View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11300_low_1 (Length: 902)

Name: NF11300_low_1
Description: NF11300
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11300_low_1
NF11300_low_1
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (13-886)||(3809404-3810280)
chr4 (13-886)||(3986386-3987259)
chr4 (13-878)||(3800977-3801842)
chr4 (16-828)||(4024626-4025432)
chr4 (13-886)||(4009387-4010260)
chr4 (13-597)||(3919893-3920477)
chr4 (13-886)||(4218031-4218907)
chr4 (13-597)||(3816987-3817571)
chr4 (13-598)||(3933116-3933701)
chr4 (13-885)||(4001697-4002562)
chr4 (13-517)||(3955723-3956221)
chr4 (13-318)||(4018108-4018413)
chr4 (13-321)||(3963692-3964000)
chr4 (678-886)||(3817640-3817848)
chr4 (695-878)||(3932848-3933031)
chr4 (695-848)||(3919654-3919807)
chr4 (546-655)||(3954498-3954607)
chr4 (696-802)||(3954368-3954474)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-885)||(13397338-13398213)
[»] scaffold1360 (1 HSPs)
scaffold1360 (755-878)||(1843-1966)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (755-802)||(7069135-7069182)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 886
Target Start/End: Original strand, 3809404 - 3810280
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  3809404 ctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaacccattgaagaa 3809503  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  3809504 acatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttctaagt 3809603  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |  || ||    
T  3809604 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatattagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcatattcggtcaccc 3809703  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagt---ttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaac 409  Q
    |||||||||||||| ||||||||     |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||    
T  3809704 tctttgatacatcacaaaactgatcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagttcttcagtaggacccaataccccaac 3809803  T
Q  410 ctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgactt 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  3809804 ctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcatattgaaaccaatcacaactt 3809903  T
Q  510 ccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaat 609  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809904 ccaaataatttttccagctgatctgtacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaat 3810003  T
Q  610 ttggtgtatcaattttcacatcttctgccaatagtttagaaaaaagtttatttcttaaagaatccattccatgtcttgttaactcttcacttaccttttc 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3810004 ttggtgtatcaattttcacatcttctgccaatagtttagaaaaaagtttattttttaaagaatccattccatgtcttgttaactcttcacttaccttttc 3810103  T
Q  710 cacgaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccgataaca 809  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3810104 caagaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccacccataccccaaattccgataaca 3810203  T
Q  810 ggggccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgtaatagatttgtcaattccaacaagttcttttga 886  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3810204 ggggccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgaaatagatttgtcaattccaacaagttcttttga 3810280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 886
Target Start/End: Original strand, 3986386 - 3987259
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3986386 ctttcaacctttctatcccaacagccactgaattatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaagaa 3986485  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||    
T  3986486 acatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcgtaactgagtttcactacatcatgaacttttttaactggcagtcttttaagt 3986585  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||    
T  3986586 ttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataattgaccaccc 3986685  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctc 412  Q
    |||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  3986686 tctttgatatttcatcaaactcagtttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagtgcaagtgcatcactagaatccaataccccaacctc 3986785  T
Q  413 aaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttcca 512  Q
    | |  ||||||| |  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||| || || |     
T  3986786 atatcgatcatcatcgtcaacttcattatcaaaaagtacttgcttatctctggctgttagaattattctactatctgattgaaaccagtcaagagtttcg 3986885  T
Q  513 aataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaatttg 612  Q
    |||||| | || |||||||||    |||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| | ||||| |||||    
T  3986886 aataacatctctagctgatcttcgtccttaacatcatcaagaatgataagaaccttcatgcgtccaattcgtctctcaatatcactggacaacctatttg 3986985  T
Q  613 gtgtatcaattttcacatcttctgccaatagtttagaaaaaagtttatttcttaaagaatccattccatgtcttgttaactcttcacttaccttttccac 712  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||  | | | ||||||| || |||||||||  | |||||| |||||| |||||| |||     
T  3986986 gtgtatcaattttcacatcttcggccaatattttagtaaaaagggtttcttttaaagattctattccatgtaattttaacttttcactcacctttgccaa 3987085  T
Q  713 gaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccgataacaggg 812  Q
     ||||||||||||||||||||||| | | |||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||| || ||| ||    
T  3987086 aaaacaacaaccatcatattcagagcgattttggttaaaaatttcttctgcaatagttgtcttgccaatgccaggcataccccaaattccaatcacacgg 3987185  T
Q  813 gccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgtaatagatttgtcaattccaacaagttcttttga 886  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  3987186 accttttgtgactctttctttaacaatgaatttaaatgtgcaattgatttgtcaattccaataagtccttttga 3987259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 878
Target Start/End: Original strand, 3800977 - 3801842
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  3800977 cttttaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaa 3801076  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3801077 acatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttcttgaattggcagtcttttaagt 3801176  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||    
T  3801177 ttgtctagcagactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccc 3801276  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctc 412  Q
    |||||||||  |||||  |||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3801277 tctttgatagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctc 3801376  T
Q  413 aaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttcca 512  Q
    | | |||||||| | ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  3801377 atatagatcatcgtcatacacttcattaggaataagtacttgcttatctctacttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttcca 3801476  T
Q  513 aataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaatttg 612  Q
    |||||| | || ||| || ||    |||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||  || | ||||| | ||| ||||| |||||    
T  3801477 aataacatctctagcagaccttcttccttaatatcatcaagatcaataagaaccttcatacggccaatccttctatgaatattattagacaacccatttg 3801576  T
Q  613 gtgtatcaattttcacatcttctgccaatagtttagaaaaaag-tttatttcttaaagaatccattccatgtcttgttaactcttcacttaccttttcca 711  Q
    ||| ||| ||||||||||||||    ||||| ||||||||||| |||  || |||||   |  |||||| | |||  ||| ||   ||| || |||  ||    
T  3801577 gtgaatcgattttcacatcttcatttaataggttagaaaaaagcttttctttttaaattgt-tattccacgccttcctaattccaaactcacatttgaca 3801675  T
Q  712 cgaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccgataacagg 811  Q
      ||||||||||||||||||||| | | | |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  3801676 taaaacaacaaccatcatattcaaagcgattttggttaaatatttcttctgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccaataacacg 3801775  T
Q  812 ggccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgtaatagatttgtcaattccaacaagt 878  Q
    | |||||   |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| | | |||| ||||||| ||||    
T  3801776 gacctttcccgactctttgtttaacaatgaattcaaatgtgcaattggtctgtccattccaataagt 3801842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 828
Target Start/End: Original strand, 4024626 - 4025432
Alignment:
Q  16 tcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaaaca 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  4024626 tcaacctttctaaaccaacagccactgaattatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaaca 4024725  T
Q  116 agcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagtttg 215  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4024726 tgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttg 4024825  T
Q  216 tctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcctct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || | |||    
T  4024826 tctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttct 4024925  T
Q  316 ttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctcaaa 415  Q
    ||||||  ||| |  ||   ||||||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  4024926 ttgatagctcaaagtacaccgtttcaagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcata 4025025  T
Q  416 cagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttccaaat 515  Q
     |      | | |||||||||||||  ||||||||||||| | ||||| | ||| | |||||| |||||||||||| ||| ||||||| |  ||||||||    
T  4025026 ta------catgatcaacttcattacaaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaat 4025119  T
Q  516 aacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaatttggtg 615  Q
    ||| | || | |||| ||    |||| | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  4025120 aacatctctatctgaccttcttccttaacgtcatcaagaacaataaggaccttcatacggccaatccttctctcaatataactagacaacccatttggtg 4025219  T
Q  616 tatcaattttcacatcttctgccaatagtttagaaaaaagtttatttcttaaagaatccattccatgtcttgttaactcttcacttaccttttccacgaa 715  Q
     ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | | | ||| |    ||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||  ||    
T  4025220 aatcgattttcacatcttctgctaatagtctagaaaaaagtttttctttcaaaaatgttattccatgtcttcctaattcttcacttacctttgccaaaaa 4025319  T
Q  716 acaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccgataacaggggcc 815  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| |||| | ||| | |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |  ||    
T  4025320 acaacaaccttcatattcagagcaattttgtttaaaaatttcttcggcaatagttgtcttgccaatacctcccataccccaaattccaataacacgaacc 4025419  T
Q  816 ttttgtgactctt 828  Q
    |||| ||||||||    
T  4025420 ttttctgactctt 4025432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 886
Target Start/End: Original strand, 4009387 - 4010260
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  4009387 cttttaacctttctaacccaatagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctcaacccgttgaagaa 4009486  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| | || ||||| | | |||||||||||||||    
T  4009487 acatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaatttttttattcggcagtcttttaagt 4009586  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| || | |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||       
T  4009587 ttgtccagctgactttcccattcttccttgtcttttccacgaagtagatgagccaaaacttcaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccactt 4009686  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctc 412  Q
    ||||||||| ||||||  |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  4009687 tctttgatagatcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctg 4009786  T
Q  413 aaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttcca 512  Q
    | | |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||| |    
T  4009787 atatagatcatcatcttcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagttgttaaaattattctactatcggatcgaaaccaatcaagagttcta 4009886  T
Q  513 aataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaatttg 612  Q
    |||||| | || |||||| ||    |||| |  ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||  ||| || ||| | ||| ||||| |||||    
T  4009887 aataacatctctagctgaccttcttccttaacatcatcaagaacaataagaaccttcatacgaccaatccttctcacagtataattagacaacccatttg 4009986  T
Q  613 gtgtatcaattttcacatcttctgccaatagtttagaaaaaagtttatttcttaaagaatccattccatgtcttgttaactcttcacttaccttttccac 712  Q
    | | |   ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | | | ||| |     |||||||||||  ||| |  || |||||||||||||     
T  4009987 gcgaacggattttcacatcttctgctaatagtgtagaaaaaagtttttctttcaaaaatgttcttccatgtcttcctaattgctcgcttaccttttccaa 4010086  T
Q  713 gaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccgataacaggg 812  Q
     ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||| | ||||  |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| || |||  |    
T  4010087 aaaacaacaaccttcatattcagagcaattttggttaaaaatttctcctgcaatagttgtcttgccaatacttcccatgccccaaattccaatgacactg 4010186  T
Q  813 gccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgtaatagatttgtcaattccaacaagttcttttga 886  Q
     |||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||    
T  4010187 accttttctgactctttttgtaacaatgaattcaaatgtgcaattgatttgtcaattccaataagtccttttga 4010260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 3920477 - 3919893
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  3920477 ctttcaagctttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaa 3920378  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3920377 acatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagt 3920278  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||    
T  3920277 ttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccc 3920178  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctc 412  Q
    |||||||||  |||||  |||   ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  3920177 tctttgatagctcatagtactccatttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctc 3920078  T
Q  413 aaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttcca 512  Q
    | | ||| |||| | ||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  3920077 atatagaccatcatgatcaacttcattagtccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttcca 3919978  T
Q  513 aataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcac 597  Q
    |||||| | || ||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||    
T  3919977 aataacatctcgagctgatctgtctccttgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatccgtctctttatatcac 3919893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 886
Target Start/End: Original strand, 4218031 - 4218907
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  4218031 ctttcaacctttctaacccaacggccactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaa 4218130  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||| | || || || ||||||||||| | |||  |||    
T  4218131 acatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaagagatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaatttcttgaattggcactttttccagt 4218230  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttatt---ttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggacca 309  Q
    || ||||| |||    ||||   ||  |||||   ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4218231 ttttctagttgataaacccacgttttcttattatgttttccacgaaacatatgacccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgacca 4218330  T
Q  310 tcctctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaac 409  Q
     | ||||||||| ||| ||  ||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||| ||||    
T  4218331 ccttctttgatagatcgtagtacttaatttcaagatgactttctttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcatcgctagaattcaataccccaac 4218430  T
Q  410 ctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgactt 509  Q
     ||| | | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||| || ||    
T  4218431 ttcatatacatcatcatcatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctagatgttacaatgattctactatcggatcgaaaccaatcaagagtt 4218530  T
Q  510 ccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaat 609  Q
    ||||||||| | || ||| || ||    |||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||  || | ||||| | ||| ||||| ||    
T  4218531 ccaaataacatctctagcagaccttcttccttaatatcatcaagaacaataagaaccttcatacggtcaatccttctatgaatattattagacaacccat 4218630  T
Q  610 ttggtgtatcaattttcacatcttctgccaatagtttagaaaaaagtttatttcttaaagaatccattccatgtcttgttaactcttcacttaccttttc 709  Q
    ||| || ||| ||||||||||||||    ||||| |||||||||||  | | | ||||| |    |||||| | |||  |||  |   ||| || |||      
T  4218631 ttgatgaatcgattttcacatcttcatttaataggttagaaaaaagcatttcttttaaaaatgttattccacgactttgtaatcccaaactcacatttga 4218730  T
Q  710 cacgaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccgataaca 809  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4218731 cataaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccaataaca 4218830  T
Q  810 ggggccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgtaatagatttgtcaattccaacaagttcttttga 886  Q
     || |||||   |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| | |||||| ||||||| |||| |||||||    
T  4218831 cggacctttcccgactctttgtttaacaatgaattcaaatgtgcaattggtttgtccattccaataagtccttttga 4218907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 597
Target Start/End: Original strand, 3816987 - 3817571
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||    
T  3816987 ctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaacccattgaagaa 3817086  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  3817087 acatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattgcatcataaactttttgaactggcagtcttctaagt 3817186  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||  |    
T  3817187 ttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagctaaaaccttaagaactaacggaatccctttggcataattgaccacac 3817286  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctc 412  Q
    |||||||||  |||||  |||   ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3817287 tctttgatagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcgaattgaaaagcacaagtgcttcactagaatccaataccccaacctc 3817386  T
Q  413 aaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttcca 512  Q
    | | | |||||| |  ||||||||||||    | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  3817387 atatatatcatcatcttcaacttcattattccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttcca 3817486  T
Q  513 aataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcac 597  Q
    |||||| | || ||||||||| |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||||    
T  3817487 aataacatctcgagctgatctgtctccttgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatccgtctctttatatcac 3817571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 13 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 3933701 - 3933116
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||| ||    
T  3933701 ctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatccaacccattgaagaa 3933602  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3933601 acatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactaagcctcattacatcatgaacttttggaattggcagtcttttaagt 3933502  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||    
T  3933501 ttgtctagcttactttcccatacttctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccc 3933402  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctc 412  Q
    ||| |||||  |||||  |||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  3933401 tctctgatagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctc 3933302  T
Q  413 aaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttcca 512  Q
    | | |||||||| |||||||||||||| | || ||| |||||||||| |||    |||| |||||||||||||||  || ||||||||||| ||  ||||    
T  3933301 acatagatcatcattatcaacttcattggtaacaagcacttgcttatttctactggttacaattattctactatctaatcgaaaccaatcaagagatcca 3933202  T
Q  513 aataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcact 598  Q
    |||||| | || ||| ||||| |  | ||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||    
T  3933201 aataacatctctagcagatctgtttcattgacatcatcaagaacaataagaactttcatgcggccgatccgtctctcaataccact 3933116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 13 - 885
Target Start/End: Original strand, 4001697 - 4002562
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||   ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  4001697 ctttcaacctttctaaaccaacaaccactgaattgtcactttcagtctctt--aatagatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaa 4001794  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||||||    
T  4001795 acatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcataaacttttttacttggaagttttttaagt 4001894  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    || || |||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||| |||||    |||| ||    
T  4001895 ttatcaagctgactttcccatacttccttaacttttccacgaagtaaatgagccaaaactttaacacctaatggaattccttttgcatacgcaaccaccc 4001994  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctc 412  Q
    |||||||||  |||||  |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||  | ||| ||| |||| ||    
T  4001995 tctttgatagctcatagtactccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaatgaaaaagctcaagtgcctcactaggtttcaacaccccaacttc 4002094  T
Q  413 aaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttcca 512  Q
    | | | ||||     |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |  |||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||| || |||||    
T  4002095 atatatatca-----atcaacttcattagtaataagtacttgcttgtctctagtcgttacaattatcctactatcggatcgaaaccaatcaagagttcca 4002189  T
Q  513 aataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaatttg 612  Q
    |||||| | || |  ||| ||    |||| |  ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||| | ||| || || |||||    
T  4002190 aataacatctctatttgaccttcttccttaacatcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatcatcctctgaatataattagacagcccatttg 4002289  T
Q  613 gtgtatcaattttcacatcttctgccaatagtttagaaaaaagtttatttcttaaagaatccattccatgtcttgttaactcttcacttaccttttccac 712  Q
    ||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || | | ||||| |    |||||||| |||  | | |||||||||||||||||||     
T  4002290 gtgaattaattttcacatcttctgctaatagtgtagaaaaaagcttttcttttaaaaatgttattccatgccttcctgattcttcacttaccttttccaa 4002389  T
Q  713 gaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccgataacaggg 812  Q
     |||||| |||| ||||||||||| ||| || ||| ||| | |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| ||    
T  4002390 aaaacaaaaaccttcatattcagagcaacttcggttaaaaacttcttcagcaatagttgtcttgccaatacctcccataccccaaattccaatgacacgg 4002489  T
Q  813 gccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgtaatagatttgtcaattccaacaagttcttttg 885  Q
     |||||| | ||| ||    |||||||||||  ||||||| ||  | |||| ||||||||| |||| ||||||    
T  4002490 accttttctaactgttgacgtaacaatgattctaaatgtgcaactggtttgccaattccaataagtccttttg 4002562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 13 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 3956221 - 3955723
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  3956221 ctttcaacctttctaaaccaacagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaagaa 3956122  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| | || ||||| | |||||||||||||||||    
T  3956121 acatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaaattttttatttggcagtcttttaagt 3956022  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |     
T  3956021 ttgtccagctgactttcccattcttccttgtcttttccacgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcacct 3955922  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctc 412  Q
    ||||||| |  |||||  |||   |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||| |||| ||    
T  3955921 tctttgaaagctcatagtactccatttcaagatgactttgattaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaacttc 3955822  T
Q  413 aaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgacttcca 512  Q
    | | | |||      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||   ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||    
T  3955821 atatatatc------atcaacttcattagtaataagtacttgcttgtctctaattgttacaattattctactatcagatcgaaaccaatcaagagttcca 3955728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 13 - 318
Target Start/End: Original strand, 4018108 - 4018413
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||| ||||| |||||||||||| |  | |||||||||||    
T  4018108 ctttcaacctttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagtccactttcaaatttgatccattgaaaaa 4018207  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||| |||| |||||  ||||||||||   | ||| |||||||||||||| | |||| ||||||| | |||||||| | |||||| | |||||||     
T  4018208 acatgcaagatctgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatcataactcaatctcgttacatcttgaacttttttacttggcatttttttaagc 4018307  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    |||||||| |||||||||||||||   |||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||    
T  4018308 ttgtctagttgactttcccatactagcttatcttttccgcgaagaagatgagccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattgaccaccc 4018407  T
Q  313 tctttg 318  Q
    ||||||    
T  4018408 tctttg 4018413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 3964000 - 3963692
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| | ||| |||||||||||| || |||||||||||||    
T  3964000 ctttcaacctttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaa 3963901  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||||||||||||||  ||||| ||||   | ||| |||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||| | |||||| | || ||||     
T  3963900 acatgcaatatctaaaaaaatcttttgctcttcgcgatctagatcatcataactcaatctcattacatcttgaacttttttacttggcatttttctaagc 3963801  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    |||||||| |||||||||||||||   |||| |||||| || |  | ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||| ||    
T  3963800 ttgtctagttgactttcccatactagcttatcttttccgcggacaagatgcgccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattcaccaccc 3963701  T
Q  313 tctttgata 321  Q
    |||||||||    
T  3963700 tctttgata 3963692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 678 - 886
Target Start/End: Original strand, 3817640 - 3817848
Alignment:
Q  678 ccatgtcttgttaactcttcacttaccttttccacgaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgc 777  Q
    |||||| || |||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  3817640 ccatgtgtttttaacctttcactgaccttttccaagaaacaacaaccatcataatcggaacgattttggctaaatatttcttctgcaatagttgtcttgc 3817739  T
Q  778 caataccgcccataccccaaattccgataacaggggccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgtaatagatttgtcaattccaacaag 877  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||  | ||| | ||||||||||||||||||    
T  3817740 caataccgcccatgccccaaattccaataacacggacctgttctgactctttctttaacaatgaattcaaatccgcaattggtttgtcaattccaacaag 3817839  T
Q  878 ttcttttga 886  Q
    |||||||||    
T  3817840 ttcttttga 3817848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 695 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 3933031 - 3932848
Alignment:
Q  695 ttcacttaccttttccacgaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccc 794  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3933031 ttcactgaccttttccaagaaacaacaaccatcataatcggaacgattttggctaaatatttcttctgcaatagttgtcttgccaataccgcccatgccc 3932932  T
Q  795 caaattccgataacaggggccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgtaatagatttgtcaattccaacaagt 878  Q
    |||||||| |||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| | |||||||||||||||||||    
T  3932931 caaattccaataacacggacctgttctgactctttctttaacaatgaattcaaatctgcaattggtttgtcaattccaacaagt 3932848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 695 - 848
Target Start/End: Complemental strand, 3919807 - 3919654
Alignment:
Q  695 ttcacttaccttttccacgaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccc 794  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || |||| | |||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3919807 ttcactgaccttttccaagaaacaacaaccatcataatcggaacgattttggctaaatatttcttctgcaatagttgtcttgccaataccgcccatgccc 3919708  T
Q  795 caaattccgataacaggggccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaa 848  Q
    |||||||| |||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3919707 caaattccaataacacggacctgttctgactctttctttaacaatgaattcaaa 3919654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 546 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 3954607 - 3954498
Alignment:
Q  546 tcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaatttggtgtatcaattttcacatcttctgccaatagtt 645  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||| | ||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||     
T  3954607 tcatcaagaacaataagaaccttcatacggccaatccttctctgaatattattagacaacccatttggtgaatcgattttcacatcttctgctaatagtg 3954508  T
Q  646 tagaaaaaag 655  Q
    | ||||||||    
T  3954507 ttgaaaaaag 3954498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 696 - 802
Target Start/End: Complemental strand, 3954474 - 3954368
Alignment:
Q  696 tcacttaccttttccacgaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccatacccc 795  Q
    ||||| |||||| |||  ||||||||||| ||||||||||| ||| || ||| | | | |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3954474 tcactcacctttgccaaaaaacaacaaccttcatattcagagcaacttcggttataaacttcttcagcaatagttgtcttgccaatacctcccatacccc 3954375  T
Q  796 aaattcc 802  Q
    |||||||    
T  3954374 aaattcc 3954368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 885
Target Start/End: Original strand, 13397338 - 13398213
Alignment:
Q  13 ctttcaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcataatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaaaaa 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| ||    
T  13397338 ctttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaactcatcccgttgaagaa 13397437  T
Q  113 acaagcaatatctaaaaaatactttttctctaaaccatcaagatcatcataacttagtctcattacatcataaactttttgaattggcagtcttttaagt 212  Q
    ||| |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13397438 acatgcaatatctaaaaaatacttctgctctaaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaactttttgaattggcagtcttttaagt 13397537  T
Q  213 ttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcataatggaccatcc 312  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||    
T  13397538 ttgtctagctgactttcccatagttctttattctttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatgggattcctttggcataatcgaccaccc 13397637  T
Q  313 tctttgatacatcataaaactgagtttcaagatgactttgtttaaagacattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaatacctcaacctc 412  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  13397638 tctttgatacatcataaaactcgttttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctc 13397737  T
Q  413 a---aacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactatcagattgaaaccaatcacgactt 509  Q
    |   ||   |||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  13397738 atataaagcatcatcatcaacaacttcattagcaataagtacttgcttatccctggttgttataattattctactatcagatcgaaaccaatcaagagtt 13397837  T
Q  510 ccaaataacttttccagctgatctctacccttgatgtcatcaagaacgataagaaccttcatgcggccaatccgcctctcaatatcactaggcaaccaat 609  Q
    ||||||||| | ||||||||| ||    || | |  ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||  |||| ||||| ||||||||||| ||    
T  13397838 ccaaataacatctccagctgaccttcttccgtaacatcatcaagaacaataagaaccttcatatggccaatccttctctgaatataactaggcaacccat 13397937  T
Q  610 ttggtgtatcaattttcacatcttctgccaatagtttagaaaaaagtttatttcttaaagaatccattccatgtcttgttaactcttcacttaccttttc 709  Q
    ||| || ||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||| || | | ||||| |  | |||||||| |||  ||| |||||||| |||||| |    
T  13397938 ttgatgaatcgatttttacatcttctgctaatagtgtagaaacaagcttttcttttaaaaacgctattccatgccttcctaattcttcactcacctttgc 13398037  T
Q  710 cacgaaacaacaaccatcatattcagaacaaatttggtcaaataattcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccgataaca 809  Q
    ||  |||||||| || |||||||||||||||||||| | ||| | |||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||     
T  13398038 caaaaaacaacatccttcatattcagaacaaatttgattaaaaatttcttcggcaatagttgtctttccaatacctcccataccccaaataccaattacg 13398137  T
Q  810 ggggccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgtaatagatttgtcaattccaacaagttcttttg 885  Q
     |  |||||| ||||||||  | |||||||| ||  ||||||| ||| | ||| |||||||||| |||| ||||||    
T  13398138 cgaaccttttctgactcttgatgtaacaatggttctaaatgtgcaattgctttctcaattccaataagtccttttg 13398213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1360 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold1360
Description:

Target: scaffold1360; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 755 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 1966 - 1843
Alignment:
Q  755 ttcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattccgataacaggggccttttgtgactctttctttaacaatgatttcaaatgtgta 854  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| || |    
T  1966 ttcttctgcaatagttgtcttgccaataccgcccatgccccaaattccaataacacggacctgttctgactctttctttaacaatgaattcaaatctgca 1867  T
Q  855 atagatttgtcaattccaacaagt 878  Q
    || | |||||||||||||||||||    
T  1866 attggtttgtcaattccaacaagt 1843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 755 - 802
Target Start/End: Original strand, 7069135 - 7069182
Alignment:
Q  755 ttcttttgcaatagttgtcttgccaataccgcccataccccaaattcc 802  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||    
T  7069135 ttcttctgcaatagttgtctttccaataccactcataccccaaattcc 7069182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University