View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_low_4 (Length: 758)

Name: NF11278_low_4
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_low_4
NF11278_low_4
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (24-664)||(27220935-27221559)
chr1 (17-753)||(27214966-27215707)
chr1 (17-664)||(27443282-27443935)
chr1 (17-516)||(27432675-27433171)
chr1 (21-662)||(27207599-27208246)
chr1 (63-462)||(27388935-27389334)
chr1 (93-475)||(27409921-27410303)
chr1 (285-471)||(27455093-27455277)
chr1 (137-259)||(27454712-27454834)
chr1 (700-752)||(27443189-27443241)
chr1 (408-473)||(27415756-27415821)
chr1 (700-752)||(27221602-27221654)
chr1 (700-753)||(27208277-27208330)
chr1 (99-167)||(20952648-20952716)
chr1 (599-663)||(27433268-27433332)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 664
Target Start/End: Original strand, 27220935 - 27221559
Alignment:
Q  24 acttggagctctgaagggcacacaacattaatgttcccaggacaactggaggttttgcagtcaccacttccaccttgtggcgttacagacattggcacgt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27220935 acttggagctctgaagggcacacaacattaatgttccctggacaactggaggttttgcagtcaccactcccaccttgtggcgttacagacattggcacgt 27221034  T
Q  124 tgaatccgtccacattgctcacatcgtagaagtcttgtcccccgtctgttgctaccgttatttctaccaatgttgctggtgggattgccccagcaccgtt 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27221035 tgaatccgtccacattgctcacatcgtagaagtcttgtcccccgtctgttgctaccgttatttctaccaatgttgctggtgggattgccccagcaccgtt 27221134  T
Q  224 gcaaccgatttgaccagaggcacaatcggcggtggcacagctgaactttccattgttgtctgagcatccagttcggccccaaaatcgaccagaccatggt 323  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  27221135 gcaaccgacttgaccagaggcacaatcggcggtggcacagctgaactttccattgttgttgaagcatccggttcggccccaaaatctacccgaccatggt 27221234  T
Q  324 gatggaaggtccactgaaatggtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttttggtctccagttaatgttcctggccatacag 423  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  27221235 gatggaaggtccactgaaatagtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttttggtctccggttaacgttcctggccatacag 27221334  T
Q  424 tgtattcacaactatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccactgcatatacaaatacaaaatcacgttcatattataattgcaaatgaacgcatga 523  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                ||||   ||| | |||||||    
T  27221335 tgtattcacacctatttgtgaaagtcaccttagctcctccaaccactgcatatacaaatacaaa--------------tgaatt--taataagcgcatga 27221418  T
Q  524 agagaaattaacttagctaaataaattgattaatcatatggaaaattaacgtagttatgtattaatatgtgtacgtaccatagaagaagaatgcaaagct 623  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  27221419 agagaaattaacttagctaagtgaattgattaattatatggaaaattaatgtagttatgtattgatatatgtacgtaccatagaagaggaatgcaaaact 27221518  T
Q  624 aaggcacatagcaacatgggtgcttgtcattttggatatgg 664  Q
    |||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  27221519 aaggcatagagcaacgcgggtgcttgtcattttggatatgg 27221559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 753
Target Start/End: Original strand, 27214966 - 27215707
Alignment:
Q  17 acctatcacttggagctctgaagggcacacaacattaatgttcccaggacaactggaggttttgcagtcaccacttccaccttgtggcgttacagacatt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27214966 acctatcacttggagctctgaaggacacacaacattgatgttccctggacaactggaggttttgcagtcaccactcccaccttgtggcgttacagacatt 27215065  T
Q  117 ggcacgttgaatccgtccacattgctcacatcgtagaagtcttgtcccccgtctgttgctaccgttatttctaccaatgttgctggtgggattgccccag 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27215066 ggcacgttgaatccatccacattgctcacatcatagaaatcttgtcccccgtttgttgctacggttatttctaccaatgttgctggtgggattgcgccag 27215165  T
Q  217 caccgttgcaaccgatttgaccagaggcacaatcggcggtggcacagctgaactttccattgttgtctgagcatccagttcggccccaaaatcgaccaga 316  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27215166 caccattgcaaccgagttgaccagaggcacaatcggcggtggcacagctgaactttccattgttgttgaagcatccggttcggccccaaaatcgaccaga 27215265  T
Q  317 ccatggtgatggaaggtccactgaaatggtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttttggtctccagttaatgttcctggc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27215266 ccatggtgatggaaggtccactgaaatagtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttttggtctccggttaacgttcctggc 27215365  T
Q  417 catacagtgtattcacaactatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccactgcatatacaaatacaaaatcacgttcatattataattgcaaatgaa 516  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  ||  ||               |     
T  27215366 catacagtgtattcacacctatttgtgaacgtcaccttagctcctccaaccactgcatatacaaatac-aaatgaatttagta---------------ag 27215449  T
Q  517 cgcatgaagagaaattaacttagctaaataaattgattaatcatatggaaaattaacgtagttatgtattaatatgtgtacgtaccatagaagaagaatg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||    
T  27215450 cgcatgaagagaaattaacttagctaagtgaattgattaattatatggaaaattaatgtagttatgtattgatatatgtacgtaccgtagaagaggaatg 27215549  T
Q  617 caaagctaaggcacatagcaacatgggtgcttgtcattttggatatg----------------gttttgccggcttgtgaatatat----attggtgaga 696  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||                ||||||| |||||||||||||||    ||| ||||||    
T  27215550 caaaactaaggcacagagcaacacgggtgcttgtcattttggatatggcttttgattaatcttgttttgcaggcttgtgaatatatattaattagtgaga 27215649  T
Q  697 gtttttcgattgtattttgctgtttgaaggtga-ttgatgaagttgttctctgcttct 753  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  27215650 gtttttcgattgtagtttgttgtgtgaaggtgatttgatgaagttgctctctgcttct 27215707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 27443935 - 27443282
Alignment:
Q  17 acctatcacttggagctctgaagggcacacaacattaatgttcccaggacaactggaggttttgcagtcaccacttccaccttgtggcgttacagacatt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27443935 acctatcacttggagctctgaaggacacacaacattgatgttccctggacaactggaggttttgcagtcaccactcccaccttgtggcgttacagacatt 27443836  T
Q  117 ggcacgttgaatccgtccacattgctcacatcgtagaagtcttgtcccccgtctgttgctaccgttatttctaccaatgttgctggtgggattgccccag 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27443835 ggcacgttgaatccatccacattgctcacatcttagaaatcttgtcccccgtttgttgctacggttatttctaccaatgttgctggtgggattgcgccag 27443736  T
Q  217 caccgttgcaaccgatttgaccagaggcacaatcggcggtggcacagctgaactttccattgttgtctgagcatccagttcggccccaaaatcgaccaga 316  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27443735 caccattgcaaccgagttgaccagaggcacaatcggcggtggcacagctgaactttccattgttgttgaagcatccggttcggccccaaaatcgaccaga 27443636  T
Q  317 ccatggtgatggaaggtccactgaaatggtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttttggtctccagttaatgttcctggc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  27443635 ccatggtgatggaaggtccactgaaatagtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttttggtctccggttaacgttcctggc 27443536  T
Q  417 catacagtgtattcacaactatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccactgcatatacaaatacaaaatcacgttcatattataattgcaaatgaa 516  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||  |||||||| ||||  |||||||    
T  27443535 catacagtgtattcacacctatttgtgaacgtcaccttagctcctccaacaactgcataaagaaatacaaaatcac--tcatattagaattataaatgaa 27443438  T
Q  517 ---------cgcatgaagagaaattaacttagctaaataaattgattaatcatatggaa---aattaacgtagttatgtattaatatgtgtacgtaccat 604  Q
             |||| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| ||||||  ||| | |||    ||  ||||||    
T  27443437 tttattaagcgcaagaagaaaaatttacttagctaaatgaattgattaatcatatggaaattaattaatgtagttgagtagtgata----tatataccat 27443342  T
Q  605 agaagaagaatgcaaagctaaggcacatagcaacatgggtgcttgtcattttggatatgg 664  Q
    |||||| ||||||||| |||||||| | ||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  27443341 agaagaggaatgcaaaactaaggcatagagcaacacgagtgcttgtcattttggatatgg 27443282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 516
Target Start/End: Original strand, 27432675 - 27433171
Alignment:
Q  17 acctatcacttggagctctgaagggcacacaacattaatgttcccaggacaactggaggttttgcagtcaccacttccaccttgtggcgttacagacatt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27432675 acctatcacttggagctctgaagggcacacaacattaatgttccctggacaactggaggttttgcagtcaccactcccaccttgtggcgttacagacatt 27432774  T
Q  117 ggcacgttgaatccgtccacattgctcacatcgtagaagtcttgtcccccgtctgttgctaccgttatttctaccaatgttgctggtgggattgccccag 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27432775 ggcacgttgaatccatccacattgctcacatcatagaaatcttgtcccccgtttgttgctacggttatttctaccaatgttgctggtgggattgcgccag 27432874  T
Q  217 caccgttgcaaccgatttgaccagaggcacaatcggcggtggcacagctgaactttccattgttgtctgagcatccagttcggccccaaaatcgaccaga 316  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  27432875 caccgttacaaccgacttgaccagaggcacaatcggcggtggcacaactgaactttccattgttgttggagcatccggttcgtccccaaaatcgacccga 27432974  T
Q  317 ccatggtgatggaaggtccactgaaatggtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttttggtctccagttaatgttcctggc 416  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| ||  |||||| ||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||    
T  27432975 ccatggtgatggaaggtccacctcaattgttgctccaggtcctaactcaaaacccgttgttgatagctgaggcttttggtctccagttaacgttcccggc 27433074  T
Q  417 catacagtgtattcacaactatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccactgcatatacaaatacaaaatcacgttcatattataattgcaaatgaa 516  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||| |||||||||||| ||  |||||||||    
T  27433075 catacagtgtattcacacctatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccgctgc--atacaaatgcaaaat-acgttcatattagaagagcaaatgaa 27433171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 21 - 662
Target Start/End: Original strand, 27207599 - 27208246
Alignment:
Q  21 atcacttggagctctgaagggcacacaacattaatgttcccaggacaactggaggttttgcagtcaccacttccaccttgtggcgttacagacattggca 120  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||    
T  27207599 atcacctggagctctgaaggacacacaacattaatgttcctaggacaactagcggttttgcagtcaccactcccaccttgtggcattacggacatgggca 27207698  T
Q  121 cgttgaatccgtccacattgctcacatcgtagaagtcttgtcccccgtctgttgctaccgttatttctaccaatgttgctggtgggattgccccagcacc 220  Q
    | ||||| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  27207699 cattgaacccatcaacattgctcacatcgtagaaatcttgtcccccgttggatgctattgttatttctaccagtgttgctggtgggattgcgccagcacc 27207798  T
Q  221 gttgcaaccgatttgaccagaggcacaatcggcggtggcacagctgaactttccattgttgtctgagcatccagttcggccccaaaatcgaccagaccat 320  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  || ||||||    
T  27207799 gttgcaaccgacttgaccggaggcacaatcggcggtggcgcagctgaaccttccgttgttgtcggagcatccagttcggccccaaaatcttcccgaccat 27207898  T
Q  321 ggtgatggaaggtccactgaaatggtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttttggtctccagttaatgttcctggccata 420  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||  |||||| ||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27207899 ggtgatggaaggtccaccgcaattgttgctccaggtcctaactcaaaacccgttgtcgatagctgaggtttttggtctccagttaacgttcctggccata 27207998  T
Q  421 cagtgtattcacaactatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccactgcatatacaaatacaaaatcacgttcatattataattgcaaatgaa---- 516  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  ||||| |||||||||||| ||  |||||||||        
T  27207999 cagtgtatgcacacctatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccactgc--atacaaatgaaaaat-acgttcatattagaagagcaaatgaattta 27208095  T
Q  517 -----cgcatgaagagaaattaacttagctaaataaatt----gattaatcatatggaaaattaacgtagttatgtattaatatgtgtacgtaccataga 607  Q
         | ||||||||||||| |||| |||||||| ||||    ||||||  |||||||||||||| ||||||  ||| | |||    ||  |||||||||    
T  27208096 ttaaccacatgaagagaaataaactaagctaaatgaattaatggattaactatatggaaaattaatgtagttgagtactgata----tatataccataga 27208191  T
Q  608 agaagaatgcaaagctaaggcacatagcaacatgggtgcttgtcattttggatat 662  Q
    ||| |||||||||||||| ||| | ||||||| || |||   |||||||||||||    
T  27208192 agaggaatgcaaagctaaagcataaagcaacacggttgcacttcattttggatat 27208246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 63 - 462
Target Start/End: Original strand, 27388935 - 27389334
Alignment:
Q  63 ggacaactggaggttttgcagtcaccacttccaccttgtggcgttacagacattggcacgttgaatccgtccacattgctcacatcgtagaagtcttgtc 162  Q
    ||||| || |||| |||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  27388935 ggacagctagaggatttgcaatcgccacttccgccttgtggagttacggacattggcacgttgaaaccgtcaacgttgctcacatcgtagaaatcttgtc 27389034  T
Q  163 ccccgtctgttgctaccgttatttctaccaatgttgctggtgggattgccccagcaccgttgcaaccgatttgaccagaggcacaatcggcggtggcaca 262  Q
    | || | || ||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||  | | ||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  27389035 ctccatttgatgccactgtaatttcaaccaaagttgctggtgggattgcgccagcaccattgcatgcaacttgaccagatgcacaatcggcagtggcaca 27389134  T
Q  263 gctgaactttccattgttgtctgagcatccagttcggccccaaaatcgaccagaccatggtgatggaaggtccactgaaatggtaactccagatcccaac 362  Q
      | |||| ||| ||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||| || ||||  ||| ||||  | ||  |||||| ||| |||    
T  27389135 agtaaactgtccgttgttggttgagcatccggttcgggcccaaaatcgacctgaccatggggaaggaatttccgctgagttcgttgctccaggtcctaac 27389234  T
Q  363 tcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttttggtctccagttaatgttcctggccatacagtgtattcacaactatttgtgaatgtcaccttagctcctc 462  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||| ||| | |||||||    
T  27389235 tcgaaacctgttgttgatagctgaggtttttggtctccggttaaggttcctggccatacggtgtatccacatctattcgtgaatgttaccgtggctcctc 27389334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 93 - 475
Target Start/End: Original strand, 27409921 - 27410303
Alignment:
Q  93 ccaccttgtggcgttacagacattggcacgttgaatccgtccacattgctcacatcgtagaagtcttgtcccccgtctgttgctaccgttatttctacca 192  Q
    ||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || | || ||| |  || ||||| || |    
T  27409921 ccaccttgtggagttacaaaaattggcacgttgaacccgtcaacgttgctcacatcgtagaaatcttgtcctccatttgatgccatggtaatttcaacta 27410020  T
Q  193 atgttgctggtgggattgccccagcaccgttgcaaccgatttgaccagaggcacaatcggcggtggcacagctgaactttccattgttgtctgagcatcc 292  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || | |||||||||  |||||||||| |||||||| || |||||| | ||||||  |||||||||    
T  27410021 aagttgctggtgggattgcgccagcaccattgcaccccacttgaccagacccacaatcggctgtggcacaactaaacttttctttgttgattgagcatcc 27410120  T
Q  293 agttcggccccaaaatcgaccagaccatggtgatggaaggtccactgaaatggtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagctgaggtttt 392  Q
     ||||   |||||||||||||||||||||  || ||||||| ||| ||    || |||||   ||||||||| |||||||| |||||||  |||||  ||    
T  27410121 ggttcttgcccaaaatcgaccagaccatgaagaaggaaggttcaccgagtacgtcactccttgtcccaactcaaaacctgttgttgataattgaggggtt 27410220  T
Q  393 tggtctccagttaatgttcctggccatacagtgtattcacaactatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccactgcata 475  Q
    ||  ||  ||| || ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27410221 tgagctgtagtaaaggttcctggccatacagtatatccacatctattcgtgaatgtcaccttggctcctccaaccactgcata 27410303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 285 - 471
Target Start/End: Original strand, 27455093 - 27455277
Alignment:
Q  285 gagcatccagttcggccccaaaatcgaccagaccatggtgatggaaggtccactgaaatggtaactccagatcccaactcgaaacctgtcgttgatagct 384  Q
    ||||||||  ||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  27455093 gagcatccgattcggcctcaaaatcaacctgatcatggtgatggaaggtccactgaaatagt-actctagatcccaagtcgaaacttgtcgttcatagct 27455191  T
Q  385 gaggtttttggtctccagttaatgttcctggccatacagtgtattcacaactatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccactg 471  Q
    ||||||||| ||||| |||||| ||| || | |||||| | ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27455192 gaggttttt-gtctctagttaacgtttctagtcatacaatttattcacacttattggtgaatgtcaccttagctcctccaactactg 27455277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 137 - 259
Target Start/End: Original strand, 27454712 - 27454834
Alignment:
Q  137 attgctcacatcgtagaagtcttgtcccccgtctgttgctaccgttatttctaccaatgttgctggtgggattgccccagcaccgttgcaaccgatttga 236  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| || ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||| |||| ||||||    
T  27454712 attgctcacatcatagaaatcttgtctcctgtctgatgtaaccgttatttctaccaatgttgctggtgggattgcacctgcatcattggaacccatttga 27454811  T
Q  237 ccagaggcacaatcggcggtggc 259  Q
    || |||  ||||||||| |||||    
T  27454812 ccggagatacaatcggcagtggc 27454834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 700 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 27443241 - 27443189
Alignment:
Q  700 tttcgattgtattttgctgtttgaaggtgattgatgaagttgttctctgcttc 752  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27443241 tttcgattgtagtttgctgtttgaaggtgattgatgaagttgttctctgcttc 27443189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 408 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 27415821 - 27415756
Alignment:
Q  408 gttcctggccatacagtgtattcacaactatttgtgaatgtcaccttagctcctccaaccactgca 473  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  27415821 gttcctggccatacagtgtatacacatctattcgtgaatgtcaccttggctcctccaacctctgca 27415756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 700 - 752
Target Start/End: Original strand, 27221602 - 27221654
Alignment:
Q  700 tttcgattgtattttgctgtttgaaggtgattgatgaagttgttctctgcttc 752  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  27221602 tttcgattgtagtttgctgtttgtaagtgattgatgaagttgttctctgcttc 27221654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 700 - 753
Target Start/End: Original strand, 27208277 - 27208330
Alignment:
Q  700 tttcgattgtattttgctgtttgaaggtgattgatgaagttgttctctgcttct 753  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||    
T  27208277 tttcgattgtagtttgctgtttgaaagtgattgatgaagtttctctcttcttct 27208330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 99 - 167
Target Start/End: Original strand, 20952648 - 20952716
Alignment:
Q  99 tgtggcgttacagacattggcacgttgaatccgtccacattgctcacatcgtagaagtcttgtcccccg 167  Q
    ||||||||||  ||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| || || ||||||||||||    
T  20952648 tgtggcgttattgacattgacacattgaacctgtccacattgctcacatcatataaatcttgtcccccg 20952716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 599 - 663
Target Start/End: Original strand, 27433268 - 27433332
Alignment:
Q  599 taccatagaagaagaatgcaaagctaaggcacatagcaacatgggtgcttgtcattttggatatg 663  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||| ||| | ||||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  27433268 taccatagaagaggaatgccaagctaaagcataaagcaacatgggtgttcttcattttggatatg 27433332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University