View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1126_low_206 (Length: 243)

Name: NF1126_low_206
Description: NF1126
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1126_low_206
NF1126_low_206
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-227)||(14548412-14548623)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (18-227)||(37525889-37526098)
chr5 (16-227)||(37588050-37588261)
chr5 (16-227)||(37690326-37690537)
chr5 (61-227)||(37618624-37618790)
chr5 (61-227)||(37794392-37794558)
chr5 (16-227)||(37787645-37787856)
chr5 (16-82)||(37611060-37611126)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 14548623 - 14548412
Alignment:
Q  16 ataattatcttcataaaacagatgaggtgtatataccgctgcagtactctagaacagtgcagaatgtgtttggatcaatctcaaagatgtcccataaaag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14548623 ataattatcttcataaaacagatgaggtgtatataccgctgcagtactctagaacagtgcagaatgtatttggatcaatctcaaagatgtcccataaacg 14548524  T
Q  116 aacaatatgacgatggatcaaggtcttgtgaatattatactcccgaattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14548523 aacaatatgacgatggatcaaggtcttgtgaatattatactcccgaattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaa 14548424  T
Q  216 ccatgaagcttg 227  Q
    ||||||||||||    
T  14548423 ccatgaagcttg 14548412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 18 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37526098 - 37525889
Alignment:
Q  18 aattatcttcataaaacagatgaggtgtatataccgctgcagtactctagaacagtgcagaatgtgtttggatcaatctcaaagatgtcccataaaagaa 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37526098 aattatcttcataaaacatatgaggtgtatataccgctgcaatactctagaacagtgcagaatgtatttggatcaatctcaaagatgtcccataaacgaa 37525999  T
Q  118 caatatgacgatggatcaaggtcttgtgaatattatactcccgaattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaacc 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37525998 caatatgacgatggaccaaggtcttgtgaatattatactcccgaattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaacc 37525899  T
Q  218 atgaagcttg 227  Q
    ||||||||||    
T  37525898 atgaagcttg 37525889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37588261 - 37588050
Alignment:
Q  16 ataattatcttcataaaacagatgaggtgtatataccgctgcagtactctagaacagtgcagaatgtgtttggatcaatctcaaagatgtcccataaaag 115  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  37588261 ataattatcttcataaaacatatgaggtgtatataccgctgcaatactctagaacagtgcagaatgtatttggatcaatctcaaagatgttccataaacg 37588162  T
Q  116 aacaatatgacgatggatcaaggtcttgtgaatattatactcccgaattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaa 215  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37588161 aacaatatgacgatggaccaaggtcttgtgaatattatactcccgaattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaa 37588062  T
Q  216 ccatgaagcttg 227  Q
    ||||||||||||    
T  37588061 ccatgaagcttg 37588050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 16 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37690537 - 37690326
Alignment:
Q  16 ataattatcttcataaaacagatgaggtgtatataccgctgcagtactctagaacagtgcagaatgtgtttggatcaatctcaaagatgtcccataaaag 115  Q
    ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  37690537 ataattatcttcaaaaaacatataaggtgtatataccgctgcaatactctagaacagtgcagaatgtatttggatcaatctcaaagatgtcccataaacg 37690438  T
Q  116 aacaatatgacgatggatcaaggtcttgtgaatattatactcccgaattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaa 215  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37690437 aacaatatgacgatggaccaaggtcttgtgaatattatactcccgaattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaa 37690338  T
Q  216 ccatgaagcttg 227  Q
    ||||||||||||    
T  37690337 ccatgaagcttg 37690326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 61 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37618790 - 37618624
Alignment:
Q  61 actctagaacagtgcagaatgtgtttggatcaatctcaaagatgtcccataaaagaacaatatgacgatggatcaaggtcttgtgaatattatactcccg 160  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  37618790 actccagaacagtgcagaatgtatttggatcaatcttaaagatgtcccataaacgaacaatatgacgatgaaccaaggtcttgtgaatattatactcccg 37618691  T
Q  161 aattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaaccatgaagcttg 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37618690 aattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttacaccatgaagcttg 37618624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 61 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37794558 - 37794392
Alignment:
Q  61 actctagaacagtgcagaatgtgtttggatcaatctcaaagatgtcccataaaagaacaatatgacgatggatcaaggtcttgtgaatattatactcccg 160  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  37794558 actccagaacagtgcagaatgtatttggatcaatcttaaagatgtcccataaacgaacaatatgacgatgaaccaaggtcttgtgaatattatactcccg 37794459  T
Q  161 aattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaaccatgaagcttg 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37794458 aattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttacaccatgaagcttg 37794392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 16 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37787856 - 37787645
Alignment:
Q  16 ataattatcttcataaaacagatgaggtgtatataccgctgcagtactctagaacagtgcagaatgtgtttggatcaatctcaaagatgtcccataaaag 115  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||| |  |||||||| | |||||||||||||||| |    
T  37787856 ataagtatcttcataaaacagatgaggtgtatataccactacaatattctagaacagtgcagaatgtatccggatcaatttgaaagatgtcccataaacg 37787757  T
Q  116 aacaatatgacgatggatcaaggtcttgtgaatattatactcccgaattgcatgccttatgtaactttgcttcttctcttcactccattgagcatttaaa 215  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  37787756 aacaatgtggcgatggaccaaggtcttgtgaatatgacactctcgaattgcatgcctcatgtaacttagcttcttctcttcagcccattgagcatttaaa 37787657  T
Q  216 ccatgaagcttg 227  Q
    ||||||||||||    
T  37787656 ccatgaagcttg 37787645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 37611126 - 37611060
Alignment:
Q  16 ataattatcttcataaaacagatgaggtgtatataccgctgcagtactctagaacagtgcagaatgt 82  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||    
T  37611126 ataagtatcttcataaaacagatgaggtgtatataccactacaatattctagaacagtgcagaatgt 37611060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University