View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11268_low_3 (Length: 819)

Name: NF11268_low_3
Description: NF11268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11268_low_3
NF11268_low_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-801)||(7609537-7610338)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 770; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 770; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 801
Target Start/End: Original strand, 7609537 - 7610338
Alignment:
Q  1 tatgtgaatttgtgaaaagctatgtaacaagtgggcaatcagttcggacaccgcggatatgtacttttggcataggcaagagttctagcttcctcttctc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7609537 tatgtgaatttgtgaaaagctatgtaacaagtgggcattcagttcggacaccgcggatatgtacttttggcataggcaagagttctagcttcctcttctc 7609636  T
Q  101 tttgtgatcattagaaaatagattctcgaatatcattagttaacaatgtatgtttgacactcaacctcttctaacagaaaatagattttttgttgcagca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7609637 tttgtgatcattagaaaatagattctcgaatatcattagttaacaatgtatgtttgacactcaacctcttctaacagaaaatagattttttgttgcagca 7609736  T
Q  201 cttttagtaacttttctgttttgtaatttgaaaatttcaggtttatattgtaatcattacttcctgcaaatgctagcacaagttgggaggggtcgctatg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7609737 cttttagtaacttttctgttttgtaatttgaaaatttcaggtttatattgtaatcattacttcctgcaaatgctagcacaagttgggaggggtcgctatg 7609836  T
Q  301 atgctgtttatgatttaggtcagcatctttgcttgtccagctaaccaaacattcctgcttgaagttagtactgcagagttatgcttaaacaagaaagatt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7609837 atgctgtttatgatttaggtcagcatctttgctggtccagctaaccaaacattcctgcttgaagttagtactgcagagttatgcttaaacaagaaagatt 7609936  T
Q  401 gtaatatgtcataaaatcgcaataagtactaatcagtgtgtatgctgaaaaacaacaaaaagctaacaaattctgtccttttaattttgaatacatgaat 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  7609937 gtaatatgtcataaaatcgcaataagtactaatcagtgtgtatgctgaaaaacaacaaaaagctaacaaattgtgtccttttaattttgaatacatgaat 7610036  T
Q  501 gaaccctcaagtattcaggcttttcaaaagatgccgtgtattttgtatctgcga-ggacacacaagtaattgcaaaatcatatcatatctacgcatttca 599  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7610037 gaaccctcaagtattcaggcttttcaaaagatgccgtgtattttgtatttgcgagggacacacaagtaattgcaaaatcatatcatatctacgcatttca 7610136  T
Q  600 ttaatccatctctctgtctctctaaatcatgtccagatacaattgacactcgaatgcaaagcctatttagtactgcttcatcagttatagttgctgatat 699  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7610137 ttaatccatctctctgtctctctaaatcatgtacagattcaattgacactcgaatgcaaagcctatttagtactgcttcatcagttatagttgctgatat 7610236  T
Q  700 caccatcaaaagtttagaaggccttgattcacaggaggtacatatccagtaacgtactgtcttcaattataactggatacttgtgttttagtaagctagt 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7610237 caccatcaaaagtttagaaggccttgattcacaggaggtacatatccagtaacgtactgtcttcaattataactggatacttgtgttttagtaagctagt 7610336  T
Q  800 tt 801  Q
    ||    
T  7610337 tt 7610338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University