View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11294_low_1 (Length: 1076)

Name: NF11294_low_1
Description: NF11294
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11294_low_1
NF11294_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-1058)||(37503102-37504146)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (980-1055)||(37227852-37227927)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 937; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 937; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1058
Target Start/End: Original strand, 37503102 - 37504146
Alignment:
Q  18 catcaaatggaaaatgtggattttgagtcaagaaggtagttgatattttacgagagatgccttagattttggtgccataattacagattgtagacattcc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37503102 catcaaatggaaaatgtggattttgagtcaagaaggtagttgatattttacgagagatgccttagattttggtgccataattacagattgtagacattcc 37503201  T
Q  118 ttttggttgtattcaattttagtaactctagagttgagaacaaaccattgaggtagctcatacactaactaggacggatacatctttaactagtttgagt 217  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37503202 ttttggttatattcaattttagtaactctagagttgagaacaaaccattgaggtagctcatacactaactaggacggatacatctttaactagtttgagt 37503301  T
Q  218 ttattgatcacattgttgctaacaaaatgagttatgtttgccctagtcaaaaaatatgtattacatgttatgttttagaattttgctccactgtaattta 317  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37503302 ttatttatcacattgttgctaacaaaatgagttatgtttgccctagtcaaaaaatatgtattacatgttatgttttagaattttgctccactgtaattta 37503401  T
Q  318 acaatgggactaaaacaagtcactaataaagaaagcagatatacacatcgtggtaagctcatcttgtaatgtaaaacagaggaaacagggtacaaatacc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37503402 acaatgggactaaaacaagtcactaataaagaaagcagatatatacatcgtggtaagctcatcttgtaatgtaaaacagaggaaacagggtagaaatacc 37503501  T
Q  418 aaatttactcaaacttttatatgtaaactatgttgccatatttctgt-----tgaatattatatatgcacaaagcaaccatatggaaagtctttaactga 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  37503502 aaatttactcaaacttttatatgtaaactgtgttgccatatttctgcgctgctgaatattatatatgcacaaagcaagcatatggaaagtcttaaactga 37503601  T
Q  513 aagatggactagtaatttgtaaatagaagacatgcnnnnnnngtagagcaatacccattccttaataatcctttaatcagcaccattgattgatctttaa 612  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||       ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  37503602 aagatggactagta-tttgtaaatagaagacatgcaaaaaaagtagaacaatacccattccttaataatccttgaatcagcaccattcattgatctttaa 37503700  T
Q  613 acttgacagatcatgaaatgtatattattgaagtagaagatgattccatggaaaatttcctcttcacaggttgtatttcttcttccatttattttgctaa 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37503701 acttgacagatcatgaaatgtatattattgaagtagaagatgattccatggaaaatttcctcttcacaggttgtatttcctcttccatttattttgctaa 37503800  T
Q  713 caaattaagcaatattatttttatttggtctttcactagatgatacaccagaatcaccatcatcattatctactctaataataatatcaaactctcctac 812  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37503801 caaattaagcaatattatttttatttggtctttcactagatgatacaccagaatcaccatcatcattatctactctaataataatatcaaactctcctac 37503900  T
Q  813 attatgtgaccctaatcctctcccaacagcattatcagagctttctgtatgtccttgattctgagtctcaacagaaatatttgaaattgaatcaagttga 912  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37503901 attatgtgaccctaatcctctcccaacagcattatcagagctttctgtatgtccttgattctgagtgtcaccagaaatatttgaaattgaatcaagttga 37504000  T
Q  913 tcagtgactgtgatactcacctctgcagcatcattgatcacaggtgcacgacacagcggacaattcttgtgtgaactaagccaagtatcaatacaaggga 1012  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37504001 tcagtgactgtgatactcacctctgcagcatcattgataacaggtgcacgacacagcggacaattcttgtgtgaactaagccaagtatcaatacaaggga 37504100  T
Q  1013 tatgaaaagcgtggctacacttaggcaaaattctgagactctcttc 1058  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37504101 tatgaaaagcgtggctacacttaggcaaaattctgagactctcttc 37504146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 980 - 1055
Target Start/End: Original strand, 37227852 - 37227927
Alignment:
Q  980 tgtgtgaactaagccaagtatcaatacaagggatatgaaaagcgtggctacacttaggcaaaattctgagactctc 1055  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||| ||| ||||    
T  37227852 tgtgtgatctaagccaagtatcaatacaaggtaaatgaaaagcatggttacactttggcaaaagtctaagattctc 37227927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University