View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11267_low_1 (Length: 721)

Name: NF11267_low_1
Description: NF11267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11267_low_1
NF11267_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (11-693)||(47120910-47121591)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 595; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 595; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 47121591 - 47120910
Alignment:
Q  11 gtgagatgaaaggatgcttatcataatatgtaaaccatgtaatttaaaaagtcaagttgatttaatccatctgcaaggtatacaatttgtgattattcag 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47121591 gtgatatgaaaggatgcttatcataatatgtaaaccatgtaatttaaaaagtcaagttgatttaatccatctgcaaggtatacaatttgtgattatttag 47121492  T
Q  111 tgtaatggatatcattaggccnnnnnnnnngtgtaatggacattggccaacacattatgaaggacactgaaccatgcttggttggttttgattcatctct 210  Q
    |||||||||||| ||| | ||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47121491 tgtaatggatattatttgtccaaaaaaaaa-tgtaatggacattggccaacacattatgaaggacactgaaccatgcttggttggttttgattcatctct 47121393  T
Q  211 aaacacagacaaagttaaaagtcaaaattgattagcagtatagcgttcaggcttctgtacacgattgggtgaatcgaggaagcattatgggaagaaatat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47121392 aaacacagacaaagttaaaagtcaaaattgattagcagtatatcgttcaggcttctgcacacgattgggtgaatcgaggaagcattatgggaagaaatat 47121293  T
Q  311 tgcactcaaatttaaattttcaaatataagttagagcctcttttgacctttaattttggtatcctgctgagtaacatgtattcatcttgnnnnnnngtat 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||    
T  47121292 tgcactcaaatttaaattttcaaatacaagttagagcctcttttgacctttaattttggtatcctgctgagtaacatgtattcatcttgaaaaaaagtat 47121193  T
Q  411 gcattcaccctatccaatcgaaacaaataagggacaggtgcatatgacgtgataaacagtttctaccaagaaagtgcttacagcattttgattgtcatta 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47121192 gcattcaccctatccaatcgaaacaaataagggacaggtgcatatgacgtgataaacagtttctaccaagaaagtgcttacagcattttgattgtcatta 47121093  T
Q  511 tcggcactaaatacgtagtatataggcgccaagacctcgttcatgccttgcacataacaaattgcaggatttaacttcgcaaaaaggagaagaatattct 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47121092 tcggcactaaatacgtagtatataggcgccaagacctcgttcatgccttgcacataacaaattgcaggatttaacttcgcaaaaaggagaagaatattct 47120993  T
Q  611 tcattgcttcctgttgacaaaagtatcagtaaaaacttgagtcagaggcgaatcccctaaaatctattacttaacacaaggag 693  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47120992 tcattgcttcctgttgacaaaagtatcagtaaaaacttgagtcagaggcgaatcccctaaaatctattacttaacacaaggag 47120910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University