View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1126_low_185 (Length: 252)
Name: NF1126_low_185
Description: NF1126
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1126_low_185 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 35348325 - 35348097
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgc |
112 |
Q |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
35348325 |
aatattcataagctaaatattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgc |
35348226 |
T |
|
| Q |
113 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
212 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35348225 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
35348126 |
T |
|
| Q |
213 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
241 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
35348125 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
35348097 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 2275383 - 2275155
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgc |
112 |
Q |
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| T |
2275383 |
aatattcataagctaaatattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgc |
2275284 |
T |
|
| Q |
113 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
212 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2275283 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
2275184 |
T |
|
| Q |
213 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
241 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
2275183 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
2275155 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 39346873 - 39346645
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgc |
112 |
Q |
| |
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| T |
39346873 |
aatattcataagctaaatattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgc |
39346774 |
T |
|
| Q |
113 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
212 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39346773 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
39346674 |
T |
|
| Q |
213 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
241 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
39346673 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
39346645 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 4012717 - 4012489
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgc |
112 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4012717 |
aatattcataagctaaatattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgc |
4012618 |
T |
|
| Q |
113 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4012617 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
4012518 |
T |
|
| Q |
213 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
241 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4012517 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
4012489 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 15 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 25879585 - 25879359
Alignment:
| Q |
15 |
tattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgcta |
114 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
25879585 |
tattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacaaaagaatacaacttgctaaatgcaatgcta |
25879486 |
T |
|
| Q |
115 |
tacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatgata |
214 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
25879485 |
tacttttcaatactaattttaaaatcactactgtatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatgata |
25879386 |
T |
|
| Q |
215 |
aataaatcaagtgctccatttatttca |
241 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
25879385 |
aataaatcaagtgctccatttatttca |
25879359 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 221; Significance: 1e-122; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 13 - 241
Target Start/End: Original strand, 10789814 - 10790042
Alignment:
| Q |
13 |
aatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacataagaatacaactttctaaatgcaatgc |
112 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |
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|
| T |
10789814 |
aatattcataagctaaacattcagatcatatattttacctataaaaacaactttactttttaatattacacaaaagaatacaacttgctaaatgcaatgc |
10789913 |
T |
|
| Q |
113 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
212 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
10789914 |
tatacttttcaatactaattttaaaatcactactatatactacttcactctctgttatgacactattttatagttattgtattgctttcaataacaatga |
10790013 |
T |
|
| Q |
213 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
241 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
10790014 |
taaataaatcaagtgctccatttatttca |
10790042 |
T |
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