View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11276_low_1 (Length: 808)

Name: NF11276_low_1
Description: NF11276
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11276_low_1
NF11276_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-793)||(34948660-34949454)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 793
Target Start/End: Original strand, 34948660 - 34949454
Alignment:
Q  1 atttggaaagtaaataacgcatgatttaaggttaaggacatatattaccttnnnnnnnttctaccaaactcattttnnnnnnngcaagtattatggccaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||       ||||||||||||||||||       ||| |||||| ||||||    
T  34948660 atttggaaagtaaataacgcatgctttaaggttaaggacatatatttccttaaaaaaattctaccaaactcattttaaaaaaagcatgtattacggccaa 34948759  T
Q  101 acagtatatcttcaacaaaagttagatctttatcat-ccccaaaggcccaaacagcaacaagcaaaaacgcattcatgcataaagctacaaaagccaacc 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34948760 acagtatatcttcaacaaaagttagatctttatcattccccaaaggcccaaacagcaacaagcaaaaacgcattcatgcataaagctacaaaagccaacc 34948859  T
Q  200 atcttgtcccctttattcataagcaatctaaatttgtatgctactcagtaatcataaacaagaatgtcaaaatgagatcctacctagggtcaaaagaatg 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34948860 atcttgtcccctttattcataagcaatctaaatttatatgctactcagtaattataaacaagaatgtcaaaatgagatcctacctagggtcaaaagaatg 34948959  T
Q  300 agaaaacacctaaataaaagaatagtaagactggctctaccagaagtacaaaactacaattaaagacacacatgtaagaaaatttaacaaataaatcaca 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34948960 agaaaacacctaaataaaagaatagtaagactggctctaccagaagtacaaaattacaattaaagacacacatgtaagaaaatttaacaaataaatcaca 34949059  T
Q  400 gctactactatttaattaaatatcaattaaatttcataaggtcgcatacaactcatcgctcatgtaacgtaaatgttttagaagtcataaaattaaaaca 499  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  34949060 gctactactatttaattatacatcaattaaatttcataaggtcgcatacaactcgtcgctcatgtaacataaatgttttaaaagtcataaaattaaaaca 34949159  T
Q  500 ccaaagaaaacagtccaactctaga-ttttaagggcttcaacaacttttcagttttaaaactaaaaacgtgaggcctggattattgttttccagattatc 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34949160 ccaaagaaaacagtccaactctagatttttaagggcttcaacaacttttcagttttaaaactaaaaacgtgaggcctggattattgttttccagattatc 34949259  T
Q  599 ttattagggaaggagaatgcatgtatgagagtggaagattgagtttctgaaccgtgcatttgctcaccattaattaatttccacccaaatactattaaat 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34949260 ttattagggaaggagaatgcatgtatgagagtggaggattgagtttctgaaccgtgcatttgctcaccattaattaatttccacccaaatactattaaat 34949359  T
Q  699 tccagtccaataagaaatcagttaaacggagnnnnnnnttccacctgatagagtaatcacaaaattaagaatttatctaagaaatcagttctata 793  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34949360 tccagtccaataagaaatcagttaaacagagaaaaaaattccacctgatagagtaatcacaaaattaagaatttatctaagaaatcagttctata 34949454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University