View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11284_low_2 (Length: 701)

Name: NF11284_low_2
Description: NF11284
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11284_low_2
NF11284_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-686)||(46457584-46458262)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 46458262 - 46457584
Alignment:
Q  8 tgagatgaagcatatattggctagttcagataaagttgactgttgtcacttctcctcggatggaaaactatttgttactggtggtcgtgataaaaaggta 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46458262 tgagatgaagcatatattggctagttcagataaagttgactgttgtcacttctcctcggatggaaaactatttgttactggtggtcgtgataaaaaggta 46458163  T
Q  108 tattctgggtcgatccaacttttaattatgaaatgatctctattcagcaatgttgttatatttagtgtttgtttaaagaaatttttgtttatcaatttga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46458162 tattctgggtcgatccaacttttaattatgaaatgatctctattcagcaatgttgttatatttagtgtttgtttaaagaaatttttgtttatcaatttga 46458063  T
Q  208 atttgttaacctgctatgagatgcaggcttctctatggtgcacaaaattgtttaacctgaaatctacgcttgaagagcacactcaacggataactgatgt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46458062 atttgttaacctgctatgagatgcaggcttctctatggtgcacaaaattgtttaacctgaaatctacgcttgaagagcacactcaacggataactgatgt 46457963  T
Q  308 tagatttagcccatgcatgttctatgttgctacgtcctcagccgataaaactgtaaaggtttgggatgttaataatgtaagtttagattttcatgattca 407  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46457962 tagatttagcccaagcatgttctatgttgctacgtcctcagccgataaaactgtaaaggtttgggatgttaataatgtaagtttagattttcatgattca 46457863  T
Q  408 acttcaattttatagtaattatcgaccaatttggatttaaatagagattgggaaaataatcaggattttacttttatgatataaatctttgccgtgaaaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46457862 acttcaattttatagtaattatcgaccaatttggatttaaatagagattgagaaaataatcaggattttacttttatgatataaatctttgccgtgaaaa 46457763  T
Q  508 ctataacccatttctaatctcactccttaaacatcttattgtattaatcatcacatttacgccttctttgtcatttaccatttgtttcttctacaaccct 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46457762 ctataacccatttctaatctcactccttaaacatcttattgtattaatcatcacatttacgccttctttgtcatttaccatttgtttcttctacaaccct 46457663  T
Q  608 cttttcctctgtcttatattaaaatttaagcatgggactatagtctaatattgtcattaataaattgataagtaaaact 686  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46457662 cttttcctctgtcttatattaaaatttaagcatgggactatagtctaatattgtcattaataaattgataagtaaaact 46457584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University