View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11278_low_9 (Length: 658)

Name: NF11278_low_9
Description: NF11278
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11278_low_9
NF11278_low_9
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-647)||(8217686-8218312)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 647
Target Start/End: Complemental strand, 8218312 - 8217686
Alignment:
Q  20 actcgttcaaaactttgttaacattgtctttgattaggcggaaaagattgatgttgtcattctgcaactggaaacaaaaacgaaaggaacatgtaaaaat 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8218312 actcgttcaaaactttgttaacattgtctttgattaggcggaaaagattgatgttgtcattctgcaactggaaacaaaaactaaaggaacatgtaaaaat 8218213  T
Q  120 atagctcagcagtcagcattatggccagccaagaatgcaaataatgaatataaaatgaaaaccaatagaaaattgaataaacaacattacagctataaga 219  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8218212 atagctcagaagtcagcattatggccagccaagaatgcaaataatgaatataaaatgaaaaccaatagaaaattgaataaacaacattacagctataaga 8218113  T
Q  220 gacattataagtatgctaatgttgttgacaatttacagtttcgtagaaatatgacataacaaaatcattaagaggacataaacatgcaagaaattgtgtt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8218112 gacattataagtatgctaatgttgttgacaatttacagtttcgtagaaatatgacataacaaaatcattaagaggacataaacatgcaagaaattgtgtt 8218013  T
Q  320 agtcgaaggagtaaaggattattttcatgtactgcaagttgatcaattaaattatttcagctacaaaaaacagcatgatttacctgcattaaatttagag 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8218012 agtcgaaggagtaaaggattattttcatgtactgcaagttgatcaattaaattatttcagctacaaaaaacagcatgatttacctgcattaaatttagag 8217913  T
Q  420 caccaaaaagcagcaagattttcctcgattaaacctagggcttgattgttctgttccactagcgcaactatggtacctccaatataattgctgcaaaatg 519  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8217912 cacc-aaaagcagcaagattttcctcgattaaacctagggcttgattgttctgttccactagcgcacctgtggtacctccaatataattgctgcaaaatg 8217814  T
Q  520 caaagttcaaatttcagctactatgatgaacatggtttaaaggaagatcttgctatgtttagtaaatgttatgattataaaattcattttttgaactaaa 619  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8217813 caaagttcaaatttcagctactatgatgaacatggtttaaaggaagatcttgctatgtttagtaaatgttatgattataaaattcattttttgaaccaaa 8217714  T
Q  620 aatggtaaggtatttttcaaatattcat 647  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8217713 aatggtaaggtatttttcaaatattcat 8217686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University