View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11266_low_20 (Length: 310)
Name: NF11266_low_20
Description: NF11266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11266_low_20 |
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| [»] scaffold0208 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 12 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 6199637 - 6199357
Alignment:
| Q |
12 |
ataggatgcaacattcgtatttataagattgaaacacattattcttaaagtaattagttatgatcagccatctacataaagcatatatttatatactata |
111 |
Q |
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|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
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| T |
6199637 |
ataggatgcaacattcatatttataagattgaaacacattattctcaaagtagttagttatgatcagccatctacataaagcatatatttata--ctata |
6199540 |
T |
|
| Q |
112 |
ataggacttcatgtaatgcatattatctacaatataatcaagttcaaacaataacacactttatattatttatcgattatgatcataacatgaatataca |
211 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6199539 |
ataggaattcatgtaaggcatattatctacaatataatcaagttcaaacaataacacactctatattatttatcgattatgatcataacatgaatataca |
6199440 |
T |
|
| Q |
212 |
gtatatgtatccattagctaatcactttaataacataaaatagccaatgatgatgtcaaacaaaagatggcctacgtgtatag |
294 |
Q |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
6199439 |
gtatatgtatccattagctaaacactttaataacataaaatagccaatgatgatgtaaaacaaaagatggcatacgtgtatag |
6199357 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 68 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 9067297 - 9067069
Alignment:
| Q |
68 |
gttatgatcagccatctacataaagcatatatttatatactataataggacttcatgtaatgcatattatctacaatataatcaagttcaaacaataaca |
167 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
9067297 |
gttatgatcagccatctacataaagcatatatttata--ctataataggaattcatgtaaggcatattatgtacaatataatcaagttcaaacaataaca |
9067200 |
T |
|
| Q |
168 |
cactttatattatttatcgattatgatcataacatgaatatacagtat----atgtatccattagctaatcactttaataacataaaatagccaatgatg |
263 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9067199 |
cactttatattatttatcgattatgatcataacatgaatatacagtatatgcatgtatccattagctaatcactttaataacataaaatagccaatgatg |
9067100 |
T |
|
| Q |
264 |
atgtcaaacaaaagatggcctacgtgtatag |
294 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||| ||||||||||| |
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| T |
9067099 |
atgtaaaacaaaagatggcatacgtgtatag |
9067069 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0208 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0208
Description:
Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 294
Target Start/End: Original strand, 661 - 933
Alignment:
| Q |
14 |
aggatgcaacattcgtatttataagattgaaacacattattcttaaagtaattagttatgatcagccatctacataaagcatatatttatatactataat |
113 |
Q |
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| T |
661 |
aggatgcaatatacataattataagattgaaacacattattatcaaagtaattagttatgatcagccatctacataaagcatacatttataca--ataat |
758 |
T |
|
| Q |
114 |
aggacttcatgtaatgcatattatctacaatataatcaagttcaaacaataacacactttatattatttatcgattatgatcataacatgaatatacagt |
213 |
Q |
| |
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|
|
| T |
759 |
aggaattcatgtaaggcatattat-tacactgtaatcaagttcaaacaataaaacact--atattatttatcgattatgatcataacatgaatatacaat |
855 |
T |
|
| Q |
214 |
atatgtatccattagctaatcactttaataacataaaatagccaatgatgatgtcaaacaaaagatggcctacgtgtatag |
294 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
856 |
atatgtatccattagctaatcactttaataa---aaaatagccaatgatgatgtaaaacaaaagatgacatacgtgtatag |
933 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 282
Target Start/End: Original strand, 17535621 - 17535894
Alignment:
| Q |
11 |
cataggatgcaacattcgtatttataagattgaaacacattattcttaaagtaattagttatgatcagccatctacataaagcatatatttatatactat |
110 |
Q |
| |
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|||||||| ||| || | || |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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|
| T |
17535621 |
cataggattcaatatacataattataagaatgaaacacattattatcaaagtaattagttatgaccagccatctacataaagcatatatttata--ctat |
17535718 |
T |
|
| Q |
111 |
aataggacttcatgtaatgcatattatctacaatataatcaagttcaaacaataacacactttatattatttatcgattatgatcataacatgaa----- |
205 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17535719 |
aataggaattcatgtaaggcatattatctacattgtaatcaagttcaaacaataaaacactttatattatttatcgattatgatcataacatgaatattg |
17535818 |
T |
|
| Q |
206 |
--tatacagtatatgtatccattagctaatcactttaataacataaaatagccaatgatgatgtcaaacaaaagatggc |
282 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |
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|
| T |
17535819 |
agtatacagtatatgtatccattagctaatcactttaat---ataaaatagccaatgatgacgtaaagcaaaagatggc |
17535894 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 11 - 294
Target Start/End: Original strand, 26907598 - 26907868
Alignment:
| Q |
11 |
cataggatgcaacattcgtatttataagattgaaacacattattcttaaagtaattagttatgatcagccatctacataaagcatatatttatatactat |
110 |
Q |
| |
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|||||||||||| || | || ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||| | || |
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| T |
26907598 |
cataggatgcaatatacataattacaagattgaaacacattattatcaaagtaattagttatgatcaaccacctagataaagcatccatttataca--at |
26907695 |
T |
|
| Q |
111 |
aataggacttcatgtaatgcatattatctacaatataatcaagttcaaacaataacacactttatattatttatcgattatgatcataacatgaatatac |
210 |
Q |
| |
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||||||| ||||||| | ||||||||||| || | ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
26907696 |
aataggaattcatgttaggcatattatcttcattgtaatcaaattcaaaca--------ctttatattatttatcgattatgatcataacatgaatatac |
26907787 |
T |
|
| Q |
211 |
agtatatgtatccattagctaatcactttaataacataaaatagccaatgatgatgtcaaacaaaagatggcctacgtgtatag |
294 |
Q |
| |
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| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |
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| T |
26907788 |
aatatacgtatccattagctaatcactttaataa---aaaatagccaatgatgatgtaaaacaaaagatgacatacgtgtatag |
26907868 |
T |
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