View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11279_low_44 (Length: 243)

Name: NF11279_low_44
Description: NF11279
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11279_low_44
NF11279_low_44
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (17-208)||(3672274-3672466)
chr4 (17-208)||(28093095-28093287)
chr4 (17-208)||(6112630-6112821)
chr4 (17-208)||(7217765-7217957)
chr4 (17-208)||(21390955-21391146)
chr4 (17-209)||(49243814-49244006)
chr4 (17-208)||(44275706-44275897)
chr4 (17-208)||(46192359-46192551)
chr4 (19-208)||(35544912-35545102)
chr4 (17-210)||(45829257-45829450)
chr4 (17-203)||(51038768-51038956)
chr4 (17-208)||(52191200-52191391)
chr4 (125-203)||(36157840-36157918)
chr4 (78-203)||(54849793-54849919)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (18-208)||(22894680-22894870)
chr3 (17-208)||(43999989-44000181)
chr3 (19-208)||(36749406-36749596)
chr3 (17-208)||(34749897-34750089)
chr3 (17-208)||(36370337-36370529)
chr3 (17-210)||(48200683-48200877)
chr3 (17-208)||(21559561-21559753)
chr3 (17-208)||(51339783-51339972)
chr3 (17-204)||(46111943-46112131)
chr3 (17-208)||(30735495-30735686)
chr3 (56-200)||(20856193-20856334)
chr3 (17-210)||(38231291-38231484)
chr3 (112-208)||(29460660-29460756)
chr3 (112-208)||(29471512-29471608)
chr3 (80-208)||(50966131-50966256)
chr3 (80-208)||(51069266-51069391)
chr3 (17-208)||(39072278-39072464)
chr3 (17-208)||(39467101-39467292)
chr3 (17-116)||(29472902-29473000)
chr3 (75-187)||(53638156-53638269)
chr3 (17-62)||(50966265-50966310)
chr3 (17-62)||(51069400-51069445)
chr3 (117-201)||(29820399-29820483)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (17-208)||(13347128-13347320)
chr5 (17-210)||(39370925-39371119)
chr5 (17-209)||(2237275-2237468)
chr5 (17-208)||(40887941-40888133)
chr5 (17-197)||(14831555-14831736)
chr5 (33-208)||(9408054-9408230)
chr5 (20-208)||(27553376-27553564)
chr5 (17-208)||(1815619-1815807)
chr5 (17-137)||(42683670-42683791)
chr5 (17-171)||(31800595-31800749)
chr5 (67-208)||(17225319-17225459)
chr5 (112-208)||(33404531-33404627)
chr5 (18-208)||(4300544-4300734)
chr5 (86-199)||(41003918-41004031)
chr5 (17-209)||(19596067-19596259)
chr5 (120-210)||(12164249-12164339)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (17-208)||(42162598-42162790)
chr8 (25-207)||(44081781-44081964)
chr8 (17-208)||(31318805-31318997)
chr8 (17-205)||(12665347-12665537)
chr8 (17-209)||(30432338-30432530)
chr8 (17-204)||(10203668-10203856)
chr8 (17-209)||(36189215-36189406)
chr8 (17-204)||(43186031-43186218)
chr8 (17-205)||(18184556-18184744)
chr8 (17-202)||(33726017-33726203)
chr8 (18-151)||(38845023-38845156)
chr8 (74-186)||(42668838-42668950)
chr8 (115-203)||(31545-31633)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (17-208)||(26972202-26972394)
chr7 (17-208)||(36346564-36346755)
chr7 (17-209)||(45782659-45782852)
chr7 (17-209)||(34108425-34108618)
chr7 (17-208)||(7699882-7700074)
chr7 (17-208)||(7700080-7700272)
chr7 (17-208)||(7700278-7700470)
chr7 (17-208)||(7700476-7700668)
chr7 (17-210)||(28307494-28307688)
chr7 (19-210)||(30887698-30887890)
chr7 (17-209)||(13108147-13108338)
chr7 (17-210)||(42220963-42221156)
chr7 (17-205)||(34828069-34828256)
chr7 (17-202)||(31148296-31148481)
chr7 (17-208)||(5811163-5811354)
chr7 (19-210)||(21807324-21807515)
chr7 (17-202)||(23980137-23980322)
chr7 (17-186)||(36957451-36957619)
chr7 (17-115)||(29953571-29953669)
chr7 (65-208)||(15020282-15020423)
chr7 (17-166)||(46475066-46475216)
chr7 (120-203)||(38321014-38321097)
chr7 (17-92)||(42950036-42950110)
chr7 (80-173)||(20086690-20086784)
[»] scaffold0062 (1 HSPs)
scaffold0062 (17-210)||(6716-6910)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (19-217)||(39249864-39250063)
chr1 (17-209)||(46901734-46901927)
chr1 (17-204)||(2509028-2509216)
chr1 (17-208)||(34307137-34307329)
chr1 (19-208)||(19258674-19258863)
chr1 (17-210)||(28647351-28647544)
chr1 (125-203)||(10146971-10147049)
chr1 (86-204)||(29099821-29099939)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (17-209)||(33732568-33732760)
chr2 (17-205)||(44958116-44958305)
chr2 (17-208)||(16089822-16090012)
chr2 (20-208)||(3830900-3831086)
chr2 (39-208)||(14572995-14573165)
chr2 (17-208)||(36315561-36315753)
chr2 (17-208)||(37498862-37499056)
chr2 (17-208)||(37914236-37914427)
chr2 (17-210)||(6376238-6376426)
chr2 (17-200)||(41188777-41188961)
chr2 (75-209)||(24137149-24137288)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (17-208)||(3986905-3987096)
chr6 (17-208)||(3118046-3118238)
chr6 (17-208)||(15345659-15345848)
chr6 (18-209)||(14022933-14023124)
chr6 (17-210)||(13697567-13697759)
chr6 (17-209)||(24208443-24208635)
[»] scaffold0043 (1 HSPs)
scaffold0043 (17-204)||(87162-87350)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 153; Significance: 3e-81; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 3672466 - 3672274
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3672466 ggaaaaagataggtagataccctttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcacccttttt 3672367  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3672366 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 3672274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 28093095 - 28093287
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||    
T  28093095 ggaaaaagataggtagacatcctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtatttttacatcatatcatcacccttttt 28093194  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28093195 catctctcctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 28093287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 6112821 - 6112630
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6112821 ggaaaaagataggtagacactctttttcatacacttcttatgtacactc-catgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcatccttttt 6112723  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  6112722 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaatggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagctc 6112630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 7217957 - 7217765
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  7217957 ggaaaaagataggtaaacaccctttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtgttataggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 7217858  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  7217857 tatctcttattttaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtaggtgttaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctc 7217765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 21390955 - 21391146
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatca-tcctttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||| || ||||    
T  21390955 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacaccttttatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatattcactcatttt 21391053  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  21391054 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagctc 21391146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 49244006 - 49243814
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatca-tcctttt 115  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  ||||    
T  49244006 ggaaaaagatatgtagacatcctttttcatacacctcttatgtacactc-catgtattaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacttttttt 49243908  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49243907 tatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctca 49243814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 44275897 - 44275706
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44275897 ggaaaaagatagatagacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44275799  T
Q  117 a-tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| |  |||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  44275798 aatctcttctttcaatatttttggcacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaatggtatatgccacctaaggtggtttatgtataagagctc 44275706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 46192551 - 46192359
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttc-atacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc-ttt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||| ||||||  |||||||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  46192551 ggaaaaagataggtagacacccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtaccaggggtattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 46192453  T
Q  115 ttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  46192452 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtgattcatgtataagagctc 46192359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 35545102 - 35544912
Alignment:
Q  19 aaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatcc-ttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| | ||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  35545102 aaaaagataggtagacaccctttttcatacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaattttacatcatatcatcaccccttttt 35545004  T
Q  117 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | | | ||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  35545003 atatcttctttcaatgtttttgccacgtatcacaaatgtatgtggatgtaaaatggtgtataccacctaagatggttcatgtataagagctc 35544912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Original strand, 45829257 - 45829450
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttc-atacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc-ttt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||| ||| |   |||||||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  45829257 ggaaaaagataggtagacacccttttttgatacaccttt-atgtacaccc-catatgccaggggtattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 45829354  T
Q  115 ttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45829355 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgtcacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 45829450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 51038956 - 51038768
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc--ttt 114  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||  || | | ||||||||||  ||||   || | ||||| |||||||  |||||| | ||||| ||  |||    
T  51038956 ggaaaaagataggcagacaccttttttcatgtacatctcatgtacacccctatgtggcagagatattttagtaatttcacatcacaccatcacccccttt 51038857  T
Q  115 ttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataag 203  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||| | ||||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  51038856 tcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaagtttgtatgccacctaaggtggtccatatataag 51038768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 52191200 - 52191391
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc-ctttt 115  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||| |||||| | |  ||||||||| ||| | ||||| |||||| |||||||   ||||| ||||||||| | | |    
T  52191200 ggaaaaagattgaaagacacccttttttatacacctctcgtgtacaccc-catatgttaggagtattttagtaatttcgcatcacatcatcatctcctct 52191298  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||| | | ||| ||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  52191299 tatcctttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaattctgtgtggctgttaaaaggtatatgccacctaaggtggtccatgtataagggctc 52191391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 125 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 36157918 - 36157840
Alignment:
Q  125 tttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataag 203  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| | |||||  |||| |||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||    
T  36157918 tttcaatgtttttgtcacgtatcacaattatgtatgagtgtcaaagagtgtatgccacctaaagtcgtccatatataag 36157840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 54849919 - 54849793
Alignment:
Q  78 ggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgta 176  Q
    ||||||| | |||||  |||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |  || | ||| | |||| |||||    
T  54849919 ggtattttaataatttcacatcacatcatcatcctctctcatctcttctttcaatatttttgtcacttgtcacaactgcgtgtgggtatcaaagtgtgta 54849820  T
Q  177 tgccacctaaagtggttcatgtataag 203  Q
     || | |||| ||||||||||||||||    
T  54849819 cgctatctaaggtggttcatgtataag 54849793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 22894870 - 22894680
Alignment:
Q  18 gaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt- 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22894870 gaaaaagatagatagacaccctttt-catacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttc 22894772  T
Q  117 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22894771 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 22894680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 44000181 - 43999989
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44000181 ggaaaaagataggtagacactctttttcatacactttttatgtacgccctcatgtattagaggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44000082  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44000081 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagctc 43999989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 36749596 - 36749406
Alignment:
Q  19 aaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-a 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |    
T  36749596 aaaaagataggtagacactctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattagaggtatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttttca 36749497  T
Q  118 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  36749496 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacatctaaggtggttcatgtataagagctc 36749406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 34749897 - 34750089
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34749897 ggaaaaagatagccagacatcctttttcatacacttcttatgtacacccctatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34749996  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34749997 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 34750089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 36370337 - 36370529
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  36370337 ggaaaaagataggtagatactctttttcatacactttttatatacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 36370436  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| | ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36370437 catctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagctc 36370529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 48200877 - 48200683
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48200877 ggaaaaagataggtagacatcctttttcatacactttttatgtacacccccatgtattatgggtatttgagtaattttacatcatatcatcatccttttt 48200778  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | | | ||||||| ||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||    
T  48200777 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatatatgtggatgtaaaaaggtgtatgccacctaagatgattcatgaataagagttcaa 48200683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 21559753 - 21559561
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  21559753 ggaaaaagatagatagacaccatttttcatacacctcttatgtacacccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcattacccttttt 21559654  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  21559653 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggtttatgtataagagctc 21559561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 51339783 - 51339972
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  51339783 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacacctcttatgtaca-catcatgtgttagaggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 51339881  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  51339882 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaaggatgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctc 51339972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 204
Target Start/End: Original strand, 46111943 - 46112131
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  46111943 ggaaaaagataggtagacaccatttttcatacaccttttatatacatccccatgtattaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 46112042  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataaga 204  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | ||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  46112043 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaatggtgtatgtcacctaagatggttcatgtataaga 46112131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 30735495 - 30735686
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatcctttt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||||||| ||||||    
T  30735495 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaatttaacatcatatcatcaccctttt 30735593  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||    
T  30735594 tatatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacagatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatatataagagctc 30735686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 56 - 200
Target Start/End: Original strand, 20856193 - 20856334
Alignment:
Q  56 atgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaattt 155  Q
    |||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  20856193 atgtacaccc-catgtgtcaggggtattt-agtaattttatatcacatcatcatcctttttatatctt-tttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgt 20856289  T
Q  156 gtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtat 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20856290 gtatgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtat 20856334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 38231484 - 38231291
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttc-atacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 115  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  |||||| | |||||||||||| ||||| | ||||||| || ||| |||  |||| | || || | | ||||    
T  38231484 ggaaaaagataggtagacatccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtgtcaggggtagtttagtcatttcacattacattattaccatttt 38231386  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
     || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38231385 catatcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcaa 38231291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 112 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 29460756 - 29460660
Alignment:
Q  112 tttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29460756 ttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaaagtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 29460660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 112 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 29471608 - 29471512
Alignment:
Q  112 tttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29471608 ttttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaaagtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 29471512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 80 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 50966256 - 50966131
Alignment:
Q  80 tatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgc 179  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||| |  |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  50966256 tattttagtaattttacattatatcatcct--ttttcatctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgaatagatgtaaaagggtgtatgc 50966159  T
Q  180 cacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  50966158 cacct-aagatgttcatgtataagagctc 50966131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 80 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 51069391 - 51069266
Alignment:
Q  80 tatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgc 179  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||| |  |||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  51069391 tattttagtaattttacattatatcatcct--ttttcatctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgaatagatgtaaaagggtgtatgc 51069294  T
Q  180 cacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  51069293 cacct-aagatgttcatgtataagagctc 51069266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 39072278 - 39072464
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||| |||||||||| ||||| | | |||||||| |||||     ||||| ||||||| || ||||    
T  39072278 ggaaaaagataggtagacacacttttttatacatctttgatgtacaccc-catgtgtcaagggtattttagtaa-----catcacatcatcacccatttt 39072371  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| | | | |||||||||||||||||| || |||| ||| ||||||||||| |||||    
T  39072372 catctcttcttttaatgtttatgccacatgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagggtgtatgtcatctaaggtgattcatgtataatagctc 39072464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 39467101 - 39467292
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |   ||||||||| |||||| ||| || ||||| |||||||  | |||| ||| ||| || ||||    
T  39467101 ggaaaaagataggtacacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttatggatattttagtaatttcatatcacatcctcacccctttt 39467199  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||| || |||  |||||| ||| |||| |||||    
T  39467200 catctcttctttcaatatttttggcacatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcatctatggtggtttatggataacagctc 39467292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 29473000 - 29472902
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  29473000 ggaaaaagataggtagacatcctttttcatacaccacttatgcacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcatccctttt 29472902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 53638269 - 53638156
Alignment:
Q  75 aggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggt 173  Q
    |||||||||| || |||| ||||||| ||||||| ||  | | |||||||||||| |||||||| |||| |||||| | | ||| | ||||| |||||||    
T  53638269 aggggtattttagcaattttacatcacatcatcaccccctctcatctcttctttccatgtttttaccacatgtcacgattgtgtgtgggtgttaaagggt 53638170  T
Q  174 gtatgccacctaaa 187  Q
    ||||||||||||||    
T  53638169 gtatgccacctaaa 53638156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 17 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 50966310 - 50966265
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtaca 62  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||    
T  50966310 ggaaaaagataggtagacattctttttcatacacctcttatgtaca 50966265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 17 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 51069445 - 51069400
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtaca 62  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||    
T  51069445 ggaaaaagataggtagacattctttttcatacacctcttatgtaca 51069400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 201
Target Start/End: Original strand, 29820399 - 29820483
Alignment:
Q  117 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtata 201  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || | |||||| | | | | ||||| |||| ||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  29820399 atctcttcttttaatgtttttgctacatctcacaattgtatgtgggtgtcaaagtgtgtatgccacctaaggtggtctatgtata 29820483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 13347320 - 13347128
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatca-tcctttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  13347320 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcactcttttt 13347221  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  13347220 catctattctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaaagctc 13347128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 39371119 - 39370925
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  39371119 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 39371020  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  39371019 catctcttctttcaatgtttttggcacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagctcaa 39370925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 2237468 - 2237275
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  2237468 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccaagtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 2237369  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  2237368 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataaaagctca 2237275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 40887941 - 40888133
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  40887941 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacacctcttatgtacacccccatctattagaggtattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 40888040  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  40888041 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagagtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctc 40888133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 14831736 - 14831555
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  14831736 ggaaaaagataggtaaacaccctttttcatacacttcttatgtacacccctacgtattaggggtatttgaataattttacatcatatcatcacccttttt 14831637  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatg 197  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14831636 catctcttctttcaatgtttttgccacgtatcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatg 14831555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 33 - 208
Target Start/End: Original strand, 9408054 - 9408230
Alignment:
Q  33 acaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-atctcttctttcaat 131  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  9408054 acaccatttttcatacacttcttatgtacacccccatatattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttttcatctcttctttcaat 9408153  T
Q  132 gtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  9408154 gtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggcgtatgtcacctgaggtggttcatgtataagagctc 9408230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 20 - 208
Target Start/End: Original strand, 27553376 - 27553564
Alignment:
Q  20 aaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttat- 118  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| || |||| | ||||| |     
T  27553376 aaaaaatagatagacaccctttttcatacacctcttatgtacaccct-atgtgttaggagtattttagtaattttacatcagataatcaccatttttctt 27553474  T
Q  119 ctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27553475 ctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatggtatatgccacctaaaatggttcatgtataagagctc 27553564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 1815619 - 1815807
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |      ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  1815619 ggaaaaagataggtagacaccttttttcataaagaa---atgtacaccct-atgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 1815714  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  1815715 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgtggatgtaaaagggtgtatgtcacctaagatggttcatgtataagagctc 1815807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 42683791 - 42683670
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  42683791 ggaaaaagatagatagacatcctttttcatacacctcttatgtacacccccatatattaggggtattttagtaattttacatcatatcaccatccttttt 42683692  T
Q  117 -atctcttctttcaatgttttt 137  Q
     |||||||||||||||||||||    
T  42683691 catctcttctttcaatgttttt 42683670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 31800749 - 31800595
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  31800749 ggaaaaagataggcagacaccctttttcatacacctcttgtgtacaccc-catatgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 31800651  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagg 171  Q
     |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||    
T  31800650 catcttttctttcaatatttttgccacgtgtcataaatgtgtgtgggtgtaaaagg 31800595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 67 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 17225459 - 17225319
Alignment:
Q  67 catgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc-ctttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgt 165  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||  |||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| | |||||    
T  17225459 catgtatcaggggtattttagtaatttcacatcacatcatcacctcttttcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtgt 17225360  T
Q  166 aaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17225359 aaaa--gagtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 17225319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 112 - 208
Target Start/End: Original strand, 33404531 - 33404627
Alignment:
Q  112 tttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33404531 ttttcatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagtgtgtatggcacctaaggtggttcatgtataagagctc 33404627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 208
Target Start/End: Original strand, 4300544 - 4300734
Alignment:
Q  18 gaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt-t 116  Q
    ||||||||| | |||||| ||||||| |||||  | | ||||||||| |||||| |||||| ||||| | |||||  |||||| |||| || | |||| |    
T  4300544 gaaaaagattgatagacatccttttttatacatctctcatgtacacc-tcatgtgttagggatattttaataatttcacatcacatcaccaccatttttt 4300642  T
Q  117 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||| | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4300643 atctcttatttcaatgtttttgccatatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaaggatatatgtcacctaaaatggttcatgtataagagctc 4300734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 86 - 199
Target Start/End: Original strand, 41003918 - 41004031
Alignment:
Q  86 agtaattatacatcatatcatcatcc-tttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacct 184  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||||    
T  41003918 agtaattttacatcacatcatcatccctttttatatctt-tttcaatatttttgccacatgtcataaatgtgtatgagtgtaaaagggtgtatgccacct 41004016  T
Q  185 aaagtggttcatgta 199  Q
    |||||||||||||||    
T  41004017 aaagtggttcatgta 41004031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Original strand, 19596067 - 19596259
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttc-atacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 115  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  | | || | |||||||||||| ||||| | ||||||| || ||| |||  |||| | || ||||   ||||    
T  19596067 ggaaaaagataggtagacatccttttttgaaatacctcttatgtacaccc-catgtgtcaggggtagtttagtcatttcacattacattatcactatttt 19596165  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
     | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  | | ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  19596166 cacctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgcgtggatgtaaaaaggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataacagctca 19596259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 12164339 - 12164249
Alignment:
Q  120 tcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| |  || | ||||  ||| ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  12164339 tcttctttcaatgtttttgccacatgccacaactgtgtgtgagtattaaagaatgtgtgccacctaagatggttcatgtataagagttcaa 12164249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 42162790 - 42162598
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  42162790 ggaaaaagataggtagacactctttttcatacactttttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 42162691  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42162690 catctcttctttcaatgtttttgtcacgtgtcacaaatgtgtttgggtgtaaaagggtgtatgacacctaaggtggttcatgtataagagctc 42162598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 25 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 44081964 - 44081781
Alignment:
Q  25 ataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-atctctt 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  44081964 ataggtagacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacattatatcatcaccctttttcatctctt 44081865  T
Q  124 ctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagct 207  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  44081864 ctttcaatgttttttccacgtgttacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagct 44081781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 31318997 - 31318805
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  31318997 ggaaaaagataggtagacatcatttttcatacacttcttatatacacccccatgtattaggagtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 31318898  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||| | | |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31318897 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaagttatatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 31318805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 12665537 - 12665347
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  12665537 ggaaaaagataggtagacatcctttttcgtacacctcttatgtataccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 12665438  T
Q  117 --atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagag 205  Q
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12665437 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgttacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 12665347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 30432530 - 30432338
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||| | ||||||||| || ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  30432530 ggaaaaagattgatagacaccctttttcatacacctcttatgtacatcc-catatattatgggtattttagtaattttacatcatatcatcacccctttt 30432432  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  30432431 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtataaaagggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagagctca 30432338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 10203856 - 10203668
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||||| || |||||||    
T  10203856 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacatctcttatgtacaccctcatgtattagggatattttagtaattttatatcatatcaccacccttttt 10203757  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataaga 204  Q
     ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| | | ||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  10203756 catctcttctttcaatatttttgtcacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaggatgtatgtcacctaaggtggttcatgtataaga 10203668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 36189406 - 36189215
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatca-tcctttt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||  ||||  ||||||||||| | ||||| || |||||||||||| |||||||    
T  36189406 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacaccacttatgtacacccatatgt--taggggtattttaataattttatatcatatcatcactcctttt 36189309  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  36189308 catctcttctttcaatatttttgccacgtgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagctca 36189215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 17 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 43186218 - 43186031
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| | |||||    
T  43186218 ggaaaaagataggtagacatcatttttcatacacttcttatgtacaccct-atgtattaggggcatttgagtaattttatatcatatcatcacctttttt 43186120  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataaga 204  Q
     |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43186119 catcttttctttcaatgtttttgccacatatcacaaatgtgtgcaggtgtaaaagagtatatgccacctaaagtggttgatgtataaga 43186031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 18184744 - 18184556
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||||| || ||||    
T  18184744 ggaaaaagataggtagacatcctttttcatacaccttttatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaattttatatcatatcatcacccctttt 18184646  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagag 205  Q
     |||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  18184645 catctcttcattcaatgttttcaccacgtgtcacaaatatgtgtggatgtaaaagggtgtatgtcacttaaggtggttcatatataagag 18184556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 33726203 - 33726017
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc--ttt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||||||||  |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||||||  |||    
T  33726203 ggaaaaagataggtagacacccttttttatacacctcccatgtacact-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcatccacttt 33726105  T
Q  115 ttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataa 202  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33726104 tcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtttgtgggtgtaaaaaggtgtatgccacctaaagtggtttatgtataa 33726017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 151
Target Start/End: Original strand, 38845023 - 38845156
Alignment:
Q  18 gaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttta 117  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||  || ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||   ||||| ||||||| || | |||    
T  38845023 gaaaaagatagataaacaccattttttatacacccttcatgtacacccttatgtgttagggttattttagtaatttctcatcacatcatcacccctctta 38845122  T
Q  118 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaa 151  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||    
T  38845123 tcttttctttcaatattttttccacatgtcacaa 38845156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 186
Target Start/End: Original strand, 42668838 - 42668950
Alignment:
Q  74 taggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggt 173  Q
    ||||||||||  |||||||  |||||||| ||||| |  | | || |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||| |||| ||    
T  42668838 taggggtattgtagtaatttcacatcataccatcacctctctcatatcttcttttaatgtttttgccacgtgtcacaattgtgtgtgggtgtcaaagtgt 42668937  T
Q  174 gtatgccacctaa 186  Q
    |||||||||||||    
T  42668938 gtatgccacctaa 42668950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 115 - 203
Target Start/End: Original strand, 31545 - 31633
Alignment:
Q  115 ttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataag 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | | | ||||| |||| |||||||| ||||||  |||| ||| ||||||    
T  31545 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaattgtatgtgggtgtcaaagtgtgtatgctacctaagatggtacatatataag 31633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 26972202 - 26972394
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  26972202 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacacttcttatgtacacccccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 26972301  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26972302 catctctcctttcaatgtttttgccacgtgtcataaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 26972394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 36346564 - 36346755
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||     
T  36346564 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacctttttc 36346663  T
Q  117 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  36346664 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtctgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggtttatgtataagagctc 36346755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Original strand, 45782659 - 45782852
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  45782659 ggaaaaagataggtagacacccttttttatacactttttatgtacactcccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 45782758  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45782759 catctcttctttcaatgtttttgtcacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatgatgtatgccacctaaagtggttgatgtataagagctca 45782852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 34108618 - 34108425
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34108618 ggaaaaagataggtaaacaccctttttcatacacttcttatgtacactcccatgtattaggggtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34108519  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
     |||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34108518 catctcttcattcaatgtttttgtcatatgtcacaaatatgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagagctca 34108425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 7699882 - 7700074
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt- 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||     
T  7699882 ggaaaaagataggtaaacaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7699981  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  7699982 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagctc 7700074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 7700080 - 7700272
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt- 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||     
T  7700080 ggaaaaagataggtaaacaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700179  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  7700180 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagctc 7700272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 7700278 - 7700470
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt- 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||     
T  7700278 ggaaaaagataggtaaacaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700377  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  7700378 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagctc 7700470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 7700476 - 7700668
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt- 115  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||     
T  7700476 ggaaaaagataggtaaacaccctttttcatacacctcttatatacaccttcatgtgttatgggtattttagtaattttatatcatatcatcatccttttt 7700575  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||    
T  7700576 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccatctaaggtggtttatgtataagagctc 7700668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Original strand, 28307494 - 28307688
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||| ||| | ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  28307494 ggaaaaagataggtagacatcttttttcatacacctcttatgtacacccccatatgttaagggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 28307593  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  28307594 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcgcaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtagtttatgtataagagctcaa 28307688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 30887890 - 30887698
Alignment:
Q  19 aaaaagataggta-gacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt- 116  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||     
T  30887890 aaaaagatacgtaagacaccctttttcatacacttcttatatacaccc-catgtattagaggtatttaagtaattttacatcatatcatcaccctttttc 30887792  T
Q  117 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | | | |||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  30887791 atctcttcattcaatgtttttgctacgtgtcacaaatgtatgtgggtgtaaaagtgtgtatgccacctaagattgttcatgtataagagctcaa 30887698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 13108338 - 13108147
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || |||     
T  13108338 ggaaaaagataggtagacacccttttttatacacctttcatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccctttc 13108240  T
Q  117 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  13108239 atctcttctttcaacgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccgcctaaggtggtttatgtataacagctca 13108147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Original strand, 42220963 - 42221156
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttg-agtaattatacatcatatcatcatcc-ttt 114  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||| | ||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||||||| || |||    
T  42220963 ggaaaaagataggtagacacc-tttttcatacaccacttatgtacactc-catgtgttaggggtatttttagtaatttaacatcatatcatcaccccttt 42221060  T
Q  115 ttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42221061 ttatatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaaagtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctcaa 42221156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 34828256 - 34828069
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc-ctttt 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||| |||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  34828256 ggaaaaagataggtagacatcctttttcatacaccacttatgcacaccc-catatgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcatcactttt 34828158  T
Q  116 tatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagag 205  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||    
T  34828157 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaaggatgtatg-cacccaaggtggttcatgtataagag 34828069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 31148481 - 31148296
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||  |||||| ||| | |||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||    
T  31148481 ggaaaaagataggtagacactctttttcatacacctcttatacacaccc-catatgttaggcttattttagtaattttacatcatatcatcacccatttt 31148383  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataa 202  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  31148382 catctcttctttcaatgtttttgccatgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataa 31148296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 5811163 - 5811354
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||    
T  5811163 ggaaaaagataggtagacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccctttt 5811261  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| |||||| |||||||||||||  |||||| |||||||| |||||    
T  5811262 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgaaaaaggatgtatgccacctatggtggtttatgtataatagctc 5811354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 210
Target Start/End: Original strand, 21807324 - 21807515
Alignment:
Q  19 aaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-a 117  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| |||||||| | || ||||||| || || |||||||||||| |||||||  |||| | |||||||||| |||| |    
T  21807324 aaaaagataggttgacaaccttttttatacacttctcatatacaccc-cacgtgttaggggtattttagtaatttcacataacatcatcatccattttca 21807422  T
Q  118 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  21807423 tctcttctttcaatatttttgccacatatcacaaatttgtgtgggtgtaaaatggtgtatgccatctaaggtggttcatgtataagaactcaa 21807515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 23980322 - 23980137
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||  ||||||| | |||| | |||| ||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||    
T  23980322 ggaaaaagataggtagacatccttttttatacattttccatgtacatc-tcatatgttagaggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccctttt 23980224  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataa 202  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||    
T  23980223 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctatggtggtttatgtataa 23980137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 36957619 - 36957451
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||| || |||||||  |||| || ||||||||| ||||||| ||||| | || ||||||| ||||    
T  36957619 ggaaaaagataggtagacacaattttttatacacctttcatatacaccc--atgtgttgggggtattttagtaattttacattacattatcatccatttt 36957522  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaa 186  Q
     |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  36957521 catctcttcttacaatatttttgtcacgtgtcacaaatatgtatggatgtaaaagggtgtatgccacctaa 36957451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 115
Target Start/End: Original strand, 29953571 - 29953669
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||   |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29953571 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacacttcttatgtagacttccatgtattagggatatttgagtaattttacatcatatcatcaccctttt 29953669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 65 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 15020423 - 15020282
Alignment:
Q  65 ctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtg 164  Q
    ||||||| |||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||| || |||  ||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||| | ||||    
T  15020423 ctcatgtgttagggatattttagtaatttcacatcatatcttcacccctttcgtctcttctttcaatgtttttgccatatgtcacaaa--tgtgtgggtg 15020326  T
Q  165 taaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||| |||||||| |||||    
T  15020325 taaaaggttgtatgccacctatggtggtttatgtataacagctc 15020282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 17 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 46475216 - 46475066
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtatta-ggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||| | |||||| ||| ||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || |||    
T  46475216 ggaaaaagataggtagacacccttttttatacacctctcatgtacatc-tcatgtgttatggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcaccccttt 46475118  T
Q  116 t-atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgta 166  Q
    | ||||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||||| ||||||    
T  46475117 tcatctcttctttcaatgtttttgttacatgtcacaaatgtgtatgggtgta 46475066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 38321097 - 38321014
Alignment:
Q  120 tcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataag 203  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| | | | | ||||| |||  |||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  38321097 tcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaattgtatgtgggtgttaaaatgtgtatgccacctaagatggttaatgtataag 38321014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 92
Target Start/End: Original strand, 42950036 - 42950110
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaatt 92  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   |||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||    
T  42950036 ggaaaaagataggtagacacccttttttatacacctagcatgtacaccc-catgtttcaggggtattttagtaatt 42950110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 80 - 173
Target Start/End: Original strand, 20086690 - 20086784
Alignment:
Q  80 tatttgagtaattatacatcatatcatcatcc-tttttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggt 173  Q
    ||||| |||||||  |||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||| | | | |||||||||||||    
T  20086690 tattttagtaatttcacatcacatcatcacccctttttatctcttcttttaatgtttttgccagatgtctcaaatgtatgtgggtgtaaaagggt 20086784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0062 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0062
Description:

Target: scaffold0062; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 6910 - 6716
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6910 ggaaaaagataggtagataccttttttcatacacttcttatgtacaccctcatgtattagggatatttaagtaattttacatcatatcatcacccttttt 6811  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  6810 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagaactcaa 6716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 136; Significance: 5e-71; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 217
Target Start/End: Original strand, 39249864 - 39250063
Alignment:
Q  19 aaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-a 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||||||||| |    
T  39249864 aaaaagataggtagacaccttttttcatacacctcttatgtacacccccatgtattaggggtattttagtaattttacattatatcaccatcctttttca 39249963  T
Q  118 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaactttttt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||    
T  39249964 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtatgggtgtaaaagggtgtatgccacctaagatggttcatgtataagagctctattttttt 39250063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Original strand, 46901734 - 46901927
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  46901734 ggaaaaagataggtagacatcctttttcatacatttcttatgtacaccgccatgtatcaggagtatttgagtaattttacatcatatcatcacccttttt 46901833  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46901834 catctcttcttttaatgtttttgccacgtgtcacaaatatgtgttggtgtaaaatggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagagctca 46901927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 2509216 - 2509028
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  2509216 ggaaaaagataggtagacactttttttcatacacctcttatgtacaccctcatgtattagggatattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 2509117  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataaga 204  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  2509116 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaaggatgtatgtcacctaaggtggttcatgtataaga 2509028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 34307137 - 34307329
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  34307137 ggaaaaagataggtagacaccttttttcatacacctcttatgtacactcccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 34307236  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  34307237 catatcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataagagctc 34307329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Original strand, 19258674 - 19258863
Alignment:
Q  19 aaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-a 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||| |||||  ||||| | |||||  |||||| |||| || || |||| |    
T  19258674 aaaaagataggtagacacccttttttatacatctctcatgtacaccc-catgtgttaggaatattttaataatttcacatcacatcaccaccccttttca 19258772  T
Q  118 tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | | | ||||||||| |||||||||||||| |  ||||| |||||||| |||||    
T  19258773 tctcttttttcaatgtttttgccacatgtcacaaatatatgtgggtgtaaaaaggtgtatgccaccttagatggtttatgtataatagctc 19258863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 28647544 - 28647351
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||  | | ||||||| || ||||| |||||  ||||| | |||||  |||||| |||| || || ||||    
T  28647544 ggaaaaagataggtagacacccttttttatacatctctcatgtacatcc-catgtgttaggaatattttaataatttcacatcacatcaccacccctttt 28647446  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
     |||| ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||| | ||||||||| | ||||||| |||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  28647445 catctattctttcaatgtttttgccaaatatcacaaatatgtgtgggtgtaaaaagatgtatgcaaccttaggtggttcatgtataatagctcaa 28647351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 125 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 10147049 - 10146971
Alignment:
Q  125 tttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataag 203  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| | ||| | || || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  10147049 tttcactgtttttgccacatgtcacaattgtgtgtgggggtcaaagggtgtatgccacctaaggtggtccatgtataag 10146971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 29099939 - 29099821
Alignment:
Q  86 agtaattatacatcatatcatcatccttttta-tctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacct 184  Q
    |||||||  |||||| ||||||| || ||||| | |||| |||||||||||||| ||| |||||||||| ||| | |  || |||| |||||||||| ||    
T  29099939 agtaatttcacatcacatcatcaccccttttaatttcttttttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtggacgt-aaagagtgtatgccatct 29099841  T
Q  185 aaagtggttcatgtataaga 204  Q
    || |||||| ||||||||||    
T  29099840 aaggtggtttatgtataaga 29099821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 33732760 - 33732568
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  33732760 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catatattaggggtattttagtaattttacatcatatcaccacccttttt 33732662  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33732661 catctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctca 33732568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 17 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 44958305 - 44958116
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  44958305 ggaaaaagataggtagacatcctttttcatacacctcttatgtataccctcatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttt 44958206  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagag 205  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44958205 tatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagag 44958116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 16090012 - 16089822
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||| || | |||||    
T  16090012 ggaaaaagataggtagacaccttttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcaccacctttttt 16089914  T
Q  117 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  16089913 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacttaaggtggttcatgtataagagctc 16089822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 208
Target Start/End: Original strand, 3830900 - 3831086
Alignment:
Q  20 aaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc-ctttttat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||| ||||||| || |||| | ||||| ||    
T  3830900 aaaagataggtagacaccctttttcatacacctcttatgtacaccc-catgtgttaggggtatattagtaattttacatcagataatcaccacttttcat 3830998  T
Q  119 ctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  3830999 ctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaa--tgtgtgggtgtaaaagggtgtatgtcacctaaggtggttcatgtataagtgctc 3831086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 39 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 14573165 - 14572995
Alignment:
Q  39 tttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-atctcttctttcaatgttttt 137  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  14573165 ttttacatacacctcttatgtacacccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcacccttttccatctcttctttcaatgttttt 14573066  T
Q  138 gccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    || ||||||||||||| ||| | | |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  14573065 gctacgtgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtggatgccacctaaggtggtttatgtataagagctc 14572995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 36315753 - 36315561
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttc-atacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatc-cttt 114  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||  |||||| | ||||||||||| |||||| | |||||||||| | | |||  |||||| || |||| | ||||    
T  36315753 ggaaaaagataggtagacatccttttttgatacacctcttatgtacacc-tcatgtgtcaggggtattttaatcatttcacatcacattatcacctcttt 36315655  T
Q  115 ttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36315654 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 36315561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 37498862 - 37499056
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatca---tcctt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||   || ||    
T  37498862 ggaaaaagataggtagacacccttttttatacacctcttatgtacatccccatgtgttaggggtattttagtaattttacatcatatcatcaccctcttt 37498961  T
Q  114 tttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||||||||| |||||||||  |||  ||||| || |||||||||||    
T  37498962 ttcatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaaggatgtatgccagttaagatggttgatatataagagctc 37499056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 37914236 - 37914427
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttc-atacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcc-ttt 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||||| ||||||  |||| ||||| | | |||  |||||| || |||| || |||    
T  37914236 ggaaaaagataggtagacacccttttttgatacacctcttatgtacaccc-catgtaccaggg-tattttaatcatttcacatcacattatcaccccttt 37914333  T
Q  115 ttatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  37914334 ttatctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtggatgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataaaagctc 37914427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Original strand, 6376238 - 6376426
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |   ||||||| | |||||| |||| ||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || ||||    
T  6376238 ggaaaaagataggtagacatccttttttatacacctcccatgtacatc-tcatgtgttagaggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccatttt 6376336  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
     ||||||||||||||||     ||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||    
T  6376337 catctcttctttcaatg-----gccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctatggtggtttatgtataacagctcaa 6376426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 17 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 41188961 - 41188777
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttt-tcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatcctttt 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| | |||||| | | ||||||| |  ||||| | || | ||||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||    
T  41188961 ggaaaaagataggcagacacccttttgttatacacctctcatgtacatca-catgtgtcagagatattttagtaattttacatcacatcatcatcccttt 41188863  T
Q  116 t-atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtat 200  Q
    | || || | |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  41188862 tcatatcatttttcaatgtttttgccacatgtcataaatatgtatagatataaaagggtgtatgtcacataaagtggttcatgtat 41188777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 75 - 209
Target Start/End: Original strand, 24137149 - 24137288
Alignment:
Q  75 aggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt-atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgt----ataggtgtaaaa 169  Q
    |||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||     ||||||| |||    
T  24137149 aggggtattttagtaatttcacatcacatcctcatcccttttcatctcttctttcaatgtttttgtcacatgtcacaaatgtgtgtgggtaggtgtcaaa 24137248  T
Q  170 gggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
    |||||||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  24137249 gggtgtataccacctaaggtggtttatgtataacagctca 24137288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 3986905 - 3987096
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  3986905 ggaaaaagataggtagacatcatttttcatacatttattatgtataccc-catgtattaagggtatttgagtaattttacatcatattatcatccctttt 3987003  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3987004 catctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataagagctc 3987096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 3118046 - 3118238
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| || |||||||    
T  3118046 ggaaaaagataggtagacatcctttttcatacatctcttatgtacactcccatgtattaggggtattttagtaattttacatcatgtcaccacccttttt 3118145  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  3118146 tatctattctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgtgagtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggttcatatataagagctc 3118238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 15345659 - 15345848
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||| | |||||    
T  15345659 ggaaaaaaataggtagacatcttttttcatacacttcttatgtacaccct-atgtattaggggcatttgagtaatttgatatcatatcatcacctttttt 15345757  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctc 208  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  15345758 catcttttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaa--tgtatgggtgtaaaagagtatatgccacctaaggtggttgatgtataagagctc 15345848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 14023124 - 14022933
Alignment:
Q  18 gaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt- 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| || || |     
T  14023124 gaaaaagataggtagacacccttttttatacacctcccatgtacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcgtcaccccttgtc 14023026  T
Q  117 atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||    
T  14023025 atctcttctttcaatgtttttgccacatgtcacaaatgtgtgtgggtgtaaaagggtgtatgccacctaaggtggtttatgtataatagctca 14022933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 13697759 - 13697567
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||||||| |  |||||||||||| ||||| |||| | ||||| ||||||| || |||||||||||| || ||||    
T  13697759 ggaaaaagataggtagagatcatttttcatacattacttatgtacaccc-catgtgttagagatattttagtaattttatatcatatcatcacccgtttt 13697661  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctcaa 210  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||| || ||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  13697660 catctcttctttcaatgtttttaccacgtatcacaaatgtgtat-ggtgtaaaagggtgcatgtcatctaagatggtttatgtataagagctcaa 13697567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 24208635 - 24208443
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatatcatcatccttttt 116  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | | || |||||| |||||| |||||||||||| |||||||  |||||| ||| ||| |||||||    
T  24208635 ggaaaaagataggtagacatccttttttatacacctctcatttacacc-tcatgtgttaggggtattttagtaatttcacatcacatcctcacccttttt 24208537  T
Q  117 -atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataagagctca 209  Q
     |||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| | |||||||||  |||||| |||||||   ||||| |||||||| ||||||    
T  24208536 catctcttctttcaatgtttttgccacatatcacaaatgtgtgtgggtgtaaaatagtgtataccacctatgatggtttatgtataacagctca 24208443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0043 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0043
Description:

Target: scaffold0043; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 17 - 204
Target Start/End: Original strand, 87162 - 87350
Alignment:
Q  17 ggaaaaagataggtagacaccctttttcatacactttttatgtacaccctcatgtattaggggtatttgagtaattatacatcatat--catcatccttt 114  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| || || ||||  |||||   |||    
T  87162 ggaaaaagataggtagacaccttttttcatacaccttttatgtacaccc-catgtgttaggggtattttagtaattttatattatatatcatcactattt 87260  T
Q  115 tt-atctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatttgtataggtgtaaaagggtgtatgccacctaaagtggttcatgtataaga 204  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  87261 ttcatctcttctttcaatgtttttgccacgtgtcacaaatgtgtgt-ggtgtacaagggtgtatgccacctaaggtggttcatgtataaga 87350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University