaat-----taccaaaataaaagatactactactgtaaacctaatacttgcat-----ctcctaattaa 49211361  T
Q  256 ga-------gcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaa 348  Q
    ||       ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||     
T  49211362 gacttaagagcttttgtcagataaggatcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtac 49211461  T
Q  349 acaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcgcctcca---ttgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacttactgcct 445  Q
    ||||||||||| ||||||||  |      |||||| || |||   || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||    
T  49211462 acaccagcaacttctttcatcgc------accttcacccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcct 49211555  T
Q  446 cagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccgccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtact 545  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49211556 cagcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatcaagtaatcccttactgctgtatagttgtttccaagtgcattcagaagtgtact 49211655  T
Q  546 tacatacactccttgagcttgtccaattgtcacaatcccttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaat 645  Q
    ||||||| |||||||||| |  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  49211656 tacatacgctccttgagcattcccaagtgtcacaatcccctctgcctcttttttctttgcgtacagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaat 49211755  T
Q  646 gttgcatctgccaatgctttctgtgct 672  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||    
T  49211756 gtggaatctgccaatgctttttgtgct 49211782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 210 - 672
Target Start/End: Original strand, 49186806 - 49187273
Alignment:
Q  210 gtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgc 309  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||    ||| ||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  49186806 gtactactactataaaccaaatacttgc----atcatcctaatcaagagcttttctcagataaggctcccatccaagcaggaggcaacatgcccgtttgc 49186901  T
Q  310 tcatggacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcg---------cctccattgtcacctc 400  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||          || | ||| ||||| |    
T  49186902 tcatggacagtcttaaacagaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccatcagttattcccccactattatcaccac 49187001  T
Q  401 cattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacttactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccgccatttatcatcaagtaatc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  49187002 cattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtattgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgtcaccatttatcatcaagtaatc 49187101  T
Q  501 ccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcttgtccaattgtcacaatcccttctgcctcttttttc 600  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||    
T  49187102 ccttacagctgtgtagtcgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcttgtccaagtgtcacaattccctctgcctcctttttc 49187201  T
Q  601 tttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 672  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  49187202 tttgcataaagctctgcttcagctgcttgtttgctagcataaaatgttgcatctgccgacgctttctgtgct 49187273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 202 - 665
Target Start/End: Original strand, 49206734 - 49207201
Alignment:
Q  202 aataaaaggtactactactataaacctaatacttgcttgcatcctcctaattaagagcttttgtcggataaggttcccatccaagcaggaggcaacatgc 301  Q
    ||||||||||||| ||| | |||||||||||||||| |     |||| ||||||||| ||||||| | ||| | |||||||||||| ||||| |||||||    
T  49206734 aataaaaggtactgctattgtaaacctaatacttgcat-----ctccaaattaagagtttttgtcaggtaaagatcccatccaagccggaggaaacatgc 49206828  T
Q  302 ctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaaccttcg------cctccattgt- 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||       || ||||| |     
T  49206829 ctgtttgctcatggacagtcttaaacagaggcggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatacccatggcaccttcagttattcccccattatt 49206928  T
Q  395 --cacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacttactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccgccatttatcatc 492  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49206929 atcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtaccgcctcggcattaatcttagcaatctcttgaaacatgccaccatttatcatc 49207028  T
Q  493 aagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcttgtccaattgtcacaatcccttctgcct 592  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||| ||||| |||||| |||||||    
T  49207029 aagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacgctccttgagcattcccaagtgtcataatcccctctgcct 49207128  T
Q  593 cttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgcttt 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  49207129 cttttttctttgcgtatagctctgcttcagcttcttgcttgcgagcataaaatgtggaatctgccaatgcttt 49207201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 276 - 672
Target Start/End: Original strand, 49190571 - 49190964
Alignment:
Q  276 tcccatccaagcaggaggcaacatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccata 375  Q
    ||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||  |        
T  49190571 tcccatccaagcaggtggtaacattcccgtttgctcatgaacagtcttaaacaaaggtggcaacatcttgtagacaccagcaacttctttcatcgc---- 49190666  T
Q  376 gaaccttcgcctcca---ttgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacttactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaa 472  Q
      |||||| || |||   || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49190667 --accttcacccccactattatcaccaccattagtccaaatactaatcttaggctcaagtccgcgtactgcctcagcattaatcttagcgatctcttgaa 49190764  T
Q  473 acatgccgccatttatcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcttgtccaat 572  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |  ||||     
T  49190765 acatgccaccatttatcatcaagaaatcccttacagcagtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgcacttagatacaccccttgagcattcccaag 49190864  T
Q  573 tgtcacaatcccttctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 672  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  49190865 tgtcacaattccctctgcctcctttttctttgcatatagctctgcttcagctgcttgcgtgcgagcataaaatgttgcgtctgctaatgctttctgtgct 49190964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 296 - 672
Target Start/End: Original strand, 26755869 - 26756251
Alignment:
Q  296 acatgcctgtttgctcatggacagtcttaaacaaaggtggcagcatcttgtaaacaccagcaacctctttcatacccatagaacc---------ttcgcc 386  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||   |||         ||||||    
T  26755869 acatgcctgtttgctcatggactgtcttaaacagaggtggcaacatcttgtacacaccagcaacttctttcatacctatgccaccgtcagttttttcgcc 26755968  T
Q  387 tccattgtcacctccattagtccaaatactaatcttaggttcaagtccacttactgcctcagcattaatcttagccatctcttgaaacatgccgccattt 486  Q
     || || |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||| || || ||| |||||||||| ||||||    
T  26755969 accgttatcacc---attagtccaaatactaatcttaggttcaagtccgcgtatagcctcagcattaatcttcgcaatatctcgaaacatgccaccattt 26756065  T
Q  487 atcatcaagtaatcccttacagctgtgtagttgtttccaagtgcattgagaagtgtacttacatacactccttgagcttgtccaattgtcacaatccctt 586  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |    ||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |  |||| |||||| ||||| |    
T  26756066 atcatcaagtagtcccttacagctgtataatcacctccaagtgcgttgagaagggtacttacacacaccccttgaccattcccaagtgtcacgatcccct 26756165  T
Q  587 ctgcctcttttttctttgcgtatagctctgcttcagctgcttgcttgcgcgcataaaatgttgcatctgccaatgctttctgtgct 672  Q
    | ||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  26756166 ccgcctccttcttctttgcatatagctctgcttcggctgcttgtttacgagcataaaatgttgcatttgccaatgctatctgtgct 26756251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University