View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_low_46 (Length: 439)

Name: NF11278_low_46
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_low_46
NF11278_low_46
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (19-428)||(26119637-26120045)
chr4 (19-423)||(26084077-26084483)
chr4 (19-415)||(26096360-26096758)
chr4 (19-428)||(26126291-26126702)
chr4 (19-369)||(26064408-26064758)
chr4 (19-359)||(26035770-26036110)
chr4 (226-418)||(26075488-26075682)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (34-247)||(6773203-6773416)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 26120045 - 26119637
Alignment:
Q  19 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaaggagaaggcatgggaccaagtcgttttca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26120045 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgacttttgaaggagaaagcatgggaccaagtcgttttca 26119946  T
Q  119 acgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttctttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26119945 acgaggaactctttcatccatcatatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaatagcagagttctttt 26119846  T
Q  219 caagacggtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtt 318  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26119845 caagacagtgaggaacaatgctaacctcagtaaattgaaaccggttattattcacttgaattaccaccgtgataagcttacgcgaatgaaagcagttgtt 26119746  T
Q  319 gaatattatgttaatgggaaacaagaggctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgataaccttgtttttgtctaagctgttgttcaaaaacttaac 418  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26119745 gaatattatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgataaccttg-ttatgtctaagctgttgttcaaaaacttaac 26119647  T
Q  419 gagcacctat 428  Q
    ||||||||||    
T  26119646 gagcacctat 26119637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 26084483 - 26084077
Alignment:
Q  19 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaaggagaaggcatgggaccaagtcgttttca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||    
T  26084483 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaagggtaatgcatgggaccaagccgttttca 26084384  T
Q  119 acgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttctttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26084383 acgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttctttt 26084284  T
Q  219 caagacggtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtt 318  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26084283 caggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggttattattcacgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtt 26084184  T
Q  319 gaatattatgttaatgggaaacaagaggctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgataaccttgtt--tttgtctaagctgttgttcaaaaactta 416  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| || |||||||| ||||||||    
T  26084183 gaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgataaccttgtttctatgtcttagttgttgttctaaaactta 26084084  T
Q  417 acgagca 423  Q
    || ||||    
T  26084083 accagca 26084077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 26096758 - 26096360
Alignment:
Q  19 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaaggagaaggcatgggaccaagtcgttttca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26096758 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaaggagaaagcatgggaccaagtcgttttca 26096659  T
Q  119 acgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttctttt 218  Q
    |||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26096658 acgaggaactcttttatccgtcgcatcctggttatgacgggcttcatgcttctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttctttt 26096559  T
Q  219 caagacggtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtt 318  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  26096558 caggacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacttgaattaccaccgtgataagcttcggcgaatgaaagcaattgtt 26096459  T
Q  319 gaatattatgttaatgggaaacaagaggctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgataaccttgtttt--tgtctaagctgttgttcaaaaactt 415  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  26096458 gaatattatgttaatgggaaccaagatgctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgataaccttgtttttgtgtctaagttgttgttcaaaaactt 26096360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 19 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 26126702 - 26126291
Alignment:
Q  19 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaaggagaaggcatgggaccaagtcgttttca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  26126702 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggctgcacgactttcaaaagagaatgcatgggaccaaggcgttttca 26126603  T
Q  119 acgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttctttt 218  Q
    |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  26126602 acgaggaactcttttatccgtcgcatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaatagtaaagttctttt 26126503  T
Q  219 caagacggtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtt 318  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26126502 caagacagtgaggaacgatgctaaactcagtaaattgaaaccggtaattattcacttgaattaccaccctgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtt 26126403  T
Q  319 gaatattatgttaatgggaaacaagaggctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgataaccttgtt--tttgtctaagctgttgttcaaaaactta 416  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||  | ||||| || |||| |||||| |||||    
T  26126402 gaatactatgttaatgggaaccaagatgctctcaaacctttctcggatggcacaccttgataaccttgtttctgtgtcttagttgttcttcaaatactta 26126303  T
Q  417 acgagcacctat 428  Q
    ||||||||||||    
T  26126302 acgagcacctat 26126291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 19 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 26064758 - 26064408
Alignment:
Q  19 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaaggagaaggcatgggaccaagtcgttttca 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |    
T  26064758 ggtttcttctatattagaccaaccattccttcaattgagcttttggatcgtgtggcggcaaggctttccaaggagaaagcatgggaccaagccgttttta 26064659  T
Q  119 acgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttctttt 218  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || | |||||||||    
T  26064658 acgaggaactcttttatccatcgcatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaaggactatggatatgtacctttttatgaatagtaaagttctttt 26064559  T
Q  219 caagacggtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtt 318  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26064558 caagacagtgaggaacgatgctaaactcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaattaccaccctgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtt 26064459  T
Q  319 gaatattatgttaatgggaaacaagaggctctcaaaccttttcccgatggc 369  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  26064458 gaatattatgttaatgggaaccaagatgctctcaaacctttccctgatggc 26064408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 19 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 26036110 - 26035770
Alignment:
Q  19 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaaggagaaggcatgggaccaagtcgttttca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  26036110 ggtttcttctatatcagaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtcgcgacacggctttccaaggaggttgcatgggaccaagccgttttca 26036011  T
Q  119 acgaggaactctttcatccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttctttt 218  Q
    |||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  26036010 acgaggaactattttatccgtcacaccctggttatgaagggcttcatgctgctagaagaactatggatatgtatctctttatgaacagcaaagttctttt 26035911  T
Q  219 caagacggtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtt 318  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26035910 caagacagtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccagtaattgttcacgtgaattaccaccctgataagcttccgcgaatgaaagcagttgtc 26035811  T
Q  319 gaatattatgttaatgggaaacaagaggctctcaaaccttt 359  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  26035810 gaatattatgtcaatgggaaacaagatgctctcaaaccttt 26035770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 226 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 26075682 - 26075488
Alignment:
Q  226 gtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggtaattattcacgtgaattaccaccgtgataagcttccgcgaatgaaagcagttgttgaatatt 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26075682 gtgaggaacgatgctaacctcagtaaattgaaaccggttattattcacttgaattaccaccgtgataagcttcggcgaatgaaagcagttgttgaatatt 26075583  T
Q  326 atgttaatgggaaacaagaggctctcaaaccttttcccgatggcacacctcgataaccttgtt--tttgtctaagctgttgttcaaaaacttaac 418  Q
    |||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||| || |||||||||||||| ||||    
T  26075582 atgttaatgggaactaagatgctctgaaaccttttcccgatggcacacatcgataaccttgtttctatgtcttagttgttgttcaaaaacataac 26075488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 6773416 - 6773203
Alignment:
Q  34 agaccaaccattccttcaattgagcttttggaccgtgtggcagcacgactttcgaaggagaaggcatgggaccaagtcgttttcaacgaggaactctttc 133  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| || || || |  || ||||| || ||||| |||||||| ||||  ||||| || || ||||| |||     
T  6773416 agaccaacacttccttcaattgagcttttggatcgcgttgcggaccggctttctaaagagaaagcatgggatcaagcagtttttaatgaagaactttttt 6773317  T
Q  134 atccatcacatcctggttatgacgggcttcatgctgctaaaagaactatggatatatatctttttatgaacagcagagttcttttcaagacggtgaggaa 233  Q
    | || ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |  ||||| || ||||| ||||| ||    
T  6773316 acccttcacatcctggttatgatggacttcatgctgcaaagagaacaatggatatgtacctttttatgaacagtaaggttctgtttaagactgtgagaaa 6773217  T
Q  234 cgatgctaacctca 247  Q
     |||||||| ||||    
T  6773216 agatgctaagctca 6773203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University