View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11293A_low_33 (Length: 408)

Name: NF11293A_low_33
Description: NF11293A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11293A_low_33
NF11293A_low_33
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-408)||(36314415-36314808)
[»] chr8 (28 HSPs)
chr8 (18-362)||(19345129-19345458)
chr8 (30-362)||(19503885-19504202)
chr8 (18-336)||(19390543-19390864)
chr8 (18-365)||(19410740-19411072)
chr8 (18-365)||(19457759-19458091)
chr8 (18-365)||(19522987-19523319)
chr8 (18-362)||(19592090-19592416)
chr8 (18-365)||(19469355-19469684)
chr8 (18-365)||(19540279-19540608)
chr8 (32-187)||(19337427-19337582)
chr8 (30-187)||(19355445-19355602)
chr8 (19-156)||(19468610-19468747)
chr8 (19-156)||(19555531-19555668)
chr8 (250-362)||(19337681-19337793)
chr8 (263-362)||(19355714-19355813)
chr8 (239-362)||(19468410-19468533)
chr8 (239-362)||(19555331-19555454)
chr8 (239-344)||(19404923-19405028)
chr8 (245-342)||(19376801-19376898)
chr8 (18-174)||(19376577-19376733)
chr8 (18-169)||(19172821-19172972)
chr8 (18-169)||(19287674-19287825)
chr8 (18-156)||(19404708-19404846)
chr8 (32-144)||(19370934-19371046)
chr8 (254-336)||(19172660-19172742)
chr8 (251-349)||(19287901-19287999)
chr8 (32-144)||(19341154-19341266)
chr8 (273-320)||(19371145-19371192)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (239-335)||(19543241-19543337)
chr6 (15-169)||(19543023-19543177)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 36314808 - 36314415
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  36314808 acatcaaaaaacgcgggaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccagtgaatgttcaacatatgtatcagta 36314709  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314708 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatatgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 36314609  T
Q  218 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 317  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314608 ggtgttgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 36314509  T
Q  318 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacacc---aagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatgg 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314508 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaaaaagcaaaatggacaatgcatcatcatatgaatggaatgtaatttatgg 36314415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 158; Significance: 6e-84; HSPs: 28)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Original strand, 19345129 - 19345458
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| ||| |||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  19345129 acatcaagaaaagcggcatagcgtattggaaaagcggaaaacttaatagcaatggaatattcgagaacattcccacgaaagttcaacgtatatatcagta 19345228  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| ||||||| || | ||||  |       
T  19345229 cattattgtctctaacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaacgggaggttagta--- 19345325  T
Q  218 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 317  Q
    ||| ||||            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  19345326 ggtcatga------------tggagatattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaatt 19345413  T
Q  318 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 362  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19345414 gtagggaaaatggtgaggtttttcagaaaatggtgggaacaccaa 19345458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 30 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 19504202 - 19503885
Alignment:
Q  30 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 129  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||    
T  19504202 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggaatattcgagaacattcccacaaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctc 19504103  T
Q  130 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagtggtgatgaagac 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| | ||| |||||||||| | ||||  |   ||| ||||        
T  19504102 taacaagaatgaagattctttcgctttcgaagttaaagatgggaagtttgcacgatggcaactaacctcgaaggggaggttagta---ggtcatga---- 19504010  T
Q  230 aatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctg 329  Q
            |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||    
T  19504009 --------tggagagattgggaatgcagatatgtgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaaaatg 19503918  T
Q  330 gtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 362  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||||||    
T  19503917 gtgaggtttttcagaaaattgcgggaacaccaa 19503885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Original strand, 19390543 - 19390864
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||    
T  19390543 acatcaagaaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggtttattcgagaacattccggtgaatgttcaacgtatatatcaata 19390642  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 217  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    |  |||||||||| | ||||| ||||    
T  19390643 cattattgtctctaacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaaagatgggaagtttatacgatggttcattacctcgaaggggaggttaataagt 19390742  T
Q  218 ggtgatga---agacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaa 314  Q
    | ||||||   ||| | |  ||||| ||| ||||  ||||||||||  |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19390743 gctgatgagggagagatttatagtgcagacattgctaatgcagataagtgttatggatataatagtgatgccgggtgccaaaaatgggaggatataccaa 19390842  T
Q  315 cttgtagggaacctggtgaggt 336  Q
    |||| ||||| ||| |||||||    
T  19390843 cttgcagggaccctcgtgaggt 19390864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Original strand, 19410740 - 19411072
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19410740 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19410839  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 217  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19410840 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19410936  T
Q  218 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 317  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19410937 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19411024  T
Q  318 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 365  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19411025 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19411072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Original strand, 19457759 - 19458091
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19457759 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19457858  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 217  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19457859 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19457955  T
Q  218 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 317  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19457956 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19458043  T
Q  318 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 365  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19458044 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19458091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 19523319 - 19522987
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    |||||||||  || |||||||||    
T  19523319 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagta 19523220  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 217  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||| ||||||  |       
T  19523219 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactatcctcgaaggggaagttagta--- 19523123  T
Q  218 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 317  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19523122 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggatataatagtgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 19523035  T
Q  318 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 365  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19523034 gcagggaacctggtgagatgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19522987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Original strand, 19592090 - 19592416
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19592090 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19592189  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 217  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19592190 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19592286  T
Q  218 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 317  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19592287 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19592371  T
Q  318 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 362  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19592372 gcagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggcgggaacaccaa 19592416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 19469684 - 19469355
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19469684 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19469585  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 217  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19469584 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19469488  T
Q  218 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 317  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19469487 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19469403  T
Q  318 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 365  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19469402 gcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19469355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 19540608 - 19540279
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||    
T  19540608 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagta 19540509  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgggagctatcctcgaagggcaagttaacaagt 217  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||  || |||||| |||  |||||| || | ||||  |       
T  19540508 cattattgtctctaacaaggatgaagattctttcacgttcgaagttaaagatgggaagtttgcacaatgggaactaatctcgaaagggaggttagta--- 19540412  T
Q  218 ggtgatgaagacaatgctagtggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaactt 317  Q
    ||||||||            |||| | ||||  ||||||||||| ||||| ||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19540411 ggtgatga------------tggatatattgctaatgcagatatgtgttacggat---atagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaactt 19540327  T
Q  318 gtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaagca 365  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19540326 gcagggaacctggtgaggtgtttcagaaaaaggcgggaagaccaagca 19540279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Original strand, 19337427 - 19337582
Alignment:
Q  32 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 131  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||    
T  19337427 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaactcaaaagcaatggaatgttcgagaacattcctgcgaaagttcaacgtatataccagtacattattgtgtcta 19337526  T
Q  132 acaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 187  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19337527 acaaggatgaagattcttttgcttttgaagttaaagatgggaaatttatacgatgg 19337582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 30 - 187
Target Start/End: Original strand, 19355445 - 19355602
Alignment:
Q  30 gcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttc 129  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||  ||| |||| |||||||||||| ||    
T  19355445 gcggcaaagtgcattggaaaagcggaaaacttagaagtaatggaatattcgagaacattccagcgaaagttcaaagtatatatcggtacattattgtgtc 19355544  T
Q  130 taacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaagtttatacgatgg 187  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  19355545 taacaaggatgaagattcttttgctttcgaagttaatgatgggaattttatacgatgg 19355602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 19468747 - 19468610
Alignment:
Q  19 catcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtac 118  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19468747 catcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtac 19468648  T
Q  119 attattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 156  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19468647 attattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19468610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 19555668 - 19555531
Alignment:
Q  19 catcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtac 118  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19555668 catcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtac 19555569  T
Q  119 attattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 156  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||    
T  19555568 attattgtctctaacaaagacgaagattctttcacttt 19555531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 250 - 362
Target Start/End: Original strand, 19337681 - 19337793
Alignment:
Q  250 aaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 349  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  19337681 aaatgcagacatgtgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaatg 19337780  T
Q  350 gtgggaacaccaa 362  Q
    ||||||| |||||    
T  19337781 gtgggaagaccaa 19337793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 263 - 362
Target Start/End: Original strand, 19355714 - 19355813
Alignment:
Q  263 tgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaaggtgggaacaccaa 362  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  19355714 tgttatggatataatagcgatggagggtgccaaaaatgggaggaaataccaaattgtagggaacctggtgaggtttttcggaaaaaggtgggaagaccaa 19355813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 239 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 19468533 - 19468410
Alignment:
Q  239 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 338  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19468533 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19468434  T
Q  339 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 362  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19468433 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19468410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 239 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 19555454 - 19555331
Alignment:
Q  239 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 338  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  19555454 ggagatattgtaaatgcagatatgtgttatggatataatagtgatggaggatgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggcacctggtgaggggt 19555355  T
Q  339 ttcagaaaaaggtgggaacaccaa 362  Q
    |||||||||||| ||||| |||||    
T  19555354 ttcagaaaaaggcgggaagaccaa 19555331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 239 - 344
Target Start/End: Original strand, 19404923 - 19405028
Alignment:
Q  239 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggttt 338  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19404923 ggagatattggaaatgcagatatgtgttatggatataatagggacggagggtgccaaaagtgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtgt 19405022  T
Q  339 ttcaga 344  Q
    ||||||    
T  19405023 ttcaga 19405028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 245 - 342
Target Start/End: Original strand, 19376801 - 19376898
Alignment:
Q  245 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  19376801 attggaaatgcagatatatgttatggatataatagtgatcgagggtgccaaaaatgggaggatataccagcttgcagggaacctggtgaggtgtttca 19376898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 174
Target Start/End: Original strand, 19376577 - 19376733
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||||||||| |||    
T  19376577 acatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaatatgtatcggta 19376676  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagatgggaa 174  Q
    ||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||   ||||||| |||||||| ||||    
T  19376677 catcattgtctctaacaaggatgaagattcctttagttttgaaattaaagatcggaa 19376733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 19172972 - 19172821
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||| ||    
T  19172972 acatcaagcaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaacagcaatggattattcaagaacattctagtgaaagttcaacatgtgtatcaata 19172873  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagat 169  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||| ||| | ||||||    
T  19172872 cattattgtctctaacaaggatgaagactccttcactttcgaaatcaaagat 19172821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 169
Target Start/End: Original strand, 19287674 - 19287825
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | |||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| ||    
T  19287674 acatcaagcaacgcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacgtagacgcaatggtttattcgagaacattccagtgaaagttcaacgtgtgtatcaata 19287773  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagat 169  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| || ||| |||| ||| | ||||||    
T  19287774 cattattgtctctaacaaggatgaagactccttcactttcgaaatcaaagat 19287825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 156
Target Start/End: Original strand, 19404708 - 19404846
Alignment:
Q  18 acatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagta 117  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||    |||||||||  ||||||||| ||    
T  19404708 acatcaagaaaagaggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcgatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaactatgtatcaata 19404807  T
Q  118 cattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttt 156  Q
    || |||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  19404808 cactattgtctctaacaaggatgaagattctttcacttt 19404846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 32 - 144
Target Start/End: Original strand, 19370934 - 19371046
Alignment:
Q  32 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 131  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19370934 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttagaagcaatggattattcgagaacattccagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19371033  T
Q  132 acaagaatgaaga 144  Q
    ||||  |||||||    
T  19371034 acaaagatgaaga 19371046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 254 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 19172742 - 19172660
Alignment:
Q  254 gcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggt 336  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  19172742 gcagatatgtgttatggctataataccgatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacctgcagggaacccggtgaggt 19172660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #26
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 251 - 349
Target Start/End: Original strand, 19287901 - 19287999
Alignment:
Q  251 aatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgaggtttttcagaaaaag 349  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  19287901 aatgcagataagtgttatggatataataatgatgaagggtgccaaaaatgggaggatatgccaacttgcagggaacgtggtgaggtctttcaaaaaaag 19287999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #27
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 32 - 144
Target Start/End: Original strand, 19341154 - 19341266
Alignment:
Q  32 ggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttcta 131  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||| |  |||||| |||||| ||||||  ||||| ||||| ||||    
T  19341154 ggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttggaagcaatggattattcgagaacattctagagaatgtccaacatgtgtatcgatacatgattgtctcta 19341253  T
Q  132 acaagaatgaaga 144  Q
    ||||  |||||||    
T  19341254 acaaagatgaaga 19341266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 273 - 320
Target Start/End: Original strand, 19371145 - 19371192
Alignment:
Q  273 ataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgta 320  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19371145 ataatagtaatggtggatgccaaaaatgggagtatataccaacttgta 19371192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 8e-31; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 239 - 335
Target Start/End: Original strand, 19543241 - 19543337
Alignment:
Q  239 ggagaaattggaaatgcagatatatgttatggatataatagcaatggagggtgccaaaaatgggaggatataccaacttgtagggaacctggtgagg 335  Q
    ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19543241 ggagatattggaaatgcagacttgtgttatggatataatatcaacggagggtgccaaaaatgggaggatataccaagttgtagggaacctggtgagg 19543337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 169
Target Start/End: Original strand, 19543023 - 19543177
Alignment:
Q  15 tggacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatca 114  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  | |||| |||||| ||   ||||||||||| | ||||| |    
T  19543023 tggaaatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttagaagaaatgggttattcgtgaacataccggcgaatgttcaacgtgtgtatga 19543122  T
Q  115 gtacattattgtttctaacaagaatgaagattctttcgcttttgaagttaaagat 169  Q
     ||||||||||||||||| ||  |||||||||| ||  ||||| || ||||||||    
T  19543123 atacattattgtttctaagaaagatgaagattcctttacttttaaaattaaagat 19543177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University