View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_high_9 (Length: 649)

Name: NF11278_high_9
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_high_9
NF11278_high_9
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (89-649)||(8394409-8394971)
chr2 (193-649)||(8412478-8412934)
chr2 (193-649)||(8434576-8435032)
chr2 (447-649)||(8406358-8406560)
chr2 (447-649)||(8395012-8395214)
chr2 (407-647)||(8431508-8431743)
chr2 (466-602)||(8417746-8417882)
chr2 (466-602)||(8375339-8375475)
chr2 (212-354)||(8431775-8431914)
chr2 (212-354)||(8406694-8406833)
chr2 (466-602)||(8439628-8439764)
chr2 (459-578)||(8368812-8368931)
chr2 (459-578)||(8400479-8400598)
chr2 (459-578)||(8422056-8422175)
chr2 (1-34)||(8394333-8394366)
chr2 (461-595)||(8404470-8404604)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 89 - 649
Target Start/End: Original strand, 8394409 - 8394971
Alignment:
89 taacattcaaatttcaaacattacaattaaccaaaccttttttatttccccaactatatactaatcctaaacacacacatcataacaataaataccttca 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
8394409 taacattcaaatttcaaacattacaattaaccaaaccttttttatttccccaactatatactaatcctaaacacacacatcataacaataaacaccttca 8394508  T
189 aataatat--atatcatgtcttcgatacaaacttcagttctactttcttgttctttatcgtcgtcttcaaatagagtaatcaatgcttcaatccatctcc 286  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8394509 aataatatatatatcatgtcttcaatacaaacttcagttctactttcttgttctttatcgtcgtcttcaaatagagtaatcaatgcttcaatccatctcc 8394608  T
287 caaaactcacaaatatttcattgtcaaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaagtaatcaaacagtacaaaaatactccattatt 386  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8394609 caaaactcacaaatatttcattgtcaaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaagtaatcaaacagtacaaaaatactccattatt 8394708  T
387 agaaaacaacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgta 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8394709 agaaaacaacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgta 8394808  T
487 ttagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaa 586  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8394809 tcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaa 8394908  T
587 ccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgt 649  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8394909 ccatgtctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgt 8394971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 193 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 8412934 - 8412478
Alignment:
193 atatatatcatgtcttcgatacaaacttcagttctactttcttgttctttatcgtcgtcttcaaatagagtaatcaatgcttcaatccatctcccaaaac 292  Q
    |||||||||||| |||   ||||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
8412934 atatatatcatggctttattacaaacttcagttccaatttcttgttctttatcatcatcttcaaagaaagtaattaatgcttcaatccatctcccaaaac 8412835  T
293 tcacaaatatttcattgtcaaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaagtaatcaaacagtacaaaaatactccattattagaaaa 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8412834 tcacaaatatttcattgtcaaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaagtaatcaaacagtacaaaaatactccattattagaaaa 8412735  T
393 caacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagac 492  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
8412734 caacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagac 8412635  T
493 agaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgt 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8412634 agaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgt 8412535  T
593 ctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgt 649  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8412534 ctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgt 8412478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 193 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 8435032 - 8434576
Alignment:
193 atatatatcatgtcttcgatacaaacttcagttctactttcttgttctttatcgtcgtcttcaaatagagtaatcaatgcttcaatccatctcccaaaac 292  Q
    |||||||||||| |||   ||||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
8435032 atatatatcatggctttattacaaacttcagttccaatttcttgttctttatcatcatcttcaaagaaagtaattaatgcttcaatccatctcccaaaac 8434933  T
293 tcacaaatatttcattgtcaaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaagtaatcaaacagtacaaaaatactccattattagaaaa 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8434932 tcacaaatatttcattgtcaaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaagtaatcaaacagtacaaaaatactccattattagaaaa 8434833  T
393 caacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagac 492  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
8434832 caacaacatcacacaaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaatttctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagac 8434733  T
493 agaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgt 592  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8434732 agaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgt 8434633  T
593 ctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgt 649  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8434632 ctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaactgt 8434576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 447 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 8406560 - 8406358
Alignment:
447 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8406560 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8406461  T
547 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 646  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
8406460 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8406361  T
647 tgt 649  Q
    |||    
8406360 tgt 8406358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 447 - 649
Target Start/End: Original strand, 8395012 - 8395214
Alignment:
447 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8395012 taatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtatcagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatctt 8395111  T
547 ctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagctgtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 646  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
8395112 ctattaaactcaataaaaatgattactctcactgctacaaccatgtctggagttgcagctgtcacaaacggggaaggtgcaccacttatggctatgaaac 8395211  T
647 tgt 649  Q
    |||    
8395212 tgt 8395214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 407 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 8431743 - 8431508
Alignment:
407 aaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaatgctacagttcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgca 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||  |||| || |||||||||| ||||||||||||||||||    
8431743 aaatattacaagatcaacaacaaaagcattctacaaattctaaagccacaattcaactcta--cagttttagaagctgtatcagacagaatagaaatgca 8431646  T
507 tcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaatatgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgcagct 606  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||    
8431645 tcacaacattggcgaac---gtaacaactggaataatcttcttttgaactcaataaacatgattactctcactgctaagactatgtctggtgttgcagct 8431549  T
607 gtcacaagcggggaaggtgcaccacttatggctatgaaact 647  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||    
8431548 gtcacaagtggggaagttgcaccacttttggctctgaaact 8431508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 466 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 8417882 - 8417746
Alignment:
466 tatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 565  Q
    |||||||||||||||| ||| |  |||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||||| ||||| | |||||| || || || || || |    
8417882 tatgcagtcttggaagttgtttctgacagaattgaaatgcatcacaacatttgtgaactacgtaacaattggaacactcttctcttgaattccatcaaca 8417783  T
566 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
8417782 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtcttgc 8417746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 466 - 602
Target Start/End: Original strand, 8375339 - 8375475
Alignment:
466 tatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 565  Q
    |||||| |||||||||| || |  || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
8375339 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtaacaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8375438  T
566 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 602  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
8375439 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8375475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 212 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 8431914 - 8431775
Alignment:
212 tacaaacttcagttctactttcttgttctttatcgtcgtcttcaaatagagtaatcaatgcttcaatccatctcccaaaactcacaaatatttcattgtc 311  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||   |||||| |||||||| |||||| ||||  |||| ||||||||| |||||||||||||| |    
8431914 tacaaacttcagttctaacttcttgttctttatcatc---ttcaaagagagtaattaatgctgcaattaatcttccaaaactcccaaatatttcattgcc 8431818  T
312 aaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaa 354  Q
    ||  || ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||    
8431817 aactattcaaaccagaaaacaagttgttgatcaagaattaaaa 8431775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 212 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 8406833 - 8406694
Alignment:
212 tacaaacttcagttctactttcttgttctttatcgtcgtcttcaaatagagtaatcaatgcttcaatccatctcccaaaactcacaaatatttcattgtc 311  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||   |||||| |||||||| || ||| ||||  |||| ||||||||| |||||||||||||| |    
8406833 tacaaacttcagttctaacttcttgttctttatcatc---ttcaaagagagtaattaacgctgcaattaatcttccaaaactcccaaatatttcattgcc 8406737  T
312 aaagatacaaactagaaaacaagttgatgatcaagaactaaaa 354  Q
    ||  || ||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||    
8406736 aactattcaaaccagaaaacaagttgttgatcaagaattaaaa 8406694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 466 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 8439764 - 8439628
Alignment:
466 tatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaataaata 565  Q
    |||||| |||||||||| || |  || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| | |||||| || ||||| || || |    
8439764 tatgcaatcttggaagcagtttctgatagagttgaaatgcatcaaaacattggcgaacagcgtagcaattggaacactcttctcttgaactccatcaaca 8439665  T
566 tgattactctcactgctacaaccatgtctggtgttgc 602  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
8439664 tgattactcttactgctacaaccatgtctggtgttgc 8439628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 459 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 8368931 - 8368812
Alignment:
459 tcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 558  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
8368931 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8368832  T
559 ataaatatgattactctcac 578  Q
    || || ||||| ||||||||    
8368831 atcaacatgatcactctcac 8368812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 459 - 578
Target Start/End: Original strand, 8400479 - 8400598
Alignment:
459 tcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 558  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
8400479 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8400578  T
559 ataaatatgattactctcac 578  Q
    || || ||||| ||||||||    
8400579 atcaacatgatcactctcac 8400598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 459 - 578
Target Start/End: Original strand, 8422056 - 8422175
Alignment:
459 tcaactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactca 558  Q
    ||||||||||||| |  | ||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | || |||||||  ||||||||||||||     
8422056 tcaactctatgcaattcttgaatctgtatccgacagaatagaaatgcatcaaaacattggcgaacaacgcgataattggaatacccttctattaaactcc 8422155  T
559 ataaatatgattactctcac 578  Q
    || || ||||| ||||||||    
8422156 atcaacatgatcactctcac 8422175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 8394333 - 8394366
Alignment:
1 accctttccttacccatccctttggttctttgct 34  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8394333 accctttccttacccatccctttggttctttgct 8394366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 461 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 8404604 - 8404470
Alignment:
461 aactctatgcagtcttggaagctgtattagacagaatagaaatgcatcacaacattggcgaacaacgtaacaactggaataatcttctattaaactcaat 560  Q
    ||||||||||| | | ||| ||||||| ||||||||| ||||||||| | ||| | ||  |||||||| |||| ||||| |  ||| |||||||||| ||    
8404604 aactctatgcaatttcggaggctgtatcagacagaattgaaatgcataaaaacttaggacaacaacgtgacaattggaacacgcttttattaaactccat 8404505  T
561 aaatatgattactctcactgctacaaccatgtctg 595  Q
     || ||||| || ||||| ||| |||| |||||||    
8404504 caacatgataacactcacagcttcaacaatgtctg 8404470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University