View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11268_low_1 (Length: 949)

Name: NF11268_low_1
Description: NF11268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11268_low_1
NF11268_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-937)||(25575378-25576298)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 869; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 869; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 937
Target Start/End: Complemental strand, 25576298 - 25575378
Alignment:
Q  17 caataactggtttggttaaattcttattattgtcctcctgcacgtgttggtcctttaccgtggcatccaccgctgtagtggacactacagcttgtccatt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25576298 caataactggtttggttaaattctcattattgtcctcctgcacgtgttggtcctttagcgtggcatccaccgctgtagtggacactacagcttgtccatt 25576199  T
Q  117 tacagcaatatctgagtccttggtttgtaaattctccaattccattgtactgtcaatcccttgtccccgagcaaccaaatgatccactgacttaagcgca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25576198 tacagcaatatctgagtccttggattgtaaattctccaattccattgtactgccaatcccttgtccccgagcaaccaaatgatccactggcttaagcgca 25576099  T
Q  217 gcgccattagtggatgagttttttgaattaagctggattttatttgttgaagacagaaaagactgattgagtgatacagacaaagatgtaggggagctcg 316  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25576098 gcgccattagtggatgagctttttgaattaagctggattttatttggagaagacagtaaagactgattgagtgatacagacaaagatgtaggggagctcg 25575999  T
Q  317 acctcatcgaatgtaactttttgcctctacaattctgagattttgaggaagacactgactttgaagatgaagaatgtgctctagaagacactgatcttga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25575998 acctcatcgaatgtaactttttgcctctacaattctgagattttgaggaagacactgactttgaagatgaagaatgtgctctagaagacactgatcttga 25575899  T
Q  417 tctagaatatttagtagacctaggcagtgatttggatgattgagaatgtgtaagtgagcgaaatgcagagtaatctgatagcaaagaggatgagactgat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25575898 tctagaatatttagtagacctaggcagtgatttggatgattgagaatgtgtaagtgagcgaaatgcagagtaatctgatagcaaagaggatgagactgat 25575799  T
Q  517 cgccttgatatcttcttctccctggatcttttaggtgattctgtttcatttctgctttgcttttttccttcatactcctcagtgtcctttgctaccaggg 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25575798 cgccttgatatcttcttctccctggatcttttaggtgattctgtttcatttctgctttgcttttttccttcatactcctcagtgtcctttgctaccgggg 25575699  T
Q  617 atgattcatttctaaatggtgcacaatcattccgtgaaccagacaccctccacttatctctttggtggctcatcaataaagcatctccatttgactgcgg 716  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25575698 atgattcatttctcaatggtgcacaatcactccgtgaaccagacaccctccacttatctctttggtggctcatcaataaagcatctccatttgactgcgg 25575599  T
Q  717 aatcacccaagaaccccatccagactcaatgtcatcttcaactctgcgctttttgtctattttatcagcatgctcatcatccaatctgttatattttctc 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25575598 aatcacccaagaaccccatccagactcaatgtcatcttcaactctgcgctttttgtctattttatcagcatgctcatcatccaatctgttatattttctc 25575499  T
Q  817 cgcaacgagtgttctttcctacaattttgcatcttatgacctgcttctccacgtctataaccagtatgctttaattttgaactgtttgggcgattcaagg 916  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25575498 cgcaacgagtgttctttcctacaattttgcatcttatgacctgcttctccacgtctataaccagtatgctttaattttgaactgtttgggcggttcaagg 25575399  T
Q  917 tttcctcaccaatctgtgctc 937  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  25575398 tttcctcaccaatctgtgctc 25575378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University