View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11271_high_10 (Length: 576)

Name: NF11271_high_10
Description: NF11271
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11271_high_10
NF11271_high_10
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (18-566)||(4652408-4652956)
chr7 (18-566)||(4665823-4666371)
chr7 (18-566)||(4629797-4630345)
chr7 (18-566)||(4642592-4643140)
chr7 (18-566)||(4635745-4636293)
chr7 (18-566)||(4671528-4672076)
chr7 (32-562)||(4660693-4661226)
chr7 (33-559)||(4784530-4785056)
chr7 (33-559)||(4816959-4817485)
chr7 (30-562)||(4862781-4863313)
chr7 (60-566)||(4697912-4698418)
chr7 (30-566)||(4712758-4713294)
chr7 (81-477)||(4846764-4847160)
chr7 (459-514)||(4676945-4677000)
chr7 (498-566)||(4854596-4854664)
chr7 (324-394)||(27539508-27539578)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (33-566)||(18926434-18926967)
chr4 (324-394)||(46271746-46271816)
chr4 (321-402)||(45191495-45191576)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 4652956 - 4652408
Alignment:
Q  18 gatggatccatgcctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgcc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4652956 gatggatccatgcctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcgagttactctcccagcttcgcc 4652857  T
Q  118 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652856 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 4652757  T
Q  218 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4652756 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgcagaggtgaaacacaag 4652657  T
Q  318 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4652656 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaagga 4652557  T
Q  418 tgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652556 tgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 4652457  T
Q  518 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 566  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652456 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 4652408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 4666371 - 4665823
Alignment:
Q  18 gatggatccatgcctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgcc 117  Q
    ||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | || ||||| ||||||||||    
T  4666371 gatggatccacacttgttgccataaaacgcctcaaatcaggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaacgaaatcgaattgctctctcagcttcgcc 4666272  T
Q  118 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 217  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  4666271 acattcacttggtatcccttgtgggatattgcaatgacgacacagagatgattctggtttatgagttcatgcagcacggtactctttgcgagtatcttta 4666172  T
Q  218 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 317  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  4666171 tggttctaataaccagcccctatcatggaagcagaggcttgagattcttttgggtgcagcgagagggctgaattatcttcatactgaggtgaaacagaag 4666072  T
Q  318 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  4666071 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaaatggatggcaaaggtttccgactttgggttatccaaggtgggaccgacaggga 4665972  T
Q  418 tgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 517  Q
    | || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665971 tatcaactacccatgtcagcacgatggtgaaggggagcctcggatatttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 4665872  T
Q  518 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 566  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665871 ctcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 4665823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 4630345 - 4629797
Alignment:
Q  18 gatggatccatgcctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgcc 117  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||    
T  4630345 gatggatccacacctgttgcgataaaacgcctcaaatcaggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaacgaaatcgagttgctctcccagcttcgcc 4630246  T
Q  118 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 217  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||    
T  4630245 acattcacttggtgtcccttgtaggatattgcaatgacaacacagagatgattctggtttatgagttcatgcagcacggtactctctgcgagtatctgta 4630146  T
Q  218 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 317  Q
    |||||| ||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  4630145 tggttccaataatcagcccctaccatggaagcagaggcttgagatcctattgggtgcagcgagagggctgaattatcttcattctgaggtgaagcacaag 4630046  T
Q  318 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 417  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| ||||| |    
T  4630045 ataatacatcgtgacgtaaagagcaccaacatactgttggatgagaaatgggtagctaaggtttctgatttcgggttatccaaggtgggacctacaggaa 4629946  T
Q  418 tgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 517  Q
    |  | || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4629945 taacgactacccatgtcagcacgatggtgaaggggagccttggatatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgta 4629846  T
Q  518 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 566  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4629845 ctcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 4629797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 4643140 - 4642592
Alignment:
Q  18 gatggatccatgcctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgcc 117  Q
    ||||||||||  | ||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  4643140 gatggatccacacttgttgcggttaagcgcctcaaatcgggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgaaatcgagttgctctcccagcttcgcc 4643041  T
Q  118 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 217  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  4643040 acattcacttggtgtccctcgtgggatattgcaacgatgacacagagatgattttggtttatgagttcatgcagcacggtactctttgtgagtatcttta 4642941  T
Q  218 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 317  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| |||| | |||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  4642940 tggttctaataacgagccactaccttggaggcagaggcttgaaattctattaggtgccgcaagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaagcacaaa 4642841  T
Q  318 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 417  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| || || || ||||| || |||||||| |||||||    
T  4642840 ataatacatcgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgaaaaatggatagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacctacaggga 4642741  T
Q  418 tgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 517  Q
    | || || |||||  | ||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4642740 tatcgactacccacatcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgta 4642641  T
Q  518 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 566  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  4642640 ctcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttg 4642592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 4636293 - 4635745
Alignment:
Q  18 gatggatccatgcctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgcc 117  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  4636293 gatggatccacacccgttgcgataaaacgcctcaggtcgggctctcaacaaggtgcaaatgagttcatgaacgagatcgagttgctctcccagcttcgcc 4636194  T
Q  118 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  | ||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  4636193 acattcacttggtatcccttgtgggatattgcaacgacaagacagagatgattctggtctatgagttcatgcagcacggtactctctgcgagtatcttta 4636094  T
Q  218 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 317  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  4636093 tggttctaataaccaacccctaccatggaagcagaggcttgaaattcttttgggtgcagctagagggctgaattatcttcatactgaggttaaaaacaag 4635994  T
Q  318 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 417  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |    
T  4635993 ataatacatcgtgacgtaaagagcaccaacatattgttggatgagaaatggatagctaaggtttctgattttgggttatcaaaggtgggaccgacaggta 4635894  T
Q  418 tgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 517  Q
    | || || ||||| || ||||| || || ||||| ||| | |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  4635893 tatcgactacccacgtcagcacaattgttaagggaagcttggggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggcttactcttaaatcagacgtgta 4635794  T
Q  518 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4635793 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacctttg 4635745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 18 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 4672076 - 4671528
Alignment:
Q  18 gatggatccatgcctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgcc 117  Q
    ||||||||||  | |||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| || |||||||    
T  4672076 gatggatccacacttgttgccataaaacggctcaaatcgggctctcagcaaggtgccaacgagttcatgaacgaaatcgagttactctctcaacttcgcc 4671977  T
Q  118 acattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatcttta 217  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  4671976 acattcacttggtatccctcgttggatattgcgacgatgacacatagatgattttggtttacgagtttatgcagcacggtactctttgcgagtatcttta 4671877  T
Q  218 tggttctaataaccagcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaag 317  Q
    ||||||||||||| ||||  |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  4671876 tggttctaataacgagccactaccttggaggcagaggcttgagattctattgggtgctgcgagagggctaaattatcttcatgctgaggtgaagcacaaa 4671777  T
Q  318 ataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacaggga 417  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || || || ||||| || |||||||| || ||||    
T  4671776 ataatacatcgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatggatagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggacccacgggga 4671677  T
Q  418 tgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgta 517  Q
    |  | || ||||| || ||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4671676 taacaactacccacgtcagcacaatggtgaaaggaagccttgggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgta 4671577  T
Q  518 ctcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 566  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  4671576 ctcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggccacctttg 4671528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 32 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 4661226 - 4660693
Alignment:
Q  32 tgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgccacattcacttggta 131  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  4661226 tgttgcgattaaacgcctcaaatcgggctctcaacaaggtgtcaacgagttcatgaacgaaatcgagttgctctcccagcttcgccacattcatttggtg 4661127  T
Q  132 tccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatggttctaataacc 231  Q
    |||||| |||||||||| |||||  ||||| | |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||    
T  4661126 tccctcatgggatattgtaatgacaacacatagatgattctggtttatgaattcatgcagcgcggtactctctgcgagcatctttatggttctaataacc 4661027  T
Q  232 agcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacaccgtga 331  Q
    ||||| |||| |||| | | ||||||||||| ||||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  4661026 agcccctaccttggaggcaaaggcttgagatcctattgggttcagcaagagggttgcattatcttcatgctgaggtgaaacacaaaataatacaccgcga 4660927  T
Q  332 cgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgtctacaacccat 431  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| || || || ||||| || ||||||||||||||||| || || || |||    
T  4660926 cgtaaagagcaccaacatattgttggatcacaaatgggtagctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccgacagggatatcgactactcat 4660827  T
Q  432 ---gttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtg 528  Q
       || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  4660826 cacgtcagcacaatggtgaaggggagccttgggtatttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtg 4660727  T
Q  529 tggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacc 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4660726 tggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggccacc 4660693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 33 - 559
Target Start/End: Original strand, 4784530 - 4785056
Alignment:
Q  33 gttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgccacattcacttggtat 132  Q
    |||||||||||||| || ||| | || |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |    
T  4784530 gttgcgataaaacgtcttaaaccaggttctcaacaaggtgtgaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggttt 4784629  T
Q  133 ccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatggttctaataacca 232  Q
    | ||  | |||||||||||||| |    ||| |||||| | |||||||| ||||||||||  || | ||| ||||| ||||||||||| ||  ||||| |    
T  4784630 cacttattggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatgacttcatgcaacgtggcagtctatgtgaatatctttatggatcagataacaa 4784729  T
Q  233 gcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacaccgtga 331  Q
     || |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||| || ||||||| ||||| |  | ||| ||||| || |||||||||||    
T  4784730 acctcttacc-tggaagcagaggcttgagattctattaggtgccgcgcgggggttgcattatctgcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtga 4784828  T
Q  332 cgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgtctacaacccat 431  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  ||||||    
T  4784829 cgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgattttgggttatcaaaagtgggacctacagggatgtcgatgacccat 4784928  T
Q  432 gttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtgg 531  Q
    || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||  |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  4784929 gtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttg 4785028  T
Q  532 tgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 559  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4785029 tgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4785056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 33 - 559
Target Start/End: Original strand, 4816959 - 4817485
Alignment:
Q  33 gttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgccacattcacttggtat 132  Q
    |||||||||||||| || ||| |||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||| |    
T  4816959 gttgcgataaaacgtcttaaacctggttctcaacaaggtgttaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggttt 4817058  T
Q  133 ccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatggttctaataacca 232  Q
    | ||  | |||||||||||||| |    ||| |||||| | |||||||| ||||||||||  || | ||| ||||| ||||||||||| ||  ||||| |    
T  4817059 cacttattggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatgacttcatgcaacgtggcagtctatgtgaatatctttatggatcagataacaa 4817158  T
Q  233 gcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacaccgtga 331  Q
     || |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||| || ||||| | ||||| |  | ||| ||||| || |||||||||||    
T  4817159 acctcttacc-tggaagcagaggcttgagattctattaggtgccgcgcgggggttgcattatttgcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtga 4817257  T
Q  332 cgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgtctacaacccat 431  Q
     |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |  ||||||    
T  4817258 tgtgaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgattttgggttatcaaaagtgggacctacagggatgtcgatgacccat 4817357  T
Q  432 gttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtgg 531  Q
    || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||  |||||  | |||||||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  4817358 gtcagcactatggtgaaaggtagtctcgggtatttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttg 4817457  T
Q  532 tgcttcttgaggtgttgtgtgctagacc 559  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4817458 tgcttcttgaggtgttgtgtgcgagacc 4817485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 30 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 4863313 - 4862781
Alignment:
Q  30 cctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgccacattcacttgg 129  Q
    ||||||||||||||||| || ||| | || ||||||||||||   || |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  4863313 cctgttgcgataaaacgtcttaaaccaggttctcaacaaggtataaatgagttcatgaatgagatcgaattactctctcagcttcgtcatattcacttgg 4863214  T
Q  130 tatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatggttctaataa 229  Q
    | || ||| | ||||||||||| || |     || |||||| | |||||||| ||||||||||  || |||||  |||| ||||||||||||||  ||||    
T  4863213 tttctctcattggatattgcaacgaaggtgaggagatgattctcgtttatgacttcatgcaacgtggcactctccgtgaatatctttatggttcggataa 4863114  T
Q  230 ccagcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacaccg 328  Q
      | || |||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||  | || || ||| |  |||||||||||||||  || || ||||| || ||||||||    
T  4863113 tgaacctcttact-tggaagaagagacttgagattctgttgggggcagcaagggggttacattatcttcatgctggtgtaaagcacaatatcatacaccg 4863015  T
Q  329 tgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgtctacaacc 428  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||  ||     
T  4863014 tgacgtgaagagtaccaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtgtctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtctatcact 4862915  T
Q  429 catgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtg 528  Q
    || || |||||  ||||||||||||| || || ||||| ||||||||||| ||  | |  |||||| | ||||||||||| || ||||| || |||||||    
T  4862914 cacgtcagcaccgtggtgaagggtagtcttggatatttagatccagaatactaccttcgtcaaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtg 4862815  T
Q  529 tggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacc 562  Q
    | || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4862814 ttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacc 4862781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 60 - 566
Target Start/End: Original strand, 4697912 - 4698418
Alignment:
Q  60 tctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgccacattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgaca 159  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||| || |       
T  4697912 tctcaacaaggtgtaaacgagttcatgaatgaaatcgagttgctctctcaacttcgtcacattcacttggtttctctcattggatattgcaacgaaggtg 4698011  T
Q  160 cagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatggttctaataaccagcc-cttaccgtggaagaagaggcttg 258  Q
    |||| |||||| | ||||| || |||||| |||  || |||||  |||| ||||| ||||||||  ||||| | || |||||  ||||||||||| || |    
T  4698012 cagagatgattctcgtttacgacttcatggaacgtggcactcttcgtgaatatctctatggttcggataacgaacctcttact-tggaagaagagactcg 4698110  T
Q  259 agattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttgga 358  Q
    |||||||||||||  | || ||||| ||  ||||||||||||| |  | ||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||    
T  4698111 agattctattgggggcagcaagaggcctacattatcttcatgcaggtgcgaagcacaatatcatacaccgtgatgtgaagagtaccaacatattgttaga 4698210  T
Q  359 tgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagccta 458  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |  ||||| || ||||| | |||||||||||| ||     
T  4698211 tgataaatgggtggctaaggtttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaacaggaatgtcgatgacccacgtcagcactaaggtgaagggtagtctc 4698310  T
Q  459 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 558  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||  | |  |||||| | || ||||| || || |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  4698311 gggtatttagatcccgaatactaccttcgtcaaaggttgaccctaaagtccgacgtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagac 4698410  T
Q  559 cacctttg 566  Q
    ||||||||    
T  4698411 cacctttg 4698418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 566
Target Start/End: Original strand, 4712758 - 4713294
Alignment:
Q  30 cctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgccacattcacttgg 129  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||  || |||| |||||||   || || ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||| || |||||||| |    
T  4712758 cctgttgcgataaaacgtcgtaaattgggttctcgacaaggtctaaatgaattcatgaatgaaatcgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttag 4712857  T
Q  130 tatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatggttctaataa 229  Q
    | |||||| | |||||||||||||| ||  |||| |||||| | |||||||| || ||| |||| || |||||  ||||  |||| ||||||||  ||||    
T  4712858 tttccctcattggatattgcaatgaagatgcagagatgattcttgtttatgactttatggaacatggcactctccgtgaacatctctatggttcggataa 4712957  T
Q  230 ccagcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacaccg 328  Q
    | | || ||||  ||||||  | || ||| | ||||||||  || | || || ||  || ||||||||||||  |  | ||| || || || ||||||||    
T  4712958 cgaacctcttag-gtggaatcaaagacttaatattctattatgtgcagcaaggggattgcattatcttcatgaaggtgcgaagcataatatcatacaccg 4713056  T
Q  329 tgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgtctacaacc 428  Q
    |||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| || |  ||     
T  4713057 tgacgttaagagtacaaatatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggtttctgatttcggtttatcaaaagtgggaccaacagggatatcaatgact 4713156  T
Q  429 catgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtg 528  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| |  ||  | |   | | | | ||||| || ||||| |||||||||||||| |    
T  4713157 catgtcagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagagtgctacctacgaaacaagttgactcttaagtctgacgtgtactcattcggag 4713256  T
Q  529 tggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 566  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4713257 ttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttg 4713294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 81 - 477
Target Start/End: Original strand, 4846764 - 4847160
Alignment:
Q  81 ttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgccacattcacttggtatccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatg 180  Q
    ||||||||||| ||| || | ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||| | ||||||||||| || ||  |||| |||||| | |||||||    
T  4846764 ttcatgaatgaaatcgagatgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttccctcattggatattgcaacgaagatgcagagatgattctagtttatg 4846863  T
Q  181 agttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatggttctaataaccagcc-cttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcga 279  Q
    | ||||||||||  ||||||||  ||||  |||| ||||||||  ||||  | || ||||  ||||||  | || || ||||||||||| ||| | || |    
T  4846864 acttcatgcaacgtggtactctcagtgaacatctctatggttcggataatgaacctcttag-gtggaatcaaagactcgagattctattaggtgcagcaa 4846962  T
Q  280 gagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggt 379  Q
    | ||| |||||||||||||||  |  | ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4846963 gggggttgaattatcttcatgaaggtgcgaagcacaatatcatacatcgtgacgttaagagtacaaacatattgttggatgaaaaatgggtggctaaggt 4847062  T
Q  380 ttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgtctacaacccatgttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaat 477  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| || |  || ||||| ||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||    
T  4847063 ttctgatttcgggttatcaaaagtgggaccaaccgggatatcaatgactcatgtaagcactatggtgaagggtagtataggatatttggatccagaat 4847160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 459 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 4677000 - 4676945
Alignment:
Q  459 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgt 514  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4677000 gggtatttggatcctgaatattacatgctccaaaggctaactctaaaatcggatgt 4676945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 498 - 566
Target Start/End: Original strand, 4854596 - 4854664
Alignment:
Q  498 actctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 566  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||  || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  4854596 actctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttg 4854664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 324 - 394
Target Start/End: Original strand, 27539508 - 27539578
Alignment:
Q  324 caccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggatt 394  Q
    |||||||| |||||||  || ||||| ||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27539508 caccgtgatgtgaagactacaaacattttactagatgagaagtgggtggccaaggtttctgattttggatt 27539578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 33 - 566
Target Start/End: Original strand, 18926434 - 18926967
Alignment:
Q  33 gttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcaagttactctcccagcttcgccacattcacttggtat 132  Q
    ||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||||||||  ||||||    
T  18926434 gttgcaataaaacgtctcaaaccaggctctcaacaaggggccaacgagttcatgaatgagatcgagttgctctctcaacttcgccacattcatctggtat 18926533  T
Q  133 ccctcgtgggatattgcaatgatgacacagaaatgattttggtttatgagttcatgcaacacggtactctgtgtgagtatctttatggttctaataacca 232  Q
    ||||||| || || ||||| |   ||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  18926534 ccctcgtcgggtactgcaacggcaacaaagagatgattctgatttatgagttcatgcaacgtggtactctttgtgagtatctatatggttccaataacca 18926633  T
Q  233 gcccttaccgtggaagaagaggcttgagattctattgggttccgcgagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacaccgtgac 332  Q
     ||| |||  |||||| | |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  18926634 acccctactttggaagcaaaggcttgagattgtattgggtgccgcaagagggctgaattatcttcatgctgaggtgaaacacaagataatacatcgtgat 18926733  T
Q  333 gtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaagtgggaccgacagggatgtctacaacccatg 432  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| || |||||||| || ||||| || || |||||||    
T  18926734 gtgaaaagcaccaacatattattggatgagaaatgggtggctaaggtttccgacttcgggttatccaaggtgggaccaacggggatatcaactacccatg 18926833  T
Q  433 ttagcacgatggtgaagggtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggt 532  Q
    | ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18926834 tcagcacaatggtgaaggggagtcttgggtatttagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggt 18926933  T
Q  533 gcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttg 566  Q
    |||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  18926934 gcttcttgaggtattgtgtgcaaggccacctttg 18926967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 324 - 394
Target Start/End: Original strand, 46271746 - 46271816
Alignment:
Q  324 caccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggatt 394  Q
    |||||||| |||||||  || ||||| ||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46271746 caccgtgatgtgaagactacaaacattttactagatgagaagtgggtggccaaggtttctgattttggatt 46271816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 402
Target Start/End: Original strand, 45191495 - 45191576
Alignment:
Q  321 atacaccgtgacgtgaagagcaccaacatattgttggatgagaaatgggtggctaaggtttctgattttggattatcgaaag 402  Q
    |||||||||||||||||||  || || ||| | ||||||||||| |  || || ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  45191495 atacaccgtgacgtgaagacaacaaatatactcttggatgagaattatgttgccaaggtttctgattttggtttatctaaag 45191576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University