View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11271_low_3 (Length: 805)

Name: NF11271_low_3
Description: NF11271
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11271_low_3
NF11271_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (68-790)||(8890981-8891707)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 659; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 659; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 68 - 790
Target Start/End: Original strand, 8890981 - 8891707
Alignment:
Q  68 gggattctcagtactatagtattagtaaaaactaacaactgaataatatgtaagcatctcaataagcgtttttggagcctatcttaaccttggcgattgg 167  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8890981 gggattctcagtactatagtattagtaaaaactaacaactaaataatatgtaagcatctcaataagcgtttttggagcctatcttaaccttggcgattgg 8891080  T
Q  168 tgagcccccaagagccatcttgccttaaaaggtcttgttaacttgtgccttaacatattacacaacaacgaaatcaactttaattgatttcgatattgtg 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8891081 tgagcccccaagagccatcttgccttaaaaggtcttgttaacttgtgccttaacatattacacaacaacgaaatcaactttaattgatttcgatattgtg 8891180  T
Q  268 taatatgacccgtgaatttgagattggacggttgtgattgaaaactgtgactcagttaaatactaagaatctgtcttgaagcatggattgcattttgttt 367  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8891181 taatatgacccgtgaatttgagattggacggttgtgattgaaaactgtgactcagttaaatgctaagaatctgtcttgaagcatggattgcattttgtgt 8891280  T
Q  368 ggttgtgatccctttggagtca-----ttgcttgtctaggggagtggtgacagctgtttgttgtgtgtagtagtagtaagaatcaagtactagaactggt 462  Q
    ||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8891281 ggttgtgatccctttggagtcattgctttgcttgtctaggggagtggtgacagctgtttgttgtgtgtagtagtagtaagaatcaagtactagaactggt 8891380  T
Q  463 tcagagtacatgcgtagcatagtaacagtataaaatattgttttaattttaactactttatagnnnnnnngctggatttcattgtgttttctcacctgtt 562  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8891381 tcagagtacatgcgtagcatagtaacagtataaaatattgttttaattttaactactttatagtttttttgctggatttcattgtg-tttctcacctgtt 8891479  T
Q  563 tttggtgaagacaaatactgaatagacttatcttgacaagtacaatatgtactaccagaatctcgttttttgaacaagtgagatcaagctctaaaccaac 662  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8891480 tttggtgaagacaaatactgaatagacttatcttgactagtacaatatgtactaccagaatctcgttttttgaacaagtgagatcaagctctaaaccaac 8891579  T
Q  663 cctttttcttgttcttggtgatttcttgttgctttgcaccatatattctcccaatgcacttttatatggatgcattattttgtgtaacactagatgggat 762  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8891580 cctttttcttgttcttggtgatttcttgttgctttgtaccatatattctcccaatgcacttttatatggatgcattattttgtgtaacactagatgggat 8891679  T
Q  763 gttacgaggttcatgcatgatggttctt 790  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8891680 gttacgaggttcatgcatgatggttctt 8891707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University