View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11301_high_3 (Length: 795)

Name: NF11301_high_3
Description: NF11301
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11301_high_3
NF11301_high_3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-779)||(38911422-38912188)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 739; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 739; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 779
Target Start/End: Original strand, 38911422 - 38912188
Alignment:
Q  13 gaacataatcacaattcaattcgcaatgcgaagaagtattttaagtctgctatggatcttgcggttagtctgaaagagaatccgccaaataataagtctt 112  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38911422 gaacatgatcacaattcaattcgtaatgcgaagaagtattttaagtctgctatggatcttgcggttagtctgaaagagaatccgccaaataataagtctt 38911521  T
Q  113 cctttttgaaggaatatattgatgcttataataacattggtatgcttgaaatggaacttgataacttgcacgatgcagaggatatacttaggagaggatt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38911522 cctttttgaaggaatatattgatgcttataataacattggtatgcttgaaatggaacttgataacttgcacgatgcagagaatatacttaggagaggatt 38911621  T
Q  213 gaagatttgtgacgaagaggagattagtgagcatgacgatgggcgtagtaggttacatcataatttagggaatgtgtatatggaattgaggaggtggaat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38911622 gaagatttgtgacgaagaggagattagtgagcatgacgatgggcgtagtaggttacatcataatttagggaatgtgtatatggaattgaggaggtggaat 38911721  T
Q  313 gacgctatgaagaatatgaagagggatattttgatttgtcataaaattggacattgtcaaggggaagctaaagggtatattaatcttggtgaagtgcatt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38911722 gacgctatgaagaatatgaagagggatattttgatttgtcataaaattggacattgtcaaggggaagctaaagggtatattaatcttggtgaagtgcatt 38911821  T
Q  413 accggactcagaagtatgaagaggcgcggtcttgttatgagaaggcgcttggtttggcgaagtctttagaggatgaggatgctttggtcagacaaattaa 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38911822 accggactcagaagtatgaagaggcgcggtcttgttatgagaaggcacttggtttggcgaagtctttagaggatgaggatgctttggtcagacaaattaa 38911921  T
Q  513 tcagaatattgaaactgttaaagaagcagttaaagttatggatgaaatcaagaaagaagagcagaaacttaaaaaactcaagagagatatagcctcggct 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38911922 tcagaatattgaaactgttaaagaagcagttaaagttatggatgaaatcaagaaagaagagcagaaacttaaaaaactcaagagagatatagcctcggct 38912021  T
Q  613 agagggacactgcacgagcgcaagtatctgctgcaggaaaatggggctcttgaatgccttgttgagaaagcaaggatgatcgctgcatgggagaaggtat 712  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38912022 agagggacactgcacgagcgcaagcatctgctgcaggaaaacggggctcttgaacgccttgttgagaaagcaaggatgatcgctgcatgggagaaggtat 38912121  T
Q  713 caattctatctttgtgtatttgtaacataattattttaactaagtatcatttttcatgtaaattata 779  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38912122 caattctatctttgtgtatttgtaacataattattttaactaagtatcatttttcatgtaaattata 38912188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University