View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_low_155 (Length: 238)

Name: NF11278_low_155
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_low_155
NF11278_low_155
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (11-224)||(37393952-37394166)
chr5 (14-223)||(37434593-37434803)
chr5 (11-221)||(37701566-37701777)
chr5 (11-224)||(37531980-37532194)
chr5 (11-224)||(37593084-37593298)
chr5 (7-218)||(37383398-37383610)
chr5 (7-221)||(37695471-37695686)
chr5 (11-224)||(37638626-37638840)
chr5 (11-224)||(37710387-37710601)
chr5 (1-224)||(37822774-37822998)
chr5 (11-224)||(37402064-37402278)
chr5 (11-224)||(37439950-37440164)
chr5 (7-162)||(37427926-37428081)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (21-223)||(16846730-16846933)
chr4 (11-224)||(16844062-16844276)
chr4 (1-224)||(24218797-24219021)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 11 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37394166 - 37393952
Alignment:
Q  11 tcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatga 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  37394166 tcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattcccttcataagaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctgtaggtatga 37394067  T
Q  111 ttccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtc 209  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  |||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  37394066 ctccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagccacgggaatctcacccttcaattggttccttgagaggtc 37393967  T
Q  210 taaccactccaaatt 224  Q
     |||||||| |||||    
T  37393966 caaccactctaaatt 37393952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 37434593 - 37434803
Alignment:
Q  14 tttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatgattc 113  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||   |||||||| ||    
T  37434593 tttttgcatgatttagacaatgggaatccacataacattgtatttccttcataggaatcattttcaaatgtagcaaattgttgacccgtaggtatgactc 37434692  T
Q  114 cctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtctaa 212  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  37434693 cctcaaggtggttgtttgaaaggttcaagaatgataggaaattcaaatttgtcaaagccacaggaatttcacccgtcaactggttttttgagaggtctaa 37434792  T
Q  213 ccactccaaat 223  Q
    |||||||||||    
T  37434793 ccactccaaat 37434803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 11 - 221
Target Start/End: Original strand, 37701566 - 37701777
Alignment:
Q  11 tcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatga 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||    
T  37701566 tcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcataggaattatttccaaatgtatcaaactgttggcctgtaggtatga 37701665  T
Q  111 ttccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtc 209  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| || |  |||| |||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  37701666 ttccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaatgagaggaaattcaaatttgtcaaagccgcgggaatctcacccgtcaaacggttcctggagaggtc 37701765  T
Q  210 taaccactccaa 221  Q
     |||||||||||    
T  37701766 caaccactccaa 37701777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 224
Target Start/End: Original strand, 37531980 - 37532194
Alignment:
Q  11 tcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatga 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  37531980 tcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatga 37532079  T
Q  111 ttccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtc 209  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||||| | |||||||||    
T  37532080 ttccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtc 37532179  T
Q  210 taaccactccaaatt 224  Q
     ||||||||||||||    
T  37532180 caaccactccaaatt 37532194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 224
Target Start/End: Original strand, 37593084 - 37593298
Alignment:
Q  11 tcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatga 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  37593084 tcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatga 37593183  T
Q  111 ttccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtc 209  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||||| | |||||||||    
T  37593184 ttccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtc 37593283  T
Q  210 taaccactccaaatt 224  Q
     ||||||||||||||    
T  37593284 caaccactccaaatt 37593298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 7 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 37383610 - 37383398
Alignment:
Q  7 ttcatcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggt 106  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||    
T  37383610 ttcatcagttttgcatgattttgacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgtaggt 37383511  T
Q  107 atgattccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgaga 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || || ||||||||| |||||||| ||| | |||| |||||| |||| |||||||||||||    
T  37383510 atgattccctcaaggtggttttgtgaaagattcaagaaagagagaaaattcaaatttgtcaaagccaaaggaatctcacccttcaattggttccttgaga 37383411  T
Q  206 ggtctaaccactc 218  Q
    |||||||||||||    
T  37383410 ggtctaaccactc 37383398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 221
Target Start/End: Original strand, 37695471 - 37695686
Alignment:
Q  7 ttcatcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggt 106  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||  ||||    
T  37695471 ttcatcatttttgcataatctagacaatgggaatccacataacatagtattcccttcataggaatcatttccaaacgtattaaactgttgacctttaggt 37695570  T
Q  107 atgattccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgaga 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| || |||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||||| |||| || |||||||| ||||| | |||||    
T  37695571 atgattccctcaaggtggttttgtgaaagttttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctctcccgtcaattggttacatgaga 37695670  T
Q  206 ggtctaaccactccaa 221  Q
    |||| |||||||||||    
T  37695671 ggtccaaccactccaa 37695686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 224
Target Start/End: Original strand, 37638626 - 37638840
Alignment:
Q  11 tcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatga 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  37638626 tcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatga 37638725  T
Q  111 ttccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtc 209  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||||| | |||||||||    
T  37638726 ttccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtc 37638825  T
Q  210 taaccactccaaatt 224  Q
     ||||||||||||||    
T  37638826 caaccactccaaatt 37638840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 224
Target Start/End: Original strand, 37710387 - 37710601
Alignment:
Q  11 tcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatga 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  37710387 tcatttttgcatgatttagacaatggaaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatga 37710486  T
Q  111 ttccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtc 209  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||||| | |||||||||    
T  37710487 ttccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtc 37710586  T
Q  210 taaccactccaaatt 224  Q
     ||||||||||||||    
T  37710587 caaccactccaaatt 37710601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 37822774 - 37822998
Alignment:
Q  1 ccgatattcatcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacct 100  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||  | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  37822774 ccgatcttcctcatttttgcatgatttagacaatggaaatccacataacattgtatttccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacct 37822873  T
Q  101 acaggtatgattccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttcc 199  Q
      |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| ||||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||| ||||| |    
T  37822874 ttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgc 37822973  T
Q  200 ttgagaggtctaaccactccaaatt 224  Q
     ||||||||| ||||||||||||||    
T  37822974 atgagaggtccaaccactccaaatt 37822998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 11 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37402278 - 37402064
Alignment:
Q  11 tcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatga 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||  | ||||||||| ||||||||| ||| |||||||||  ||||||||    
T  37402278 tcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtatttccttcaaaagaatcattttcaaatgtattaaactgttgacctttaggtatga 37402179  T
Q  111 ttccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtc 209  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| ||||| |||||| |||||||| || || |||| ||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  37402178 ttccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagcctcaggaatctcacccgtcaattggttgcatgagaggtc 37402079  T
Q  210 taaccactccaaatt 224  Q
     ||||||||||||||    
T  37402078 caaccactccaaatt 37402064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 224
Target Start/End: Original strand, 37439950 - 37440164
Alignment:
Q  11 tcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatga 110  Q
    |||||||| ||||  |||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  37439950 tcatttttgcatggcttagacaatggatatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgcaggtatga 37440049  T
Q  111 ttccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtc 209  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||  || |||||||||||| ||||||||  |||  |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  37440050 ttccctcatggtggttttgtgaaaggtttaagacagagaggaaattcaaatttgtcaaagtcacgggaatttcaccggtcaattggtttcttgagaggtc 37440149  T
Q  210 taaccactccaaatt 224  Q
      ||||||| |||||    
T  37440150 cgaccactctaaatt 37440164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 7 - 162
Target Start/End: Original strand, 37427926 - 37428081
Alignment:
Q  7 ttcatcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggt 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||    
T  37427926 ttcatcatttttgcatgatttagacaatatgaatccacataacattgtattcccttcataggaatcatttccaaatgtatcaaactgttggccggtaggt 37428025  T
Q  107 atgattccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaatt 162  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  37428026 atgattccctcaaggtggttttgtgagagattcaagaatgataggaaattcaaatt 37428081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 6e-64; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 21 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 16846933 - 16846730
Alignment:
Q  21 atgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatgattccctcaag 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  16846933 atgatttagacgatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaatcatttccaaatgtagaaaattgttgacctgtaggtatgactccctcaag 16846834  T
Q  121 gtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtctaaccactcc 219  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| || |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  16846833 gtggttttttgaaaggttcaagaaagaaaggaaattcaaatttgtcaaagccacaggaatctctcccgtcatttggttccttgagaggtccaaccactcc 16846734  T
Q  220 aaat 223  Q
    ||||    
T  16846733 aaat 16846730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 11 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16844276 - 16844062
Alignment:
Q  11 tcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacctacaggtatga 110  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||    
T  16844276 tcatttttgcatgaattagagaatggcaatccacacaacattgtattcccttgataggaatcatttccaaatgtattaaattgttgacctgtaggtatga 16844177  T
Q  111 ttccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttccttgagaggtc 209  Q
    |||| | || |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||| || ||||||| || |||||||| ||||| | |||||||||    
T  16844176 ttcctttaaagtggttttgtgaaaggtttaagaaagaaaggaaattcaaatttgccaaagcctcaagaatctctcccgtcaattggttgcatgagaggtc 16844077  T
Q  210 taaccactccaaatt 224  Q
     ||||||||||||||    
T  16844076 caaccactccaaatt 16844062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24219021 - 24218797
Alignment:
Q  1 ccgatattcatcatttttacatgatttagacaatgggaatccacacaacatggtattcccttcgtaggaatcatttccaaatgtatcaaattgttgacct 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||     
T  24219021 ccgatcttcatcatttttgcatgattttgacaatggaaatccacataacattgcatttccttcataggaatcatttccaaatgtgttaaattgttggccg 24218922  T
Q  101 acaggtatgattccctcaaggtggttttctgaaaggttcaagaatgaaaggaaattcaaa-ttgtcaaaaccacaagaatttcacccgtcaactggttcc 199  Q
      ||||||||||||||  || ||||||| ||||||||| || || || |||||||||||| |||||||| ||| | |||| | |||  |||| | ||| |    
T  24218921 gtaggtatgattcccttgagatggttttgtgaaaggtttaaaaaagagaggaaattcaaatttgtcaaagccataggaatcttaccactcaagttgtttc 24218822  T
Q  200 ttgagaggtctaaccactccaaatt 224  Q
    |||||||||| ||||||||||||||    
T  24218821 ttgagaggtccaaccactccaaatt 24218797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University