View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_high_42 (Length: 449)

Name: NF11278_high_42
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_high_42
NF11278_high_42
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (16-432)||(3631853-3632270)
chr5 (128-426)||(4870128-4870429)
chr5 (176-356)||(2977140-2977321)
chr5 (273-372)||(13106102-13106201)
chr5 (189-356)||(10721429-10721597)
chr5 (15-112)||(4870480-4870577)
chr5 (305-372)||(13036112-13036179)
chr5 (176-210)||(13036231-13036265)
chr5 (155-209)||(13106222-13106276)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (116-431)||(32532672-32532995)
chr2 (124-412)||(12287899-12288190)
chr2 (15-112)||(32533034-32533131)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (121-424)||(33284916-33285228)
chr8 (201-431)||(3499114-3499350)
chr8 (113-352)||(19722404-19722644)
chr8 (237-354)||(4490692-4490809)
chr8 (45-112)||(33284805-33284872)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (121-412)||(42914338-42914629)
chr3 (268-431)||(43616068-43616232)
chr3 (170-431)||(29313038-29313301)
chr3 (43-112)||(42914225-42914294)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (256-412)||(46905988-46906144)
chr1 (189-320)||(26673686-26673815)
chr1 (41-104)||(37036173-37036236)
chr1 (125-316)||(37036292-37036483)
chr1 (43-107)||(46905735-46905799)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (301-389)||(23705336-23705424)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 3632270 - 3631853
Alignment:
Q  16 agtgttctctcttgcccgcagcattgatggacctcttggcacccttcccgcatggaagctacgattttcaatattgatgggagcagttttggtagtctcg 115  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3632270 agtgttctctctcgcccgcagcattgatggacctcttggcctccttcccgcatggaagctatgattttcaatattgatgggagcagttttggtagtctcg 3632171  T
Q  116 gacgatacttggctttatggattcttgggatttataggcatttcgaacaattctcatgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcatggg 215  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3632170 gacgatacttggctttgtggattcttaggatttattggcatttcgaacaactctcatgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcatgga 3632071  T
Q  216 attaaaggcaccggaatgtgattgttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcatt 315  Q
    || || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  3632070 ataaagggcaccagaatgtgattgttactctaattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttgacatgtttatgcaactatcatt 3631971  T
Q  316 agaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttttgagagacaaatgagtgagcggattttttagctaagcat-gtg 414  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  3631970 agaaacatcaacgatctccttaatcttccttggaatgtgcatcttacccacaccttttgagagacaaatgagtgtgcggattttttaactaagcatggtg 3631871  T
Q  415 tcaatcacgatttttctc 432  Q
    | ||||||||||||||||    
T  3631870 ttaatcacgatttttctc 3631853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 128 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 4870429 - 4870128
Alignment:
Q  128 ctttatggattcttgggatttataggcatttcgaacaattctcatgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcatgggattaaaggcacc 227  Q
    |||| |||||||| || |||||| |||||||| || || |  |||| | ||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||  |||  | | ||||    
T  4870429 ctttgtggattctcggaatttattggcatttcaaataacttgcatgtgaaactgtttgcgatcatgcatggtttgaagttgccattagatagaggacacc 4870330  T
Q  228 ggaatgtgatt-gttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaacatcaa 326  Q
    | ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  4870329 gaaatgtgatttgttactcagatcccctgcatgctctaaacttaattcaagctcctctcaatgcttgacatgtttatgcaactatcattagaaatatcaa 4870230  T
Q  327 cgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttttgagagacaaatgagtgagcgga-ttttttagctaagcat-gtgtcaatcacga 424  Q
    | ||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  4870229 caatctccttaatctcctttagaatgtgcatctgacccacaccattcgagagacaaatgagtgtgtggatttttttagctaagcatggtgacaatcacga 4870130  T
Q  425 tt 426  Q
    ||    
T  4870129 tt 4870128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 176 - 356
Target Start/End: Original strand, 2977140 - 2977321
Alignment:
Q  176 gaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcatgggattaaaggcaccggaatgtgat-tgttactctgattccctgcatgctataaacttaattc 274  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||||||| | |||||   | |||| || |||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2977140 gaactacttgggatcatgcacggtttgaagttgacttgggagatagggcatcgaaatgtgatatgttattttgattccctccatgctataaacttaattc 2977239  T
Q  275 aagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgca 356  Q
    |||  |||||||||| ||||||| | ||||| |||||| | | |||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2977240 aagttcctctcaatgcttggcatttttatgccactatcgtaaaaaatgtcaaggatctccttaatctcccttggaatgtgca 2977321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 273 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 13106201 - 13106102
Alignment:
Q  273 tcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttt 372  Q
    |||||| |||| ||||||||| | | | ||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13106201 tcaagctcctcccaatgtttgacgtgtttatgcaattatcattagaaatattaacgatctccttaatcttccttggaatgtgcatcttacccacaccttt 13106102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 189 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 10721597 - 10721429
Alignment:
Q  189 tcatgcatggtttgaagttgtcatgggattaaaggcaccggaatgtgatt-gttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaa 287  Q
    ||||||| ||||||||||||   |||||  || ||||||| |||||| || || | ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||    
T  10721597 tcatgcacggtttgaagttgatttgggagaaagggcaccgaaatgtggtttgtaattctgattccctccacgctataaacttaattcaagctcccctcaa 10721498  T
Q  288 tgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgca 356  Q
    || ||||| | | ||||| |||||||| |||||  | |  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10721497 tgattggcgtgtttatgccactatcataagaaatgttagggatctccttaatctcccttggaatgtgca 10721429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 4870577 - 4870480
Alignment:
Q  15 cagtgttctctcttgcccgcagcattgatggacctcttggcacccttcccgcatggaagctacgattttcaatattgatgggagcagttttggtagtc 112  Q
    ||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||| || ||||||| ||| ||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  4870577 cagtgttctctctcgcccgcaacaatgctggacctcttggcacccttctcgtatggaagttacaattctcaatgttgatgggagcaattttgatagtc 4870480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 305 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 13036179 - 13036112
Alignment:
Q  305 caactatcattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttt 372  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13036179 caactatcattaaaaatattaacgatctccttaatcttccttggaatgtgcatcttacccacaccttt 13036112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 176 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 13036265 - 13036231
Alignment:
Q  176 gaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtc 210  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13036265 gaactacttgcaatcatgtatggtttgaagttgtc 13036231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 155 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 13106276 - 13106222
Alignment:
Q  155 atttcgaacaattctcatgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgt 209  Q
    ||||||||||| |  ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  13106276 atttcgaacaacttgcatgcagaactacttgcaatcatatatggtttgaagttgt 13106222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 116 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 32532995 - 32532672
Alignment:
Q  116 gacgatacttggctttatggattcttgggatttataggcatttcgaacaattctcatgcggaactacttgc---aatcatgcatggtttgaagttgtcat 212  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||  |||||||| || ||| ||||||| |  || || ||||| |||||   | ||||||||||||||||||| | ||    
T  32532995 gacggtacatggctttatggattctcaggatttattggtattccgaacaacttgcacgcagaacttcttgcgatattcatgcatggtttgaagtttttat 32532896  T
Q  213 gggattaaaggcaccggaatgtga-ttgttactctgattccctgcatgct---ataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaac 308  Q
    ||||| || |||||| |||||||| ||||||||| |||| | |||||| |   ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||| | ||||||||    
T  32532895 gggataaagggcaccagaatgtgatttgttactcagatttcttgcatgttataataaacttaattcaagctcctctcaactcttggcatgtttatgcaac 32532796  T
Q  309 tatcattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttttgagagacaaatgagtgagcggattttttagctaag 408  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  32532795 tatcattagaaatatcaatgatctccttaatctcccttggaatgtgcttcttacccacaccctttgagaggcaaatgagtgtgcggactttttagctaag 32532696  T
Q  409 cat-gtgtcaatcacgatttttct 431  Q
     || ||| |||||||||| |||||    
T  32532695 tatggtgccaatcacgatatttct 32532672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 124 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 12288190 - 12287899
Alignment:
Q  124 ttggctttatggattcttgggatttataggcatttcgaacaattctcatgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcatgggattaaagg 223  Q
    |||||||||||||||||  || ||| | || |||||||| || |  |||| |||||| ||||| |||||||| | |||||||||| |||||||  || ||    
T  12288190 ttggctttatggattctcaggttttcttggtatttcgaataacttgcatgtggaactgcttgcgatcatgcacgatttgaagttggcatgggagaaaggg 12288091  T
Q  224 caccggaatgtgatt-gttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaag--cccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaa 320  Q
    ||||  ||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  12288090 caccaaaatgtgatttgttattctgattccctccatgttataaacttaattcaagcccccccctcaatgattggcatgtttatgccactatcattagaaa 12287991  T
Q  321 catcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttttgagagacaaatgagtgagcggattttttagctaagcatg 412  Q
      |  | |||||||| |||||| |||||||||||||  | || |||||| || ||||| | || || || || |||||||||||||| ||||    
T  12287990 tgttgaagatctccttaatctcacttggaatgtgcagttgactcacacccttcgagaggctaacgaatgtgcagattttttagctaaacatg 12287899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 32533131 - 32533034
Alignment:
Q  15 cagtgttctctcttgcccgcagcattgatggacctcttggcacccttcccgcatggaagctacgattttcaatattgatgggagcagttttggtagtc 112  Q
    ||||||||||||| |||| || ||  | ||||||| |||||||| || | | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32533131 cagtgttctctctcgcccacaacaacgttggaccttttggcacctttactgtatggaagctacgattctcaatgttgatgggagcagttttggtagtc 32533034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 121 - 424
Target Start/End: Original strand, 33284916 - 33285228
Alignment:
Q  121 tacttggctttatggattcttgggatttataggcatttcgaacaattctcatgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcatgggattaa 220  Q
    ||||||||||| ||| ||||  | |||||| |||||||| ||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  33284916 tacttggctttgtggtttctcagaatttattggcatttcaaacaacttgcatgcggaactacttgcgatcatgcatggtttgaagttgtcacgtgataaa 33285015  T
Q  221 aggca-------ccggaatgtgatt-gttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatc 312  Q
     ||||       ||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||||| |||||| |||| |||| ||||| ||| ||| | ||||||||||||    
T  33285016 gggcaaagagcaccggaatgtgatttgttactctgatttcttgtatgctataaaattaatttaagctcctcccaatgcttgacatgtttatgcaactatc 33285115  T
Q  313 attagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttttgagagacaaatgagtgagcggattttttagctaagcat- 411  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| |  || |||||||||||||||     
T  33285116 attagaaatatcaacgatctgcttaatctcccttgaaatgtgcattttacccacaccattcgagagacaaatgagtgtgtagactttttagctaagcatg 33285215  T
Q  412 gtgtcaatcacga 424  Q
    ||| |||||||||    
T  33285216 gtgccaatcacga 33285228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 201 - 431
Target Start/End: Original strand, 3499114 - 3499350
Alignment:
Q  201 tgaagttgtcatgggattaaaggcaccggaatgtga-ttgttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatct 299  Q
    |||||||||||| ||||  | | ||||  ||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||| |    
T  3499114 tgaagttgtcataggatagaggacaccaaaatgtgagttgttattcttattccttgcatgctataaacttaattcaaacttctctcaatgtttgacatgt 3499213  T
Q  300 gtatgcaactatcattagaaacat----caacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttttgagagacaaatgagtgagcgga 395  Q
     ||||||||||||| |||| ||||    ||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |||||    
T  3499214 ttatgcaactatcaatagagacatatatcaatgatctccttaatctcctttgaaatgtgcatctgacccacacctttcgagagacaaatgaatgtgcgga 3499313  T
Q  396 ttttttagctaagcatg-tgtcaatcacgatttttct 431  Q
    |||||||||| || ||| || ||||||||||| ||||    
T  3499314 ttttttagctgagaatgatgccaatcacgattcttct 3499350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 113 - 352
Target Start/End: Original strand, 19722404 - 19722644
Alignment:
Q  113 tcggacgatacttggctttatggattcttgggatttataggcatttcgaacaattctcatgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcat 212  Q
    |||||||  |||||||||| ||||||||| || ||| | || |||||||| || |  |||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||||| | |    
T  19722404 tcggacgggacttggctttgtggattcttaggttttcttggtatttcgaataacttgcatgtggaactgcttgcgatcatgcatgatttgaagttgactt 19722503  T
Q  213 gggattaaaggcaccggaatgtgatt-gttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactat 311  Q
    ||||  || ||||| | ||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||  | |||    
T  19722504 gggagaaagggcactgaaatgtgatttgttattttgattcccttcatgctataaacttaattcaagcccccctcaatgattggcatatttatgacattat 19722603  T
Q  312 cattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatg 352  Q
    ||| | |||  | || |||||||| ||||||||||||||||    
T  19722604 catcataaatgttaatgatctccttaatctcccttggaatg 19722644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 237 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 4490809 - 4490692
Alignment:
Q  237 ttgttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaacatcaacgatctcctc 336  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||  ||  ||| | ||| |||| |||||||||||  | || ||||||||     
T  4490809 ttgttactctgattcccagcatgctataaatttaattcaagtccctctcaatacttcacatgtttattcaaccatcattagaaatgttaaggatctcctt 4490710  T
Q  337 aatctcccttggaatgtg 354  Q
    |||||||| |||||||||    
T  4490709 aatctcccatggaatgtg 4490692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 112
Target Start/End: Original strand, 33284805 - 33284872
Alignment:
Q  45 gacctcttggcacccttcccgcatggaagctacgattttcaatattgatgggagcagttttggtagtc 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| || ||| ||| ||| |||| ||||    
T  33284805 gacctcttggcacccttcccgtatggaagctacaattctcaatgtttatgagagtagtcttgggagtc 33284872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 7e-50; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 121 - 412
Target Start/End: Original strand, 42914338 - 42914629
Alignment:
Q  121 tacttggctttatggattcttgggatttataggcatttcgaacaattctcatgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcatgggattaa 220  Q
    ||||||||||| ||| ||||  || ||||| | |||||| || || |  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| ||    
T  42914338 tacttggctttgtggtttctctggttttattgacatttcaaataacttgcatgcggaactacttgcgatcatgcacggtttgaagttatcttgggataaa 42914437  T
Q  221 aggcaccggaatgtgatt-gttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcattagaa 319  Q
     ||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  42914438 gggcaccaaaatgtgatttgttactctaattccctgcatgctataaaattaattcaagctcctcctaatgcttgacatgtttatgcaactatcattagaa 42914537  T
Q  320 acatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttttgagagacaaatgagtgagcggattttttagctaagcatg 412  Q
    | ||||| |||||||| | ||| |||||||||| |||||| ||||| ||| || ||||| |||||| ||| || || ||||||||||| ||||    
T  42914538 atatcaatgatctccttagtcttccttggaatgcgcatctgaccca-acccttcgagaggcaaatgcgtgtgcagactttttagctaaacatg 42914629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 268 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 43616232 - 43616068
Alignment:
Q  268 ttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccaca 367  Q
    ||||||||||  |||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||    
T  43616232 ttaattcaaggtcctctcaattcttggcatgtttatgcaactatcattagaaatatcaacgatctccttaatctctcttgggatgtgcttcttacccaca 43616133  T
Q  368 ccttttgagagacaaatgagtgagcggattttttagctaagcat-gtgtcaatcacgatttttct 431  Q
    || || ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||    
T  43616132 cccttcgagaggcaaatgagtgtgcagattttttagctaagcatggtgccaatcacgattcttct 43616068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 170 - 431
Target Start/End: Original strand, 29313038 - 29313301
Alignment:
Q  170 catgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcatgggattaaaggcaccggaatgtgatt-gttactctgattccctgcatgctataaact 268  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||   |||||   | ||||| | ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  29313038 catgtggaactgcttgcgatcatgcacggtttgaagttgatttgggaaagagggcactgaaatgtgatttgttattctgattccctccatgctataaact 29313137  T
Q  269 taattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacac 368  Q
    |||||||||| || || |||| ||| ||| | ||||| |||||||| ||||| || || |||||||| |||||| |||||||||||||  | || |||||    
T  29313138 taattcaagctccccttaatgcttgacatgtttatgccactatcatcagaaatattaaggatctccttaatctctcttggaatgtgcagttgactcacac 29313237  T
Q  369 cttttgagagacaaatgagtgagcggattttttagctaagcat-gtgtcaatcacgatttttct 431  Q
    | ||  |||| | || ||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||| ||||    
T  29313238 ccttcaagaggctaacgagtgtgcggattttctagctaaacatggtgtcattcacgattcttct 29313301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 43 - 112
Target Start/End: Original strand, 42914225 - 42914294
Alignment:
Q  43 tggacctcttggcacccttcccgcatggaagctacgattttcaatattgatgggagcagttttggtagtc 112  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||| |||| ||||    
T  42914225 tggacctcttggtacccttctcgtatggaagctacaattctcaatgttgatgggagtagtcttgggagtc 42914294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 256 - 412
Target Start/End: Original strand, 46905988 - 46906144
Alignment:
Q  256 catgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgc 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| | ||||| |||| ||| |||||  | || |||||||| ||||||||||||||| |||    
T  46905988 catgctataaacttaattcaagcccccctcaattcttggcatgtttatgccactaccatcagaaatgttaaggatctccttaatctcccttggaatatgc 46906087  T
Q  356 atcttacccacaccttttgagagacaaatgagtgagcggattttttagctaagcatg 412  Q
    |  | || |||||| || ||||| | |||||||| || |||||| ||||||| ||||    
T  46906088 agttgactcacacccttcgagaggctaatgagtgtgcagattttctagctaaacatg 46906144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 189 - 320
Target Start/End: Original strand, 26673686 - 26673815
Alignment:
Q  189 tcatgcatggtttgaagttgtcatgggattaaaggcaccggaatgtgatt-gttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaa 287  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||  | ||||   |||||||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||| | |||||||     
T  26673686 tcatgcatgatttaaagttgtcatgggatagagggca---gaatgtgatttgttgctctgattccttgcatgttataaacttaatccaaactcctctcac 26673782  T
Q  288 tgtttggcatctgtatgcaactatcattagaaa 320  Q
    |||||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  26673783 tgtttggcatgtttatgcaactaacattagaaa 26673815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 104
Target Start/End: Original strand, 37036173 - 37036236
Alignment:
Q  41 gatggacctcttggcacccttcccgcatggaagctacgattttcaatattgatgggagcagttt 104  Q
    ||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  37036173 gatggacctcttggcactcttcccatatggaaactacgattctcaatgttgatggaagcagttt 37036236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 316
Target Start/End: Original strand, 37036292 - 37036483
Alignment:
Q  125 tggctttatggattcttgggatttataggcatttcgaacaattctcatgcggaactacttgcaatcatgcatggtttgaagttgtcatgggattaaaggc 224  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||  ||||| | || ||||  ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||| ||  | ||     
T  37036292 tggctttgtggattcttaagatttatcagcatt-caaataatttgcatgcggaacttcttgcgatcttgcatggcttgaagttgtcgtggaatagaggga 37036390  T
Q  225 accggaatgtga-ttgttactctgattccctgcatgctataaacttaattcaagcccctctcaatgtttggcatctgtatgcaactatcatta 316  Q
    |||  || |||| |||||||||| ||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||| ||| ||| | |||| | |||||||||    
T  37036391 accaaaacgtgatttgttactctaatctcctgtatgctataaacataattcaatcttctctcaatgcttgacatgtttatgtagctatcatta 37036483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 43 - 107
Target Start/End: Original strand, 46905735 - 46905799
Alignment:
Q  43 tggacctcttggcacccttcccgcatggaagctacgattttcaatattgatgggagcagttttgg 107  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||| | ||| || ||||||||||||||||    
T  46905735 tggacttcttggcacccctcccgtatgcaagctacaattcttaatgttaatgggagcagttttgg 46905799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 49; Significance: 7e-19; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 301 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 23705424 - 23705336
Alignment:
Q  301 tatgcaactatcattagaaacatcaacgatctcctcaatctcccttggaatgtgcatcttacccacaccttttgagagacaaatgagtg 389  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| |||||| | |||||| |||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  23705424 tatgcaactatcaatagaaatatcaatgatctctttaatctctcttggaatgtacatctgacccacaccctttgagagacaaatcagtg 23705336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University