View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11266_low_9 (Length: 466)

Name: NF11266_low_9
Description: NF11266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11266_low_9
NF11266_low_9
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-456)||(21150618-21151073)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (5-396)||(22888993-22889384)
chr7 (1-417)||(22814707-22815123)
chr7 (5-417)||(22830711-22831123)
chr7 (9-417)||(22839732-22840140)
chr7 (46-394)||(22880294-22880642)
chr7 (9-398)||(22809340-22809732)
chr7 (1-398)||(22858158-22858558)
chr7 (9-396)||(22875623-22876004)
chr7 (9-398)||(22893652-22894032)
chr7 (9-396)||(22897973-22898351)
chr7 (185-398)||(22885324-22885537)
chr7 (2-396)||(22805019-22805404)
chr7 (10-396)||(22913375-22913755)
chr7 (122-396)||(22825959-22826224)
chr7 (5-138)||(22885556-22885686)
chr7 (1-50)||(22922209-22922258)
chr7 (1-54)||(22933333-22933386)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-65)||(15628278-15628336)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 456
Target Start/End: Original strand, 21150618 - 21151073
Alignment:
Q  1 caagattttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgata 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150618 caagattttgagtttgatgatatcaataataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgata 21150717  T
Q  101 atgatggattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150718 atgatggattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctcc 21150817  T
Q  201 aattagtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150818 aattagtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctca 21150917  T
Q  301 tcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctgaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150918 tcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctgaag 21151017  T
Q  401 taacagtattttctgagnnnnnnnnntccaaatttttaactattagtttgcctttg 456  Q
    |||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151018 taacagtattttctgagaaaaaaaaatccaaatttttaactattagtttgcctttg 21151073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 5 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 22889384 - 22888993
Alignment:
Q  5 attttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||| | |||     
T  22889384 attttgagtttgatgatatcaacgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctgattcaactcctgcaggatattatgatggttatgg 22889285  T
Q  105 tggattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaatt 204  Q
    |  |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| |||||| ||||||||||||| |||||     
T  22889284 tcaattcaaggatttatccctttccagtggataccctatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagcaccaatg 22889185  T
Q  205 agtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatctt 304  Q
    |||||||||  || ||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22889184 agtgttggtgctagtaataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatctt 22889085  T
Q  305 caacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 396  Q
    ||||||||||| | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22889084 caacagggttaatggtagcttctcagtatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 22888993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 22815123 - 22814707
Alignment:
Q  1 caagattttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgata 100  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||     
T  22815123 caagatttgcagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtatcgatatcaattatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattataatgatc 22815024  T
Q  101 atgatggattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctcc 200  Q
    ||| |  |||||  || |||||||||| || ||||| |||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  22815023 atggtcaattcagggagttatccctttccaatggatttcctatacaggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctcc 22814924  T
Q  201 aattagtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctca 300  Q
    ||| |||||||||  || ||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22814923 aatgagtgttggtgctagtaataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctca 22814824  T
Q  301 tcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctgaag 400  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| |      
T  22814823 tcttcaacagggttacttgtagcttctcattatattcttgggtggagttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatatctgaacttcctaagc 22814724  T
Q  401 taacagtattttctgag 417  Q
    ||||||||||| |||||    
T  22814723 taacagtatttgctgag 22814707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 5 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 22831123 - 22830711
Alignment:
Q  5 attttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatga 104  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||     
T  22831123 attttgagtttgatgatatcaatgataatcatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatgatactgg 22831024  T
Q  105 tggattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaatt 204  Q
    | ||||||   |||||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  22831023 tcgattcaggaatttatcccttaccagtggacatcctatgcaggtatggattgaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccagtt 22830924  T
Q  205 agtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatctt 304  Q
    ||||||||||||| | | |||||| ||  |||   |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22830923 agtgttggttttagtcataaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatctt 22830824  T
Q  305 caacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctgaagtaac 404  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||| || ||     
T  22830823 caacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaag 22830724  T
Q  405 agtattttctgag 417  Q
    ||||||| |||||    
T  22830723 agtatttgctgag 22830711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 9 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 22840140 - 22839732
Alignment:
Q  9 tgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||  || || ||    
T  22840140 tgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattacgatgaatataatcga 22840041  T
Q  109 ttcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtg 208  Q
    ||||  ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |  ||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  22840040 ttcagggatttatccctctccagtggatatcctatgcaagtatggattgaatatgatagagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccatttagtg 22839941  T
Q  209 ttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaac 308  Q
    ||||||||| | | |||||| ||  |||   |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22839940 ttggttttagtcataaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaac 22839841  T
Q  309 agggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctgaagtaacagta 408  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||    
T  22839840 agggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaagagta 22839741  T
Q  409 ttttctgag 417  Q
    ||| |||||    
T  22839740 tttgctgag 22839732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 46 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 22880642 - 22880294
Alignment:
Q  46 gatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatggattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgc 145  Q
    ||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  22880642 gatatcaatgatttgaaatcagtaaattcaatttctgcaggatattatgatgattatgatcgattcaaggatttatccctttccagtggatatcccatgc 22880543  T
Q  146 atgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatc 245  Q
    | ||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||| ||    
T  22880542 aggtatggattgactatgatggagtgaagaaaaagattgaggttacattagctccgattagtgttggttttaataataaaccaacacgacatttgttgtc 22880443  T
Q  246 attgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttgg 345  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||    
T  22880442 attgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagtatgtatgttggattatcatcttcaacaaggttaattttagcttctcattatgttcttggttgg 22880343  T
Q  346 agttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttc 394  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22880342 agttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgagcttc 22880294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 9 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 22809732 - 22809340
Alignment:
Q  9 tgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||  ||||| |  |    
T  22809732 tgagtttgatgatatcaatgataaccatattggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatagtaatggtcaa 22809633  T
Q  109 ttcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtg 208  Q
    |||||  || |   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  22809632 ttcaagaatatgagccttttcagtggctatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgctactttagctccaattaatg 22809533  T
Q  209 ttggttttaa---taaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttc 305  Q
    ||||||||||   |   |||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  22809532 ttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcattcaccaaagatctttctccaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttc 22809433  T
Q  306 aacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctga 398  Q
    |||||| |   ||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  22809432 aacaggttctattctatcttctcattatgttcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgatatctctaaacttcctga 22809340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 22858558 - 22858158
Alignment:
Q  1 caagattttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgata 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||| ||| ||    
T  22858558 caagatcttgagtttgatgatatcaataataaccatgctggtattgacatcaataatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatactataatgcta 22858459  T
Q  101 atgatggattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctcc 200  Q
     || | ||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |  ||||| || ||| ||||||| ||||||||    
T  22858458 ttggtcgattcaacgacttatccctttctagtggatatcctatgcaggtatggatagaatatgatggagtgaagaaaaatattgatgttacattagctcc 22858359  T
Q  201 aattagtgttggttttaataaa---aaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattc 297  Q
    ||||| | |||||| ||||      ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22858358 aattaattttggttgtaatgttgttaaaccagcacgacctttgttatcattcacgaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattc 22858259  T
Q  298 tcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctg 397  Q
    ||||||||||| ||| || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22858258 tcatcttcaaccggggtaattgtagcttcccattatattcttggttggagttttaaggttaatggccaagctcaaaaccttgaaatctctaaacttcctg 22858159  T
Q  398 a 398  Q
    |    
T  22858158 a 22858158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 9 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 22876004 - 22875623
Alignment:
Q  9 tgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatgga 108  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||| |||||  || || ||    
T  22876004 tgagtttaatgatatcgatgataaccatgttggaattgatatcaatgatttgaaatcagctatttcaacttctacaggatattacgatgaatataatcga 22875905  T
Q  109 ttcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtg 208  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |  || || |||||| |||||||||||||||||||   ||    
T  22875904 ttcagggatttatcccttttcagtggatatcccatgcaggtatggattgactatgatggagtgaaaaaaaagattgatgttactttagctccaatagatg 22875805  T
Q  209 ttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaac 308  Q
     | ||      || |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22875804 ctagt------aataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaac 22875711  T
Q  309 agggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 396  Q
    ||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22875710 aggtttaattttagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaacccttgaaatctctgaacttcct 22875623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 9 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 22894032 - 22893652
Alignment:
Q  9 tgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatgga 108  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |  |    
T  22894032 tgagtttgatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatggtaatggtcaa 22893933  T
Q  109 ttcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtg 208  Q
    |||||  || ||  |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  22893932 ttcaagaatataagccttatcagtggctatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatg 22893833  T
Q  209 ttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaac 308  Q
    ||| |         ||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||  | ||    
T  22893832 ttgtt---------aaaccaaaacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctac 22893742  T
Q  309 agggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctga 398  Q
     || | | ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22893741 tggttcatttctaacttctcattatattcttggttggagttttaagattaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctgaacttcctga 22893652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 9 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 22898351 - 22897973
Alignment:
Q  9 tgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatgatgga 108  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| ||||| |  |    
T  22898351 tgagtttaatgatatcaatgataaccatgttggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaaatcaactcctgcaggatattatgatgttaatggtcaa 22898252  T
Q  109 ttcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtg 208  Q
     ||||  ||||  |||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  22898251 ctcaagaatttgacccttttcagtggcaatcctatgcaggtatggattgaatatgatggtgaaaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatg 22898152  T
Q  209 ttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaac 308  Q
    ||| |         ||||||  |  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| |||||  | ||    
T  22898151 ttgtt---------aaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctac 22898061  T
Q  309 agggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 396  Q
     || | | ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  22898060 tggttcagttttcacttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttcct 22897973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 185 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 22885537 - 22885324
Alignment:
Q  185 atgttactttagctccaattagtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtat 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||    
T  22885537 atgttactttagctccaattagtgttggttttagtgataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaatactcaacaatagaat 22885438  T
Q  285 gtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatc 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  22885437 gtatgttggattctcatcttcaacagggttaattgtagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatagccaagctcaaaaccttgaaatc 22885338  T
Q  385 tctgaacttcctga 398  Q
    ||||||||||||||    
T  22885337 tctgaacttcctga 22885324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 2 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 22805404 - 22805019
Alignment:
Q  2 aagattttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataa 101  Q
    ||||||||||||||| |||| |  | |||||||| | | ||||| ||||||||||| ||||||||| |  ||||||| |||||| |||||| |||||| |    
T  22805404 aagattttgagtttggtgatgttgacaataaccacgatggtattaatatcaatgatctgaaatcagttgtctcaactactgcagcctattacgatgatca 22805305  T
Q  102 tgatggattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctcca 201  Q
    || |  | |||      ||  ||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  22805304 tggtcaaatcagaacagtagacctttccagtggaaatcctatacaggtatggattgattatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctcca 22805205  T
Q  202 attagtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcat 301  Q
     ||  ||||| |         |||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805204 gtttatgttgtt---------aaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattctcat 22805114  T
Q  302 cttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| || |||||    
T  22805113 cttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctcaatttcct 22805019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 22913755 - 22913375
Alignment:
Q  10 gagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatg---atg 106  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||  || ||  |||| ||||| |||||||||  | |||   |||    
T  22913755 gagttcgatgatatcaatgacaaccatgttggaattgatatcaatggtttgaaatcagagaaatcggcttcggcaggatattatgatattgatggtaatg 22913656  T
Q  107 gattcaatgatttatcccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattag 206  Q
      |||||  ||||   |||||| ||||| |  || |||||  | ||| | ||||||||||| |  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||     
T  22913655 agttcaagaatttgagcctttttagtggcttaccaatgcaaatttggttggaatatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaa 22913556  T
Q  207 tgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttca 306  Q
    ||||| |         ||||||  |  ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22913555 tgttgtt---------aaaccaaaacaacctttgttatcattgaacaaagatctttcttcaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttca 22913465  T
Q  307 acagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 396  Q
    ||||| | | ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  22913464 acaggttcaattctaacttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctcaaaatcttgtaatctctgaacttcct 22913375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 122 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 22826224 - 22825959
Alignment:
Q  122 cccttttcagtggatatcctatgcatgtatggattgaatatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtgttggttttaataa 221  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |            
T  22826224 cccttttctctggctatcctatgcaggtatggatagaatatgatggtgaaaataaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgtt-------- 22826133  T
Q  222 aaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagatctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgca 321  Q
     ||||||  |  ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||  | || || | | ||       
T  22826132 -aaaccaaaacaacctttgttttcattgaccagagatcttcctccaattttgaacaatagtatgtatgttggattctcatcagctactggttcagttttc 22826034  T
Q  322 gcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcct 396  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |  |||||||| |||| ||| ||||||||||||    
T  22826033 acttctcattatattcttggttgaagttttaagcttaatggtcaagctcaaaatcttgtaatttctgaacttcct 22825959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 22885686 - 22885556
Alignment:
Q  5 attttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatcagctaactcaacttctgcaggctattatgatgataatga 104  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||   || |    
T  22885686 attttgagtttgatgaaatcaatgataaccatattggtattgatatcaatgatttgaaatcagctaattcaactcctgcaggatattatgatg---atta 22885590  T
Q  105 tggattcaatgatttatcccttttcagtggatat 138  Q
    ||||||||   |||||||||||| ||||||||||    
T  22885589 tggattcaggaatttatccctttccagtggatat 22885556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 22922258 - 22922209
Alignment:
Q  1 caagattttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatat 50  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||| |||||    
T  22922258 caagattttgagtttggtgatattaatgataaccatgttggtatagatat 22922209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 54
Target Start/End: Original strand, 22933333 - 22933386
Alignment:
Q  1 caagattttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaat 54  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| || ||||||    
T  22933333 caagactttgagtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaat 22933386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 15628336 - 15628278
Alignment:
Q  7 tttgagtttgatgatatcaataataaccatgttcgtattgatatcaatgatttgaaatc 65  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||    
T  15628336 tttgggtttgatgatattaatgataaccatgttggtatagacatcaatggtttgaaatc 15628278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University