View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_high_107 (Length: 275)

Name: NF11278_high_107
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_high_107
NF11278_high_107
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-274)||(139304-139559)
chr1 (19-268)||(164704-164953)
chr1 (27-272)||(18214663-18214908)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (19-265)||(18605090-18605336)
chr2 (19-265)||(19388379-19388625)
chr2 (19-258)||(18599598-18599837)
chr2 (30-272)||(29560891-29561133)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (20-258)||(19823479-19823717)
chr6 (20-258)||(19888568-19888806)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (24-256)||(2294501-2294733)
chr3 (19-217)||(17778120-17778318)
chr3 (19-217)||(19079421-19079619)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (25-256)||(268682-268913)
chr8 (25-256)||(647008-647239)
chr8 (25-256)||(832743-832974)
chr8 (20-256)||(9506721-9506957)
chr8 (20-256)||(291893-292129)
chr8 (170-225)||(12726479-12726534)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (20-256)||(12860410-12860646)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (130-178)||(3201868-3201916)
chr5 (132-182)||(3220700-3220750)
chr5 (130-178)||(3207842-3207890)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 274
Target Start/End: Original strand, 139304 - 139559
Alignment:
Q  19 gcttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  139304 gcttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcttgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtacc 139403  T
Q  119 tttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  139404 tttcattgttgtagcagttgtcatgatagcggattttatagctgcaggtgaccaatctggatgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcggcatga 139503  T
Q  219 gggcatgccatagaggttccagataatatgttgtatttaaactttctcttatcatt 274  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  139504 gggcatgccatagaggttccagataatatgttgtatttaaactttctcttatcatt 139559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 19 - 268
Target Start/End: Original strand, 164704 - 164953
Alignment:
Q  19 gcttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||      
T  164704 gcttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaacggcttgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccatatcatcataagtact 164803  T
Q  119 tttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  164804 tttcattgttgtagcagttgtcatgatagcggattttatagatgcaggtgaccaatctggatgaaatgatttcacatatgcaacaactccagcagcatga 164903  T
Q  219 gggcatgccatagaggttccagataatatgttgtatttaaactttctctt 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  164904 gggcatgccatagaggttccagataatatgttgtatttaaactttctctt 164953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 27 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 18214908 - 18214663
Alignment:
Q  27 atgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatctttcattg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  18214908 atgtcataaataagtccagggtgaatggcttgttgtggattgatattccccgacccataagcaaactcaccaaccaaatcatcataagtacctttcattg 18214809  T
Q  127 ttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgagggcatgc 226  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  18214808 gtgtagctgttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatcaggatgaaatgacttcacatatgcaacaactccagcaacatgagggcatgc 18214709  T
Q  227 catagaggttccagataatatgttgtatttaaactttctcttatca 272  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  18214708 catagaggttccggataatatgttgtatttaaattttcttttatca 18214663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 18605336 - 18605090
Alignment:
Q  19 gcttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatc 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||      
T  18605336 gcttagtaatgtcataaacaagtacagggtgaatggcttgttttggattgatatttcctgatccataagcaaactcacctgccatatcatcataagtacg 18605237  T
Q  119 tttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatga 218  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  18605236 tttcactggtgtagcagttgtcatgatagcagatttgatagctgcaggtgaccaatctggatgaaatgatttcacatatccagcaactccagcagcatca 18605137  T
Q  219 gggcatgccatagaggttccagataatatgttgtatttaaactttct 265  Q
    ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||    
T  18605136 gggcaagacatagaggttctagataatatgttgtagttaacctttct 18605090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 19 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 19388625 - 19388379
Alignment:
Q  19 gcttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatc 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| |    
T  19388625 gcttagtaatgtcataaacaagtccaggctcaatggcttgttttggattgatattccctgatccataagcaaactcacctaccaaatcatcataagtacc 19388526  T
Q  119 tttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatga 218  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  19388525 tttcactggtgtagtagttgtcatgatagcagatttgatagctgcaggtgaccaatctggatgaaatgatttcacatatccaacaactccagcagcatga 19388426  T
Q  219 gggcatgccatagaggttccagataatatgttgtatttaaactttct 265  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||    
T  19388425 gggcaagacatagaggttccagataatatggtgtacttaacctttct 19388379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 18599837 - 18599598
Alignment:
Q  19 gcttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatc 118  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||| |    
T  18599837 gcttagtaatgtcataaacaagtccagggtgaatggcttgttttggattgatattccctgatccataagcaaactcacctacaaaatcatcataagtacc 18599738  T
Q  119 tttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatga 218  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  18599737 tttcactggtgtagcagttgtcatgatagcagatttgatagctgtaggtgaccaatctagatgaaatgatttcacatatccaacaactccagcaacatga 18599638  T
Q  219 gggcatgccatagaggttccagataatatgttgtatttaa 258  Q
    ||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18599637 gggcaagacgtagaggttccagataatatgttgtacttaa 18599598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 30 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 29561133 - 29560891
Alignment:
Q  30 tcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatctttcattgttg 129  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  | |||| | ||       
T  29561133 tcataaacaagtccggggggaatggcttgttgtggattgatattcccagatccataagcaaactcacctgccaaatcatcataatgacctttaactggct 29561034  T
Q  130 tagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgagggcatgccat 229  Q
    |||  ||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||| |||| |||    
T  29561033 tagtggttgtcatgatggcagatttgagagctgcaggtgaccaatcaggatgaaatgatttcacatatgcaacaataccagcaacatgaggacatgacat 29560934  T
Q  230 agaggttccagataatatgttgtatttaaactttctcttatca 272  Q
    ||| |||||| |||| || |||||||||| || ||| ||||||    
T  29560933 agaagttccaaataaaatattgtatttaacctgtcttttatca 29560891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 19823717 - 19823479
Alignment:
Q  20 cttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatct 119  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||    
T  19823717 cttagtgatgtcataaacaagcccagggttaatggcttgttgtggattgatattcccagatccataagcaaactctccagccaaatcatcataaggacct 19823618  T
Q  120 ttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgag 219  Q
    |||| |   ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |    
T  19823617 ttcactagggtagcagttgtcatgatggcagatttgatagctgcaggtgaccaatttggatgaaatgatttcacatatgcaacaactccagcaacatggg 19823518  T
Q  220 ggcatgccatagaggttccagataatatgttgtatttaa 258  Q
    | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19823517 gacatgccatagaggttccagattctatgttgtatttaa 19823479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 19888806 - 19888568
Alignment:
Q  20 cttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| | ||    
T  19888806 cttagtgatgtcataaacaagtccagggttaagggcttgttgtggattgatattcccagatccataagcaaactctccagccaaatcatcataaggacct 19888707  T
Q  120 ttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgag 219  Q
    |||| |    |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  19888706 ttcactaggttagcggttgtcatgatggcagatttgatagctgcaggtgaccaatttggatgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcaacatgcg 19888607  T
Q  220 ggcatgccatagaggttccagataatatgttgtatttaa 258  Q
    | |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  19888606 gacatgacatagaggttccagattctatgttgtatttaa 19888568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 24 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 2294733 - 2294501
Alignment:
Q  24 gtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatctttca 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| || ||||||    
T  2294733 gtgatgtcataaacaagtccagggtgaagagcttgttgtggattgatattcccagatccataagcaaactcacctgctaaatcatcataactacctttca 2294634  T
Q  124 ttgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgagggca 223  Q
     || | |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||   ||||| ||||| || |||||| ||||||||||  |||  || ||    
T  2294633 ctggtttagcagttgtcatgatggcagatttgatagctgcaggtgaccaatctttatgaaaagatttaacgtatgcaacaactccagcgacatagggaca 2294534  T
Q  224 tgccatagaggttccagataatatgttgtattt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2294533 tgccatagaggttccagataatatggtgtattt 2294501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 17778120 - 17778318
Alignment:
Q  19 gcttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatc 118  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |    
T  17778120 gcttagtaatatcataaacaagtccagggtgaatggcttgttgtggattgatattcccagatccataagcaaactcaccagccaaatcatcataatgacc 17778219  T
Q  119 tttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatg 217  Q
    ||||| ||   |||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  17778220 tttcactggcttagttgttgtcatgatggcagatttaatagctgcaggtgaccaatcgggatgaaatgatttcacatacgcaacaactccagcaacatg 17778318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 19079421 - 19079619
Alignment:
Q  19 gcttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatc 118  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | |    
T  19079421 gcttagtaatatcataaacaagtccagggtgaatggcttgttgtggattgatattcccagatccataagcaaactcaccagccaaatcatcataatgacc 19079520  T
Q  119 tttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatg 217  Q
    ||||| ||   |||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  19079521 tttcactggcttagttgttgtcatgatggcagatttaatagctgcaggtgaccaatcgggatgaaatgatttcacatacgcaacaactccagcaacatg 19079619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 116; Significance: 4e-59; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 268913 - 268682
Alignment:
Q  25 tgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatctttcat 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||     
T  268913 tgatgtcataaacaagtccaggatgaacagcttgttgtgggttgacattcccagatccataagcaaactcacccaccaaatcatcataagtacctttcac 268814  T
Q  125 tgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgagggcat 224  Q
    || |   ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || |||    
T  268813 tggttccgcagtggtcatgatggcagatttgatagctgcaggtgaccaatctggatgaaatgatctcacatatgcaacaactccagcaacgtggggacat 268714  T
Q  225 gccatagaggttccagataatatgttgtattt 256  Q
    | ||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  268713 gacatcgaggttccagataataggttgtattt 268682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 256
Target Start/End: Original strand, 647008 - 647239
Alignment:
Q  25 tgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatctttcat 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||     
T  647008 tgatgtcataaacaagtccaggatgaacagcttgttgtgggttgacattcccagatccataagcaaactcacccaccaaatcatcataagtacctttcac 647107  T
Q  125 tgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgagggcat 224  Q
    || |   ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || |||    
T  647108 tggttccgcagtggtcatgatggcagatttgatagctgcaggtgaccaatctggatgaaatgatctcacatatgcaacaactccagcaacgtggggacat 647207  T
Q  225 gccatagaggttccagataatatgttgtattt 256  Q
    | ||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  647208 gacatcgaggttccagataataggttgtattt 647239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 25 - 256
Target Start/End: Original strand, 832743 - 832974
Alignment:
Q  25 tgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatctttcat 124  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||     
T  832743 tgatgtcataaacaagtccaggatgaacagcttgttgtgggttgacattcccagatccataagcaaactcacccaccaaatcatcataagtacctttcac 832842  T
Q  125 tgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgagggcat 224  Q
    || |   ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | || || |||    
T  832843 tggttccgcagtggtcatgatggcagatttgatagctgcaggtgaccaatctggatgaaatgatctcacatatgcaacaactccagcaacgtggggacat 832942  T
Q  225 gccatagaggttccagataatatgttgtattt 256  Q
    | ||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  832943 gacatcgaggttccagataataggttgtattt 832974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 20 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 9506957 - 9506721
Alignment:
Q  20 cttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||       
T  9506957 cttagtgatgtcataaacaagtccagggtcaatagcttgttttggattgacattcccagatccataagcaaactcacctgccaaatcattataagtacaa 9506858  T
Q  120 ttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgag 219  Q
    || |  | | | |  || |||||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  9506857 ttaaccggttttgtcgtggtcatgatggcagatttgatagatgctggcgaccaatctggatgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcaacgtgag 9506758  T
Q  220 ggcatgccatagaggttccagataatatgttgtattt 256  Q
    | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  9506757 gacatgccatagaggttccagattttatgttgtattt 9506721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 292129 - 291893
Alignment:
Q  20 cttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |     
T  292129 cttagtgatgtcataaacaagtccagggtcaacagcttgttttggattgacattcccagatccataagcaaactcacctgccaaatcattataagtacca 292030  T
Q  120 ttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgag 219  Q
    || |  | | | || || |||||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||    
T  292029 ttaaccggttttgccgtggtcatgatggcagatttgatagatgctggcgaccaatctggatgaaatgatttcacatatgcaacaactccagcaacgtgag 291930  T
Q  220 ggcatgccatagaggttccagataatatgttgtattt 256  Q
    | || ||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  291929 gacaggccatagaggttccagattctatgctgtattt 291893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 170 - 225
Target Start/End: Original strand, 12726479 - 12726534
Alignment:
Q  170 ccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgagggcatg 225  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| | ||||||||||||    
T  12726479 ccaatctgggtgaaatgacttcacatatgctgctactccagaaacatgagggcatg 12726534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 20 - 256
Target Start/End: Original strand, 12860410 - 12860646
Alignment:
Q  20 cttagtgatgtcataaacaagtccagggtgaagggcatgttgtggattgatattaccagatccataagcaaattcaccagccaaatcatcataagtatct 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |    | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||| |     
T  12860410 cttagtgatgtcataaacaagtccagggtcagcaacttgttgtggattgacatttccagatccataagcaaactcacctaccatatcattataagtacca 12860509  T
Q  120 ttcattgttgtagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtgaaatgatttcacatatgcagcaactccagcagcatgag 219  Q
    ||||  | | | || || |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||| |    
T  12860510 ttcaccggtttcgccgtggtcatgatggcagatttgatagctgcgggtgaccaatcgggatgaaatgatttcacatatgtagcaatgccagcaacatggg 12860609  T
Q  220 ggcatgccatagaggttccagataatatgttgtattt 256  Q
    | |||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  12860610 gacatgccatagaggttccagattctatgttgtattt 12860646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 3201868 - 3201916
Alignment:
Q  130 tagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgg 178  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3201868 tagcagtcgtcatgattgctgattttatagctgctggtgaccaatctgg 3201916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 132 - 182
Target Start/End: Original strand, 3220700 - 3220750
Alignment:
Q  132 gcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgggtga 182  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  3220700 gcagttgtcatgattgctgattttatagcggctggtgaccaatcagggtga 3220750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 130 - 178
Target Start/End: Original strand, 3207842 - 3207890
Alignment:
Q  130 tagcagttgtcatgatagcagattttatagctgcaggtgaccaatctgg 178  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||    
T  3207842 tagcagttgtcatgattgcggattttatagcagctggagaccaatctgg 3207890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University