View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11307_low_1 (Length: 507)

Name: NF11307_low_1
Description: NF11307
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11307_low_1
NF11307_low_1
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (19-501)||(7192203-7192685)
chr5 (19-450)||(10652779-10653210)
chr5 (19-450)||(10660665-10661096)
chr5 (21-480)||(10763683-10764142)
chr5 (20-395)||(10747650-10748025)
chr5 (20-396)||(10610909-10611285)
chr5 (72-396)||(19606499-19606823)
chr5 (20-349)||(10741380-10741709)
chr5 (18-397)||(10603949-10604328)
chr5 (20-397)||(10217384-10217756)
chr5 (72-500)||(10564278-10564706)
chr5 (41-397)||(10558140-10558496)
chr5 (123-397)||(11049290-11049564)
chr5 (104-347)||(10717623-10717866)
chr5 (72-449)||(10589008-10589385)
chr5 (19-291)||(10601053-10601325)
chr5 (277-397)||(10580447-10580567)
chr5 (41-395)||(9836963-9837317)
chr5 (95-347)||(10550067-10550319)
chr5 (302-347)||(10601324-10601369)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-482)||(17923951-17924413)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (23-470)||(12931481-12931928)
chr6 (20-482)||(12947843-12948305)
chr6 (33-347)||(12898782-12899096)
chr6 (20-486)||(12957277-12957743)
chr6 (33-346)||(12906402-12906715)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (91-398)||(31467794-31468101)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 471; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 471; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 501
Target Start/End: Original strand, 7192203 - 7192685
Alignment:
Q  19 attgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccatt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192203 attgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccatt 7192302  T
Q  119 ggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttag 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7192303 ggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcagttaaaagtcttcaatatttag 7192402  T
Q  219 acctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192403 acctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcga 7192502  T
Q  319 ggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7192503 ggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgc 7192602  T
Q  419 cctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtgcggtatctattcatctcac 501  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7192603 cctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggattatagcagggattgttagtgcggtatctattcttctcac 7192685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 10653210 - 10652779
Alignment:
Q  19 attgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccatt 118  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| || ||||||  || ||||| |||| || |||  |||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  10653210 attgagtggtagcttaccgagagaagtgggtatgctaagaaatatcaatgagttagatatctccgataattatctatcaggtgagattcctagaaccatt 10653111  T
Q  119 ggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttag 218  Q
    || |||||||||  |||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10653110 ggtgaatgcatagtcttagaatacctttctttgcaagggaactcgttcaacggaaccattccatccacattggcttcacttaaaggtcttcaatatttag 10653011  T
Q  219 acctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcga 318  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10653010 acttgtcaagaaatcggttgtatggaccaattccaaatgttctacaaagtatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggaga 10652911  T
Q  319 ggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgc 418  Q
     ||||| | ||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||  ||||||    
T  10652910 agtaccgaaagaaggtgtctttggaaatataagtaggttagttgtgactggaaacgataaactttgtggaggtatttcagagcttcatctacaaccatgc 10652811  T
Q  419 cctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacacca 450  Q
    | || ||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  10652810 cttgccaaagatatgaaatctgcaaaacacca 10652779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 19 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 10661096 - 10660665
Alignment:
Q  19 attgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccatt 118  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||| |||||   | |||||    
T  10661096 attgagtggtagcctaccaatagaagtgggtaaactaataagtatcaacaagctagatgtctcagataattatctatctggtgaaattccagtaaccatt 10660997  T
Q  119 ggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttag 218  Q
    || |||||||||  ||||||   ||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  10660996 ggtgaatgcatagtcttagatagcctttatttgcaagggaactctttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaggtcttcaatatctag 10660897  T
Q  219 acctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcga 318  Q
    || ||||| ||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10660896 acttgtcaggaaatcgattgtctggaccgattccaaatgttctacagaatatatcagttttaaaacacttgaatgtatctttcaacatgttggaaggcga 10660797  T
Q  319 ggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgc 418  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||  ||||||    
T  10660796 ggtaccaatggaaggtgtctttggaaatgtaagcaggttagttgtgactggaaacaataagctttgtggaggtatttcagagcttcatctacaaccatgc 10660697  T
Q  419 cctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacacca 450  Q
    |||| ||||  ||||||   ||||||||||||    
T  10660696 cctgccaaatatattaattttgcaaaacacca 10660665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 4e-73
Query Start/End: Original strand, 21 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 10764142 - 10763683
Alignment:
Q  21 tgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattgg 120  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||| ||| | || ||||||| |||||||||||| ||||||| | | |||||    
T  10764142 tgagtggtagcttaccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgacatgctggatctatctgagaatcatctatctggtgatattcctaaaacaattgg 10764043  T
Q  121 cgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagac 220  Q
     ||||||| |  ||||||||||||    |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||  |||||||    
T  10764042 tgaatgcacaaccttagaataccttcaattgcaagggaactccttcagcggaacaataccatcctctatggcttctctcaaaggtcttcaaagtttagac 10763943  T
Q  221 ctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgagg 320  Q
    || ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||||| | || |||||||| |||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  10763942 ctttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgcaaaatatatctgtttaagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggcgaag 10763843  T
Q  321 taccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccc 420  Q
    |||||||| | || || ||||||||||||  | |  |||  ||||| |||||||| || |||||||||||||||||   ||| | |||||   |||||||    
T  10763842 taccaacaaatggcgtatttggaaatgtatcccaaatagaagtgactggaaacaagaagctttgtggaggtatttcccggctacatctaccatcatgccc 10763743  T
Q  421 tgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttag 480  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||  || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||    
T  10763742 tgtcaagggtattaaacatgcaaaacgacacaagttcaggttgatagcagtgatagttag 10763683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 20 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 10748025 - 10747650
Alignment:
Q  20 ttgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattg 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||  |   |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| | | ||||    
T  10748025 ttgagtggtagcttaccaagagaagtgggtttactaaaaaatattgattggctagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattcctacaacaattg 10747926  T
Q  120 gcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttaga 219  Q
    | || |||| |  ||||||||||||     ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||  || |||||||| |||||||    
T  10747925 gtgattgcacagccttagaataccttcacctgcaagggaactccttcaatggaacaataccatcctctttggcttctctcgaaggtcttcaacatttaga 10747826  T
Q  220 cctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgag 319  Q
    ||| ||||||||||| |||| |||  |||||||| ||||| | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  10747825 cctttcaagaaatcgattgtctgggtcaattcctgatgttatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggtgag 10747726  T
Q  320 gtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtattt 395  Q
    ||||||| | | ||||| ||||||||||||| |||  |||   |||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10747725 gtaccaaaaaatggtgtatttggaaatgtaaccaaagtagaattgattggaaacaataagctttgtggaggtattt 10747650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 396
Target Start/End: Original strand, 10610909 - 10611285
Alignment:
Q  20 ttgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattg 119  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || | ||||||||| || |||||||  ||||||  | |  |||||||| |  |||    
T  10610909 ttgagtggtagcttaccaagagaagtgggtatgctaaaaaatattaatatgctagatgtatctgagaatcaactatcttcttatcttcctagaacagttg 10611008  T
Q  120 gcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttaga 219  Q
    | ||||| ||| | |||||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||    
T  10611009 gtgaatgtataagtttagaataccttcttttgcaaggtaactccttcaatggaacaataccttcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttaga 10611108  T
Q  220 cctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgag 319  Q
    ||| |||| |||||  |||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||    
T  10611109 cctttcaacaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgcaggatatctcatgtttagaacacttgaatgtttcttttaacatgctggaaggtgag 10611208  T
Q  320 gtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttc 396  Q
    || || ||| | ||||||||| |||||| |  |||  ||||  |||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10611209 gtcccgacaaatggtgtctttagaaatgcatccaaagtagcaatgattggaaacaataagctttgtggaggtatttc 10611285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 72 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 19606823 - 19606499
Alignment:
Q  72 tagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacgg 171  Q
    |||||||||| || ||||  || |||||| ||||| ||  | ||||||| ||||||||| |||||||||| || | ||| ||||| ||||||||  ||||    
T  19606823 tagatgtctctgacaatcaactttctggtaacatttctgaaaccattggtgaatgcataagcttagaatatctttattttcaagggaactcctttcacgg 19606724  T
Q  172 aaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatata 271  Q
    || |||||||||||| || ||||| |||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||| |||||| || |||||     
T  19606723 aatcataccatcctctttagcttctcttagaggtcttcgatatttagacctatcaagaaatcggttgactggatcaattcctagtgttctgcaaaatatt 19606624  T
Q  272 tcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaa 371  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || | ||||||||||||||||||||  ||    ||||| |||||||| |    
T  19606623 tctgttttagaatacttgaatgtttcttttaacatgttggatggagaggttcctaaagaaggtgtctttggaaatgctagtgcattagcagtgaccggga 19606524  T
Q  372 acaataaactttgtggaggtatttc 396  Q
    ||||||| |||||||||||||||||    
T  19606523 acaataagctttgtggaggtatttc 19606499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 10741709 - 10741380
Alignment:
Q  20 ttgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattg 119  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  ||| ||||||| | || ||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||    
T  10741709 ttgagtggtagcataccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgacatgctagatctatctgagaatcgtctatctggtgatattcctagaacaattg 10741610  T
Q  120 gcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttaga 219  Q
    | ||||||| |  ||||||||||||    |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| || ||| ||||||||  ||||||    
T  10741609 gtgaatgcacaaccttagaataccttcaattgcaagggaactccttcagcggaacaataccatcctctatggcttctctcaaaggtcttcaaagtttaga 10741510  T
Q  220 cctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgag 319  Q
    ||| ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||||| |  ||| ||| || | ||| ||| |||||||||||||||| ||| | |||||||| |||    
T  10741509 cctttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgaagagtatctctggtttggaatacttgaatgtttcttttaacttattggaaggagag 10741410  T
Q  320 gtaccaacagaaggtgtctttggaaatgta 349  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  10741409 gtaccaacaaatggtgtatttggaaatgta 10741380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 10603949 - 10604328
Alignment:
Q  18 aattgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccat 117  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  |   | |||||||||| || |||| | | | ||| || |||||| || | ||    
T  10603949 aattgagtggtagcttaccaaaagaagtgggtatgctaaaaaatattgattggttagatgtctctgaaaatcatttgtgtggggagattcctggaactat 10604048  T
Q  118 tggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatattta 217  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||| || ||| |||| |||||||||    
T  10604049 tggtgaatgcataagcttagaataccttcgtttgcaagggaactcattcaacggaacaataccatcctcttttgcttctctcaaaggtctacaatattta 10604148  T
Q  218 gacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcg 317  Q
    ||  | ||||||||||  |||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||    |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  10604149 gatatttcaagaaatcaattgtatggaccaattcctgatgttttgcagaatatctctagcttagaacacttgaatgtttcctttaacatgttggaaggtg 10604248  T
Q  318 aggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 397  Q
    |||| |||||| | ||||||||| |||||| || | |  ||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||| ||||||    
T  10604249 aggtgccaacaaacggtgtctttcgaaatgcaacccaagtagcaatgatcggaaattataagctttgtggaggaatttca 10604328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 10217756 - 10217384
Alignment:
Q  20 ttgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattg 119  Q
    ||||| |||||| | ||||||||||| || |||||||||| |||    ||||||||||| || || |||  ||| | |||||| |||||||    |||||    
T  10217756 ttgagcggtagcttgccaagagaagttggcatgctaaaaaatattggtaagctagatgtttctgaaaataatctgtttggtgatattcctat---cattg 10217660  T
Q  120 gcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttaga 219  Q
    | |||||| || |||| ||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||| |||||  |||||||||    
T  10217659 gtgaatgcgtaagcttggaataccttcatttgcaagggaactccttcaatggaacaataccatcctctttggcttcgctcaaaggtcttttatatttaga 10217560  T
Q  220 cctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgag 319  Q
    ||| || |||||||  || |||||| ||||||| |||||  |||||||||| || | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  10217559 cctttccagaaatcaattttatggatcaattccaaatgtcatacagaatatctctggtttaaaacacttgaatgtttcttttaacatgttggaaggggag 10217460  T
Q  320 gtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 397  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| || | || |  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10217459 gtaccaacaaacggtgtctttggaaatgtaa-catg-taacaatgattggaaacaataagctttgtggaggtatttca 10217384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 72 - 500
Target Start/End: Original strand, 10564278 - 10564706
Alignment:
Q  72 tagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacgg 171  Q
    ||||||||||  |||||| | |||||||||| ||||||| ||  ||||||||||| ||| |||||||||| ||  | |||||||| ||| |||||||| |    
T  10564278 tagatgtctctaagaatcatttatctggtgatattcctacagaaattggcgaatgtataagcttagaatatcttatgttgcaagggaacgccttcaacag 10564377  T
Q  172 aaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatata 271  Q
    ||| ||||| |||||  ||||||| || ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||||| | || |||||     
T  10564378 aacaataccgtcctctatggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatgttatgcaaaatatc 10564477  T
Q  272 tcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaa 371  Q
    || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||  | | ||||| ||||||||||||| | |  |||  ||||  ||||    
T  10564478 tctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagatgtaccattaaatggtgtatttggaaatgtaacccaaatagaagtgattggaa 10564577  T
Q  372 acaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagg 471  Q
    |||| || |||||||||||||||||   ||| | |||||  ||||||||| |||| ||||  |||| |||||||||  |||| |||||| |||| ||||     
T  10564578 acaaaaagctttgtggaggtatttcccagctgcatctaccaccatgccctatcaagggtaggaaacatgcaaaacagaaaaagatcaggttgatggcagt 10564677  T
Q  472 gattgttagtgcggtatctattcatctca 500  Q
    |||  |||||| ||| ||| ||| |||||    
T  10564678 gataattagtgtggtttcttttcttctca 10564706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 41 - 397
Target Start/End: Original strand, 10558140 - 10558496
Alignment:
Q  41 gaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaat 140  Q
    |||||||||| |||||||| ||| || ||||||||| |||| ||||||  | | |||||||| ||||||| | ||||||   |||||| | |||||||||    
T  10558140 gaagtgggtaggctaaaaaatattaataagctagatttctctgagaataatttgtctggtgaaattcctataaccattgatcaatgcaaaagcttagaat 10558239  T
Q  141 acctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgta 240  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |   || |||||| ||||| |||||||   | | | |||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||     
T  10558240 acctttttttgcaaggaaattccttccatcaaatcataccttcctctttggcttatataagaggtcttcgatatttagacatgtcaagaaatcaattgtc 10558339  T
Q  241 tggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtcttt 340  Q
    |||| ||||||||||  |||| || ||||| ||   ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||||    
T  10558340 tggatcaattcctaacattctgcaaaatatttctcgtttagaacacttgaacgtttcatttaacatgttggatggagaggttccaaaagaaggtgtcttt 10558439  T
Q  341 ggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 397  Q
     ||||||  |||| |||||| |||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  10558440 agaaatgctagcaggttagcggtgttcgggaacaataagctttgtggaggtatttca 10558496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 123 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 11049564 - 11049290
Alignment:
Q  123 aatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacct 222  Q
    ||||| || |||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||  ||||||||||||    
T  11049564 aatgcgtaagcttcgaataccttctcttgcaagggaactccttcaatggaacaataccgtcctctttggcttcgctcaaaggtcttttatatttagacct 11049465  T
Q  223 gtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggta 322  Q
     || |||||||  || |||||| ||||||| |||||| |||||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  11049464 ttctagaaatcaattttatggatcaattccaaatgttatacagaatatctttggtttaaaacacttgaatgtttcttttaacctgttggaaggcgaggta 11049365  T
Q  323 ccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttca 397  Q
    |||||| | |||||||||||||||| || | |  ||||  |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11049364 ccaacaaacggtgtctttggaaatgcaacccatgtagcaatgataggaaacaataagctttgtggaggtatttca 11049290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 104 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 10717866 - 10717623
Alignment:
Q  104 attcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaa 203  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||  |||| ||||| ||   |||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||      
T  10717866 attcctggaaccattggtgaatgcatgagcttggaatatcttcatttggaagggaactccatcaatggaacaataccatcctctttggcttctctcaagg 10717767  T
Q  204 gtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaa 303  Q
     | |   |||||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||| | ||||| || |  | |||||||||||||||||||||||| ||    
T  10717766 ctttaagatatttagacctttcaagaaatcaattgtacggaccaattcctgatgttatgcagaaaatctatggtttagaacacttgaatgtttcttttaa 10717667  T
Q  304 catgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 347  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||    
T  10717666 catgttggaaggtgaggtaccaacagatggtgtttttgcaaatg 10717623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 72 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 10589385 - 10589008
Alignment:
Q  72 tagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacgg 171  Q
    |||||||||| || |||| ||| || |||| ||||||  || ||||||| || ||||||  ||||||||||||   |||||||||||||   |||  |||    
T  10589385 tagatgtctctgaaaatcatctctcaggtggcattccaggaaccattggggattgcataaacttagaataccttcatttgcaaggaaaccttttcctcgg 10589286  T
Q  172 aaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattccta-atgttctacagaatat 270  Q
    ||| ||||| | | | ||||| || || ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||| | ||| | ||||||||    
T  10589285 aacaatacctttcactttggcatctctcaaaggtcttcaatatttagacatgtcaagaaatcagttgtctggatcaattcctacaagtt-tgcagaatat 10589187  T
Q  271 atcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccgga 370  Q
         |  ||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||   |||||||||||  ||||| ||||| ||||||  |||  |||    
T  10589186 tgttttcctagaatacttcaatgtatctttcaacatgttggaaggtgaggttccaatgaaaggtgtctttcaaaatgcaagcaggttagcaatgattgga 10589087  T
Q  371 aacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacacc 449  Q
    |||||||| |||||||||||  ||| |  ||| | ||||| |||||||||| |||||| ||| |||||| |||||||||    
T  10589086 aacaataagctttgtggaggagttttagagctgcatctaccgccatgccctatcaaagttataaaacctacaaaacacc 10589008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 19 - 291
Target Start/End: Original strand, 10601053 - 10601325
Alignment:
Q  19 attgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccatt 118  Q
    |||||| |||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||  |   |||||||||||| ||||||| | | | ||| || ||| || || |||||    
T  10601053 attgagaggtagcttaacaaaagaagtgggtatgctaaaaaatattgattggctagatgtctctgagaatcatttgtgtggggagattactggaaccatt 10601152  T
Q  119 ggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttag 218  Q
    || ||||   || |||||||||||||   ||||||||  || || ||||||||||| ||||||||||| |||||| | || ||| |||| ||||||||||    
T  10601153 ggtgaatatgtaagcttagaataccttcatttgcaagagaattctttcaacggaacaataccatcctctttggctgctctcaaaggtctacaatatttag 10601252  T
Q  219 acctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaa 291  Q
    |  | ||||||||||  ||||||||||||||||||  |||| |  |||||||||| | ||||||| |||||||    
T  10601253 atatttcaagaaatcaattgtatggaccaattcctggtgttatggagaatatatctggtttagaatacttgaa 10601325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 277 - 397
Target Start/End: Original strand, 10580447 - 10580567
Alignment:
Q  277 tttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaat 376  Q
    ||||||| ||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||   ||||  | |  |||||||||    
T  10580447 tttagaatacttagatgtttcttttaacatgttggaaggtgaggtaccaacagatggtgtctttggaaatgcaaccagagtagcaataattggaaacaat 10580546  T
Q  377 aaactttgtggaggtatttca 397  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  10580547 aaactttgtggtggtatttca 10580567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 41 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 9837317 - 9836963
Alignment:
Q  41 gaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaat 140  Q
    ||||||||| ||||||||| |||  | |||||||||||||| || |||| ||| || ||||||||||| | | | ||||| ||||||||| | |||||||    
T  9837317 gaagtgggtttgctaaaaaatattcataagctagatgtctctgaaaatcatctgtcgggtgacattccaataacaattggtgaatgcataagtttagaat 9837218  T
Q  141 acctctttttgcaaggaaactc-cttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgt 239  Q
    ||||    || || || ||||| |||| ||||||||||||| ||| | ||||| || || |||  |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||    
T  9837217 accttcacttacaggggaactctcttc-acggaaccataccttccactttggcatctctcaaagttcttcaatatttagacatgtctagaaatcagttgt 9837119  T
Q  240 atggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctt 339  Q
     |||| |||||||| | | ||| || |||||     |  ||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||   | ||||||||    
T  9837118 ctggatcaattcctgaaggtctccaaaatattgttttcctagaatacttcaatgcatctttcaacatgttggaaggtgaggttccaatcaatggtgtctt 9837019  T
Q  340 tggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtattt 395  Q
    |  ||||| ||||   ||| | ||||| |||||||| || || |||||||| ||||    
T  9837018 taaaaatgcaagcggtttatcagtgactggaaacaacaagctctgtggaggaattt 9836963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 95 - 347
Target Start/End: Original strand, 10550067 - 10550319
Alignment:
Q  95 tctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggctt 194  Q
    |||||||| ||||||||| || | || |||||| || |||||||||||||  |||||  ||| || || ||||| |||| |||||||||||| ||||  |    
T  10550067 tctggtgagattcctagaaccttgggagaatgcttaagcttagaataccttattttgacagggaattcattcaatggaagcataccatcctctttggaat 10550166  T
Q  195 cacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgt 294  Q
    | || ||| |||||| |   |||||||| |||||||| |  || |  ||| ||||||| || ||| | || ||||| ||     ||||| |||| ||||     
T  10550167 ctctcaaaggtcttcgagtgttagacctctcaagaaaccaattatccggatcaattccaaaagttttgcaaaatatttcttcgatagaatacttcaatgc 10550266  T
Q  295 ttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 347  Q
     || ||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  10550267 atcattcaacatgctggaaggagaggtaccaactaaaggtgtctttcgaaatg 10550319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 302 - 347
Target Start/End: Original strand, 10601324 - 10601369
Alignment:
Q  302 aacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatg 347  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  10601324 aacatgttggaaggagaggtgccaacaaacggtgtctttggaaatg 10601369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 17924413 - 17923951
Alignment:
Q  20 ttgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattg 119  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||| |||  |  |  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||    
T  17924413 ttgagtggtaccttaccaagagaagtgagtatgttaaaaaatattgaagaattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattccgagagaaattg 17924314  T
Q  120 gcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttaga 219  Q
    | ||||| ||| ||||||||||  |   ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||    
T  17924313 gtgaatgtataagcttagaatatattcatttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttaga 17924214  T
Q  220 cctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgag 319  Q
    ||| ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  17924213 cctttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagag 17924114  T
Q  320 gtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgcc 419  Q
    ||||| ||| | ||||| |||||||||| || | |  |||  ||||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  |||||||    
T  17924113 gtaccgacaaatggtgtatttggaaatgcaacccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgcc 17924014  T
Q  420 ctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtg 482  Q
    || |||| ||||  |||| ||||||||| || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||||    
T  17924013 ctatcaagggtaggaaacatgcaaaacaacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtg 17923951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 108; Significance: 5e-54; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 23 - 470
Target Start/End: Original strand, 12931481 - 12931928
Alignment:
Q  23 agtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcg 122  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  |     |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||| |    
T  12931481 agtggtagcttaccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgaagcattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattcctagagaaattggtg 12931580  T
Q  123 aatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacct 222  Q
    |||| | | ||||||||||  |   ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||  || ||| |||||| ||||||||||||    
T  12931581 aatgtacaagcttagaatatattcatttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttgacttttctcaaaggtcttcgatatttagacct 12931680  T
Q  223 gtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggta 322  Q
     ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  12931681 ttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggta 12931780  T
Q  323 ccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgccctg 422  Q
    || ||| | ||||| |||||||||| || | |  |||   |||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  |||||||||     
T  12931781 ccgacaaatggtgtatttggaaatgcaacccaaatagacttgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgcccta 12931880  T
Q  423 tcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcag 470  Q
    |||| ||||  |||| ||||||||| || ||  ||||| |||||||||    
T  12931881 tcaagggtaggaaacatgcaaaacaacacaagttcaggttgatagcag 12931928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 482
Target Start/End: Original strand, 12947843 - 12948305
Alignment:
Q  20 ttgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattg 119  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||  |     |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||    
T  12947843 ttgagtggtagcttaccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgaagcattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattcctagagaaattg 12947942  T
Q  120 gcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttaga 219  Q
    | ||||| | | ||||||||||  |   ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||  || ||| |||||| |||||||||    
T  12947943 gtgaatgtacaagcttagaatatattcatttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttgacttttctcaaaggtcttcgatatttaga 12948042  T
Q  220 cctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgag 319  Q
    ||| ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| || ||||||||  | |||||||||||||| |||||||||| ||| |||    
T  12948043 cctttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagagtatttgaatgtttcttttaacatgttggtaggagag 12948142  T
Q  320 gtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgcc 419  Q
     |||| ||| | ||||| |||||||||| || | |  |||  ||||  |||||||| || || ||||||||||||||    || | |||||  |||||||    
T  12948143 ataccgacaaatggtgtatttggaaatgcaacccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctatgtggaggtatttcccacctgcatctaccaccatgcc 12948242  T
Q  420 ctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtg 482  Q
    || |||| ||||  |||| |||||| || |||||  ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  12948243 ctatcaatggtaggaaacatgcaaagcaacaaaagttcaggttgatagcagggatagttagtg 12948305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 33 - 347
Target Start/End: Original strand, 12898782 - 12899096
Alignment:
Q  33 taccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacg 132  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||| ||     |||||||||| | ||||| |||||||||||| ||||| | ||  ||||| ||||| | | |    
T  12898782 taccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattaaaggattagatgtctctgggaatcatctatctggtgatattccgatagaaattggtgaatgtacaag 12898881  T
Q  133 cttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaat 232  Q
    | |||||||  |  |||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  12898882 catagaatatattcttttgcaaaggaactccttcaacggaacaataccgtcctctttggcttctcttaaaggtcttcaatatttagacttttcaagaaat 12898981  T
Q  233 cggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaag 332  Q
    |  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| | |    
T  12898982 caattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatattttaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaatg 12899081  T
Q  333 gtgtctttggaaatg 347  Q
    |||| ||||||||||    
T  12899082 gtgtatttggaaatg 12899096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 486
Target Start/End: Original strand, 12957277 - 12957743
Alignment:
Q  20 ttgagtggtagcctaccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattg 119  Q
    ||||| |||| | |||||| ||||||||||||| |||||| |||  |  |  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||    
T  12957277 ttgagcggtaccttaccaacagaagtgggtatgttaaaaaatattgaagatttagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattccgagagaaattg 12957376  T
Q  120 gcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttaga 219  Q
    | ||||| | |  |||||||||  |   ||||||| | |||  |||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||| ||||||||||||||||    
T  12957377 gtgaatgtacaatcttagaatatattcgtttgcaaaggaacatcttcaatggaacaataccgtcctctttagcttctctcaaaggtcttcaatatttaga 12957476  T
Q  220 cctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgag 319  Q
    | | ||||||||||  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| || ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  12957477 cgtttcaagaaatcaattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctctgttttagaatatttgaatgtttcttttaacatattggaaggagag 12957576  T
Q  320 gtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggaggtatttcaacgcttcgtctacggccatgcc 419  Q
    ||||| ||| | ||||| |||||||||| |||| |  |||  ||||  |||||||| || |||||||||||||||||    || | |||||  |||||||    
T  12957577 gtaccgacaaatggtgtatttggaaatgcaagccaaatagaagtgattggaaacaaaaagctttgtggaggtatttcccatctgcatctaccaccatgcc 12957676  T
Q  420 ctgtcaaaggtattaaacctgcaaaacaccaaaaaatcaggatgatagcagggattgttagtgcggt 486  Q
    || |||| ||||  |||| |||||| || || ||  ||||| ||||||||| ||| |||||||||||    
T  12957677 ctatcaagggtaggaaacatgcaaagcaacacaagttcaggttgatagcagtgatagttagtgcggt 12957743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 33 - 346
Target Start/End: Original strand, 12906402 - 12906715
Alignment:
Q  33 taccaagagaagtgggtatgctaaaaagtatcaacaagctagatgtctcggagaatcttctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacg 132  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||     |  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||| | | |    
T  12906402 taccaagagaagtgggtatgttaaaaaatattgcagaattagatgtctctgagaatcatctatctggtgatattccgagagaaattggtgaatgtacaag 12906501  T
Q  133 cttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattggcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaat 232  Q
    |||||||||  |   ||||||| | |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||| |||||| |||||||||||| |||||||||    
T  12906502 cttagaatatattcatttgcaaaggaactcctttaacggaacaataccgtcctctttggcttctctcaaaggtcttcgatatttagacctttcaagaaat 12906601  T
Q  233 cggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttgaatgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaag 332  Q
    |  |||| |||| |||||||| ||| | | || ||||| ||| |||| ||| | || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||    
T  12906602 caattgtctggatcaattcctgatggtatgcaaaatatctcatttttggaatattttaatgtttcttttaacatgttggaaggagaggtaccgacaaaag 12906701  T
Q  333 gtgtctttggaaat 346  Q
    || | |||||||||    
T  12906702 gtttatttggaaat 12906715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 91 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 31468101 - 31467794
Alignment:
Q  91 tctatctggtgacattcctagagccattggcgaatgcatacgcttagaatacctctttttgcaaggaaactccttcaacggaaccataccatcctcattg 190  Q
    |||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||| || |||| || ||||| | |||||||||||| |||||| | |||  ||||||| ||||  |     
T  31468101 tctatctggtgatattcctagaacgattggggaatgcgtaagcttggagtacctttatttgcaaggaaattccttccatggagtcataccaacctctcta 31468002  T
Q  191 gcttcacttaaaagtcttcaatatttagacctgtcaagaaatcggttgtatggaccaattcctaatgttctacagaatatatcagttttagaacacttga 290  Q
    |||||||| ||| | |||||| |||||||||| ||| |||| |  |||| |||| |||||||||| | |||||| ||||| ||  |  || || |||| |    
T  31468001 gcttcactgaaaggccttcaacatttagacctatcacgaaaccacttgtctggatcaattcctaaaggtctacaaaatatttctttcctacaatacttca 31467902  T
Q  291 atgtttctttcaacatgttggaaggcgaggtaccaacagaaggtgtctttggaaatgtaagcaagttagctgtgaccggaaacaataaactttgtggagg 390  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||  |||  || | || || || || |||||||| |||||||||||    
T  31467901 atgtatcttttaacatgttggaaggcgaggtaccaacggaaggtgtctttcaaaattcaagtgaggtggcggtaacaggcaacaataacctttgtggagg 31467802  T
Q  391 tatttcaa 398  Q
    | ||||||    
T  31467801 tgtttcaa 31467794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University