View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11274_low_3 (Length: 728)

Name: NF11274_low_3
Description: NF11274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11274_low_3
NF11274_low_3
[»] chr1 (21 HSPs)
chr1 (17-717)||(19278830-19279530)
chr1 (54-677)||(13271453-13272082)
chr1 (74-682)||(13080562-13081170)
chr1 (74-717)||(13244180-13244826)
chr1 (75-635)||(13085995-13086555)
chr1 (39-457)||(12963797-12964215)
chr1 (74-601)||(30367889-30368413)
chr1 (42-595)||(13094254-13094804)
chr1 (74-451)||(13070104-13070481)
chr1 (53-451)||(13204325-13204723)
chr1 (74-601)||(13007087-13007611)
chr1 (42-588)||(13129683-13130226)
chr1 (42-588)||(13161376-13161919)
chr1 (74-451)||(13100888-13101264)
chr1 (98-648)||(13064947-13065494)
chr1 (510-707)||(12963583-12963780)
chr1 (498-684)||(19727461-19727647)
chr1 (513-685)||(13214142-13214314)
chr1 (513-642)||(13069916-13070045)
chr1 (497-684)||(13101307-13101494)
chr1 (497-584)||(13204766-13204853)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (510-601)||(31396456-31396548)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (393-430)||(36668331-36668368)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 19279530 - 19278830
Alignment:
Q  17 aagattgaccttaaacccttcaatacgaagaatcacagaaacctttggagtaacaatgtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagca 116  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19279530 aagattgaccgtaaagccttcaatacgaagaatcacagaaacctttggagtaacaatgtgaccttccacgacctgtatgcgaaacttccataatacagca 19279431  T
Q  117 gctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataa 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279430 gctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataa 19279331  T
Q  217 tttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaa 316  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279330 tttgtcctctatccgatatccatctctcaggccgaaattctaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaa 19279231  T
Q  317 ctttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttca 416  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279230 ctttgtatttagactaacatggtctccactaggtagtatatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttca 19279131  T
Q  417 aatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctctt 516  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279130 catatagctccatgaagataaactagcttatcaagctctttcacactaaaatttgtgatcaaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctctt 19279031  T
Q  517 gaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgag 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19279030 gaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgag 19278931  T
Q  617 agcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgcatcttca 716  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19278930 agcagtgtctctaatatacatctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgcgtcttca 19278831  T
Q  717 t 717  Q
    |    
T  19278830 t 19278830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 54 - 677
Target Start/End: Original strand, 13271453 - 13272082
Alignment:
Q  54 gaaacctttggagtaacaatgtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatctt 153  Q
    |||||| | |||||||||   ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||    
T  13271453 gaaaccctaggagtaacagactgaccttccaccacatgtatgtgaaacttccataatacagaagctgcaaccattttcatttgaataaagctaatatctt 13271552  T
Q  154 ttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaa 253  Q
    | || ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| |||  |||    
T  13271553 tcccaagacagcttctaggacctgcattgaatgctatgaacttgtaagatggtacatgtataatttgtcctttatctgatatccatctctcaggcttaaa 13271652  T
Q  254 ttccaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagt 353  Q
     |||| ||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  13271653 ctccaagcaatcaccaccccatacatgttccattcttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtgtttggaccaacatggtgtccactaggtagt 13271752  T
Q  354 gtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagct 453  Q
     |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| || |||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||  |    
T  13271753 atatcagaattaactgcacacttgtgatcaaatggtataggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctgcatgaaggtaaatcagcttatcaatgt 13271852  T
Q  454 ctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatac 553  Q
     ||  ||| | |||||  ||||| |||| ||||||| ||||| ||| | | | |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||    
T  13271853 tttcaacatttaaattattgatcaaattctcctcttgtgttagacaatgatctttgatctcttgaataagttttgcttccacattaggatgagttgaaac 13271952  T
Q  554 gagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatac------gtctcattcgtt 647  Q
     ||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||       | |||||||||    
T  13271953 aagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccatttcctgcagccaagagagtgaatgcagtgtctctaatatacttttcattttcattcgtt 13272052  T
Q  648 tcgccctttcccaatctttccttcattagt 677  Q
    ||  |||||||||| | |||||||||||||    
T  13272053 tcttcctttcccaagccttccttcattagt 13272082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 74 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 13081170 - 13080562
Alignment:
Q  74 gtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 173  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||||||||||| |||    
T  13081170 gtgaccttccaccacctgaatgtgaaacttaaataaaactgcagctgcaaccattttcatttgaagaaaactaatatctttcccaagacagcttcttgga 13081071  T
Q  174 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcacccc 273  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || || || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||  ||| |||| |||||| || ||||    
T  13081070 cctgcattaaacgctatgaacttataagacggcacttgtataatttgtcctctatctgatatccatctctcaggcttaaactccaagcaatcctctcccc 13080971  T
Q  274 atatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcaca 373  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || || |  |||||    
T  13080970 atatttgctccatccttcccattgcatacaaagaatatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggaagtttatccgatttgatagcaca 13080871  T
Q  374 cttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtg 473  Q
    |||||| | ||||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| | |    
T  13080870 cttgtgctgaaatgctacagaaggatatagccttaaggcttcacatatggctccatgaaggtaaactagcttatcaagctcttccacacctaaattagcg 13080771  T
Q  474 atcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattga 573  Q
    ||  |||| || || | | ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||  | || ||  ||||||| ||||| || |||||||| |||||| |||    
T  13080770 ataaaattctcatcgtgttttaaacaattatctttgatctcttgaataattttaccatctaccctaggatgcgttgaaaccagccaaaaaaaccaagtga 13080671  T
Q  574 gacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcat 673  Q
    |||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  | ||| |||||||||||| |||||  | |||| |||||| |||||| ||||| |||    
T  13080670 gacctgtactaattgttccatttcctgcaaccaagagattgattgtagtatctctaatatacctctcaaccatttcccccttttccaatccttcctccat 13080571  T
Q  674 tagttcttt 682  Q
    ||| |||||    
T  13080570 tagatcttt 13080562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 74 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 13244826 - 13244180
Alignment:
Q  74 gtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 173  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| || | ||| ||||| |||    
T  13244826 gtgaccttccaccacctgtatgcgaaacttccataacaaagaagctgcaaccattttcatttgaacgaagctaagatctttcccaatacaacttctagga 13244727  T
Q  174 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcacccc 273  Q
    |||||||| || |||||||||||||| || ||||||| ||||||   |||||||   ||||||||||| || |||  |||||||| ||||||||| ||||    
T  13244726 cctgcattgaaagctatgaacttgtaagacggtacatttataatccctcctctagctgatatccatctttcaggcttaaattccaagcaatcatctcccc 13244627  T
Q  274 atatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcaca 373  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| || || |  || ||    
T  13244626 atatttgttgcatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggaccaacatgttctccactaggtagtatatcagatttgatagcgca 13244527  T
Q  374 cttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtg 473  Q
    |||||| | |||||  | ||| ||||| ||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| || || |||  | |||||  ||    
T  13244526 cttgtgctgaaatgccagaggaggatatagcctcaaggtttcacatatggctccatgaaggtaaacaagcttatcaatcttttccacgtttaaattattg 13244427  T
Q  474 atcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattga 573  Q
    ||  |||| ||||||| ||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||| | |    
T  13244426 attaaattctcctcttgtgttagacaattatctttgatctcttgaataattttcgcttccccaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaactta 13244327  T
Q  574 gacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcat---tcgtttcgccctttcccaatctttcctt 670  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| |  ||||||||||| |||||| ||||||   || |||| ||||||||||||||||||||    
T  13244326 gacctgaactaattgttccatttcctgcaccgaagagatttaccgcagtgtctctgatatacttctcatcgatcatttccccctttcccaatctttcctt 13244227  T
Q  671 cattagttcttttaccaggcaataatgagattcatccgcatcttcat 717  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  13244226 cattagttcttttagcaggcaataacgagattcatctacatcttcat 13244180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 75 - 635
Target Start/End: Original strand, 13085995 - 13086555
Alignment:
Q  75 tgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcggac 174  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |   |||||||||| || ||||| ||||  ||||    
T  13085995 tgaccttccacaacttgtatgtgaaacttccataacatagcagctgcaaccattttcatttgaacaatgctaatatctttcccaagacaacttcgaggac 13086094  T
Q  175 ctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcacccca 274  Q
    |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| | ||| |||||| |||  ||||||||||||||||||  |||||| | || ||| | ||||||    
T  13086095 ctgcattaaatgctatgaacttgcaagatggtacatgcaaaatatgtcctttatctgatatccatctctcgggcttaaattcgaagcgatccttacccca 13086194  T
Q  275 tatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacac 374  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||||||||| |||| |  || | |||||||    
T  13086195 tatttgtttcatccttcccattgcatacaaagagtatattaacttagtatttggtttaacataatctccactaggtagtatatcagctttgattgcacac 13086294  T
Q  375 ttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtga 474  Q
    ||||| | |||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||  || || ||||| ||||    
T  13086295 ttgtgctgaaatggtacaggaggataaagcctcaatgcttcacatatagctccatgaaggtacactagtttattaagcttttcaactcttaaattagtga 13086394  T
Q  475 tcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgag 574  Q
     | |||||||||| | || || ||| ||| | || ||||||||||| ||||| ||||| || ||   ||||||||| || |||||| |||||||| | ||    
T  13086395 ccaaattatcctcatgtgatagacaattatcttttatctcttgaattattttagcttccactatgaaatgagttgaaacaagccaagagaaccaacttag 13086494  T
Q  575 acccgaactaattgttccattacctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatac 635  Q
    ||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  13086495 acctgaactaactgttccacttcctgcagctaagagattgaatgcagtgtctctaatatac 13086555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 39 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 12964215 - 12963797
Alignment:
Q  39 atacgaagaatcacagaaacctttggagtaacaatgtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaa 138  Q
    |||||||||| || || |||| |||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||| || |||  ||| |||||||||||||||||||    
T  12964215 atacgaagaaccatagcaacccttggagtaacaaagtgaccttccaccacttctatgtgaaacttccacaacacattagcagcaaccattttcatttgaa 12964116  T
Q  139 ggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatcca 238  Q
      ||  |||||||||| || | ||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  12964115 caaagctaatatctttcccaatacaacttctaggacctgcattgaatgctatgaacttataagatggcacttgtataatttctcctctatttgatatcca 12964016  T
Q  239 tctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatgg 338  Q
    ||| || |||  |||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12964015 tctttcaggcttaaattccaagcaatcttctccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagaatatatcaactttgtatttggactaacatgg 12963916  T
Q  339 tctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaa 438  Q
    ||||||||||||| | |||| || |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  12963915 tctccactaggtaatatatctgatttaattgcacacttgtgttcaaatggtataggaggataaagccttaaagcttcacaaatagctccatgaagataaa 12963816  T
Q  439 ctagcttatcaagctcttt 457  Q
    | |||||||||||| ||||    
T  12963815 caagcttatcaagcccttt 12963797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 74 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 30368413 - 30367889
Alignment:
Q  74 gtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 173  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||||| || | ||| ||||| ||     
T  30368413 gtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataacaaggcagctgcaaccatcttcatttgaacgaaactaagatctttacccatacaacttctaggt 30368314  T
Q  174 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcacccc 273  Q
    |||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  |||| ||||||||| |||  |||||||| |||||| || ||||    
T  30368313 cctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcaatcttctcccc 30368214  T
Q  274 atatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcaca 373  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| || || | |||||     
T  30368213 atattttttccatccttcccatagcatacaaagagtaaattaacttggtatttggactaacattctctccactaggtagtatatcagatttgattgcact 30368114  T
Q  374 cttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttca-cactgaaatttgt 472  Q
      |  | ||||| |||||||  ||||| | ||| | || |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||   || || || ||||    ||    
T  30368113 gataagctcaaaaggtacagtaggatacaacctcatggattcacatatagctccatggaggtagactagcttatcaaggctttccaccattgaa----gt 30368018  T
Q  473 gatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattg 572  Q
     ||| |||| || | ||||| || ||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||| ||    
T  30368017 tatccaattctcatgttttgatacacaattatctttgatctcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactg 30367918  T
Q  573 agacccgaactaattgttccattacctgc 601  Q
    ||||  ||||||| ||| |||||||||||    
T  30367917 agacttgaactaagtgtgccattacctgc 30367889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 42 - 595
Target Start/End: Original strand, 13094254 - 13094804
Alignment:
Q  42 cgaagaatcacagaaacctttggagtaacaatgtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaagga 141  Q
    ||||||| |||||||| | |||| || |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| |||||||||| ||    
T  13094254 cgaagaaacacagaaagccttggggttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatga 13094353  T
Q  142 aagtaatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatct 241  Q
    || |||||||||| || | |||  |||| || ||||  || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || |  |||||||||||    
T  13094354 aactaatatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatct 13094453  T
Q  242 ctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtct 341  Q
    ||| |||  |||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||| |    
T  13094454 ctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaattaaagttgtatttggagtaacatggtat 13094553  T
Q  342 ccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaacta 441  Q
    |||||||||||| |||| || || | ||||||  | || ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  13094554 ccactaggtagtatatcagatttgattgcacagatatgctcaaaaggtacaggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatacta 13094653  T
Q  442 gcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaatagg 541  Q
    |||||||||| ||     | || |||   || |||  || |||||||  |||||| || ||| |  ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  13094654 gcttatcaagatccacatccctcaaa---gtaatccgataatcctctcgtgttaaccaattatctctgatctcttgaatgattttttcttccacaatagg 13094750  T
Q  542 atgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccatt 595  Q
    || |||||| |  ||||| || |||||| ||||| | ||||||||||| |||||    
T  13094751 ataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattgtaccatt 13094804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 74 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 13070481 - 13070104
Alignment:
Q  74 gtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 173  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||| |||||| || | ||| |||||||||    
T  13070481 gtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatctttacccaaacaacttctcgga 13070382  T
Q  174 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcacccc 273  Q
    |||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| | |  |||| ||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||    
T  13070381 cctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggaacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctcccc 13070282  T
Q  274 atatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcaca 373  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| || | ||||||    
T  13070281 atatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggatttgattgcaca 13070182  T
Q  374 cttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaag 451  Q
      | || ||||| |||||||| |||||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  13070181 tatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggtttcacatatagctccatgaaggtacactagattatcaag 13070104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 53 - 451
Target Start/End: Original strand, 13204325 - 13204723
Alignment:
Q  53 agaaacctttggagtaacaatgtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatct 152  Q
    ||||| |||||| || |||  |||||||||||| | || ||||||||| |||  ||| | ||||||||| ||||| |||||||||| |||| ||| ||||    
T  13204325 agaaatctttggggttacagggtgaccttccactatctttatgtgaaaattctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaaactaagatct 13204424  T
Q  153 tttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaa 252  Q
    || || | ||| ||||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | |  |||| ||||||||| |||  ||    
T  13204425 ttacccaaacaacttctaggacctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctgtctctgatacccatctctcaggcttaa 13204524  T
Q  253 attccaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtag 352  Q
    |||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  13204525 attccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtag 13204624  T
Q  353 tgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaag 451  Q
    | ||||||| || | ||||||  | || ||||| |||||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13204625 tatatcggatttgattgcacatatatgctcaaaaggtacaggaggataaagtctcaaggcttcacatatagctccatgaaggtacactagcttatcaag 13204723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 6e-79
Query Start/End: Original strand, 74 - 601
Target Start/End: Original strand, 13007087 - 13007611
Alignment:
Q  74 gtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 173  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||   ||| | ||| ||||| ||||| |||||||||| |||  ||||||| || || | ||| ||||| |||    
T  13007087 gtgacctgccaccacctttatgtgaaactttggtaacaaagctgctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttgcccatacaacttctagga 13007186  T
Q  174 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcacccc 273  Q
    |||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || | ||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||    
T  13007187 cctgtattgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctcccc 13007286  T
Q  274 atatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcaca 373  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  13007287 atatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaacacgctctccactaggtagtatatcggaattgattgcaca 13007386  T
Q  374 cttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtg 473  Q
      | || ||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||     | || |||   |      
T  13007387 gatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcatggcttcacatagagctccatggaggtacactagcttatcaagatccacatctctcaaa---gga 13007483  T
Q  474 atcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattga 573  Q
     ||  ||| ||||||| |||    |||||| | ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||| |||    
T  13007484 gtctgattctcctcttgtgtgggccagttatctttgatttcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactga 13007583  T
Q  574 gacccgaactaattgttccattacctgc 601  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  13007584 gacctgaactaattgtgccatttcctgc 13007611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 42 - 588
Target Start/End: Original strand, 13129683 - 13130226
Alignment:
Q  42 cgaagaatcacagaaacctttggagtaacaatgtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaagga 141  Q
    ||||||| |||||||| | |||| || |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||||||| ||||| |||||||||| ||    
T  13129683 cgaagaagcacagaaagccttggggttacagggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttctgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatga 13129782  T
Q  142 aagtaatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatct 241  Q
    || ||| |||||| || | |||  |||| || ||||  || || |||| ||||||||| ||||||||||||||||| | ||| || |  |||||||||||    
T  13129783 aactaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagctacgaacttgtaagatggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatct 13129882  T
Q  242 ctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtct 341  Q
    ||| |||  |||||||| ||| || || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||| |    
T  13129883 ctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatatttgttccatccttcccatagaatacaaagagtaaatcaaagttgtatttggactaacatggtat 13129982  T
Q  342 ccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaacta 441  Q
    |||||||||||| |||| || || | || |||  | || ||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  13129983 ccactaggtagtatatcagatttgattgaacagatatgctcaaaaggtataggaggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatacta 13130082  T
Q  442 gcttatcaagctctttcaca---ctgaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaat 538  Q
    |||||||||| ||   ||||   || |||   || |||  |||| |||||| |||||| || ||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||||    
T  13130083 gcttatcaagatc---cacatgcctcaaa---gtaatccgattaccctcttgtgttaaccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaat 13130176  T
Q  539 aggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattg 588  Q
    ||||| |||||| |  ||||| || |||||| ||||| | ||||||||||    
T  13130177 aggataagttgaaagaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattg 13130226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 42 - 588
Target Start/End: Original strand, 13161376 - 13161919
Alignment:
Q  42 cgaagaatcacagaaacctttggagtaacaatgtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaagga 141  Q
    ||||||| |||||||| | |||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| |||||||||| ||    
T  13161376 cgaagaaacacagaaagccttggggttacaaggtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttccgtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatga 13161475  T
Q  142 aagtaatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatct 241  Q
    || ||| |||||| || | |||  |||| || ||||  || || | |||||||||||| || |||||||||||||| | ||| || |  |||||||||||    
T  13161476 aactaagatctttacctatacaaattctgggtcctgtgttgaaagatatgaacttgtaagaaggtacatgtataatatctcccctctcagatatccatct 13161575  T
Q  242 ctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtct 341  Q
    ||| |||  |||||||| ||| || || ||||||| |||||||||||| ||||| | ||||| |||||| |||||  ||||||||||||||| | | |||    
T  13161576 ctcaggcttaaattccatgcagtcttccccccatagttgttccatcctgcccatagaatacatagagtacattaaacttgtatttggactaatacgttct 13161675  T
Q  342 ccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaacta 441  Q
    |||||||||||| ||||||| || | ||||||  | || ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  13161676 ccactaggtagtatatcggatttgattgcacagatatgctcaaaaggtataggtggataaagccttaaggtttcacatatagctccatggaggtatacta 13161775  T
Q  442 gcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaacagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaatagg 541  Q
    ||||||||||  |     | || |||    | |||  ||||||||||| |||||  || ||| | |||||||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  13161776 gcttatcaagaaccacatccctcaaa---ataatccgattatcctcttgtgttagccaattatctttgatctcttgaatgattttttcttccacaatagg 13161872  T
Q  542 atgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattg 588  Q
    || |||||| | |||||| || |||||| ||||| | ||||||||||    
T  13161873 ataagttgaaaggagccagaaaaaccaactgagagctgaactaattg 13161919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 74 - 451
Target Start/End: Original strand, 13100888 - 13101264
Alignment:
Q  74 gtgaccttccacgacctgtatgtgaaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcgga 173  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||||||| ||||| |||||||||| |||  ||||||| || || | ||| ||||| ||     
T  13100888 gtgaccttccaccacctgtatgtgaaacttcggtaacaaagcagctgcgaccatcttcatttgaatgaagctaatatccttacccatacaacttctaggt 13100987  T
Q  174 cctgcattaaacgctatgaacttgtacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcacccc 273  Q
    |||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  || | ||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||    
T  13100988 cctg-attgaaagctatgaacttgtaagatggtacatgtataatgtgtcctctctctgacacccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctcccc 13101086  T
Q  274 atatttgttccatccttcccattgcatacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcaca 373  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||||| | | ||||||||||| ||| ||||||| || | || |||    
T  13101087 atatttgttccatccttcccatagcgtacaaagagtacaataaccttgtatttggactaaaacgctctccactaggaagtatatcggatttgattgaaca 13101186  T
Q  374 cttgtgttcaaatggtacaggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaag 451  Q
      | || ||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  13101187 tatatgctcaaaaggtacaggaggataaagcctcaaggtttcacatatagctccatggaggtacactagcttatcaag 13101264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 98 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 13065494 - 13064947
Alignment:
Q  98 aaacttccataatacagcagctgcaaccattttcatttgaaggaaagtaatatcttttccgagacagcttctcggacctgcattaaacgctatgaacttg 197  Q
    ||||||||||| || ||| || ||| |||| ||||||| || ||| || |||||||| || | ||| ||||| || |||||||| || ||||||||||||    
T  13065494 aaacttccatagtatagccgcggcagccatcttcatttcaacgaaggtgatatctttacccaaacaacttcttggccctgcattgaaagctatgaacttg 13065395  T
Q  198 tacgatggtacatgtataatttgtcctctattcgatatccatctctcgggccgaaattccaggcaatcatcaccccatatttgttccatccttcccattg 297  Q
    || || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| |||  |||||||| ||| || || ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  13065394 taagacggtacatgtataatttgtccgctttttgatatccatctctcaggcttaaattccatgcagtcttctccccatattttctccatccttcccattg 13065295  T
Q  298 catacaaagagtatattaactttgtatttggactaacatggtctccactaggtagtgtatcggaattaactgcacacttgtgttcaaatggtacaggtgg 397  Q
     ||||||| |||||| || | ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||| |  || | |||| |||| || || |  |||||||| ||    
T  13065294 aatacaaatagtataatatccttgtatttggacttacatggactccactaggaagtatatcagctttgattgcaaacttttgctcgataggtacaggagg 13065195  T
Q  398 ataaagccttaaggcttcaaatatagctccatgaaggtaaactagcttatcaagctctttcacactgaaatttgtgatcgaattatcctcttttgttaaa 497  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||| |||||||||| || |||| |  ||   || ||| | || || || |  | || |    
T  13065194 ataaagccttaaggcttcacatatagctccgtggaggtaaattagtttatcaagcttttccacaattgaa---gtaatcaagttttcatcatcagataga 13065098  T
Q  498 cagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattac 597  Q
    || ||| | || |||||||||||||| || ||||| |||| |||||||  ||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| || || |    
T  13065097 caattatctttcatctcttgaataatcttggcttccacaacaggatgacatgaaacaagccaaaagaaccaactgagacctgaactaactgtgccgtttc 13064998  T
Q  598 ctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgttt 648  Q
    | ||   ||| |||||||  ||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  13064997 ccgctaacaatagattgactgcagtgtctctaagatacttctcactcgttt 13064947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 510 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 12963780 - 12963583
Alignment:
Q  510 atctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaaga 609  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||| | |||||||| ||||    
T  12963780 atctcttgaataattttagtttccacaataggatgagttgaaacaagccaaaagaaccaacttagacctgaactaactgttccacttcctgcagctaaga 12963681  T
Q  610 gattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttcttttaccaggcaataatgagattcatcc 707  Q
    ||||||| |  |||| | |||||||  |||||  | |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  12963680 gattgagtgttgtgtttataatatatttctcagccatttccccctttcccaatccttccttcattagatcttttagcaggcaagaatgagattcatcc 12963583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 498 - 684
Target Start/End: Original strand, 19727461 - 19727647
Alignment:
Q  498 cagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattac 597  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||| ||||||| | ||||| ||  ||||| |    
T  19727461 cagttatctttgatttcttgaataattttggcttcgacaataggatgagtcgaaacaagccaaaaaaaccaactgagacctgtactaactgggccatttc 19727560  T
Q  598 ctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttctttta 684  Q
    ||||    |||||| ||||   | ||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||    
T  19727561 ctgctaaaaagagagtgagtaaattgtctctaagatacttctcattcatttccccctttccagatccttccttcattagtgctttta 19727647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 513 - 685
Target Start/End: Original strand, 13214142 - 13214314
Alignment:
Q  513 tcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagat 612  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| |||| || ||  ||||| |||||    ||||||     
T  13214142 tcttgaataattttagcttccacaataagatgagttgaaacaagccagaaaaaccaaatgagacctgaacgaactgggccatttcctgctaaaaagagag 13214241  T
Q  613 tgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttcttttac 685  Q
    |||  ||| ||||||||| |||| |||||| | |||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||    
T  13214242 tgatcgcattgtctctaagatacttctcatccatttccccctttccaaatccttccttcattagtgcttttac 13214314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 513 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 13070045 - 13069916
Alignment:
Q  513 tcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgcagccaagagat 612  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||| ||| ||| ||| ||||| |||||    ||||||     
T  13070045 tcttgaataattttggcttccacaataggatgagttgaaacaagccagaaaaaccaactgagacctgaagtaactgtgccatttcctgctaaaaagagag 13069946  T
Q  613 tgagagcagtgtctctaatatacgtctcat 642  Q
     ||| ||| ||||||||| |||| ||||||    
T  13069945 agagtgcattgtctctaagatacttctcat 13069916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 497 - 684
Target Start/End: Original strand, 13101307 - 13101494
Alignment:
Q  497 acagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccatta 596  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||| || |||||| ||||| | ||||||| ||  |||||     
T  13101307 acagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccagaaaaaccaactgagagctgaactaactgggccattt 13101406  T
Q  597 cctgcagccaagagattgagagcagtgtctctaatatacgtctcattcgtttcgccctttcccaatctttccttcattagttctttta 684  Q
    |||||    |||||| |||   || ||||||||| |||| |||||| | |||| ||||||||  ||| ||||||| ||||| ||||||    
T  13101407 cctgctaaaaagagagtgattacattgtctctaagatacttctcatccatttccccctttccagatccttccttcgttagtgctttta 13101494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 497 - 584
Target Start/End: Original strand, 13204766 - 13204853
Alignment:
Q  497 acagttaaccttgatctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttgatacgagccaaaagaaccaattgagacccgaacta 584  Q
    ||||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||| | ||||| ||||||    
T  13204766 acagttatctttgatttcttgaattattttggcttccacaataggatgagtggaaacaagccaaaaaaaccaacttagacctgaacta 13204853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 510 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 31396548 - 31396456
Alignment:
Q  510 atctcttgaataatttttgcttcgacaataggatgagttg-atacgagccaaaagaaccaattgagacccgaactaattgttccattacctgc 601  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| | || ||||| || ||||||  |||||  ||||||||||| ||||| |||||    
T  31396548 atctcttgaataattttggcttccacattaggatgagttgaaaacaagccagaaaaaccaaccgagacttgaactaattgtgccatttcctgc 31396456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 393 - 430
Target Start/End: Original strand, 36668331 - 36668368
Alignment:
Q  393 ggtggataaagccttaaggcttcaaatatagctccatg 430  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  36668331 ggtggataaagccttaaggcttcacataaagctccatg 36668368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University