View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11274_low_35 (Length: 362)

Name: NF11274_low_35
Description: NF11274
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11274_low_35
NF11274_low_35
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (65-341)||(32023689-32023965)
chr8 (134-324)||(10332938-10333130)
chr8 (134-324)||(9330375-9330567)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (134-324)||(11925589-11925781)
chr2 (134-264)||(44679720-44679851)
chr2 (115-340)||(41363068-41363295)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (134-324)||(36215796-36215988)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (134-324)||(30758669-30758861)
chr7 (134-362)||(25137080-25137310)
chr7 (134-321)||(7747513-7747702)
chr7 (115-315)||(9953881-9954083)
chr7 (115-308)||(23409731-23409925)
chr7 (115-273)||(23688553-23688713)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (134-324)||(28871762-28871954)
chr6 (152-362)||(33354042-33354253)
chr6 (136-315)||(35023778-35023958)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (134-324)||(9352972-9353164)
chr4 (181-362)||(3216105-3216286)
chr4 (134-324)||(6673400-6673592)
chr4 (115-315)||(16420285-16420486)
chr4 (134-264)||(9341871-9342002)
chr4 (129-210)||(987643-987725)
chr4 (115-315)||(53437065-53437267)
chr4 (115-315)||(53438498-53438700)
[»] scaffold0210 (2 HSPs)
scaffold0210 (134-324)||(23208-23400)
scaffold0210 (134-324)||(24212-24404)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (152-324)||(559760-559933)
chr3 (157-324)||(27088563-27088730)
[»] scaffold0434 (1 HSPs)
scaffold0434 (115-313)||(11213-11413)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (152-315)||(38516-38680)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 65 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 32023965 - 32023689
Alignment:
Q  65 atcacactttaaaattcaaagccaacaccactaaaccaacccaagtgaaattagtgacatagtcgttagttctaaaataacacctaatcctaagtgaaat 164  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32023965 atcacacttcaagattcaaagccaacatcactaaactaacccaagtgaaattagtgacatagtcgttagttctaaaataacatctaatcctaagtgaaat 32023866  T
Q  165 taagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaag 264  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32023865 taagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaag 32023766  T
Q  265 tattcataattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaagagataaaatcattaaa 341  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32023765 tattcataattcaaattatgtttcacaatattaaccgcaaatcagttttaatgtgatcaagagataaaatcattaaa 32023689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 10333130 - 10332938
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  10333130 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 10333031  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||| || |||||    
T  10333030 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttctgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggttatcaa 10332938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 9330567 - 9330375
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   ||||||  ||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  9330567 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaaggatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 9330468  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| || |||  || || ||||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  9330467 gattacaaaggcaagaatttcttatctcgaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaa 9330375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Original strand, 11925589 - 11925781
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  11925589 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 11925688  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  11925689 gattacaaaggcaagaatttcttatatcaaagcgtttataaattcaacttcagtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaatgtgatcaa 11925781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 264
Target Start/End: Original strand, 44679720 - 44679851
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| ||||| |   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  44679720 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaaggttagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 44679819  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaag 264  Q
    ||||||| |||||| | |||||||| ||||||    
T  44679820 gactacaaaggaaagaatttcttatctcaaag 44679851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 115 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 41363295 - 41363068
Alignment:
Q  115 ttagtgacatagtcgttagttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaa 213  Q
    ||||||||| | || ||| | |||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| ||  |  ||||||||||||  ||||||||| ||    
T  41363295 ttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcaatattgaacaagaatttgtaattggtttcaa 41363196  T
Q  214 gagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcatttt 312  Q
    | ||||| || |||||||||| |||| ||  || | |||||||| ||||||  || || |||| || |||| ||||||||||| ||||| |||||| |||    
T  41363195 gggtttgcatctattcctagattacaaagtcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaatttaacttctgtttcacaatataaaccgtaaatcaattt 41363096  T
Q  313 aaatgtgatcaagagataaaatcattaa 340  Q
    ||| | | |||||  |||||| ||||||    
T  41363095 aaaggcggtcaagcaataaaagcattaa 41363068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 36215988 - 36215796
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  36215988 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattttcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 36215889  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  36215888 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaa 36215796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 30758861 - 30758669
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  30758861 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 30758762  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  30758761 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaa 30758669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 134 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 25137310 - 25137080
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  25137310 ttctaaaacaactcctaattcctcagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 25137211  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaa--gtattcataattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaagagata 330  Q
    || |||| ||| || | |||||||| |||||  ||||  | ||||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||   |||    
T  25137210 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaaacgtatata-aattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaata 25137112  T
Q  331 aaatcattaaacacatagataacaaaaataat 362  Q
    ||| |||||| ||   |||||| |||||||||    
T  25137111 aaagcattaagcatggagataagaaaaataat 25137080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 7747702 - 7747513
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| |||||| |||| |||| |||||| ||  ||||| || ||||||||    
T  7747702 ttctaaaataactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaaaaattctcaagtggtttcaaaggtttgcatctattccta 7747603  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcataa-ttcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgat 321  Q
     | |||| ||| || | |||||||| ||||||  || |||| ||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| |||||    
T  7747602 tattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagagtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgat 7747513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 115 - 315
Target Start/End: Original strand, 9953881 - 9954083
Alignment:
Q  115 ttagtgacatagtcgttagttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaa 213  Q
    ||||||||| | || ||| | |||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||  |||||||||||   ||||||||| ||    
T  9953881 ttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaacttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaa 9953980  T
Q  214 gagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcatttt 312  Q
    | ||||| || |||||||||| |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||  | ||||||||| ||||| |||||| |||    
T  9953981 gggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtatcacaatataaaccgtaaatcaattt 9954080  T
Q  313 aaa 315  Q
    |||    
T  9954081 aaa 9954083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 23409925 - 23409731
Alignment:
Q  115 ttagtgacatagtcgttagttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaa 213  Q
    ||||||||| | || ||| | |||||||||| |||||| ||| |||||| ||||||||  |||||  |||||  ||||||||||| | ||||||||| ||    
T  23409925 ttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaatttaagatcagaattatgcatgattgaacaagaattcttaattggtttcaa 23409826  T
Q  214 gagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcataattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatca 308  Q
    | ||||| || ||||| |||| |||| ||| || | | |||||| |||||   ||   ||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  23409825 gggtttgcatctattcttagattacaaaggcaagaatctcttatctcaaacgtttataaattcaacttctgtttcacaatataaaccgtaaatca 23409731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 115 - 273
Target Start/End: Original strand, 23688553 - 23688713
Alignment:
Q  115 ttagtgacatagtcgttagttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaa-ttaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggtttta 212  Q
    ||||||||| | || ||| | |||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||   |||||| |||||  |||||||||||   ||||||||| |    
T  23688553 ttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaaacttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttca 23688652  T
Q  213 agagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcataa 273  Q
    || ||||| || |||||||||| |||| ||| || | |||||||| |||||| ||| ||||    
T  23688653 agggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcatttataa 23688713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 28871954 - 28871762
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  28871954 ttctaaaagaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 28871855  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  28871854 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaa 28871762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 152 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 33354253 - 33354042
Alignment:
Q  152 tcctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactt 251  Q
    |||| |||||| |||||||   |||||| ||| || ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || |||||||||| |||| ||| || | ||    
T  33354253 tccttagtgaatttaagattagaattaagcataaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatt 33354154  T
Q  252 tcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaagagataaaatcattaaacacatagat 350  Q
    |||||| ||||||  || || ||||| |   |  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||   |||||| |||||| ||   ||||    
T  33354153 tcttatctcaaagcgtttataaattccacccccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagat 33354054  T
Q  351 aacaaaaataat 362  Q
    || |||||||||    
T  33354053 aagaaaaataat 33354042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 136 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 35023958 - 35023778
Alignment:
Q  136 ctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattcctaga 234  Q
    |||||| || ||||||| ||| |||||| |||||||   |||||| ||||||||||||||||||   || |||||| ||| ||||| || ||||||||||    
T  35023958 ctaaaaaaaaacctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaaagaacaagaattcaaaaatggtttcaagggtttgcatctattcctaga 35023859  T
Q  235 ctacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaa 315  Q
     |||| ||| || | |||||||| || ||| ||| || ||||||| |||  ||||||||||| ||| | |||||| ||||||    
T  35023858 ttacaaaggcaataatttcttatctc-aagcatttataaattcaacttccgtttcacaatataaactgtaaatcaatttaaa 35023778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Original strand, 9352972 - 9353164
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  9352972 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 9353071  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  9353072 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaa 9353164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 181 - 362
Target Start/End: Original strand, 3216105 - 3216286
Alignment:
Q  181 catgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcataa-ttcaaa 279  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||| || |||||||||| |||| ||| || | |||||||| |||||||||| |||| |||||     
T  3216105 catgaatgaacaagaattctcaat-ggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagtatttataaattcaac 3216203  T
Q  280 ttctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaagagataaaatcattaaacacatagataacaaaaataat 362  Q
    |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||   |||||| |||||| ||   |||||| |||||||||    
T  3216204 ttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaatcaataaaagcattaagcatggagataagaaaaataat 3216286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Original strand, 6673400 - 6673592
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  6673400 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 6673499  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||  |||||||| || ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  6673500 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaaaataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaa 6673592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 115 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 16420486 - 16420285
Alignment:
Q  115 ttagtgacatagtcgttagttctaaaataacacctaatc-ctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaa 213  Q
    ||||||||| | || ||| | |||||||||| ||||||  || |||||| ||||||||  |||||| |||||  ||||||||||| | ||||||||||||    
T  16420486 ttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattacttagtgaatttaagatcagaattaagcatgattgaacaagaattcttaattggttttaa 16420387  T
Q  214 gagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcatttt 312  Q
    | ||||| || |||||||||| |||| ||| || | | |||||| || |||  || || ||||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| |||    
T  16420386 gggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatctcttatctc-aagcctttataaattcaatttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaattt 16420288  T
Q  313 aaa 315  Q
    |||    
T  16420287 aaa 16420285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 264
Target Start/End: Original strand, 9341871 - 9342002
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| ||| |||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  9341871 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaggattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 9341970  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaag 264  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||    
T  9341971 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaag 9342002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 987725 - 987643
Alignment:
Q  129 gttagttctaaaataacacctaatccta-agtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttt 210  Q
    |||| |||||||||||| | |||| ||  ||||||||||||||   |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  987725 gttaattctaaaataactcataattctttagtgaaattaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattttcaattggttt 987643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 53437267 - 53437065
Alignment:
Q  115 ttagtgacatagtcgttagttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaa 213  Q
    ||||||||| | || ||| | |||||||||  |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||  |||||||||||   ||||||||| ||    
T  53437267 ttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaa 53437168  T
Q  214 gagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcatttt 312  Q
    | ||||| || |||||||||| |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||  ||||||||||| ||||| | |||| |||    
T  53437167 gggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatttcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtatatcaattt 53437068  T
Q  313 aaa 315  Q
    |||    
T  53437067 aaa 53437065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 115 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 53438700 - 53438498
Alignment:
Q  115 ttagtgacatagtcgttagttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaa 213  Q
    ||||||||| | || ||| | |||||||||  |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||  |||||||||||   ||||||||| ||    
T  53438700 ttagtgacaaaatcattaatcctaaaataatccctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgattgaacaagaattcgtaattggtttcaa 53438601  T
Q  214 gagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcatttt 312  Q
    | ||||| || |||||||||| |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| |||  ||||||||||| ||||| | |||| |||    
T  53438600 gggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatttcttatttcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtatatcaattt 53438501  T
Q  313 aaa 315  Q
    |||    
T  53438500 aaa 53438498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0210 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 2)
Name: scaffold0210
Description:

Target: scaffold0210; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Original strand, 23208 - 23400
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  23208 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 23307  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| ||| ||||||||| || ||||| |||||| ||||||  |||||||    
T  23308 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttcaatttcacaaaataaaccgtaaatcaatttaaagatgatcaa 23400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0210; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Original strand, 24212 - 24404
Alignment:
Q  134 ttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattccta 232  Q
    |||||||| ||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || ||||||||    
T  24212 ttctaaaacaactcctaattccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattccta 24311  T
Q  233 gactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || |||| ||| || | |||||||| ||||||  || || ||||||| ||| ||||||||| || ||||| |||||| ||||||  |||||||    
T  24312 gattacaaaggcaagaatttcttatctcaaagcgtttataaattcaacttcaatttcacaaaataaaccgtaaatcaatttaaagatgatcaa 24404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000009; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 152 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 559933 - 559760
Alignment:
Q  152 tcctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactt 251  Q
    |||| |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||| || |||||||||| |||| ||| || | ||    
T  559933 tccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctagattacaaaggcaagaatt 559834  T
Q  252 tcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    || ||||||||||  || || ||||||| |||  ||||||||||| | | | |||||| |||||| ||||||||    
T  559833 tcatatgtcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataatctgtaaatcaatttaaaggtgatcaa 559760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 324
Target Start/End: Original strand, 27088563 - 27088730
Alignment:
Q  157 agtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttctta 256  Q
    |||||| |||||||   |||||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||  ||| ||| ||||  ||||||    
T  27088563 agtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaagaattctcatttggttttaagggtttgcatctattcctagatcacaaaggcaaaaacttctta 27088662  T
Q  257 tgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaatgtgatcaa 324  Q
    | || |||| || || ||||||| |||  ||| ||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  27088663 tctc-aagtgtttataaattcaacttccgttttacaatataaaccgtaaatcaatttaaaggtgatcaa 27088730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0434 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0434
Description:

Target: scaffold0434; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 115 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 11413 - 11213
Alignment:
Q  115 ttagtgacatagtcgttagttctaaaataacacctaat-cctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaa 213  Q
    ||||||||| | || ||| | |||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||   |||||| ||| |  ||||||||||| |||| ||||||  |    
T  11413 ttagtgacaaaatcattaatcctaaaataacccctaattccttagtgaatttaagattataattaagcataattgaacaagaattctcaagtggtttcta 11314  T
Q  214 gagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactttcttatgtcaaagtattcat-aattcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcatttt 312  Q
    | ||||| || |||||||||| |||| |||||| | |||||||| ||||||| || || ||||||| |||   ||| |||||| ||||| |||||| |||    
T  11313 gggtttgcatctattcctagattacaaaggaaagaatttcttatctcaaagtgtttataaattcaacttccgattcccaatataaaccgtaaatcaattt 11214  T
Q  313 a 313  Q
    |    
T  11213 a 11213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 152 - 315
Target Start/End: Original strand, 38516 - 38680
Alignment:
Q  152 tcctaagtgaaattaagatctaaattaaacatgaaagaacaagaattttcaattggttttaagagtttgtatatattcctagactacataggaaaaactt 251  Q
    |||| |||||| |||||||   |||||| |||||| |||||| |||| |||| |||||| ||| ||||| || |||||||| | |||| ||| || | ||    
T  38516 tccttagtgaatttaagattagaattaagcatgaatgaacaaaaattctcaagtggtttcaagggtttgcatctattcctaaattacaaaggcaagaatt 38615  T
Q  252 tcttatgtcaaagtattcataa-ttcaaattctatttcacaatattaaccgcaaatcattttaaa 315  Q
    |||||| ||||||  || |||| ||||| |||  ||||||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  38616 tcttatctcaaagcgtttataaattcaacttccgtttcacaatataaaccgtaaatcaatttaaa 38680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University