View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11289_low_1 (Length: 1080)

Name: NF11289_low_1
Description: NF11289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11289_low_1
NF11289_low_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (145-1063)||(37492128-37493046)
chr2 (14-86)||(37493105-37493177)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 883; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 883; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 145 - 1063
Target Start/End: Complemental strand, 37493046 - 37492128
Alignment:
Q  145 gattagaacgaaatcaaaaccttctgttggtttgagtcttgattaaataaaaatggttgatctttgtagtattgtgtgcagtttgaatttgatggaataa 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37493046 gattagaacgaaatcaaaaccttctgttggtttgagtcttgattaaataaaaatggttgatctttgtagtattgtgtgcagtttgaatttgatggaataa 37492947  T
Q  245 taggagaattttcaatccaaggttcatatttgacacacgtatctccttcgcccaacttgtcattcgccaaaccaacgaaaccattcttttcaggttgctg 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37492946 taggagaattttcaatccaaggttcatatttgacacacgtatctccttcgcccaacttgtcattcgccaaaccaacgaaaccattcttttcaggttgctg 37492847  T
Q  345 ctccaaatgctgaccgtggccggaactgctttcagttttaggcaaagaactagtgctaggtgattcccaagcagcatttgatgaatttgcatcaaccaaa 444  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37492846 ttccaaatgctgaccgcggccggaactgctttcagttttaggcaaagaactagtgctaggtgattcccaagcagcatttgatgaatttgcatcaaccaaa 37492747  T
Q  445 tgtggccaaatcttagataactctgccaaagagggacaaccagcgtagaaagtgagtagcacatgtttatgtcccaatacaaaacagtcatttgtattcc 544  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37492746 tgtggccaaatcttagataactctgccaaagagggacaaccagtgtagaaagtgagtagcacatgtttatgtcccaatacaaaacagtcatttgtattcc 37492647  T
Q  545 aatcacaaacttgacagagagacaatttatgatcgacgcagcgcacgattgctgagtcgaaattacacttatcgcagaggagcgagcggggatgcctgcg 644  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37492646 aatcacaaacttgacagagagacaatttatgatcgacgcagcgcacgattgctgagtcgaaattacacttatcgcagaggagcgagcggggatgcctgcg 37492547  T
Q  645 agacagagaatttgcagagtggacaatcccatcacaatgcaagcatagacgagcggaatcaggcttgcagtaaaccacagctcttgcaaccccacaaaac 744  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37492546 agacagagaatttgcagagtggacattcccatcacaatgcaagcatagacgagcggaatcaggcttgcagtaaaccacagctcttgcaaccccacaaaac 37492447  T
Q  745 tcacatagagcttccataaatgctcctattataaatatcactgatattattcatactataactaaacaaaattcttaacacagctacctgatggaatgaa 844  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37492446 tcacatagagcttccataaatgctcctattataaatatcactgatgttattcatactataactaaacaaaactcttaacacagctacctgatggaatgaa 37492347  T
Q  845 acgaaatgaaatggaatggattggatcagaatggatcggattggacggaacacagcttctgtaatctgaactgctttgctccttatcctttgccatttca 944  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37492346 acgaaatgaaatggaatggattggatcggaatggatcggattggacggaacacagcttctgtaatctgaactgctttgctccttatcctttgccatttca 37492247  T
Q  945 agtaaaacaaccaaagaaatcaaagcatcattacaaaaataagagtagcatcattctaatttgaaattaaatgtaaacagaatgatcttaaccactatgc 1044  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37492246 agtaaaacaaccaaagaaatcaaagcatcattacaaaaataagagtagcatcattctgatttgaaattaaatgtaaacagaatgattttaaccactatgc 37492147  T
Q  1045 agtatgcacatacaccatg 1063  Q
    |||||||||||||||||||    
T  37492146 agtatgcacatacaccatg 37492128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 14 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 37493177 - 37493105
Alignment:
Q  14 cataggcacactggaaaagttttgccgccttatgtgcgtccacccggctcggatagtaacgagggtctagacc 86  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37493177 cataggcacactggaaaagttttgccgccttatgtgcgtccacccggctcggagagtaacgagggtctagacc 37493105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University