View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11299_low_4 (Length: 420)

Name: NF11299_low_4
Description: NF11299
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11299_low_4
NF11299_low_4
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (14-342)||(55292322-55292650)
chr3 (14-342)||(54973260-54973589)
chr3 (14-342)||(54975870-54976199)
chr3 (14-342)||(54978480-54978809)
chr3 (14-320)||(10554332-10554638)
chr3 (163-342)||(16799697-16799876)
chr3 (163-341)||(54046607-54046782)
chr3 (163-341)||(603698-603873)
chr3 (163-341)||(15010208-15010383)
chr3 (163-342)||(10989622-10989800)
chr3 (163-341)||(2035036-2035211)
chr3 (163-341)||(2038543-2038718)
chr3 (163-341)||(2042284-2042459)
chr3 (163-341)||(14038069-14038244)
chr3 (163-341)||(14041537-14041712)
chr3 (200-341)||(39230617-39230756)
chr3 (163-341)||(18958788-18958963)
chr3 (293-329)||(6805873-6805909)
chr3 (293-326)||(9533379-9533412)
chr3 (293-342)||(10834241-10834290)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (14-342)||(8522806-8523135)
chr6 (17-342)||(15686021-15686341)
chr6 (163-342)||(2287966-2288145)
chr6 (163-342)||(15539161-15539340)
chr6 (163-342)||(16812669-16812845)
chr6 (163-342)||(16829689-16829865)
chr6 (163-341)||(16102235-16102410)
chr6 (163-341)||(12595849-12596024)
chr6 (216-325)||(29492662-29492770)
chr6 (293-342)||(23838109-23838158)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (14-342)||(29325138-29325467)
chr5 (14-342)||(26495760-26496089)
chr5 (163-342)||(22758711-22758889)
chr5 (163-341)||(4397601-4397776)
chr5 (164-341)||(26361136-26361309)
chr5 (239-341)||(23693350-23693450)
chr5 (267-341)||(16256088-16256161)
chr5 (267-341)||(22589885-22589958)
chr5 (267-341)||(22593440-22593513)
chr5 (267-341)||(22596995-22597068)
chr5 (264-320)||(22880138-22880195)
chr5 (264-320)||(43121087-43121144)
chr5 (264-320)||(43124620-43124677)
chr5 (271-341)||(16259725-16259794)
chr5 (53-126)||(27869316-27869390)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (14-342)||(41791546-41791875)
chr4 (14-342)||(14698592-14698919)
chr4 (14-342)||(4170900-4171227)
chr4 (16-342)||(53387620-53387946)
chr4 (14-320)||(16278008-16278315)
chr4 (163-342)||(56115656-56115834)
chr4 (163-341)||(286982-287157)
chr4 (163-341)||(15280136-15280310)
chr4 (163-341)||(28382716-28382891)
chr4 (163-341)||(47126878-47127053)
chr4 (163-320)||(33848818-33848974)
chr4 (239-341)||(16359396-16359495)
chr4 (163-337)||(10313611-10313782)
chr4 (77-160)||(21189768-21189851)
chr4 (264-320)||(31117185-31117242)
chr4 (264-320)||(55502880-55502937)
chr4 (293-342)||(24047437-24047486)
chr4 (302-342)||(15990203-15990242)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (14-342)||(21241573-21241902)
chr2 (17-342)||(21239026-21239352)
chr2 (14-342)||(24504577-24504906)
chr2 (16-342)||(20591005-20591331)
chr2 (14-342)||(31506040-31506368)
chr2 (15-342)||(31503474-31503801)
chr2 (163-342)||(28348961-28349139)
chr2 (163-341)||(12627942-12628117)
chr2 (163-341)||(44620820-44620995)
chr2 (163-320)||(23339220-23339376)
chr2 (163-341)||(41684815-41684990)
chr2 (264-320)||(31755848-31755905)
chr2 (293-342)||(21073630-21073679)
chr2 (293-342)||(9241861-9241910)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (14-342)||(16006292-16006621)
chr7 (14-342)||(21743203-21743530)
chr7 (14-342)||(8776237-8776563)
chr7 (16-342)||(17505687-17506013)
chr7 (16-342)||(17547201-17547527)
chr7 (161-341)||(38828123-38828302)
chr7 (163-342)||(35366117-35366293)
chr7 (163-341)||(13733586-13733760)
chr7 (193-342)||(21065238-21065387)
chr7 (163-341)||(13395517-13395692)
chr7 (163-341)||(48785205-48785380)
chr7 (161-320)||(4993397-4993555)
chr7 (264-320)||(124324-124381)
chr7 (293-342)||(709467-709516)
chr7 (293-342)||(14421884-14421933)
chr7 (293-342)||(41055566-41055615)
chr7 (293-342)||(47975822-47975871)
chr7 (293-328)||(11661220-11661255)
chr7 (293-342)||(16462127-16462176)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (14-342)||(45134823-45135152)
chr8 (14-342)||(6608172-6608499)
chr8 (14-342)||(7300980-7301306)
chr8 (14-164)||(21415144-21415294)
chr8 (163-342)||(363842-364020)
chr8 (163-342)||(44431915-44432093)
chr8 (163-341)||(24707859-24708035)
chr8 (163-341)||(22145439-22145614)
chr8 (163-341)||(22059443-22059618)
chr8 (163-320)||(17795308-17795464)
chr8 (163-320)||(28853862-28854018)
chr8 (163-279)||(10829505-10829619)
chr8 (267-341)||(17614811-17614884)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (14-342)||(9045-9374)
scaffold0525 (163-341)||(10927-11102)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (14-342)||(20579337-20579668)
chr1 (161-341)||(2333021-2333200)
chr1 (163-342)||(294089-294267)
chr1 (163-341)||(24087311-24087485)
chr1 (163-341)||(20631208-20631383)
chr1 (163-341)||(37358364-37358538)
chr1 (163-341)||(36181467-36181642)
chr1 (163-341)||(14432406-14432581)
chr1 (193-320)||(296431-296558)
chr1 (163-320)||(45307201-45307357)
chr1 (267-341)||(22900406-22900479)
chr1 (293-342)||(20438131-20438180)
chr1 (293-342)||(28312448-28312497)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (163-342)||(8548-8726)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (14-160)||(1911-2057)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (164-342)||(2393-2570)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (163-342)||(137829-138007)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (164-324)||(162355-162515)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (169-341)||(134027-134195)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (215-341)||(1592-1716)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (264-320)||(33077-33134)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (264-320)||(81678-81735)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (293-329)||(132864-132900)
[»] scaffold0337 (1 HSPs)
scaffold0337 (293-342)||(9857-9906)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (293-342)||(21172-21221)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Original strand, 55292322 - 55292650
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292322 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 55292421  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292422 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 55292521  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292522 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 55292621  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292622 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 55292650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 54973589 - 54973260
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54973589 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 54973490  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973489 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 54973390  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54973389 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 54973290  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973289 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 54973260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 54976199 - 54975870
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54976199 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 54976100  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54976099 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 54976000  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54975999 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 54975900  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54975899 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 54975870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 54978809 - 54978480
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54978809 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 54978710  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978709 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 54978610  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  54978609 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 54978510  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978509 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 54978480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 14 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 10554638 - 10554332
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554638 cagagaggatgtttataatgtttattgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 10554539  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10554538 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatggataa 10554439  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554438 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 10554339  T
Q  314 ggggagt 320  Q
    |||||||    
T  10554338 ggggagt 10554332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 16799876 - 16799697
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16799876 tgttgttgttgattgaatatgatttgatgttgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 16799777  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799776 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttaaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 16799697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 54046782 - 54046607
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  54046782 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgttggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 54046685  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  54046684 gagttgtcgttctaagtaacggagtcatagtttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 54046607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 603698 - 603873
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  603698 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgcaggtttatgcttaactgcattcaattagaatatataaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 603795  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  603796 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 603873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 15010208 - 15010383
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||| |||     
T  15010208 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgatggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttga 15010305  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15010306 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 15010383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Original strand, 10989622 - 10989800
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  10989622 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgttgatttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 10989720  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10989721 caagttgtcgttctaagtaaaggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 10989800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 2035036 - 2035211
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  2035036 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2035133  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2035134 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 2035211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 2038543 - 2038718
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  2038543 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2038640  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2038641 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 2038718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 2042284 - 2042459
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  2042284 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2042381  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  2042382 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 2042459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 14038244 - 14038069
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  14038244 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14038147  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14038146 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 14038069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 14041712 - 14041537
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  14041712 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14041615  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14041614 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 14041537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 200 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 39230756 - 39230617
Alignment:
Q  200 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttg 299  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39230756 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 39230658  T
Q  300 atgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  39230657 atgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 39230617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 18958963 - 18958788
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||| | ||| |||| | ||| ||||||||||| || | ||||| ||||||||||  |||||||| | ||    
T  18958963 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgatcgctggattatacttaattgcattcaattagaatgtacaatatgttggttcgagttgtaag-tggc 18958866  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  18958865 gagttgtcgttctaagtaacgtagttataggttgttgatgttgatctagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 18958788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 329
Target Start/End: Original strand, 6805873 - 6805909
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataa 329  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6805873 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataa 6805909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 9533412 - 9533379
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtca 326  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9533412 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtca 9533379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Original strand, 10834241 - 10834290
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  10834241 gttgttgatgtcgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 10834290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 8523135 - 8522806
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8523135 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 8523036  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8523035 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 8522936  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8522935 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 8522836  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522835 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 8522806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 17 - 342
Target Start/End: Original strand, 15686021 - 15686341
Alignment:
Q  17 agaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15686021 agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt 15686120  T
Q  117 gtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatg 216  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15686121 gtatatgatggttattattgctgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattga-----atttgctgctgattgttggtttatgcataaacg 15686215  T
Q  217 cattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15686216 cattcaattggattatacaagatgttggtgccggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcctaggttgttgatgttgaccaagttggg 15686315  T
Q  317 gagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15686316 gagtaagtcataagttattatgcaca 15686341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Original strand, 2287966 - 2288145
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2287966 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 2288065  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288066 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 2288145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 15539340 - 15539161
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15539340 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttagtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 15539241  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15539240 aagttgtcgttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgacgaagttggggagtaagtgataagttattatgcaca 15539161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 16812845 - 16812669
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| ||||||||||| | ||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| |||     
T  16812845 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgaatgttggtttatacttaactgtattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16812748  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
     |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  16812747 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcaca 16812669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 16829865 - 16829689
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| |||     
T  16829865 tgttgatgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16829768  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
     |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||    
T  16829767 tagttgtcgttataagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtgat-agttattgtgcaca 16829689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 16102410 - 16102235
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  16102410 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 16102313  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  16102312 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 16102235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 12596024 - 12595849
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||||| |  | |||||| | ||    
T  12596024 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggtccgagctgtaag-tggc 12595927  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  12595926 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 12595849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 216 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 29492770 - 29492662
Alignment:
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| ||||| ||||||||| |||  || ||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  29492770 gcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgggttgtaag-ttgtgagatgtcgttataagtaacggagtcataagttgttgacgttgaccaagttgg 29492672  T
Q  316 ggagtaagtc 325  Q
    ||||| ||||    
T  29492671 ggagtgagtc 29492662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 23838158 - 23838109
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  |||||||||    
T  23838158 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcaca 23838109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Original strand, 29325138 - 29325467
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29325138 cagagaggatgtctgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 29325237  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325238 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 29325337  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29325338 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 29325437  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325438 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 29325467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 26496089 - 26495760
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  26496089 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactc 26495990  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495989 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 26495890  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  26495889 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagt 26495790  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495789 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 26495760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Original strand, 22758711 - 22758889
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  22758711 tgttgctattgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 22758809  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22758810 caagttgtcgttctaagtaatggagtcaaaggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 22758889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 4397776 - 4397601
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| |||     
T  4397776 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattcgaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 4397679  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  4397678 gagttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcac 4397601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 164 - 341
Target Start/End: Original strand, 26361136 - 26361309
Alignment:
Q  164 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgca 263  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||      
T  26361136 gttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtg 26361232  T
Q  264 agttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||    
T  26361233 agttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagttat-agttattgtgcac 26361309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 239 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 23693450 - 23693350
Alignment:
Q  239 tgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatg 338  Q
    |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  23693450 tgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacaaagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattatg 23693353  T
Q  339 cac 341  Q
    |||    
T  23693352 cac 23693350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 341
Target Start/End: Original strand, 16256088 - 16256161
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  16256088 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 16256161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 341
Target Start/End: Original strand, 22589885 - 22589958
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  22589885 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 22589958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 341
Target Start/End: Original strand, 22593440 - 22593513
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  22593440 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 22593513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 341
Target Start/End: Original strand, 22596995 - 22597068
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  22596995 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 22597068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 22880195 - 22880138
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22880195 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 22880138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 43121144 - 43121087
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43121144 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 43121087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 43124677 - 43124620
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43124677 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 43124620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 271 - 341
Target Start/End: Original strand, 16259725 - 16259794
Alignment:
Q  271 gttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  16259725 gttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 16259794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 126
Target Start/End: Original strand, 27869316 - 27869390
Alignment:
Q  53 gttgatgaa-caaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatg 126  Q
    ||||||||| |||| | ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  27869316 gttgatgaatcaaaagtggaaataattatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg 27869390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 41791875 - 41791546
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41791875 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 41791776  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791775 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 41791676  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  41791675 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaggt 41791576  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791575 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 41791546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 14698919 - 14698592
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698919 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt 14698821  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  14698820 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 14698721  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14698720 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 14698621  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698620 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 14698592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 4171227 - 4170900
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4171227 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctactt 4171129  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  4171128 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 4171029  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4171028 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 4170929  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4170928 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 4170900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 16 - 342
Target Start/End: Original strand, 53387620 - 53387946
Alignment:
Q  16 gagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 115  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387620 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 53387719  T
Q  116 tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||    
T  53387720 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatgcat 53387819  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  53387820 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagaggatgttgatgttggccaagttgg 53387919  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||    
T  53387920 ggagtgagtcataagttattatgcaca 53387946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 14 - 320
Target Start/End: Original strand, 16278008 - 16278315
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16278008 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctactt 16278107  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  16278108 gttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 16278207  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcg-ttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  16278208 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 16278307  T
Q  313 tggggagt 320  Q
    ||||||||    
T  16278308 tggggagt 16278315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Original strand, 56115656 - 56115834
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  56115656 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 56115754  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  56115755 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 56115834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 287157 - 286982
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  287157 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 287060  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  287059 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 286982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 15280136 - 15280310
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  15280136 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 15280232  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  15280233 gagttgtcgttataagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcac 15280310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 28382891 - 28382716
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  28382891 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 28382794  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  28382793 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 28382716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 47126878 - 47127053
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  47126878 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 47126975  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||    
T  47126976 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggagagtgagtcat-agttattatgcac 47127053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 163 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 33848974 - 33848818
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  33848974 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 33848877  T
Q  263 aagttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
     |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33848876 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 33848818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 239 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 16359495 - 16359396
Alignment:
Q  239 tgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatg 338  Q
    ||||||||| ||||||||| |||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||    
T  16359495 tgttggttc-ggttgtaag-ttgtgagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtg 16359399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 163 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 10313782 - 10313611
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||| |||| |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||   ||||||| | |     
T  10313782 tgttgctgttgattgattatg-tttgttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttctaattgtaag-tggt 10313685  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattat 337  Q
     ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||    
T  10313684 gagttgtcgttctaagcaacgaagtcataggttgttgatgttgaccaagttgaggagtgagtcat-agttattat 10313611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 77 - 160
Target Start/End: Original strand, 21189768 - 21189851
Alignment:
Q  77 ttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 160  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||||||||||||    
T  21189768 ttatatgttatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgcttattatta 21189851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Original strand, 31117185 - 31117242
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31117185 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 31117242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Original strand, 55502880 - 55502937
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55502880 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 55502937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Original strand, 24047437 - 24047486
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  24047437 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 24047486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 302 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 15990242 - 15990203
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  15990242 gttgaccaagttgtggagtaagtcataa-ttattatgcaca 15990203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Original strand, 21241573 - 21241902
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21241573 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 21241672  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241673 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 21241772  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  21241773 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagt 21241872  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241873 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 21241902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 17 - 342
Target Start/End: Original strand, 21239026 - 21239352
Alignment:
Q  17 agaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21239026 agaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgtt 21239125  T
Q  117 gtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239126 gtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 21239225  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21239226 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttgg 21239325  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  21239326 ggagtaagtcataagttattatgcaca 21239352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 24504906 - 24504577
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24504906 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgatgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 24504807  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24504806 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 24504707  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  24504706 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagt 24504607  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24504606 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 24504577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 342
Target Start/End: Original strand, 20591005 - 20591331
Alignment:
Q  16 gagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 115  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20591005 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgt 20591104  T
Q  116 tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20591105 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataaat 20591204  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591205 gcattcaattggattatacaagatgttggtttaggttgtaaggctgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 20591304  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  20591305 ggagtaagtcataagttattatgcaca 20591331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 31506368 - 31506040
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31506368 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctactt 31506269  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  31506268 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 31506169  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    |||||||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31506168 atgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 31506069  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31506068 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 31506040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 15 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 31503801 - 31503474
Alignment:
Q  15 agagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttg 114  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31503801 agagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttg 31503702  T
Q  115 ttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaa 214  Q
    |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  31503701 ttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataca 31503602  T
Q  215 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttg 314  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31503601 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttg 31503502  T
Q  315 gggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31503501 gggagtaagtcataagttattatgcaca 31503474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 28349139 - 28348961
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta-aggttg 261  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||| | ||||    
T  28349139 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtagaagttg 28349041  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28349040 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 28348961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 12627942 - 12628117
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  12627942 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaactgcattcaattagaacatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 12628039  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  12628040 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 12628117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 44620995 - 44620820
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  44620995 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 44620898  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  44620897 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 44620820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 163 - 320
Target Start/End: Original strand, 23339220 - 23339376
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  23339220 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 23339317  T
Q  263 aagttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
     |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23339318 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 23339376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 41684815 - 41684990
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| | ||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  41684815 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactacattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 41684912  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  41684913 gagttgtcgttctaggtaacggagtcataggttgttgacgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 41684990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 31755905 - 31755848
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31755905 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 31755848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Original strand, 21073630 - 21073679
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  21073630 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 21073679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9241910 - 9241861
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  |||||||||    
T  9241910 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcaca 9241861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 16006621 - 16006292
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16006621 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 16006522  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006521 gttgtatatgatggttattattgttgtagtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 16006422  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  16006421 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataagttgttgatgttgaccaagt 16006322  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006321 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 16006292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Original strand, 21743203 - 21743530
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21743203 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt 21743301  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  21743302 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 21743401  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21743402 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 21743501  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21743502 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 21743530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 8776563 - 8776237
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  8776563 cagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactc 8776464  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776463 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 8776366  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776365 atgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 8776266  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8776265 ggggagtaagtcataagttattattcaca 8776237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 16 - 342
Target Start/End: Original strand, 17505687 - 17506013
Alignment:
Q  16 gagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 115  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17505687 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 17505786  T
Q  116 tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  17505787 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacat 17505886  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  17505887 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttgg 17505986  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  17505987 ggagtgagtcataagttattctgcaca 17506013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 16 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 17547527 - 17547201
Alignment:
Q  16 gagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 115  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547527 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 17547428  T
Q  116 tgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||    
T  17547427 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacat 17547328  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  17547327 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttgg 17547228  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  17547227 ggagtgagtcataagttattctgcaca 17547201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 161 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 38828302 - 38828123
Alignment:
Q  161 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 260  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||| |||||  ||||||| |||    
T  38828302 tatgttgctattgattgaatatgatttgttgctgactgctggtttgtgcatagctgcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgagttgtaaagtt 38828203  T
Q  261 gcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38828202 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcac 38828123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 35366293 - 35366117
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||| ||      
T  35366293 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaattgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaagttttg 35366195  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35366194 a-gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 35366117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 13733586 - 13733760
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  13733586 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 13733682  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  13733683 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcac 13733760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 193 - 342
Target Start/End: Original strand, 21065238 - 21065387
Alignment:
Q  193 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcata 291  Q
    |||||| || ||| ||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21065238 tgattgctgatttgtgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgcgttgtaaaagttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 21065337  T
Q  292 ggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21065338 ggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 21065387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 13395517 - 13395692
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  13395517 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 13395614  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  13395615 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 13395692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 48785380 - 48785205
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  48785380 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 48785283  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  48785282 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 48785205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 161 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4993555 - 4993397
Alignment:
Q  161 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 260  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| |     
T  4993555 tatgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgatggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tg 4993458  T
Q  261 gcaagttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4993457 gcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 4993397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Original strand, 124324 - 124381
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  124324 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 124381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Original strand, 709467 - 709516
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  709467 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 709516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 14421933 - 14421884
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  14421933 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 14421884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 41055615 - 41055566
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  41055615 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 41055566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Original strand, 47975822 - 47975871
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  47975822 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 47975871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 293 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 11661255 - 11661220
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcata 328  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11661255 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcata 11661220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 16462176 - 16462127
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  16462176 gttgttgatattgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 16462127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Original strand, 45134823 - 45135152
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45134823 cagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 45134922  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45134923 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 45135022  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  45135023 aatgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 45135122  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45135123 tgggaagtaagtcataagttattatgcaca 45135152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Original strand, 6608172 - 6608499
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6608172 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaac-gaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt 6608270  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  6608271 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 6608370  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6608371 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 6608470  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6608471 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 6608499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Original strand, 7300980 - 7301306
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7300980 cagagaggacgtttgtaatgtttaatgacatcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 7301079  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7301080 gttgtatatgatggttattatggtcgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgttgattgttggtttatgcataa 7301177  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  7301178 atgcattcaattagattatacaagatgttagttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttggccaagtt 7301277  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7301278 ggggagtaagtcataagttattatgcaca 7301306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Original strand, 21415144 - 21415294
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  21415144 cagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatactt 21415243  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatg 164  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  21415244 gttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattattatatg 21415294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 364020 - 363842
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  364020 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 363922  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  363921 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 363842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 44432093 - 44431915
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  44432093 tgttgttgttgattgagtatgatt-gttgctgattgatggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 44431995  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  44431994 caagttgtcgttctaaataacggagtcatatgttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 44431915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 24707859 - 24708035
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaat-atgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttg 261  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||    
T  24707859 tgttgctgttgattgaattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttcgggttgtaag-ttg 24707956  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
      ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  24707957 tgagttgtcattataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcac 24708035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 22145439 - 22145614
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  22145439 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 22145536  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  22145537 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 22145614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 22059443 - 22059618
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||  |||| ||||  |||||||| | ||    
T  22059443 tgttgctgttgattgatcatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagattgtacaatgtgttagttcgagttgtaag-tggc 22059540  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  22059541 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 22059618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 163 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 17795464 - 17795308
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||| | | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  17795464 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttctacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 17795367  T
Q  263 aagttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
     |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17795366 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 17795308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 163 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 28854018 - 28853862
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| |||||||| || || | |||||  |||||||||| |||||||| | ||    
T  28854018 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaattgcattcagttagaatgtacaatgtgttggttcaagttgtaag-tggc 28853921  T
Q  263 aagttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
      ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28853920 gggttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 28853862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 163 - 279
Target Start/End: Original strand, 10829505 - 10829619
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||||||| | ||  ||||| || |||||||| |||||||||  ||||||| |||||    
T  10829505 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcataactacaaacaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgc 10829602  T
Q  263 aagttgtcgttctaagt 279  Q
     ||||||||||||||||    
T  10829603 gagttgtcgttctaagt 10829619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 17614884 - 17614811
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  17614884 tgtcattctaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 17614811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9374 - 9045
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9374 cagagaggatgttggtaaggtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 9275  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  9274 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattgttatatgttgttgttgaattgaatatgattcgctgctgattgttggtttatgcata 9175  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  9174 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaactgagtcataggttgttgatgttgaccatgt 9075  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9074 tggggagtaagtcataagttattatgcaca 9045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 10927 - 11102
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  10927 tgttactgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 11024  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  11025 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 11102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 20579668 - 20579337
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  20579668 cagagaggatgtttgtagtgtttaatgacgtcgacttaggtcgatgaacaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactc 20579569  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattat---atgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgc 209  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||   |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20579568 gttgtatatgatggttattattgttgt-gtctcgctacttattattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgc 20579470  T
Q  210 ataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgacca 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||    
T  20579469 ataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcgggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagccataggttgttgatgttggcca 20579370  T
Q  310 agttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20579369 agttggggagtaagtcataagttactatgcaca 20579337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 161 - 341
Target Start/End: Original strand, 2333021 - 2333200
Alignment:
Q  161 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 260  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||  ||||  ||||||| |||    
T  2333021 tatgttgctattgattgaatatgttttgttgctgactgctggtttgtgcataactgcattcaattagaatatacaaggtgtgagttcgagttgtaaagtt 2333120  T
Q  261 gcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2333121 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcac 2333200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 294267 - 294089
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta-aggttg 261  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| |||  ||||  |||||| | ||||    
T  294267 tgttgctgttaattgaatatgatt-gttgctgattgctagtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaagttcgagttgtagaagttg 294169  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  294168 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 294089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 24087485 - 24087311
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||| | ||||||| | || |  ||| |||||||||| ||| | ||||||||| || |||||||| |||||||  || ||||||| ||||    
T  24087485 tgttgctgttgattaattatgatt-gttgatttttgctggtttatgcttaactacattcaattagaatatacaaggtgttggtcgag-ttgtaag-ttgc 24087389  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  24087388 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 24087311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 20631383 - 20631208
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  20631383 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 20631286  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  20631285 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 20631208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 37358538 - 37358364
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  37358538 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcagttagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 37358442  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  37358441 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcac 37358364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 36181642 - 36181467
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  36181642 tgttgttgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 36181545  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  36181544 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 36181467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Original strand, 14432406 - 14432581
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| | ||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | | |||  |||| ||||  |||||||| | ||    
T  14432406 tgttgctgttgattgattgtgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgttcaatgtgttagttcgagttgtaag-tggc 14432503  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14432504 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 14432581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 193 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 296558 - 296431
Alignment:
Q  193 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggggtcata 291  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  296558 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 296460  T
Q  292 ggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  296459 ggttgttgatgttgaccaagttggggagt 296431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 163 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 45307357 - 45307201
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  45307357 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 45307260  T
Q  263 aagttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
     |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45307259 gagttgtcgtttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 45307201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 267 - 341
Target Start/End: Original strand, 22900406 - 22900479
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  22900406 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcac 22900479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Original strand, 20438131 - 20438180
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  20438131 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 20438180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 28312497 - 28312448
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  28312497 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 28312448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Original strand, 8548 - 8726
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  8548 tgttgttgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 8646  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8647 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 8726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 2057 - 1911
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  2057 cagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatactt 1958  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattatta 160  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||    
T  1957 gttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatta 1911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 164 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 2570 - 2393
Alignment:
Q  164 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgc 262  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  |||||    
T  2570 gttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 2472  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2471 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 2393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 163 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 138007 - 137829
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt-g 261  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  || |    
T  138007 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaacttcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaatttg 137909  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  137908 caagttgtcgttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaca 137829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 164 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 162515 - 162355
Alignment:
Q  164 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgc 262  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  |||||    
T  162515 gttgctgttgattgattatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 162417  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagt 324  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  162416 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagt 162355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 169 - 341
Target Start/End: Original strand, 134027 - 134195
Alignment:
Q  169 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttg 268  Q
    |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||  |||||    
T  134027 tgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtgagttg 134123  T
Q  269 tcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  134124 tcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcac 134195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 1716 - 1592
Alignment:
Q  215 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttg 314  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||| | ||||     
T  1716 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcttaggtgggtgatgttgatcgagttt 1618  T
Q  315 gggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||    
T  1617 gggagtgagtcat-agttattatgcac 1592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 33134 - 33077
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33134 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 33077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Original strand, 81678 - 81735
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggggtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  81678 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 81735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 132900 - 132864
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataa 329  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  132900 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataa 132864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0337 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0337
Description:

Target: scaffold0337; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Original strand, 9857 - 9906
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  |||||||||    
T  9857 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcaca 9906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 21221 - 21172
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca 342  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||    
T  21221 gttgttaatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcaca 21172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University