View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1126_low_63 (Length: 436)

Name: NF1126_low_63
Description: NF1126
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1126_low_63
NF1126_low_63
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (41-436)||(9440624-9441019)
chr8 (41-436)||(24595024-24595419)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (41-436)||(48698354-48698749)
chr4 (41-436)||(42269292-42269687)
chr4 (41-436)||(30946716-30947111)
chr4 (41-436)||(2002272-2002667)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (41-436)||(5819808-5820203)
chr3 (41-372)||(54544598-54544929)
chr3 (41-436)||(42588337-42588732)
chr3 (45-320)||(25877805-25878079)
chr3 (41-101)||(25880379-25880439)
chr3 (41-85)||(25880583-25880627)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (41-436)||(41721799-41722194)
chr5 (41-436)||(34355399-34355794)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (41-436)||(828868-829263)
chr2 (41-326)||(28714582-28714867)
chr2 (41-405)||(13841451-13841810)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (41-436)||(26977426-26977821)
chr6 (41-432)||(27875242-27875633)
chr6 (41-371)||(1472997-1473327)
chr6 (45-404)||(21964817-21965173)
chr6 (385-436)||(18148080-18148131)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (41-436)||(28568-28963)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (41-436)||(7506109-7506504)
chr7 (45-214)||(2324622-2324791)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (45-396)||(34972963-34973314)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Original strand, 9440624 - 9441019
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9440624 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 9440723  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9440724 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 9440823  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9440824 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 9440923  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9440924 actcgatctttgttggggcctaccaccaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattaccatcaaaccttttgtagtacgtacaa 9441019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Original strand, 24595024 - 24595419
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||     
T  24595024 atggcatacataaggcttcccaccgctgatgcatagggtactcgagacatttccatcctctctgcttcattgctaggattcatactggagaataatttat 24595123  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | || ||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  24595124 aattgataggaagtggggtagatattggcttacaatcttgcatgttgaagcgccgcaaaacttttcgtaaataatttctttgagaaagccaaatattcct 24595223  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||| |||    
T  24595224 atcttttctatctcgatgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggccccaagtccttcatattgaactctctagccaattgtgcctttaattcttgg 24595323  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  | ||| ||| |||||||| ||||||    
T  24595324 acttgatctttgttgggtcctaccaccaacatgtcatccacatacaacaacaaaatgataaaatcattattaccaaacctattgtagtatgtacaa 24595419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Original strand, 48698354 - 48698749
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48698354 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 48698453  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48698454 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 48698553  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48698554 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 48698653  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48698654 actcgatctttgttggggcctaccaccaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattaccatcaaaccttttgtagtacgtacaa 48698749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 42269687 - 42269292
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42269687 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 42269588  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42269587 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 42269488  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42269487 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaagatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 42269388  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42269387 actcgatctttgttggggcctaccaccaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattaccatcaaaccttttgtagtacgtacaa 42269292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Original strand, 30946716 - 30947111
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30946716 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 30946815  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30946816 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 30946915  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30946916 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 30947015  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30947016 actcgatctttattggggcctaccaccaatatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattaccatcaaaccttttgtagtacgtacaa 30947111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 2002667 - 2002272
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||     
T  2002667 atggcatacataaggcttcccaccactgatgcatagggtactcgagacatttccatcctctctgcttcattgctaggattcatactggaggataatttat 2002568  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| | || ||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  2002567 aattgataggaagtggggtagatattggcttacagtcttgcatgttgaagtgccgcaaaacttttcgtaaataatttctttgagaaagccaaatattcct 2002468  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |    
T  2002467 atcttttctatctcgatgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggccccaagtccttcatatcgaactccctagccaattgtgcctttaattcttag 2002368  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||  | ||| ||| |||||||| ||||||    
T  2002367 acttgatctttgttgggtcctaccaccaacatgtcatccacaaacaacaacaaaatgataaaatcattattaccaaacctattgtagtatgtacaa 2002272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Original strand, 5819808 - 5820203
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5819808 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 5819907  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5819908 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 5820007  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820008 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 5820107  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5820108 actcgatctttgttggggcctaccaccaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattaccatcaaaccttttgtagtacgtacaa 5820203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 41 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 54544929 - 54544598
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54544929 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 54544830  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54544829 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacaatcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 54544730  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  54544729 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcttag 54544630  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacat 372  Q
    || |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  54544629 acccgatctttgttggggcctaccaccaacat 54544598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 42588732 - 42588337
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||     
T  42588732 atggcatacataaggcttcccaccactgatgcatagggtactcgagacatttctatcctctctgattcattgctaggattcatactggaggataatttat 42588633  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||| | ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||| | || ||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  42588632 aattgataggaagtggggtagatattggcttacaatcttgcatgttgaagcgccgcanaacttttcgtaaataatttctttgagaaagccaaatattcct 42588533  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||    
T  42588532 atcttttctatctcgatgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggccccaagtccttcatatcgaactccctagccaattgtgcatttaattcttgg 42588433  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  | ||| ||| |||||||| ||||||    
T  42588432 acttgatctttgttgggtcctaccaccaacatgtcatccacatacaacaacaaaatgataaaatcattattaccaaacctattgtagtatgtacaa 42588337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 45 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 25878079 - 25877805
Alignment:
Q  45 catacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaaaatt 144  Q
    |||||||||| |||||||| || |||||||| |||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||||||| ||||    
T  25878079 catacataagacttcccactgctgatgcatagggtacttgagacattttcatcctctccgcttcattgctaggattcagacttgaggataatttataatt 25877980  T
Q  145 cacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcctgtct 244  Q
     | || || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |  | || ||||| | || ||||||  ||||||||||| |||||||||| |||    
T  25877979 gatagaaaatggggtagatattggcttacagtcttg-atgttgaagtgtagaaaaacttttcgtatataatttgtttgagaaagcaaaatcttcctatct 25877881  T
Q  245 tttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagcca 320  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||    
T  25877880 tttctatctcggtgaatttgcatccttaaaatcttgttttctggcccagagtccttcatatcgaactccctagcca 25877805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 25880439 - 25880379
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctct 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  25880439 atggcatacataaggcttcccaccgctgatgcataaggtactcgagacattttcatcctct 25880379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 25880627 - 25880583
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcga 85  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||    
T  25880627 atggcatacataaggtttcccaccgctgatgcataaggtactcga 25880583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 41722194 - 41721799
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41722194 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 41722095  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41722094 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcat 41721995  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721994 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 41721895  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  41721894 actcgatctttgttggggcctaccaccaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattaccatcaaaccttttgtagtacgtacaa 41721799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 34355794 - 34355399
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34355794 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 34355695  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34355694 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 34355595  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34355594 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 34355495  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  34355494 actcgaactttgttggggcctaccaccaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattgccatcaaaccttttgtagtacgtacaa 34355399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 829263 - 828868
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  829263 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 829164  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  829163 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttaaataattcttttgagaaagccaaatattcct 829064  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  829063 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 828964  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  828963 actcgatctttgttggggcctaccaccaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattatcatcaaaccttttgtagtacgtacaa 828868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 41 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 28714867 - 28714582
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  28714867 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtattcgagacatttacatcctctctgcttcattgctaggactcatacatgtggatagtttaa 28714768  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  28714767 aattcatagaaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagtgccgcaagactttccttatacaattcttttgagaaaaccaaatctttct 28714668  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtg 326  Q
     |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28714667 atcttttctatctcagtgaatttacatccctaaaatcttgtttgttggtcccaagtctttcatatcgaactccctaaccaactgtg 28714582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 41 - 405
Target Start/End: Original strand, 13841451 - 13841810
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    |||| ||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||  | |||||||||    
T  13841451 atggaatacataaggctttccaccatcaatgcatacggtactcgagacatctccatcctcactacttcatttctaggactgatacctacgaataatttaa 13841550  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||| |||   ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||  |||||||| |    
T  13841551 aattcacaggaagtgaggtagagattag-ttacaatcttgcatgttaaagtatcgcaagactttccatagataatcattttgagaaaggtaaatcttctt 13841649  T
Q  241 gtcttttctgtct-cggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctg 339  Q
    ||||||| ||| | |  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    ||||||||||| | |||||||| | || || ||||||||     
T  13841650 gtctttt-tgtatacaatgaatttgtatccttaaaatcttgtttgctggtcccaag----tcatatcgaacacactagccaattttgtctgcaattcctc 13841744  T
Q  340 gactcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatc 405  Q
    ||||| |||||||||||| ||| |||| || ||||| |||| | |||||| ||||||||| |||||    
T  13841745 gactcaatctttgttgggtcctaccaccaatatgtcgtccatacacaacaacaaaatgataaaatc 13841810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Original strand, 26977426 - 26977821
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26977426 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 26977525  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26977526 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacaatcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 26977625  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26977626 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcttgg 26977725  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    || |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  26977726 acccgatctttgttggggcctaccaccaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattaccatcaaaccttttgtagtacgtacaa 26977821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 432
Target Start/End: Original strand, 27875242 - 27875633
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27875242 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 27875341  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27875342 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 27875441  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27875442 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcttgg 27875541  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgt 432  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27875542 actcgatcttttttggggcctaccaccaatatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattaccatcaaaccttttgtagtacgt 27875633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 41 - 371
Target Start/End: Original strand, 1472997 - 1473327
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| || |||||||||     
T  1472997 atggcatacataaggcttcccaccgctgatgcatagggtactcgagacatttccatcctctctgcttcattgctaggattcataccggaagataatttat 1473096  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |  | ||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  1473097 aattgataggaagtggggtagatattggcttacagtcttgcatgttgaagtgccgcaaaacttttcggaaataatttctttgagaaagccaaatattcct 1473196  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||    
T  1473197 atcttttctatctcgatgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggacccaagtccttcatatcaaactccctggccaattgtgcctttaattcttgg 1473296  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaaca 371  Q
    ||| ||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  1473297 acttgatctttgttgggtcctaccaccaaca 1473327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 45 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 21965173 - 21964817
Alignment:
Q  45 catacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaaaatt 144  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||  ||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  21965173 catacataaggcttccaaccgcgaatatatacgatactcgagacattttcatcctctcttcttcattgttaggactcataccgaaggataatttaaaatt 21965074  T
Q  145 cacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcctgtct 244  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| | ||||||||| |||||||| | ||||||||  ||| |||||||||| |||    
T  21965073 cacaagaagtggggtagagattggctaacaatcttgcatttttaagcgtcacaagacttttcttagatagtgcttttgag--agctaaatcttcctatct 21964976  T
Q  245 tttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctggactc 344  Q
    |||||||||||||| || | |||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||| || |||     
T  21964975 tttctgtctcggtg-atgtacatctctaaaatcttgtttattagtcccaagtctttcatattgaactccctagccaactatgtattcaattcatgaacta 21964877  T
Q  345 gatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaat 404  Q
    | ||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  21964876 ggtctttgttggggcctaccaccaacatgtaatccacatacaacagtaaagtgataaaat 21964817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 385 - 436
Target Start/End: Original strand, 18148080 - 18148131
Alignment:
Q  385 caacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||    
T  18148080 caacagcaaaatgataaaatcattaccataaaaccttttgtagtatgtacaa 18148131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Original strand, 28568 - 28963
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28568 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccgcttcattgctaggactcatacatgaggataatttaa 28667  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28668 aattcacaagaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 28767  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  28768 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaattgtgccttcaattcccgg 28867  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    |||||| |||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  28868 actcgacctttgttgggtcctaccaccaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgataaaatcattgccatcaaaccttttgtagtacgtacaa 28963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Original strand, 7506109 - 7506504
Alignment:
Q  41 atggcatacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaa 140  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||     
T  7506109 atggcatacataaggcttcccaccgctgatgcatagggtactcgagacatttccatcctatctacttcattgctaggattcatactagaggataatttat 7506208  T
Q  141 aattcacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcct 240  Q
    |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||| | || ||||||  |||||||||||||||| |||||    
T  7506209 aattgataggaagtggggtagatattggcttacagttttgcatgttgaagcgccgcaaaatttttcgtaaataatttctttgagaaagccaaatattcct 7506308  T
Q  241 gtcttttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctgg 340  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||    
T  7506309 atcttttctatctcgatgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctgaccccaagttcttcatatcgaactccctagccaattatgcctttaattcttgg 7506408  T
Q  341 actcgatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaatgatgaaatcattaccatcaacccttttgtagtacgtacaa 436  Q
    ||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| || ||| ||| |||||||| ||||||    
T  7506409 acttgatctttgttgggtcctaccaccaacatgtcatccacatacaataacaaaatgataaaatcattatcaccaaacctattgtagtatgtacaa 7506504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 45 - 214
Target Start/End: Original strand, 2324622 - 2324791
Alignment:
Q  45 catacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaaaatt 144  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2324622 catacaaaaggcttcccaccacctatgcatacggtactcgagatatttccatcctctctgcttcattactaggactcatacttgaggataatttaaaatt 2324721  T
Q  145 cacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataa 214  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||    
T  2324722 caaaggaagtggggtagaggctggcttacagtcttgcatgttgaagcgttagaagactttccttagataa 2324791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 45 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 34973314 - 34972963
Alignment:
Q  45 catacataaggcttcccaccgccgatgcatacggtactcgagacatttccatcctctccacttcattgctaggactcatacctgaggataatttaaaatt 144  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  34973314 catacataaggcttctcattgccgatgcatacggtactcaagacatttctaccctatccgcttcattgttaggactcatacatgaggataatttaaaact 34973215  T
Q  145 cacaggaagtggggtagagattggcttacagtcttgcatgttgaagcggcgcaagactttccttagataattcttttgagaaagccaaatcttcctgtct 244  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||   || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  34973214 cactggaagtagggtagagattggattacagtcttgcatgttgaagtaccgtaagactttccttagataattcatttaagaaagccaaatcttcttgtct 34973115  T
Q  245 tttctgtctcggtgaatttgcatccctaaaatcttgtttgctggtcccaagtctttcatatcgaactccctagccaactgtgccttcaattcctggactc 344  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| | |||||      
T  34973114 tttctgtcttggtgagtttgcatcgctaaaacctggtttgctagtcccaagtctttcatattgaattccctaaccaattgtgccttcaatacttggacct 34973015  T
Q  345 gatctttgttggggccttccactaacatgtcatccacatacaacagcaaaat 396  Q
     || |||||||||||||  ||| |||||||| |||| |||||| | ||||||    
T  34973014 aatatttgttggggcctaacaccaacatgtcgtccatatacaataacaaaat 34972963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University