View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_low_1 (Length: 1126)

Name: NF11278_low_1
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_low_1
NF11278_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-1094)||(42086412-42087500)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1089-1123)||(16512588-16512622)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 956; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 956; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1094
Target Start/End: Complemental strand, 42087500 - 42086412
Alignment:
Q  12 agatggacatcaaaaaggatagaacaagaatacagaaaactcaaagatgattatgataatttagcttctaagtttcagtgccttaaggaagagaaagagt 111  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42087500 agatggaaatcaaaaaggatagaacaagaatacagaaaactcaaagatgaatatgataatttagcttctaagtttcagtgccttaaggaagagaaagagt 42087401  T
Q  112 ctttgcaatcagaggtaagttggtactttggttcttgcaattatattgtaacataactagagttgtgtctcgataaacagcttaatttaaacgagttcag 211  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42087400 ctttgcaatcagaggtaagttagtactttggttcttgcaattatattgtaacataactatagttgtgtctcgataaacagtttaatttaaacgagttcag 42087301  T
Q  212 ctattcgtgaactattcatgctcaactcgcaaaatattcggttaagtttgtttatttatttactcaagcttcgtattaggctcgattaattaaatgagtt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42087300 ctattcgtgaactattcatgctcaactcgcaaaatattcggttaagtttgtttatttatttactcaagcttcgtattaggctcgattaattaaatgagtt 42087201  T
Q  312 gaacttaagcttacccgtgtgattannnnnnncctcgcaggttcagaagctaaattatatggtggagacatctcatgatggaggaagggaagcaaaggaa 411  Q
    ||||||||||||| ||||||||||        ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42087200 gaacttaagcttaaccgtgtgattttttttttcctcgcaggttcagaagctaagttatatggtggaaacatctcatgatggaggaagggaagcaaaggaa 42087101  T
Q  412 aatagcacagaagatggtggttcaggaaatggatacaacaatagcaggtttgaagaaacaaagccaaggttttcaaatgagggtttggaggataaagtgg 511  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42087100 aatagcacagaagatggtggttcaagaaatggatacaacaatagcaggtttgaagaaacaaagcaaaggttttcaaatgagggtttggaggataaagtgg 42087001  T
Q  512 taatttattcagatgatcaaaatgaaagaagcacaacatggacagagaaagttgaggacagaggaaatcaacttttaagaaatgatgatcatgcagaaat 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42087000 taatttattcagatgatcaaaatgaaagaagcacaacatggacagagaaagttgaggacagaggaaatcaacttttaagaaatgatgatcatgcagaaat 42086901  T
Q  612 tcccttgacaacaacacttgaaaaatggtacaatgttgatccatgtggtatgttagaccaatcatgcaatagttctcaatggttggatttttggacttga 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086900 tcccttgacaacaacacttgaaaaatggtacaatgttgatccatgtggtatgttagaccaatcatgcaatagttctcaatggttggatttttggacttga 42086801  T
Q  712 aaattgcaccatgttcttctatgttggaatgtttggtgtttcctcgaaaaaggaacaaagaatggttcaaaacat------gcaaggtcaaggagaatgt 805  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  42086800 aaattgcaccatgttcttctatgttgcaatgtttggtgtttccttgaaaaaggaacaaagaatggttcaaaacatgcaattgcaaggtcaaggagaatgt 42086701  T
Q  806 ccaagctcnnnnnnntgaagttttgtaggcttgatttgataggtagagaattatgatagcctctctcaattcatttgtttagagatttggaagaagaagg 905  Q
    ||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42086700 ccaagctcaaaaaaatgaagttttgtaggcttgatttgataggtagagaattatgatagcctctctcaattcatttgtttagagatttggaagaagaagg 42086601  T
Q  906 aataatgtgaaaatttctctgttttgtgcaatgcacacgcttgcatgccttttccatccatttgcttgtgtcagtgtgatgtattttaccatttctagtt 1005  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42086600 aataatgtgaaaatttctctgttttgtgcaatgcacacgcttgcatgccttttccattcatttgcttgtgtcagtgtgatgtgttttaccatttctagtt 42086501  T
Q  1006 ttataactttagctaccaccttgttaatttgtatgaccattgtaacatatatatgacttggactcacacataacaaaggggcaaaataa 1094  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  42086500 ttataactttagctaccaccttgttaatttgtatgaccattgtaacatatatatgacttggactcacacataacataggtgcaaaataa 42086412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1089 - 1123
Target Start/End: Original strand, 16512588 - 16512622
Alignment:
Q  1089 aaataattagactattacttttcccaccctatgct 1123  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16512588 aaataataagactattacttttcccaccctatgct 16512622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University