View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_high_64 (Length: 383)

Name: NF11278_high_64
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_high_64
NF11278_high_64
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (1-367)||(3751417-3751783)
chr4 (8-352)||(3780797-3781141)
chr4 (8-351)||(3755291-3755634)
chr4 (8-352)||(3762403-3762747)
chr4 (8-367)||(3776484-3776843)
chr4 (12-351)||(3766823-3767162)
chr4 (88-367)||(3745687-3745966)
chr4 (10-266)||(3770596-3770840)
chr4 (21-226)||(3788959-3789163)
chr4 (263-367)||(3771304-3771408)
chr4 (8-43)||(3745613-3745648)
chr4 (81-223)||(3851416-3851558)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (67-367)||(25985357-25985657)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 367
Target Start/End: Original strand, 3751417 - 3751783
Alignment:
Q  1 aactaaaaatcaatagtgaaaaacataaacattgtactcaacaatagcatctccagttttgagatcaaaccaatgagtagtagctttagcatatcctcta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3751417 aactaaaaatcaatagtgaaaaacataaacattgtactcaacaatagcatctccagttttgagatcaaaccaatgagtagtagctttagcatatcctcta 3751516  T
Q  101 gcaaatctgaaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgtactaccattatact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3751517 gcaaatctgaaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgtactaccattatact 3751616  T
Q  201 ttccttcaatgaaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcatagaaaccttgagcttttccaacaagcttggaact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3751617 ttccttcaatgaaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcatagaaaccttgagcttttccaacaagcttagaact 3751716  T
Q  301 caattgtggtcctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaaataagtggttgtgttt 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3751717 caattgtggtcctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaaataagtggttgtgttt 3751783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Original strand, 3780797 - 3781141
Alignment:
Q  8 aatcaatagtgaaaaacataaacattgtactcaacaatagcatctccagttttgagatcaaaccaatgagtagtagctttagcatatcctctagcaaatc 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  3780797 aatcaatagtgaaaaacatgaacattgtactcaacacaagcatccccagttttgaaatcaatccaatgagtattagcttgagcatatcctctagcaaatc 3780896  T
Q  108 tgaaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgtactaccattatactttccttc 207  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||  ||||||  ||| ||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  3780897 tgaaaagtccactaccaccaacaacaggcatctccctaaccaaattaatggcaggattcctccctacgatagtaagagtactaccattatactttccttc 3780996  T
Q  208 aatgaaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcatagaaaccttgagcttttccaacaagcttggaactcaattgt 307  Q
    |||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |  || |||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| || |    
T  3780997 aatgaaagcaaaattcattgtcataagaaaacctagttcttcttgtgaagcagatgcatagaatccttgagctcttccaacaagcttagaactcagttct 3781096  T
Q  308 ggtcctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaaa 352  Q
    ||||||| ||| |||||||  |||| |||||| ||  ||||||||    
T  3781097 ggtcctaaagttaaagggttgtcaatcatgttaaccaaaccaaaa 3781141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 8 - 351
Target Start/End: Original strand, 3755291 - 3755634
Alignment:
Q  8 aatcaatagtgaaaaacataaacattgtactcaacaatagcatctccagttttgagatcaaaccaatgagtagtagctttagcatatcctctagcaaatc 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  3755291 aatcaatagtgaaaaacataaacattatactcaacaatagcatccccagatttgatatcaaaccaatgagtattagcttcagcataacctctagcaaatc 3755390  T
Q  108 tgaaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgtactaccattatactttccttc 207  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| | |||| || | ||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  3755391 tgaaaaatccactaccaccaatcacaggcatctctctaactttatgaaaaacagcattccttcccaatatagtaagtgtacttccattatactttccttc 3755490  T
Q  208 aatgaaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcatagaaaccttgagcttttccaacaagcttggaactcaattgt 307  Q
    | | |||||||| ||||||||||| || ||| |||  |||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||    
T  3755491 agtaaaagcaaaattcatagccataagcaaatcaacttcatctttgcatgcagatgcatagaatccttgagcttttccaacaatcttagaattcaactgt 3755590  T
Q  308 ggtcctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaa 351  Q
    ||||||| ||| |||||||  || | ||||  ||||||||||||    
T  3755591 ggtcctaaagttaaagggttgtcgatcatgcggactgaaccaaa 3755634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Original strand, 3762403 - 3762747
Alignment:
Q  8 aatcaatagtgaaaaacataaacattgtactcaacaatagcatctccagttttgagatcaaaccaatgagtagtagctttagcatatcctctagcaaatc 107  Q
    |||||||| |||||||||| || ||||||||||| |   ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3762403 aatcaataatgaaaaacatgaagattgtactcaatacatgcatccccagatttgagatcaacccaatgagtagtagcttgagcatatcctctagcaaatc 3762502  T
Q  108 tgaaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgtactaccattatactttccttc 207  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||| ||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3762503 tgaaaagtccactgccaccaacaacaggcatctccctaaccttattaagagctggattcctccccaagatagtaatagtactaccattatactttccttc 3762602  T
Q  208 aatgaaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcatagaaaccttgagcttttccaacaagcttggaactcaattgt 307  Q
    |||||||||||| ||||  | ||| |||||||| |  || || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||||| ||      
T  3762603 aatgaaagcaaaattcactgtcataagaaaacctatttcttcctgtgatgcagatgcatagaatccttgagctcttccaacaagtttagaactcagttcg 3762702  T
Q  308 ggtcctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaaa 352  Q
    ||||||| |||||||||||  |||| ||||  |||| ||||||||    
T  3762703 ggtcctaaagtcaaagggttgtcaatcatgcggactaaaccaaaa 3762747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 8 - 367
Target Start/End: Original strand, 3776484 - 3776843
Alignment:
Q  8 aatcaatagtgaaaaacataaacattgtactcaacaatagcatctccagttttgagatcaaaccaatgagtagtagctttagcatatcctctagcaaatc 107  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||| |||| ||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  3776484 aatcaatagtgaaaaacgtgaacattgtactcaacacaagcatccccagctttggcatcaatccaatgagtagtagcttcagcataacctctagcaaatc 3776583  T
Q  108 tgaaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgtactaccattatactttccttc 207  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||| || ||| ||||||||  | ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3776584 tgaaaagtccactaccaccaacaacaggcatttccctaaccttattacgagcatgattcctccccaagatagtaatggtactaccattatactttccttc 3776683  T
Q  208 aatgaaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcatagaaaccttgagcttttccaacaagcttggaactcaattgt 307  Q
    |||||||||||| ||||| | ||| |||||||| |  || || ||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| || ||||||||||      
T  3776684 aatgaaagcaaaattcattgtcataagaaaacctatttcttcctgtgaagcagatgcatagaatccttgagctctaccaacaagtttagaactcaattcg 3776783  T
Q  308 ggtcctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaaataagtggttgtgttt 367  Q
    ||||||| ||| |||||||  |||| |||| | ||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  3776784 ggtcctaaagttaaagggttgtcaatcatgctaactaaaccaaaaaaagtggttgagttt 3776843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 12 - 351
Target Start/End: Original strand, 3766823 - 3767162
Alignment:
Q  12 aatagtgaaaaacataaacattgtactcaacaatagcatctccagttttgagatcaaaccaatgagtagtagctttagcatatcctctagcaaatctgaa 111  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||| ||||| | |||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  3766823 aatagtgaaaaacatgaacattgtactcaacacaagcatcctcagatttgaaatcaatcgaatgagtattagcttcagcataacctctagcaaatctgaa 3766922  T
Q  112 aagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgtactaccattatactttccttcaatg 211  Q
    || ||||||||||||||| | ||||||||||||| | |||| || | ||| |||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||| |     
T  3766923 aactccactaccaccaatcacaggcatctctctaactttatgaaaaacagcattccttcccaatatagtaagtgtacttccattatactttccttcagta 3767022  T
Q  212 aaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcatagaaaccttgagcttttccaacaagcttggaactcaattgtggtc 311  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||| |||  |||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||    
T  3767023 aaagcaaaattcatagccataagcaaatcaacttcatctttgcatgcagatgcatagaatccttgagcttttccaacaatcttagaattcaactgtggtc 3767122  T
Q  312 ctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaa 351  Q
    ||| ||| |||||||  || | ||||  ||||||||||||    
T  3767123 ctaaagttaaagggttgtcgatcatgcggactgaaccaaa 3767162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 88 - 367
Target Start/End: Original strand, 3745687 - 3745966
Alignment:
Q  88 agcatatcctctagcaaatctgaaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgta 187  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||| ||||  ||||||||| ||||||||| || ||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  3745687 agcatagcctcttgcaaatctaaaacgtccggtaccaccaacaataggcatttccctaaccttattaagagcagaatttctccccaagatagtaatagta 3745786  T
Q  188 ctaccattatactttccttcaatgaaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcatagaaaccttgagcttttccaa 287  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||| ||| ||||| | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  3745787 ctcccattatactttccttcaatgaaagcaaaagtcatagccatgaacaaactaaactcatcctttgatgcagatgcatacaacccttgagcttttccaa 3745886  T
Q  288 caagcttggaactcaattgtggtcctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaaataagtggttgtgttt 367  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||| ||| |||||||  ||||  ||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  3745887 caagcttagaactcatttttggtcctaaagttaaagggttgtcaataatgttgactaaaccaaaagaagtagttgtgttt 3745966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 10 - 266
Target Start/End: Original strand, 3770596 - 3770840
Alignment:
Q  10 tcaatagtgaaaaacataaacattgtactcaacaatagcatctccagttttgagatcaaaccaatgagtagtagctttagcatatcctctagcaaatctg 109  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||            ||||||    
T  3770596 tcaataatggaaaacataaacattatactcgacaacagcatccccagatttgatatcaaaccaatgagtattagcttcagca------------aatctg 3770683  T
Q  110 aaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgtactaccattatactttccttcaa 209  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | | |||| || | ||  |||||| ||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||     
T  3770684 aaaagtccaataccaccaatcataggcatctctcaaactttatgaaaaacaacattccttcccaaaatagtaagtttacttccattatactttccttcag 3770783  T
Q  210 tgaaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcat 266  Q
    | ||| |||| ||||||||||| || ||| |||  |||||||   ||||||||||||    
T  3770784 taaaaacaaaattcatagccattagcaaatcaacttcatctttgcatgcagatgcat 3770840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 21 - 226
Target Start/End: Original strand, 3788959 - 3789163
Alignment:
Q  21 aaacataaacattgtactcaacaatagcatctccagttttgagatcaaaccaatgagtagtagctttagcatatcctctagcaaatctgaaaagtccact 120  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||| || ||| ||||| |  | | |||| |||||| |||||||||  ||||||| || |||| ||||||    
T  3788959 aaacataaacattgtactcaattgtagcatctcctgtgttgggatcagaagagtaagtactagcttcagcatatcccttagcaaacctaaaaactccact 3789058  T
Q  121 accaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagtaattgtactaccattatactttccttcaatgaaagcaaag 220  Q
     |||||||| | |||||| |||||| |||||||  || ||  |||| |||  || |||||||| || || |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  3789059 tccaccaatcacaggcatttctctaaccttattgttagcaacattcttcctgaa-atagtaatggtgcttccattatactttccttcaaacaaagcaaag 3789157  T
Q  221 ttcata 226  Q
    ||||||    
T  3789158 ttcata 3789163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 263 - 367
Target Start/End: Original strand, 3771304 - 3771408
Alignment:
Q  263 gcatagaaaccttgagcttttccaacaagcttggaactcaattgtggtcctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaaataagtggttg 362  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||| |||||||  || | ||||  |||||||||||||  ||||||||    
T  3771304 gcatcgaacccttgagattttccaacaagcttagaactcagttctggtcctaaagttaaagggttgtcgatcatgcggactgaaccaaaagcagtggttg 3771403  T
Q  363 tgttt 367  Q
    |||||    
T  3771404 tgttt 3771408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 8 - 43
Target Start/End: Original strand, 3745613 - 3745648
Alignment:
Q  8 aatcaatagtgaaaaacataaacattgtactcaaca 43  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3745613 aatcaatagtaaaaaacataaacattgtactcaaca 3745648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 223
Target Start/End: Original strand, 3851416 - 3851558
Alignment:
Q  81 tagctttagcatatcctctagcaaatctgaaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattcctccccaagatagt 180  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||||| || | ||||| ||||||| ||||||   |  |    ||||| ||  |||||||    
T  3851416 tagcttcagcatatcccttagcaaatcggaaaactccgctaccaccgatcacaggcaactctctaaccttatcgttcgcgacgttccttccagagatagt 3851515  T
Q  181 aattgtactaccattatactttccttcaatgaaagcaaagttc 223  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||    
T  3851516 aatggtactcccattatactttccttcaaacaaggcaaagttc 3851558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 67 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 25985657 - 25985357
Alignment:
Q  67 aaaccaatgagtagtagctttagcatatcctctagcaaatctgaaaagtccactaccaccaataataggcatctctctagccttattaataccagaattc 166  Q
    ||||||||||||  ||  || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| || ||| |||||| |  | ||| ||||    
T  25985657 aaaccaatgagttctaagttgagcatatcctctagcaaatcggaaaagaccactaccaccaattataggcatttccctaaccttatcagaaacaggattc 25985558  T
Q  167 ctccccaagatagtaattgtactaccattatactttccttcaatgaaagcaaagttcatagccatgagaaaaccaaaatcatcttgtgatgcagatgcat 266  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||||||||||| ||   | |  |||  ||||||||  || ||||    
T  25985557 ctccccaaaatagtgatggtgctaccattgtacttcccttcaattatagcaaaattcatagccatgataaggtctacctcactttgtgatgttgaggcat 25985458  T
Q  267 agaaaccttgagcttttccaacaagcttggaactcaattgtggtcctatagtcaaagggtcatcaaacatgttgactgaaccaaaataagtggttgtgtt 366  Q
    |||| ||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||  || |||||||  |||| |||||| ||| ||||||||  |||||||| |||    
T  25985457 agaatccttgtgcttttccaaccaatttggaactcaattgaggtcctaaggttaaagggttctcaatcatgttaactaaaccaaaagcagtggttgagtt 25985358  T
Q  367 t 367  Q
    |    
T  25985357 t 25985357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University