View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11287_low_4 (Length: 500)

Name: NF11287_low_4
Description: NF11287
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11287_low_4
NF11287_low_4
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (5-480)||(11785396-11785871)
chr4 (5-480)||(11788983-11789458)
chr4 (5-480)||(11801150-11801625)
chr4 (8-480)||(11699158-11699630)
chr4 (9-480)||(11708612-11709083)
chr4 (9-480)||(11677974-11678445)
chr4 (9-480)||(11686253-11686724)
chr4 (449-480)||(11792734-11792765)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (9-480)||(20402-20873)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (371-468)||(4880-4977)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 392; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 480
Target Start/End: Original strand, 11785396 - 11785871
Alignment:
Q  5 ttgattccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatat 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785396 ttgattccaatttgggcttcgactttagtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcaccaagcaagggagttctatggagagaacaatat 11785495  T
Q  105 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785496 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 11785595  T
Q  205 aaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtattagcagcctttgtt 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  11785596 aaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtggttgcagcctttgtt 11785695  T
Q  305 gagaataaaagactaaaagtcgcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttgattcctcaatatgttt 404  Q
    ||||  |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  11785696 gagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttt 11785795  T
Q  405 tgtttggtgtttctgaggtttttactatggttggtcttcaagagtttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 480  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11785796 tgtttggagtatctgaggtttttactattgttggtgttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 11785871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 480
Target Start/End: Original strand, 11788983 - 11789458
Alignment:
Q  5 ttgattccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatat 104  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  11788983 ttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcaccaaacaagggagttctttggagagaacaatat 11789082  T
Q  105 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11789083 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcaataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 11789182  T
Q  205 aaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtattagcagcctttgtt 304  Q
    |||   ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  11789183 aagagttataactggaaagtcctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtacttgcagcctttgtt 11789282  T
Q  305 gagaataaaagactaaaagtcgcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttgattcctcaatatgttt 404  Q
    ||||  |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  11789283 gagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaacgcaattgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttt 11789382  T
Q  405 tgtttggtgtttctgaggtttttactatggttggtcttcaagagtttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 480  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11789383 tgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 11789458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 480
Target Start/End: Original strand, 11801150 - 11801625
Alignment:
Q  5 ttgattccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatat 104  Q
    |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||    
T  11801150 ttgattccaatttgggctacatctttagtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcaccaaacaagggagttctttggagagaacaatat 11801249  T
Q  105 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 204  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11801250 ttcctggtttcaacatacctcccgcttctcttggatcaataggtggtgttgctattgttctcttcactcctatctacgaccgtttattcgtgccactagc 11801349  T
Q  205 aaggaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtattagcagcctttgtt 304  Q
    |||   ||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  11801350 aagagttataactggaaagtcctcaggtattacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtacttgcagcctttgtt 11801449  T
Q  305 gagaataaaagactaaaagtcgcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttgattcctcaatatgttt 404  Q
    ||||  |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  11801450 gagatgaaaagactaaagatagcacaagagcatggtcttgttgatgatccaaacgcaattgttccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttt 11801549  T
Q  405 tgtttggtgtttctgaggtttttactatggttggtcttcaagagtttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 480  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11801550 tgtttggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 11801625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 480
Target Start/End: Original strand, 11699158 - 11699630
Alignment:
Q  8 attccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttc 107  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||| ||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  11699158 attccaatttgggcgacaactttagtttatggcattgtctttgctcaagtttttactttcttcaccaagcaagggagttcaatggagagaacaatatttc 11699257  T
Q  108 ctggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaag 207  Q
    |||| ||| |||||||||| |||||||||  || ||||  |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  11699258 ctggcttcgacatacctcctgcttctcttcaaacgataaacggtgttgcaattgttgtcttcagcgcaatctacgaccgcatatttgtgccactagcaag 11699357  T
Q  208 gaatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtattagcagcctttgttgag 307  Q
       |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  11699358 agctataaccggtaaaacctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtacttgcagcctttgttgag 11699457  T
Q  308 aataaaagactaaaagtcgcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttgattcctcaatatgttttgt 407  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  11699458 aataaaagactaaaagtagcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatagggtggttgattcctcagtatgttttgt 11699557  T
Q  408 ttggtgtttctgaggtttttactatggttggtcttcaagagtttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 480  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11699558 ttggtgtttctgaggtttttaccatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 11699630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 9 - 480
Target Start/End: Original strand, 11708612 - 11709083
Alignment:
Q  9 ttccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttcc 108  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  11708612 ttccaatttggacttcaactttggtttatggtattgtctttgctcaagtttttacattcttcaccaagcaagggacttcaatggagagaacaatatttcc 11708711  T
Q  109 tggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagg 208  Q
    ||| ||  ||||||||||| |||| |||  ||  |||    |  ||||||||||||||||| |||||||||| || |   |||||||||||||||||||     
T  11708712 tggatttgacatacctccctcttcgcttcaaacaataaaatggcttgcaattgttctcttctgccctatctatgagcacatattcgtgccactagcaaga 11708811  T
Q  209 aatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtattagcagcctttgttgaga 308  Q
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  11708812 gttataactggaaagccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttatatcaatattcatggtagtatttgcagcctttgttgaga 11708911  T
Q  309 ataaaagactaaaagtcgcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttgattcctcaatatgttttgtt 408  Q
     ||||||| ||||| | |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  11708912 ctaaaagattaaaaatagcacaaaaatatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 11709011  T
Q  409 tggtgtttctgaggtttttactatggttggtcttcaagagtttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 480  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11709012 tggagtttctgaggtttttacaatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 11709083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 9 - 480
Target Start/End: Original strand, 11677974 - 11678445
Alignment:
Q  9 ttccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttcc 108  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11677974 ttccaatttgggctacaactttggtttatggtattatctttgctcaagtttttacattctttaccaagcaagggagttctatgcagagaacaatatttcc 11678073  T
Q  109 tggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagg 208  Q
    ||| ||  |||||||||||||||| |||  |  |||   |||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||     
T  11678074 tggatttgacatacctcccgcttcgcttcaatcgattaacgggcttgcaattcttctcttcagccctatctatgaccgcatattcgtgccgctagcaaga 11678173  T
Q  209 aatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtattagcagcctttgttgaga 308  Q
      ||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||  ||| ||||||||||||||||    
T  11678174 gctatcaccggaaaaccctctggcatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttatatcgataatcacggtaacatttgcagcctttgttgaga 11678273  T
Q  309 ataaaagactaaaagtcgcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttgattcctcaatatgttttgtt 408  Q
      |||||||||||| | ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  11678274 tgaaaagactaaaaatagcacaagaatatggtattgttgatgatcctaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 11678373  T
Q  409 tggtgtttctgaggtttttactatggttggtcttcaagagtttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 480  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11678374 tggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 11678445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 9 - 480
Target Start/End: Original strand, 11686253 - 11686724
Alignment:
Q  9 ttccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttcc 108  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11686253 ttccaatttgggctacaactttggtttatggtattatctttgctcaagtttttacattctttaccaagcaagggagttctatgcagagaacaatatttcc 11686352  T
Q  109 tggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagg 208  Q
    ||| ||  |||||||||||||||| |||  |  |||   |||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||     
T  11686353 tggatttgacatacctcccgcttcgcttcaatcgattaacgggcttgcaattcttctcttcagccctatctatgaccgcatattcgtgccgctagcaaga 11686452  T
Q  209 aatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtattagcagcctttgttgaga 308  Q
      ||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||  ||| ||||||||||||||||    
T  11686453 gctatcaccggaaaaccctctggcatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttatatcgataatcacggtaacatttgcagcctttgttgaga 11686552  T
Q  309 ataaaagactaaaagtcgcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttgattcctcaatatgttttgtt 408  Q
      |||||||||||| | ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  11686553 tgaaaagactaaaaatagcacaagaatatggtattgttgatgatcctaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttggttcctcaatactttttgtt 11686652  T
Q  409 tggtgtttctgaggtttttactatggttggtcttcaagagtttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 480  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11686653 tggagtttcagaggtttttactatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 11686724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 449 - 480
Target Start/End: Original strand, 11792734 - 11792765
Alignment:
Q  449 tttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11792734 tttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 11792765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 292; Significance: 1e-164; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 9 - 480
Target Start/End: Original strand, 20402 - 20873
Alignment:
Q  9 ttccaatttgggcttcaactttggtttatggtattatctttgctcaaatatttacattcttcactaagcaagggagttctatggagagaacaatatttcc 108  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20402 ttccaatttgggctacaactttggtttatggtattatctttgctcaagtttttacattcttcaccaagcaagggagttctatgcagagaacaatatttcc 20501  T
Q  109 tggtttcaacatacctcccgcttctcttggaatgataggcggtgttgcaattgttctcttcagccctatctacgaccgtttattcgtgccactagcaagg 208  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||  || ||||  |  |||  | || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||     
T  20502 tggtttcgacatacctccggcttctcttcaaacgataaccaatgtctccatagttctcttcagccctatctacgaccgtatatttgtgccactagcaaga 20601  T
Q  209 aatataactggaaaaccctcaggtatcacaatgcttcaaagaattggcactggaatttttctatctatattcacagtagtattagcagcctttgttgaga 308  Q
    | ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  20602 agtatcactggaaaaccctcaggcatcacattgcttcaaagaattggcactggaattttcatatcaatatttacagtggtatttgcagcctttgttgaga 20701  T
Q  309 ataaaagactaaaagtcgcacaagagcatggtcttgttgatgatcctaatgcaactgttccaatgagtatatggtggttgattcctcaatatgttttgtt 408  Q
     ||||||||||||  | |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  20702 ttaaaagactaaagatagcacaagagcatagtcttgatgatgatccaaatgcaactgtaccaatgagtatatggtggttgattcctcaatactttttgtt 20801  T
Q  409 tggtgtttctgaggtttttactatggttggtcttcaagagtttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 480  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20802 tggtgtttcagaggtttttaccatggttggtcttcaggaatttttctatgatcaagtcccaaatgaactaag 20873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 371 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 4977 - 4880
Alignment:
Q  371 atgagtatatggtggttgattcctcaatatgttttgtttggtgtttctgaggtttttactatggttggtcttcaagagtttttctatgatcaagtccc 468  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  4977 atgagcatctggtggttgattcctcaatatgtcttgtttggagtatctgatgtctttacaatggtaggtctgcaagaatttttctatgatcaggtccc 4880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University