View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_low_75 (Length: 359)

Name: NF11278_low_75
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_low_75
NF11278_low_75
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (129-348)||(32932255-32932474)
chr6 (129-340)||(23848518-23848729)
chr6 (129-340)||(18338092-18338305)
chr6 (129-345)||(9972753-9972972)
chr6 (178-346)||(27101530-27101698)
chr6 (178-346)||(27143352-27143520)
chr6 (129-340)||(7553362-7553575)
chr6 (146-288)||(22958084-22958226)
chr6 (146-288)||(23830166-23830308)
chr6 (164-333)||(19543475-19543650)
chr6 (129-287)||(15121532-15121683)
chr6 (14-62)||(32932541-32932589)
chr6 (286-340)||(22958008-22958062)
chr6 (286-340)||(23830330-23830384)
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (129-340)||(3469831-3470042)
chr3 (129-340)||(19240464-19240675)
chr3 (129-338)||(31112359-31112564)
chr3 (129-340)||(39032685-39032904)
chr3 (129-346)||(32285658-32285877)
chr3 (129-340)||(39039698-39039916)
chr3 (129-335)||(29960875-29961082)
chr3 (129-335)||(30010080-30010287)
chr3 (129-346)||(32280714-32280933)
chr3 (151-340)||(45677835-45678026)
chr3 (129-291)||(38445625-38445787)
chr3 (131-289)||(46611799-46611957)
chr3 (129-289)||(41272944-41273104)
chr3 (129-268)||(10626311-10626450)
chr3 (148-287)||(11458130-11458269)
chr3 (129-291)||(50158154-50158316)
chr3 (129-216)||(11172085-11172172)
chr3 (226-288)||(39350935-39350997)
chr3 (309-346)||(39351022-39351059)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (131-347)||(3949982-3950199)
chr2 (133-345)||(15144208-15144420)
chr2 (129-346)||(41826543-41826752)
chr2 (129-340)||(40113388-40113605)
chr2 (129-332)||(662760-662959)
chr2 (129-340)||(669992-670199)
chr2 (129-346)||(24138364-24138582)
chr2 (129-346)||(23888338-23888556)
chr2 (129-346)||(23892414-23892632)
chr2 (132-287)||(18341573-18341728)
chr2 (129-278)||(39190088-39190237)
chr2 (129-340)||(25336159-25336373)
chr2 (147-289)||(17527310-17527452)
chr2 (164-346)||(14661277-14661460)
chr2 (147-287)||(17530028-17530171)
chr2 (134-287)||(33425907-33426064)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (129-346)||(39574474-39574690)
chr1 (129-345)||(47858087-47858304)
chr1 (129-289)||(24515354-24515514)
chr1 (167-340)||(39581061-39581233)
chr1 (129-333)||(9758314-9758521)
chr1 (129-333)||(9764930-9765136)
chr1 (132-287)||(12017733-12017887)
chr1 (129-286)||(41140853-41141010)
chr1 (129-220)||(24523173-24523264)
chr1 (252-289)||(24523142-24523179)
chr1 (134-175)||(38278914-38278956)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (132-340)||(22729815-22730023)
chr5 (134-345)||(35941063-35941273)
chr5 (129-274)||(36950147-36950292)
chr5 (129-346)||(11339804-11340020)
chr5 (129-289)||(43097425-43097585)
chr5 (129-220)||(10491175-10491266)
chr5 (250-324)||(10491258-10491331)
chr5 (295-346)||(36950070-36950121)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (129-339)||(42567597-42567806)
chr4 (129-332)||(35904946-35905149)
chr4 (129-287)||(36048869-36049027)
chr4 (129-340)||(24423153-24423364)
chr4 (129-288)||(6262184-6262343)
chr4 (129-287)||(2228836-2228994)
chr4 (129-289)||(13393676-13393836)
chr4 (129-289)||(13396815-13396975)
chr4 (129-284)||(44160724-44160878)
chr4 (129-299)||(18891096-18891265)
chr4 (151-346)||(33366759-33366954)
chr4 (132-234)||(54256226-54256326)
chr4 (133-255)||(33361622-33361744)
chr4 (240-288)||(54256348-54256396)
chr4 (129-187)||(43444884-43444942)
chr4 (303-346)||(33361760-33361803)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (129-346)||(44626102-44626319)
chr8 (129-346)||(32038048-32038266)
chr8 (141-340)||(26005484-26005686)
chr8 (157-346)||(17497454-17497643)
chr8 (132-273)||(1262302-1262443)
chr8 (134-287)||(39517326-39517480)
chr8 (170-346)||(38143898-38144076)
chr8 (166-345)||(34548032-34548216)
chr8 (134-302)||(45266119-45266274)
chr8 (129-220)||(18324773-18324864)
chr8 (239-302)||(38151017-38151080)
chr8 (239-289)||(18324938-18324988)
chr8 (129-192)||(45272805-45272868)
chr8 (307-348)||(27146-27187)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (129-336)||(267696-267903)
chr7 (129-346)||(48853579-48853797)
chr7 (129-346)||(32517097-32517317)
chr7 (129-337)||(26450872-26451075)
chr7 (131-290)||(29148714-29148872)
chr7 (129-281)||(40771648-40771800)
chr7 (129-220)||(278879-278970)
chr7 (129-192)||(40771217-40771280)
chr7 (132-282)||(5172852-5173002)
chr7 (251-287)||(40771313-40771349)
[»] scaffold0502 (2 HSPs)
scaffold0502 (129-340)||(8916-9129)
scaffold0502 (129-340)||(4216-4429)
[»] scaffold0040 (2 HSPs)
scaffold0040 (129-346)||(67754-67974)
scaffold0040 (129-346)||(60278-60498)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (132-287)||(30065-30220)
[»] scaffold1634 (1 HSPs)
scaffold1634 (129-291)||(26-188)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (129-287)||(40145-40303)
[»] scaffold0027 (1 HSPs)
scaffold0027 (129-287)||(134550-134708)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 129 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 32932474 - 32932255
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32932474 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatgggctgtgatgtgttggaccatttagttgagcccaa 32932375  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32932374 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 32932275  T
Q  329 catccctctcattcttctct 348  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  32932274 catccctctcattcttctct 32932255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 23848729 - 23848518
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  23848729 tggtctattgtgtaaagcactaattaattgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 23848630  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||| | |||    
T  23848629 tgagaggtccctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaactattctgaacattctggtgctaaagggaatgagcgcagt 23848530  T
Q  329 catccctctcat 340  Q
    ||||||||||||    
T  23848529 catccctctcat 23848518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Original strand, 18338092 - 18338305
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  18338092 tggtctattgtgttaagcactaattagtttatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 18338191  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa--cattttggtgctaaatggaatgagggta 326  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    || |||||||||| ||||||||||||    
T  18338192 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggta 18338291  T
Q  327 gtcatccctctcat 340  Q
    ||||||||||||||    
T  18338292 gtcatccctctcat 18338305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 129 - 345
Target Start/End: Original strand, 9972753 - 9972972
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  9972753 tggtctattgtattaaacattcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctaactaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 9972852  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta---ctatgaacattttggtgctaaatggaatgagggt 325  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    | |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  9972853 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgttatcccatcagacggttaaactattcttctgaacattctggtgctaaacggaatgagggt 9972952  T
Q  326 agtcatccctctcattcttc 345  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  9972953 agtcatccctctcatccttc 9972972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 178 - 346
Target Start/End: Original strand, 27101530 - 27101698
Alignment:
Q  178 ctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatc 277  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  27101530 ctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagatgtccctgccctcagtcgtttagctatttaaactttatcccatc 27101629  T
Q  278 agacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 346  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27101630 agacggttaaactactctgaacattctggtgttaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 27101698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 178 - 346
Target Start/End: Original strand, 27143352 - 27143520
Alignment:
Q  178 ctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatc 277  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||    
T  27143352 ctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagatgtccctgccctcagtcgtttagctatttaaactttatcccatc 27143451  T
Q  278 agacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 346  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27143452 agacggttaaactactctgaacattctggtgttaaacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 27143520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 7553575 - 7553362
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||  |||||| |||||||||||||||| | ||||     
T  7553575 tggtctatggtgttaagcattaattaat-gatgaatatgtgcgattgggctattctttttaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaaacccag 7553477  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacatttt---ggtgctaaatggaatgagggt 325  Q
    |||||  || |||||||| | ||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||   ||||||||| |||||||||||    
T  7553476 tgagaagtccctgccctcggccgtttagttatttaaacatcatcccatcagacggttaaactattctgaacatttttcaggtgctaaacggaatgagggt 7553377  T
Q  326 agtcatccctctcat 340  Q
    |||||||||||||||    
T  7553376 agtcatccctctcat 7553362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 146 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 22958226 - 22958084
Alignment:
Q  146 cactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccct 245  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || |||||||    
T  22958226 cactaattaattgatgaaaatgtgtgattaggttattctttttaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagaagtccctgccct 22958127  T
Q  246 cagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 288  Q
    ||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22958126 cagccgattagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaa 22958084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 146 - 288
Target Start/End: Original strand, 23830166 - 23830308
Alignment:
Q  146 cactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccct 245  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | ||||||||||||  || |||||||    
T  23830166 cactaattaattgatgaaaatgtgtgattaggttattctttttaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagcccaatgagaagtccctgccct 23830265  T
Q  246 cagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 288  Q
    ||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23830266 cagccgattagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaa 23830308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 164 - 333
Target Start/End: Original strand, 19543475 - 19543650
Alignment:
Q  164 tatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactattta 263  Q
    |||||||||||  | |||||||| ||||| | | |||||| ||||||||||||| || |||| |||||||| || ||||||| || |||||| |||||||    
T  19543475 tatgtgtgattaggttattctttttaaatgggccgtgatgggttggaccatttaactaagccgaatgagaggtccctgcccttagccgtttagctattta 19543574  T
Q  264 aacgtcatcccatcagacggttaaactactatg--------aacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatcc 333  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  ||||||        |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19543575 aacgtcatcctatcagacggttaaa--actatgctgaacttaacattctggtgctaaagggaatgagggtagtcatcc 19543650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 129 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 15121683 - 15121532
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||| |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||  ||||||| ||||| || || |       
T  15121683 tggtatattgtgttaataactaattagttgatgaatatgtgtgattgagttattgtttataaatggactgtgatcggttggacgatttaactaagtc--- 15121587  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
        || |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  15121586 ----aggtctctgccctcagcagtttaactatttaaatgtcatctcatcatacggttaa 15121532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 14 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 32932589 - 32932541
Alignment:
Q  14 ctatatgaaggagctatgacctcctcctccaagtggaattttttgttgg 62  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32932589 ctatatgaaggagctatgacctcctcctccaagtggaattttttgttgg 32932541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 22958062 - 22958008
Alignment:
Q  286 aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 340  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  22958062 aaactattctgaacattctggtgctaaagggaatgagggtaatcatccctctcat 22958008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 286 - 340
Target Start/End: Original strand, 23830330 - 23830384
Alignment:
Q  286 aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 340  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  23830330 aaactattctgaacattctggtgctaaagggaatgagggtaatcatccctctcat 23830384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Original strand, 3469831 - 3470042
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||  |||||||    
T  3469831 tggtctattgtgttaagcactaattaattgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatggtttggaccatttagcgaagcccaa 3469930  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  3469931 tgagaggtccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtaat 3470030  T
Q  329 catccctctcat 340  Q
    ||||||||||||    
T  3470031 catccctctcat 3470042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 19240675 - 19240464
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||| |||| ||    
T  19240675 tggtatattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagatattctttctaaatggaccgtgatggattggaccatttagctaagcctaa 19240576  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19240575 tgagaggtccctgccctcatccgtttaactatttaaacgttatcccatcagacggttaaactattatgaatattctggtgctaaatggaatgagggtagt 19240476  T
Q  329 catccctctcat 340  Q
    |||| |||||||    
T  19240475 catctctctcat 19240464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 129 - 338
Target Start/End: Original strand, 31112359 - 31112564
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  31112359 tggtctattgtgttaagtactaattagttgatgaataagtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 31112458  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| ||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    |||||||||| ||||||||||||||    
T  31112459 tgagaggtccatgcccttagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaac----tggtgctaaacggaatgagggtagt 31112554  T
Q  329 catccctctc 338  Q
    ||||||||||    
T  31112555 catccctctc 31112564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 39032904 - 39032685
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39032904 tggtctattctgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 39032805  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaact-------actatgaacattttggtgctaaatggaatg 320  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||       | | |||||||| |||||||||| ||||||    
T  39032804 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaactattctgaattctgaacattctggtgctaaagggaatg 39032705  T
Q  321 agggtagtcatccctctcat 340  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  39032704 agggtagtcatccctctcat 39032685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 32285877 - 32285658
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||  ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  32285877 tggtttattctgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgaattatttttcttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcctaa 32285778  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttg--gtgctaaatggaatgagggta 326  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |  |||||||| ||||||||||||    
T  32285777 tgagaggtctctgccctcagccgtttaacaatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaacattccggtgtgctaaacggaatgagggta 32285678  T
Q  327 gtcatccctctcattcttct 346  Q
    |||||| ||||||| |||||    
T  32285677 gtcatctctctcatccttct 32285658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 39039916 - 39039698
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39039916 tggtctattctgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 39039817  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaact-------actatgaacattttggtgctaaatggaatg 320  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||       | | ||||||||  ||||||||| ||||||    
T  39039816 tgagaggtc-ctgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcatcgcatcagacggttaaaactattctgaattctgaacattcaggtgctaaagggaatg 39039718  T
Q  321 agggtagtcatccctctcat 340  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  39039717 agggtagttatccctctcat 39039698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 129 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 29961082 - 29960875
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  29961082 tggtctattgtgttaagcattaattagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaa 29960983  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||||||| || | ||| | |||||||||||||    
T  29960982 tgagaggtctctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaaccattctgaacattctgatactagacggaatgagggtag 29960883  T
Q  328 tcatccct 335  Q
    ||||||||    
T  29960882 tcatccct 29960875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 129 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 30010287 - 30010080
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  30010287 tggtctattgtgttaagcattaattagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaa 30010188  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | | |||||||| || | ||| | |||||||||||||    
T  30010187 tgagaggtctctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaaaccattctgaacattctgatactagacggaatgagggtag 30010088  T
Q  328 tcatccct 335  Q
    ||||||||    
T  30010087 tcatccct 30010080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 9e-55
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 32280933 - 32280714
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  32280933 tggtctattctattaagcactaattagttgatgaacatgtgtgatttgactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 32280834  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttg--gtgctaaatggaatgagggta 326  Q
    |||||| || || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||  ||||||||  ||| |||||||    
T  32280833 tgagaggtccctaccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacggttaaactattctgaacattctggtgtgctaaacagaacgagggta 32280734  T
Q  327 gtcatccctctcattcttct 346  Q
    |||||||||||||| |||||    
T  32280733 gtcatccctctcatccttct 32280714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 151 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 45678026 - 45677835
Alignment:
Q  151 attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtc 250  Q
    |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||| |    
T  45678026 attagttgatgaaaatgtatgattgaactattctttttaaatagaccgtgatgggttggaccatttacctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 45677927  T
Q  251 gtttaactatttaaacgtc-atcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 340  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  45677926 gtttagctatttaaacgtcaatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacggaatgagggtagtcatccctctcat 45677835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 129 - 291
Target Start/End: Original strand, 38445625 - 38445787
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||  ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  || |||||| |||| ||||||||||| || ||||    
T  38445625 tggtctattcagttaagcattaattagttgatgaatatgtgtgattgaactattttttctaaatgaaccgtgatgggttgaaccatttagctaagtccaa 38445724  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta 291  Q
    | |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38445725 ttagaggtctctgccctcggtcgtttagctatttaaacgtcatctcatcagacggttaaacta 38445787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 131 - 289
Target Start/End: Original strand, 46611799 - 46611957
Alignment:
Q  131 gtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 230  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||     
T  46611799 gtctattgtgttaagcactaattagatgataaatatgtgtgattgaactattctttctagatggatcgtgatgagttggaccatttagctaagcccaata 46611898  T
Q  231 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 289  Q
    |||| || |||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  46611899 agaggtcactgccctcagccgtttagttatttaaacgtcatgccatcagacggttaaac 46611957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 129 - 289
Target Start/End: Original strand, 41272944 - 41273104
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||  ||||  |||| ||||||||||| ||   ||    
T  41272944 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtatgattgtgctattctttctaaatggaccatgataggttgaaccatttagctaagtttaa 41273043  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 289  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  41273044 tgagaggtccctgccctcagccgtttatctatttaaacgtcatcccattagacggttaaac 41273104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 129 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 10626450 - 10626311
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  10626450 tggtctattgtgttaagcactaattagtagatggatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 10626351  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgt 268  Q
    |||| | || |||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  10626350 tgagtggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgt 10626311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 148 - 287
Target Start/End: Original strand, 11458130 - 11458269
Alignment:
Q  148 ctaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctca 247  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||  ||||| ||||||||| ||| ||||||  || ||||||||| || ||||||||||||| ||  |||||| |    
T  11458130 ctaatcaattgatgaatatgtgtaactggactattgtttctaaatggaccgtgatggatttgaccatttaactaagcccaatgagaggtccatgccctta 11458229  T
Q  248 gtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11458230 gccgtttagctatttaaacgtcataccatcagacggttaa 11458269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 129 - 291
Target Start/End: Original strand, 50158154 - 50158316
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| || ||  |||    
T  50158154 tggtctactgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgtgctattatttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttaactaagttcaa 50158253  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta 291  Q
    ||| || |   ||||||||| |||||  ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  50158254 tgaaaggttcatgccctcagccgtttggctatttaaatgtgatcacatcagacggttaaacta 50158316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 129 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 11172172 - 11172085
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccattt 216  Q
    ||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||    
T  11172172 tggtctattctgataagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaacattt 11172085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 288
Target Start/End: Original strand, 39350935 - 39350997
Alignment:
Q  226 caatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 288  Q
    ||||||||| || |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39350935 caatgagaggtccctgccctcaaccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 39350997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 309 - 346
Target Start/End: Original strand, 39351022 - 39351059
Alignment:
Q  309 ctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39351022 ctaaatggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 39351059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 131 - 347
Target Start/End: Original strand, 3949982 - 3950199
Alignment:
Q  131 gtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 230  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||||    
T  3949982 gtctattgtgtcaagcactaattaattgataaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttagaccatttagctaagcccaatg 3950081  T
Q  231 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattt-tggtgctaaatggaatgagggtagtc 329  Q
    |||| ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  3950082 agaggtccttgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatgagacggataaactactataaacatttatggtgctaaacggaatgagggtagtc 3950181  T
Q  330 atccctctcattcttctc 347  Q
    ||||||||||||||||||    
T  3950182 atccctctcattcttctc 3950199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 133 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 15144420 - 15144208
Alignment:
Q  133 ctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgag 232  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||    
T  15144420 ctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgtgctattctttctaaatggaccgtgatgagttggaccatttaactaagcccaatgag 15144321  T
Q  233 agatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatc 332  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| | | |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15144320 agatccctgccctcagccgtttagctatttaaatgtcatcccatcagatggttaaactattctaaacattctggtgctaaacggaatgagggtagtcatc 15144221  T
Q  333 cctctcattcttc 345  Q
    | |||||| ||||    
T  15144220 cgtctcatccttc 15144208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Original strand, 41826543 - 41826752
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  41826543 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtttgattgagctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 41826642  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || |||||      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||| ||||||||||||||    
T  41826643 tgagaggtccctgcc------cgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactctgaaca--ttcgtgctaaacggaatgagggtagt 41826734  T
Q  329 catccctctcattcttct 346  Q
    |||||||||||| |||||    
T  41826735 catccctctcatccttct 41826752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Original strand, 40113388 - 40113605
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacacta--attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagccc 226  Q
    |||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  40113388 tggtctattgtgttaagcactataattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagccc 40113487  T
Q  227 aatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcc----catcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgag 322  Q
    |||||||| || ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    ||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  40113488 aatgagaggtccctgccctcagctgtttagctatttaaacgtcatcccatgcatcaaacggttaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgag 40113587  T
Q  323 ggtagtcatccctctcat 340  Q
    ||||||||||||||||||    
T  40113588 ggtagtcatccctctcat 40113605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 129 - 332
Target Start/End: Original strand, 662760 - 662959
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  662760 tggtttattgtgttaaacactaattacttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaa 662859  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    |||||||||||| | |||| | | |||||||||| |||||||||||| |    
T  662860 tgagaggtcactgccctcagtcgttcagctatttaaacgtcatccca----acggttaaactattctgaatagtctggtgctaaacggaatgagggtaat 662955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Original strand, 669992 - 670199
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  669992 tggtctattgtgttaagcactaattacttgatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttagaccatttagctaagcccaa 670091  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| |   ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||    |||||| || | |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  670092 tgagaggttcatgccctcagccgttcagctatttaaacgtcatcccatca----gttaaattattctgaatattctggtgctaaacggaatgagggtagt 670187  T
Q  329 catccctctcat 340  Q
    ||||||||||||    
T  670188 catccctctcat 670199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Original strand, 24138364 - 24138582
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||| | || ||||    
T  24138364 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgagttattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagttaagtccaa 24138463  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||  || |||||||| | |||||||||||||    
T  24138464 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaatattctgaactcttctggtgctacacggaatgagggtag 24138563  T
Q  328 tcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  24138564 tcatctctctcatccttct 24138582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 23888556 - 23888338
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  23888556 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgatcggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaatcccaa 23888457  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||   || | |||||| | |||||||||||||    
T  23888456 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccaccagacggttaaactattgtgaattcttctagtgctacacggaatgagggtag 23888357  T
Q  328 tcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  23888356 tcatctctctcatccttct 23888338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 23892632 - 23892414
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  23892632 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgatcggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaatcccaa 23892533  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||   || | |||||| | |||||||||||||    
T  23892532 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccaccagacggttaaactattgtgaattcttctagtgctacacggaatgagggtag 23892433  T
Q  328 tcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||| ||||||| |||||    
T  23892432 tcatctctctcatccttct 23892414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 132 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 18341728 - 18341573
Alignment:
Q  132 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 231  Q
    ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  18341728 tctattgtgttaagcactaattagatgatgaatatgtgtgattgagctattctttctatatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagctcaatga 18341629  T
Q  232 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    ||| || ||||| |||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18341628 gaggtccctgccttcaactgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 18341573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 129 - 278
Target Start/End: Original strand, 39190088 - 39190237
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| |||||| || |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  39190088 tggtctattgtgttaaacattaattagttgatgaatatgagtgattgggctattgttactaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaa 39190187  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatca 278  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  39190188 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatgtaaacgtcatcccatca 39190237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Original strand, 25336159 - 25336373
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | || | ||    
T  25336159 tggtctgttgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagttaagtctaa 25336258  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcag-acggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| | |||||| ||||   |||| |||||||||||||||  |||||| |||||||  ||| |||||||||  |||||||||| |  ||||||||||    
T  25336259 tgagaggt-tctgccatcagctatttagctatttaaacgtcatttcatcagaacggttattctattatgaacatactggtgctaaacgatatgagggtag 25336357  T
Q  328 t---catccctctcat 340  Q
    |   ||||||||||||    
T  25336358 tagccatccctctcat 25336373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 147 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 17527452 - 17527310
Alignment:
Q  147 actaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctc 246  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| || |||| |||    
T  17527452 actaattagttgatgaatatgtgtgattgggccattctttctaaatggaccgtgatgggttggactatttagctaagcccaatgagaggtccctgctctc 17527353  T
Q  247 agtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 289  Q
    |   ||||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||||    
T  17527352 aacagtttagctatttaaacgttatcgcgtcagacggttaaac 17527310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 164 - 346
Target Start/End: Original strand, 14661277 - 14661460
Alignment:
Q  164 tatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactattta 263  Q
    ||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||| || |||| ||||| |||||| |||||||    
T  14661277 tatgtatgattggactattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagctcaatgggaggtccctgctctcagccgtttagctattta 14661376  T
Q  264 aacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||   || | || ||| | |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  14661377 aacgtcatcccatcagacggttaaattattgtgaattcttctagtactacacggaatgagggtagttatccctctcatccttct 14661460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 147 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 17530171 - 17530028
Alignment:
Q  147 actaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagact---gtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgcc 243  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||| |||    |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||     
T  17530171 actaattagttgatgaatatgtgtgattgtgtcattctttttaaatggaccaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaatgagaggtcactgcg 17530072  T
Q  244 ctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17530071 ctcagccgtttagctatttcaacgtcatcccatcagacggttaa 17530028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 134 - 287
Target Start/End: Original strand, 33425907 - 33426064
Alignment:
Q  134 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 233  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||| | |||  ||||||||| ||   ||||  ||| ||| |||||||| ||| ||||||||    
T  33425907 tattgtgttaaacacgaattagatgatgaatatgtgtaattgtgttatagtttctaaatggatcatgataggtttgactatttagctaagctcaatgaga 33426006  T
Q  234 gatctctgccctcagt----cgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    | || || ||||||||    |||||| || | ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  33426007 ggtccctaccctcagtcggccgtttagctttctaaacgttatcccgtcagacggttaa 33426064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 134; Significance: 1e-69; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Original strand, 39574474 - 39574690
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  39574474 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 39574573  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || ||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| | |||||||||| ||||||||| || |    
T  39574574 tgagaggtccctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactact-cgaacaatatggtgctaaacggaatgaggataat 39574672  T
Q  329 catccctctcattcttct 346  Q
    |||||||||||| |||||    
T  39574673 catccctctcatccttct 39574690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 129 - 345
Target Start/End: Original strand, 47858087 - 47858304
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  || ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  47858087 tggtctattgtattaaacactcattagttgatgaatatgtatgattgagctattctttctaaattgatcgtaatgggttggaccatttagctaagcccaa 47858186  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||   || | |||||| |  |||||||||| |    
T  47858187 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagatggttaaactattgtgaattcttctagtgctataccgaatgagggtgg 47858286  T
Q  328 tcatccctctcattcttc 345  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  47858287 tcatccctctcatccttc 47858304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 129 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 24515514 - 24515354
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || ||||    
T  24515514 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgatcgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtccaa 24515415  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 289  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  24515414 tgagaggtctctgccctcagccatttagctatttaaacgtcatcccataatacggttaaac 24515354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 167 - 340
Target Start/End: Original strand, 39581061 - 39581233
Alignment:
Q  167 gtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaac 266  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||| |||| || |||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39581061 gtgtgattgaaatattctttctaaatggaccgtgatgagttgaacaatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagtcgtttagctatttaaac 39581160  T
Q  267 gtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcat 340  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
T  39581161 gtcatccaatcaaacggttaaactact-cgaacattatggtgctaaacagaatgagggaagtcatccctctcat 39581233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 129 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 9758521 - 9758314
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  9758521 tggtctactgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaacatttagctaagcccaa 9758422  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac--tactatgaacattt-tggtgctaaatggaatgagggt 325  Q
    |||||| || ||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||  || |||||||| | |||||||||||    
T  9758421 tgagaggtcactgccttcagccatttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaaattattatgaactcttctggtgctacacggaatgagggt 9758322  T
Q  326 agtcatcc 333  Q
    ||||||||    
T  9758321 agtcatcc 9758314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 129 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 9765136 - 9764930
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  9765136 tggtctactgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttataaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 9765037  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac--tactatgaacattt-tggtgctaaatggaatgagggt 325  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   || |||||||  || ||||| || | |||||||||||    
T  9765036 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatc-gacggttaaaaattattatgaactcttctggtgttacacggaatgagggt 9764938  T
Q  326 agtcatcc 333  Q
    ||||||||    
T  9764937 agtcatcc 9764930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 132 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 12017887 - 12017733
Alignment:
Q  132 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattcttt-ctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || |||||     
T  12017887 tctattgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtctgattgaattattcttttctaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagtccaata 12017788  T
Q  231 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    ||   || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12017787 agg--tccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacagttaa 12017733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 129 - 286
Target Start/End: Original strand, 41140853 - 41141010
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||| |||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| ||||  |    
T  41140853 tggtctattatgttaagcattaattagttgatgaatatgtatgattggtctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcctga 41140952  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtta 286  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41140953 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccattagacggtta 41141010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 129 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 24523264 - 24523173
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  24523264 tggtctattgtgttaagcactaattaattgatgaatatgtgtgattggtctattctttttaaatggaccgtgatgggttggaccatttagct 24523173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 252 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 24523179 - 24523142
Alignment:
Q  252 tttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 289  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24523179 tttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 24523142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 175
Target Start/End: Original strand, 38278914 - 38278956
Alignment:
Q  134 tattgtgttaa-acactaattaattgatgaatatgtgtgattg 175  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38278914 tattgtgttaatacactaattagttgatgaatatgtgtgattg 38278956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 132 - 340
Target Start/End: Original strand, 22729815 - 22730023
Alignment:
Q  132 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 231  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  22729815 tctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgatcgggctattctttctaaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagtccaatga 22729914  T
Q  232 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcat 331  Q
    ||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||    
T  22729915 gaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcggaaggttaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtaatcat 22730014  T
Q  332 ccctctcat 340  Q
    |||||||||    
T  22730015 ccctctcat 22730023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 134 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 35941273 - 35941063
Alignment:
Q  134 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 233  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  35941273 tattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggactgtgatgggttggaccatttcgctaagcccaatgaga 35941174  T
Q  234 gatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatcc 333  Q
    | || |||||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||    
T  35941173 ggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcat-tcatcagacggttaaactattctgaacattctgatgctaaacggaatgagggtagtcatcc 35941075  T
Q  334 ctctcattcttc 345  Q
    || |||| ||||    
T  35941074 ctatcatccttc 35941063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 129 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 36950292 - 36950147
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  36950292 tggtttattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttataaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 36950193  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatccc 274  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  36950192 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatccc 36950147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Original strand, 11339804 - 11340020
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| | |||||    
T  11339804 tggtctattgtattaagcactgattagttaatgaatatatgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaaacccaa 11339903  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |   |||| | || ||||||| ||||||| ||||||    
T  11339904 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacatcatcgcatcagaaggttaaactattgcaaacactctgctgctaaacggaatga-ggtagt 11340002  T
Q  329 catccctctcattcttct 346  Q
    |||||||||||| |||||    
T  11340003 catccctctcatccttct 11340020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 129 - 289
Target Start/End: Original strand, 43097425 - 43097585
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||  || |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  43097425 tggtctattgagttaagcactagttagttgatgaatatgtgtgattggactattctttttaaatgaaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 43097524  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 289  Q
    ||| || || |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43097525 tgaaaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaatgtcatcccatcagacggttaaac 43097585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 129 - 220
Target Start/End: Original strand, 10491175 - 10491266
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 220  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||| |||||||    
T  10491175 tggtctattgtgttaggcactaattagttaatgaatatgagtgattgggctattcttactaaatggaccgtgatgggttggaccgtttagct 10491266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 250 - 324
Target Start/End: Original strand, 10491258 - 10491331
Alignment:
Q  250 cgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgaggg 324  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| | | | ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10491258 cgtttagctatttaaacatcatcccatcagacggttaatc-attctgaacattttgctgctaaacggaatgaggg 10491331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 295 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 36950121 - 36950070
Alignment:
Q  295 tgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 346  Q
    |||||||| |||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36950121 tgaacattctggtgctagacgaaatgagggtagtcatccctctcatccttct 36950070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 131; Significance: 7e-68; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 129 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 42567806 - 42567597
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  42567806 tggtctattgcgttaagcattaattagttgatgaatatgtctgattgggctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 42567707  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||||    
T  42567706 tgagaggtccctgccctcagctgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattatgaacattctggtgctaaa-cgaatgagggtagt 42567608  T
Q  329 catccctctca 339  Q
    |||||||||||    
T  42567607 catccctctca 42567597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 129 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 35905149 - 35904946
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  35905149 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgggtgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 35905050  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||| || |||||| |    
T  35905049 tgagaggtctctgcccttagccgtttagctatttaaacgtcatctcatcagacagttaaactattctgaacattatggtgctaaatggtatcagggtaat 35904950  T
Q  329 catc 332  Q
    ||||    
T  35904949 catc 35904946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 129 - 287
Target Start/End: Original strand, 36048869 - 36049027
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  36048869 tggtcttttgtgttaaacactaattagatgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 36048968  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  36048969 tgagaggtctctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacgattaa 36049027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 24423364 - 24423153
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  || ||| ||||||||||||| || |||||||    
T  24423364 tggtatattgtgttaagcactaattaat-gatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggatcgtaatgggttggaccatttaactaagcccaa 24423266  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggtt-aaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| || || |||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  24423265 tgagaggtcccttccctcagtcgtttagctatttaaatgtcatctcatcagacggttaaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtag 24423166  T
Q  328 tcatccctctcat 340  Q
    | || ||||||||    
T  24423165 ttattcctctcat 24423153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 129 - 288
Target Start/End: Original strand, 6262184 - 6262343
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  6262184 tggtctattgtgttaagcactaattaattgacgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 6262283  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 288  Q
    |||||| | |||||||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6262284 tgagaggtgtctgcccttagccgtttagctatttaaacgttatcccatcagacggttaaa 6262343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 129 - 287
Target Start/End: Original strand, 2228836 - 2228994
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||||||| || |||||||    
T  2228836 tggtctattgagttgagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttaactaagcccaa 2228935  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    | |||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2228936 ttagaggtctcagccctcaaccgtttaactatttaaacgtcatctcatcagacggttaa 2228994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 129 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 13393836 - 13393676
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  13393836 tggtctattgagttaaacactaattagttgatgaatatgcgtgattaagctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 13393737  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 289  Q
    |||||| ||  | ||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13393736 tgagaggtcctttccctcagccatttagctatttaaacttcatctcatcagacggttaaac 13393676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 129 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 13396975 - 13396815
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  13396975 tggtctattgagttaaacactaattagttgatgaatatgcgtgattaagctattctttttaaatggaccgtgatgagttggaccatttagctaagcccaa 13396876  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 289  Q
    |||||| ||  | ||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13396875 tgagaggtcctttccctcagccatttagctatttaaacttcatctcatcagacggttaaac 13396815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 129 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 44160878 - 44160724
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| || |||| ||||||||||| |||||||    
T  44160878 tggtctattgtgttaagtacaaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttttaaatggac-gtggtgggttgaaccatttagctaagcccaa 44160780  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggt 284  Q
     ||||||||  ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44160779 cgagagatccttgccctcggccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggt 44160724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 129 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 18891265 - 18891096
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||| |||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||| | ||| |||||||||| ||| |||||||||| | |||||||    
T  18891265 tggtatattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttttgaatggactgtgatgggttagaccatttagttaagcccaa 18891166  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac 299  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||    
T  18891165 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatca-acagttaaactattatgaac 18891096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 151 - 346
Target Start/End: Original strand, 33366759 - 33366954
Alignment:
Q  151 attaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtc 250  Q
    |||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| |    
T  33366759 attagttgatgaatatgtatgattgggttattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccctgccctcagcc 33366858  T
Q  251 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactacta---tgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| || ||   ||||   || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  33366859 gtttagctatttaaacgtcatcccat----cggttaaattattattgtgaattcttctggtgctacatggaatgaaggtagtcatccctctcatccttct 33366954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 132 - 234
Target Start/End: Original strand, 54256226 - 54256326
Alignment:
Q  132 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 231  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||| |||||  |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  54256226 tctattgtgttaagcactaattaattgatgaatatgtg--attgaactattctttctaaatggaccgtgatcggttgaaccatttagctaagctcaatga 54256323  T
Q  232 gag 234  Q
    |||    
T  54256324 gag 54256326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 133 - 255
Target Start/End: Original strand, 33361622 - 33361744
Alignment:
Q  133 ctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgag 232  Q
    ||||||| |||| |||| |||| ||||| ||||||| |||||| | |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| || | ||||||    
T  33361622 ctattgtattaagcactcattagttgataaatatgtatgattgggttattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagtctaatgag 33361721  T
Q  233 agatctctgccctcagtcgttta 255  Q
    || || ||  |||||| ||||||    
T  33361722 aggtccctaacctcagccgttta 33361744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 240 - 288
Target Start/End: Original strand, 54256348 - 54256396
Alignment:
Q  240 tgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 288  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54256348 tgccctcagcagtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaa 54256396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 187
Target Start/End: Original strand, 43444884 - 43444942
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttc 187  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||    
T  43444884 tggtctattgtgttaaacactcattagttgatgaatatgtgcgattagactattctttc 43444942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 303 - 346
Target Start/End: Original strand, 33361760 - 33361803
Alignment:
Q  303 ttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33361760 ttggtgctacacggaatgagggtagtcatccctctcatccttct 33361803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 130; Significance: 3e-67; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Original strand, 44626102 - 44626319
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  44626102 tggtttattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtctaattgagctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 44626201  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||   |||||||| ||||||||||||||    
T  44626202 tgagaggtctctgccttcagccgtttagctatttaaacgtcatctcatcagacggttaaactattctgaatattccagtgctaaacggaatgagggtagt 44626301  T
Q  329 catccctctcattcttct 346  Q
    |||||||||||| |||||    
T  44626302 catccctctcatccttct 44626319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 32038266 - 32038048
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  32038266 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 32038167  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  || ||||| || | |||||||||||||    
T  32038166 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgttacacggaatgagggtag 32038067  T
Q  328 tcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  32038066 tcatccctctcatccttct 32038048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 141 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 26005686 - 26005484
Alignment:
Q  141 ttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctct 240  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  26005686 ttaagcactcattaattgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagcccaatgagaggtccct 26005587  T
Q  241 gccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta---ctatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctct 337  Q
     ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26005586 accctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcatacggttaaactattcttatgaacattctggtgctaaacggaatgagggtagtcatctctct 26005487  T
Q  338 cat 340  Q
    |||    
T  26005486 cat 26005484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 157 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 17497643 - 17497454
Alignment:
Q  157 tgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaa 256  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||  | ||||||||||| || |||||||||||||||||     
T  17497643 tgatgaatatgtgtgattgggttattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagccaaacccaatgagaggtccctgccctcagtcgtttag 17497544  T
Q  257 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  17497543 ctatttaaacgtcatcccatcagacggttattctattttgaacattatggtgctaaacggaatgagggtagtcattcttctcatccttct 17497454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 132 - 273
Target Start/End: Original strand, 1262302 - 1262443
Alignment:
Q  132 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 231  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||| |||||    
T  1262302 tctattgtgttaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgagtttgaccatttagctaagcctaatga 1262401  T
Q  232 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcc 273  Q
    ||||||  ||||||||| |||||| | |||||||||||||||    
T  1262402 gagatccatgccctcagccgtttagccatttaaacgtcatcc 1262443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 134 - 287
Target Start/End: Original strand, 39517326 - 39517480
Alignment:
Q  134 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 233  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |||||| ||| ||| ||| |||||||||||  ||||||||    
T  39517326 tattgtgttaagcactaattagtcgatgaatatgtgtgattgaactattgttattaaatggactgtaatgggtttgacaatttagctgagttcaatgaga 39517425  T
Q  234 gatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtca-tcccatcagacggttaa 287  Q
    | |||||||  ||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  39517426 ggtctctgctttcagtcgtttagctatttaaacatcattcccatcagacggttaa 39517480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 170 - 346
Target Start/End: Original strand, 38143898 - 38144076
Alignment:
Q  170 tgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccc--tcagtcgtttaactatttaaacg 267  Q
    |||||| | |||||||| |||||  ||  ||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||| || ||||||  |||| |||||| ||||||||||     
T  38143898 tgattgggatattctttttaaatgaaccatgatgggttggaccatttatccaagcccaatgagaggtccctgccccctcagccgtttagctatttaaacc 38143997  T
Q  268 tcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  38143998 tcatcccatcatacggttaaactattctgaacattccggtgctagacggaatgacggtagtcatccctctcatccttct 38144076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 166 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 34548216 - 34548032
Alignment:
Q  166 tgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaa 265  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||  || |||||||||||| ||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||| ||| |||||    
T  34548216 tgtgtaattgagctattctttctaaatggaccgtgatggattagaccatttagctaagctcaatgagaggtccttgccctcagccgtttagcta-ttaaa 34548118  T
Q  266 cgtc--atcccatcagacggttaaactactatgaa----cattttggtgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttc 345  Q
    ||||  ||| |||||||||||||||| | | ||||    |||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  34548117 cgtcatatcgcatcagacggttaaacaattctgaacattcattctggtgctaaacggaatgaaggtagacatccctctcatccttc 34548032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 134 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 45266274 - 45266119
Alignment:
Q  134 tattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatgaga 233  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||  |||||| ||             | ||||||||||||    
T  45266274 tattgtattaagcactaattagttgataaatatgggtgattgggctattctttctaaatggatcgtgatgggt-------------taagcccaatgaga 45266188  T
Q  234 gatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacatt 302  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  45266187 gatcactgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaaactattttgaacatt 45266119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 129 - 220
Target Start/End: Original strand, 18324773 - 18324864
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| | |||||||||    
T  18324773 tggtctattgtgttaagcactaattagttgatgaataagtgcgattgaactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaatcatttagct 18324864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 239 - 302
Target Start/End: Original strand, 38151017 - 38151080
Alignment:
Q  239 ctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacatt 302  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38151017 ctgccctcagtcgtttagctatttaaacgtcaccccatcagacggttaaactattatgaacatt 38151080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 239 - 289
Target Start/End: Original strand, 18324938 - 18324988
Alignment:
Q  239 ctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18324938 ctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaac 18324988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 129 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 45272868 - 45272805
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaat 192  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  45272868 tggtctatcgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtaattggactattctttctaaat 45272805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 307 - 348
Target Start/End: Original strand, 27146 - 27187
Alignment:
Q  307 tgctaaatggaatgagggtagtcatccctctcattcttctct 348  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27146 tgctaaacgaaatgagggtagtcatccctctcattcttctct 27187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 129 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 267903 - 267696
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  267903 tggtctattgcgttaagcactaattagttgatgaatatgtctgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggtttgaccatttagctaagcccaa 267804  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  267803 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcaaacggttaaactattctgaacattctggtgctaaacggaatgagggtagt 267704  T
Q  329 catccctc 336  Q
    ||| ||||    
T  267703 cattcctc 267696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Original strand, 48853579 - 48853797
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  48853579 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 48853678  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa-cattttggtgctaaatggaatgagggtag 327  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||   || |||||||| | |||||||||||||    
T  48853679 tgagaggtccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattgtgaattcttctggtgctacacggaatgagggtag 48853778  T
Q  328 tcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  48853779 tcatccctctcatccttct 48853797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Original strand, 32517097 - 32517317
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  32517097 tggtctattgtattaagcacttattagttgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaattgaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 32517196  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta---ctatgaacattttggtgctaaatggaatgagggt 325  Q
    |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    | |||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  32517197 tgagaggtccatgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccattagacggttaaagtattcttctgaacattctggtgctaaacggaatgagggt 32517296  T
Q  326 agtcatccctctcattcttct 346  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  32517297 agtcatccctctcatccttct 32517317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 129 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 26451075 - 26450872
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||    |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  26451075 tggtctattgtgttaagcactaattagatgatgaatatttgtgattgggctattct----aaatggactgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 26450980  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaacattttggtgctaaatggaatgagggtagt 328  Q
    |||||| || || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| | |  ||||||| ||||||||||||||    
T  26450979 tgagaggtcccttccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaagc-attctgaacactctactgctaaacggaatgagggtagt 26450881  T
Q  329 catccctct 337  Q
    |||||||||    
T  26450880 catccctct 26450872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 131 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 29148872 - 29148714
Alignment:
Q  131 gtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatg 230  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| || ||    |||||||||||||| ||| |||||  |||||| ||||||||| || ||||||    
T  29148872 gtctatggtattaaacactaattagttgatgaatatgtatgtttcgattattctttctaaatggacggtgattggttggaacatttagctaagtccaatg 29148773  T
Q  231 agagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaact 290  Q
    |||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29148772 agaggtc-ctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacgtttaaact 29148714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 129 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 40771800 - 40771648
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||| | |||||||||  |  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||  |||   ||||||||| ||| |||    
T  40771800 tggtctattgtgttgagcactaattagctagtgaatatgtgtgattgagctattgtttctaaatggaccgtgatgaattgactcatttagctaagctcaa 40771701  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagac 281  Q
    |||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||||||||    
T  40771700 tgagaggtccttgccctcagccgtttagctatttaaacatcattccatcagac 40771648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 129 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 278970 - 278879
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagct 220  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  278970 tggtctattgcgttaagcactaattagttgatgaatatgtctgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagct 278879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 129 - 192
Target Start/End: Original strand, 40771217 - 40771280
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaat 192  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  40771217 tggtctattgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgggctattgtttctaaat 40771280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 132 - 282
Target Start/End: Original strand, 5172852 - 5173002
Alignment:
Q  132 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 231  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||   |||| ||||||||| |||  ||||| |||| || ||||| || ||| ||||||    
T  5172852 tctattgtattaagcactaattagttgatgaatatatgtgattggattattgtttctaaattgaccatgatgggttgaactatttacctaagcacaatga 5172951  T
Q  232 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacg 282  Q
    ||| |   ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  5172952 gaggttcttgccctcaaccgtttagctatttaaacgtcatcccattagacg 5173002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 251 - 287
Target Start/End: Original strand, 40771313 - 40771349
Alignment:
Q  251 gtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40771313 gtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 40771349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 2)
Name: scaffold0502
Description:

Target: scaffold0502; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Original strand, 8916 - 9129
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  8916 tggtctattgtgttaagcactaattagtttatgaatatgtgtgattgatctattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 9015  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa--cattttggtgctaaatggaatgagggta 326  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    || |||||||||| ||||||||||||    
T  9016 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggta 9115  T
Q  327 gtcatccctctcat 340  Q
    ||||||||||||||    
T  9116 gtcatccctctcat 9129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0502; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 129 - 340
Target Start/End: Original strand, 4216 - 4429
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  4216 tggtctattgtgttaaacactaattagtttatgaatatgtgtgattggactattctttctaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagctaagcccaa 4315  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaa--cattttggtgctaaatggaatgagggta 326  Q
    |||||| || |||||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||    || |||||||||| ||||||||||||    
T  4316 tgagaggtccctgccctcaaccgttcagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaaccattctgaaattcttctggtgctaaacggaatgagggta 4415  T
Q  327 gtcatccctctcat 340  Q
    ||||||||||||||    
T  4416 gtcatccctctcat 4429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040 (Bit Score: 114; Significance: 9e-58; HSPs: 2)
Name: scaffold0040
Description:

Target: scaffold0040; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Original strand, 67754 - 67974
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  67754 tggtctattgtattgaacactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattctttctaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 67853  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgct--aaatggaatgagggt 325  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||  | | |||||||||||    
T  67854 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacacggaatgagggt 67953  T
Q  326 agtcatccctctcattcttct 346  Q
    | ||||||||||||| |||||    
T  67954 actcatccctctcatccttct 67974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0040; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 129 - 346
Target Start/End: Original strand, 60278 - 60498
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  60278 tggtctattgtattgaacactcattagttgatgaatatgtatgattgggctattcttactaaatggaccgtgatgggttggaccatttagctaagcccaa 60377  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactactatgaac-attttggtgct--aaatggaatgagggt 325  Q
    |||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  || |||||||  | | |||||||||||    
T  60378 tgagaggtccctgccctcagccgtttagctatttaaacgtcatcccatcagacggttaaactattctgaactcttctggtgctacacacggaatgagggt 60477  T
Q  326 agtcatccctctcattcttct 346  Q
    | ||||||||||||| |||||    
T  60478 actcatccctctcatccttct 60498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 132 - 287
Target Start/End: Original strand, 30065 - 30220
Alignment:
Q  132 tctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaatga 231  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  ||| ||||||||||| || |||||||    
T  30065 tctattgtgttaaacactaattagttgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatggaccgtgatggattgaaccatttagctaagtccaatga 30164  T
Q  232 gagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    ||| ||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30165 gaggtctctaccttcagccgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaa 30220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1634 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold1634
Description:

Target: scaffold1634; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 129 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 188 - 26
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| |||| ||    
T  188 tggtctattgtattaagcactcattagttgatgaatatgtatgattggactattctttctaaatggatcgtgatgggttggaccatttagctaagccaaa 89  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaaacta 291  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  88 tgagaggtccctgccctcagccgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacgattaaacta 26  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 129 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 40303 - 40145
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||| || |||||||||||||||| ||||| |    
T  40303 tggtctactgtgctaagcactaattagttgatgaatatgtgtgattgagttattctttttaaatggaccgtgctgagttggaccatttagctaagcccga 40204  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    |||||| ||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40203 tgagaggtcattgccctcagccgttaagctatttaaccgtcatcccatcagacggttaa 40145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0027 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:

Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 129 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 134708 - 134550
Alignment:
Q  129 tggtctattgtgttaaacactaattaattgatgaatatgtgtgattgagctattctttctaaatagactgtgatgtgttggaccatttagctgagcccaa 228  Q
    |||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||  ||||| || |||||| ||| |||||| |||| ||||||||| | |||||||    
T  134708 tggtatattctgttaaacactgattagttgatgaatacgagtgattggactattgttactaaatggaccgtgatgggttgaaccatttagataagcccaa 134609  T
Q  229 tgagagatctctgccctcagtcgtttaactatttaaacgtcatcccatcagacggttaa 287  Q
    |||||| || ||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  134608 tgagaggtccctagcctcagtcgtttagctatttaaacgtcattccatcagacggttaa 134550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University