View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11309A_low_152 (Length: 276)

Name: NF11309A_low_152
Description: NF11309A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11309A_low_152
NF11309A_low_152
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (2-276)||(42533587-42533854)
chr4 (1-129)||(44432666-44432794)
chr4 (1-134)||(5274276-5274409)
chr4 (1-129)||(22047140-22047268)
chr4 (1-129)||(4839777-4839905)
chr4 (1-134)||(46692779-46692911)
chr4 (1-134)||(55326162-55326295)
chr4 (9-135)||(6639355-6639481)
chr4 (5-134)||(19248428-19248556)
chr4 (7-134)||(26069069-26069195)
chr4 (16-129)||(8894230-8894342)
chr4 (17-129)||(35417446-35417557)
chr4 (17-129)||(40996292-40996404)
chr4 (9-86)||(30219079-30219155)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-134)||(24835147-24835280)
chr5 (1-134)||(11723916-11724049)
chr5 (1-134)||(30607821-30607954)
chr5 (1-129)||(7314378-7314506)
chr5 (1-129)||(14343885-14344013)
chr5 (1-129)||(33434000-33434128)
chr5 (1-129)||(9403713-9403841)
chr5 (1-129)||(34455587-34455715)
chr5 (1-134)||(11766144-11766277)
chr5 (1-129)||(6269309-6269438)
chr5 (5-129)||(34870314-34870437)
chr5 (12-124)||(30422188-30422299)
chr5 (41-95)||(42748256-42748310)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (1-134)||(29223102-29223235)
chr2 (1-134)||(29336401-29336534)
chr2 (1-129)||(8684080-8684209)
chr2 (1-134)||(32522383-32522507)
chr2 (5-129)||(36668484-36668607)
chr2 (68-134)||(29226728-29226794)
chr2 (68-134)||(29340027-29340093)
chr2 (50-134)||(31757713-31757798)
chr2 (68-127)||(29792577-29792636)
chr2 (9-134)||(27256908-27257032)
chr2 (50-129)||(40199502-40199582)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (1-129)||(10407590-10407718)
chr3 (1-134)||(3587788-3587921)
chr3 (1-129)||(27031427-27031555)
chr3 (2-129)||(52045524-52045651)
chr3 (1-135)||(4755498-4755632)
chr3 (1-129)||(52308633-52308761)
chr3 (1-139)||(7653861-7653998)
chr3 (1-134)||(8614913-8615045)
chr3 (1-143)||(36470069-36470211)
chr3 (24-129)||(11263597-11263703)
chr3 (6-129)||(33247302-33247424)
chr3 (50-82)||(25804553-25804585)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (2-129)||(27347440-27347567)
chr8 (1-129)||(3298195-3298323)
chr8 (1-134)||(27353515-27353648)
chr8 (1-134)||(28926784-28926917)
chr8 (1-129)||(22179903-22180031)
chr8 (1-135)||(8744008-8744142)
chr8 (1-129)||(9068807-9068935)
chr8 (1-134)||(36737501-36737633)
chr8 (1-129)||(1606596-1606723)
chr8 (58-129)||(16957901-16957972)
chr8 (76-134)||(28369584-28369642)
chr8 (50-134)||(4435537-4435621)
chr8 (17-129)||(24040006-24040117)
chr8 (50-129)||(21687382-21687462)
chr8 (50-129)||(21691706-21691786)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (2-129)||(16833391-16833518)
chr1 (1-135)||(38122677-38122811)
chr1 (1-129)||(12168816-12168944)
chr1 (1-129)||(33492836-33492963)
chr1 (1-126)||(13218675-13218800)
chr1 (16-129)||(39453350-39453462)
chr1 (11-129)||(25242410-25242528)
chr1 (1-129)||(13829598-13829725)
chr1 (17-129)||(16129004-16129115)
chr1 (16-95)||(7062711-7062789)
chr1 (41-95)||(13249909-13249963)
chr1 (53-129)||(432869-432945)
[»] scaffold0015 (2 HSPs)
scaffold0015 (1-134)||(174033-174166)
scaffold0015 (1-134)||(185191-185324)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (1-129)||(22817832-22817960)
chr7 (1-129)||(31158916-31159044)
chr7 (1-136)||(7143044-7143179)
chr7 (1-135)||(23794481-23794615)
chr7 (1-129)||(10346946-10347074)
chr7 (1-134)||(2630809-2630941)
chr7 (1-129)||(12183259-12183387)
chr7 (1-129)||(22322524-22322652)
chr7 (1-134)||(19472900-19473033)
chr7 (1-129)||(45501271-45501400)
chr7 (1-129)||(2477074-2477202)
chr7 (2-134)||(2798182-2798314)
chr7 (1-129)||(31878015-31878143)
chr7 (49-129)||(31001376-31001456)
chr7 (48-120)||(8139848-8139920)
chr7 (51-129)||(31665265-31665343)
chr7 (41-134)||(24169396-24169489)
chr7 (41-134)||(20403074-20403168)
[»] chr6 (13 HSPs)
chr6 (1-129)||(26511141-26511269)
chr6 (1-129)||(26516257-26516385)
chr6 (1-129)||(3538441-3538569)
chr6 (2-134)||(34005893-34006025)
chr6 (2-129)||(9934626-9934753)
chr6 (2-134)||(24161866-24161997)
chr6 (1-126)||(26603622-26603746)
chr6 (16-129)||(31131280-31131392)
chr6 (4-86)||(15641761-15641842)
chr6 (41-129)||(2298290-2298378)
chr6 (9-129)||(5671685-5671804)
chr6 (41-95)||(18751341-18751395)
chr6 (9-129)||(24878410-24878529)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1-129)||(354380-354508)
[»] scaffold1494 (1 HSPs)
scaffold1494 (1-134)||(954-1086)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (1-134)||(117271-117404)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (43-129)||(79922-80008)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (1-129)||(17113-17241)
[»] scaffold0744 (1 HSPs)
scaffold0744 (5-129)||(1851-1974)
[»] scaffold0458 (1 HSPs)
scaffold0458 (1-129)||(10197-10324)
[»] scaffold0871 (1 HSPs)
scaffold0871 (52-135)||(4325-4408)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 2 - 276
Target Start/End: Original strand, 42533587 - 42533854
Alignment:
Q  2 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42533587 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagc 42533686  T
Q  102 acataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagcaagaatttgtgttgctgttgaaaaccattgcggaagatgtgaattcgtgtgttgtcat 201  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||           
T  42533687 acatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagcatcaagcaagaatctgtgttgctgttgaaaaccattgaggaagatgtgaattcgtgtg------- 42533779  T
Q  202 atttcttagcatattccatttgccgttgatttggtccggacctggcaaggtgagctagtcgcctcaaactattga 276  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42533780 atttcttagcatattccatttgccgttgatttggtccggacctggtaaggtgagctagtcgcctcaaactattga 42533854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 44432666 - 44432794
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  44432666 gtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 44432765  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44432766 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 44432794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 5274276 - 5274409
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5274276 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 5274375  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5274376 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 5274409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 22047268 - 22047140
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  22047268 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttgcctaagttaa 22047169  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22047168 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 22047140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 4839777 - 4839905
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||     
T  4839777 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttcctcagataacttgcaaaacaaatcactaattcgcctaagttaa 4839876  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4839877 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 4839905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 46692779 - 46692911
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||     
T  46692779 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctagattaa 46692878  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  46692879 cacataaaatatattac-tttgagcacttatcaa 46692911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 55326295 - 55326162
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||  |||     
T  55326295 gtagaatcaggcatgtaaagcgtaaatggtacaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaacttcctagattaa 55326196  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55326195 tacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 55326162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 6639481 - 6639355
Alignment:
Q  9 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||   |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||| ||    
T  6639481 aggcatgtaaagcataaatggtaaaattacaacaagttggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaccaaaatgcctaaattaacacatgaa 6639382  T
Q  109 atatgttacttttgagcacttttcaag 135  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||    
T  6639381 atatattactcttgagcacttatcaag 6639355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 5 - 134
Target Start/End: Original strand, 19248428 - 19248556
Alignment:
Q  5 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcaca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||  ||| ||||    
T  19248428 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagattttccttagataacttgcaaaacaagccactaaagtgcctagattaacaca 19248526  T
Q  105 taaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  19248527 taaaatgtgttgcttttgagcacttatcaa 19248556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 7 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 26069195 - 26069069
Alignment:
Q  7 tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaat-ggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacat 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  || | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||    
T  26069195 tcaggcatgtaaagcataaatggtaaaataacac--aattaggtagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacat 26069098  T
Q  106 aaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26069097 aaaatatgttacttttgagcacttatcaa 26069069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 8894342 - 8894230
Alignment:
Q  16 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 115  Q
    |||||||||||||| | || |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||| |     
T  8894342 taaagcataaatggcataattaca-tcaaattgtagctttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaatatatc 8894244  T
Q  116 acttttgagcactt 129  Q
    | ||||||||||||    
T  8894243 agttttgagcactt 8894230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 129
Target Start/End: Original strand, 35417446 - 35417557
Alignment:
Q  17 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 116  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||| ||| ||  ||    
T  35417446 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataatttgcaaaacaagtcactaaaatgccttatttaacacatgaaagatagta 35417544  T
Q  117 cttttgagcactt 129  Q
    |||||||||||||    
T  35417545 cttttgagcactt 35417557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 129
Target Start/End: Original strand, 40996292 - 40996404
Alignment:
Q  17 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttg-caaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 115  Q
    |||||||||||||| ||| |||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||  ||| ||||| ||| ||  |    
T  40996292 aaagcataaatggtcaaattacaat-aaatgattgcttttccttagataacttgacaaaacaagtcactaaaatacctattttaacacatgaaagataat 40996390  T
Q  116 acttttgagcactt 129  Q
    ||||||||||||||    
T  40996391 acttttgagcactt 40996404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 86
Target Start/End: Original strand, 30219079 - 30219155
Alignment:
Q  9 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaa 86  Q
    ||||||||||||||||||| || ||| ||||  ||| || | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30219079 aggcatgtaaagcataaattgtgaaattacaa-caattgattgtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaa 30219155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 24835280 - 24835147
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24835280 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 24835181  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24835180 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 24835147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 11723916 - 11724049
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  11723916 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 11724015  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11724016 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11724049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 30607821 - 30607954
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30607821 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 30607920  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30607921 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 30607954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 7314506 - 7314378
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7314506 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 7314407  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7314406 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 7314378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 14344013 - 14343885
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14344013 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 14343914  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  14343913 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 14343885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 33434128 - 33434000
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33434128 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 33434029  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  33434028 cacatgaaatatgttacttttaagcactt 33434000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 9403841 - 9403713
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9403841 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatagtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 9403742  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9403741 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 9403713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 34455715 - 34455587
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34455715 gtagaatcgggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 34455616  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  34455615 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 34455587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 11766277 - 11766144
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  11766277 gtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttgcctaagttaa 11766178  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11766177 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 11766144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 6269438 - 6269309
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaa-tacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 99  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  6269438 gtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaattgcctaggtta 6269339  T
Q  100 gcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6269338 acacatgaaatatgttacttttgagcactt 6269309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 5 - 129
Target Start/End: Original strand, 34870314 - 34870437
Alignment:
Q  5 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcaca 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||  ||| ||||    
T  34870314 aatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagtttttccttagataacttgcaaaacaagccactaaaatgcctagattaacaca 34870412  T
Q  105 taaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  34870413 taaaatatgttacttttgagcactt 34870437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 12 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 30422299 - 30422188
Alignment:
Q  12 catgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaata 111  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||  | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||    
T  30422299 catgtaaagcataaatggcaaaattacgat-aaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaacacatgaaata 30422201  T
Q  112 tgttacttttgag 124  Q
    | |||||||||||    
T  30422200 tattacttttgag 30422188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 41 - 95
Target Start/End: Original strand, 42748256 - 42748310
Alignment:
Q  41 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 95  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  42748256 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 42748310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 29223235 - 29223102
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29223235 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 29223136  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29223135 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29223102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 29336534 - 29336401
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29336534 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 29336435  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29336434 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29336401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 8684080 - 8684209
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagtta 99  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8684080 gtagaatcaggtatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaacggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattttcctaagtta 8684179  T
Q  100 gcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
     ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  8684180 acacatgaaatattttacttttgagcactt 8684209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 32522507 - 32522383
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||| |||     
T  32522507 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtca---------ctaaattaa 32522417  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32522416 cacataaaatatgttacttttgagcacttatcaa 32522383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 5 - 129
Target Start/End: Original strand, 36668484 - 36668607
Alignment:
Q  5 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcaca 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||  ||| ||||    
T  36668484 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatgcaa-caattgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagccactaaaatgcctagattaacaca 36668582  T
Q  105 taaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  36668583 taaaatatgttgcttttgagcactt 36668607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 68 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 29226794 - 29226728
Alignment:
Q  68 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29226794 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29226728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 68 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 29340093 - 29340027
Alignment:
Q  68 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29340093 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 29340027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 31757798 - 31757713
Alignment:
Q  50 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  31757798 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 31757713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 29792636 - 29792577
Alignment:
Q  68 ttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcac 127  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29792636 ttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcac 29792577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 27257032 - 27256908
Alignment:
Q  9 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 108  Q
    |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  ||    
T  27257032 aggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaa 27256934  T
Q  109 atatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||| | |||||||||||||| ||||    
T  27256933 atatatcacttttgagcacttatcaa 27256908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 40199582 - 40199502
Alignment:
Q  50 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  40199582 agctttgccatagataatcttgcaaaacaaggcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 40199502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 10407590 - 10407718
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10407590 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 10407689  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10407690 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 10407718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 3587921 - 3587788
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3587921 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 3587822  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3587821 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 3587788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 27031427 - 27031555
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27031427 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 27031526  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27031527 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 27031555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 129
Target Start/End: Original strand, 52045524 - 52045651
Alignment:
Q  2 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  52045524 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcacaaatttgcctaagttaac 52045623  T
Q  102 acataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||    
T  52045624 acatgaaatatgttacttttgagcactt 52045651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Original strand, 4755498 - 4755632
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  4755498 gtagaatcaggcatgtaaggcataaatggtaaaaatacactcaaatggtaacttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaatttaa 4755597  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 135  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4755598 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 4755632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 52308633 - 52308761
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  52308633 gtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaagcaagtcactaatttgcctaagttaa 52308732  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52308733 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 52308761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Original strand, 7653861 - 7653998
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7653861 gtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 7653959  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatc 139  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7653960 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaatcatc 7653998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 8615045 - 8614913
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  8615045 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttgcctaagttaa 8614947  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  8614946 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 8614913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 36470069 - 36470211
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||     
T  36470069 gtagaatcaggcatgtaaagcataattggtataaatacactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaaatcactaaattgcctagattaa 36470168  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagcatcaagc 143  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  36470169 cacattaaatatggtacttttgagcacttatcaaacatcaagc 36470211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 129
Target Start/End: Original strand, 11263597 - 11263703
Alignment:
Q  24 aaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttac-ttttg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  11263597 aaatggtaaaaatacactcaaatgctagcgttaccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttactttttg 11263696  T
Q  123 agcactt 129  Q
    |||||||    
T  11263697 agcactt 11263703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 6 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 33247424 - 33247302
Alignment:
Q  6 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacat 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||| |||||    
T  33247424 atcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacat 33247326  T
Q  106 aaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  33247325 aaaatatgttacttttgagcactt 33247302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 25804585 - 25804553
Alignment:
Q  50 agcttttccttagataacttgcaaaacaagtca 82  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25804585 agcttttccatagataacttgcaaaacaagtca 25804553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 27347567 - 27347440
Alignment:
Q  2 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  27347567 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaac 27347468  T
Q  102 acataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||    
T  27347467 acatgaaatatgttacttttgagcactt 27347440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 3298323 - 3298195
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3298323 gtagaatcagacatgtaaagcataaatggtaaaaataaactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 3298224  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3298223 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 3298195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 27353648 - 27353515
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27353648 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatgatagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 27353549  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27353548 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 27353515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 28926784 - 28926917
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  28926784 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaaaaagtcactaatttgcctaagttaa 28926883  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28926884 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28926917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 22180031 - 22179903
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  22180031 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagattttccttagataacttgcgaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 22179932  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  22179931 cgcataaaatatgttacttttgagcactt 22179903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Original strand, 8744008 - 8744142
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  8744008 gtagaatcaggcatgtaaagcataaataataatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcaataatttgcctaagttaa 8744107  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 135  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8744108 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 8744142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 9068807 - 9068935
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9068807 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaagttgcactcaaatggtagcttttccttggataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 9068906  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  9068907 cacatgaaatatgttacttttgggcactt 9068935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 36737501 - 36737633
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||  ||||||  |||     
T  36737501 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtatagatacaa-caattgatagcctttccttagataacttgcagaacaagtcaccaaaatgcctagattaa 36737599  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  36737600 cacataaaatatggtactttttagcacttatcaa 36737633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 1606723 - 1606596
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  ||| ||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||     
T  1606723 gtagaatcagacatgtaaaacataaatggtaaaagtacaa-caattgaaagctttttcttagataacttgcagaacaagtcactaaaatgcctaaattaa 1606625  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  1606624 cacatgaaatatattacttttgagcactt 1606596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 58 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 16957972 - 16957901
Alignment:
Q  58 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  16957972 cttagataacttgcaaaacaagtcactaatatgcctagattaacgcataaaatatgttacttttgagcactt 16957901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 28369642 - 28369584
Alignment:
Q  76 caagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28369642 caagtcactaatttacctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 28369584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 50 - 134
Target Start/End: Original strand, 4435537 - 4435621
Alignment:
Q  50 agcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  4435537 agcttttccatagataacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 4435621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 24040117 - 24040006
Alignment:
Q  17 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 116  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||| ||| ||  ||    
T  24040117 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttatataacttacaaaacaagtcactaaaatgcctattttaacacatgaaagataata 24040019  T
Q  117 cttttgagcactt 129  Q
    |||||||||||||    
T  24040018 cttttgagcactt 24040006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 21687462 - 21687382
Alignment:
Q  50 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21687462 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21687382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 21691786 - 21691706
Alignment:
Q  50 agcttttccttagataa-cttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| | ||||||||||||||    
T  21691786 agcttttccatagataatcttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaactaacacatgaaatatatcacttttgagcactt 21691706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 129
Target Start/End: Original strand, 16833391 - 16833518
Alignment:
Q  2 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagc 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  16833391 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacaatcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaac 16833490  T
Q  102 acataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||    
T  16833491 acatgaaatatgttacttttgagcactt 16833518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Original strand, 38122677 - 38122811
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38122677 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 38122776  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 135  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38122777 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 38122811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 12168816 - 12168944
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  12168816 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaaatcactaatttgcctaagttaa 12168915  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12168916 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 12168944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 33492836 - 33492963
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33492836 gtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 33492934  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33492935 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 33492963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 126
Target Start/End: Original strand, 13218675 - 13218800
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||  |||     
T  13218675 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaattacctagattaa 13218774  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagca 126  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||    
T  13218775 cacatgaaatatgttagttttgagca 13218800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 39453462 - 39453350
Alignment:
Q  16 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 115  Q
    |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||| ||||||| |||| ||    
T  39453462 taaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatacctaaattaacacataacatatatt 39453364  T
Q  116 acttttgagcactt 129  Q
    ||||||||||||||    
T  39453363 acttttgagcactt 39453350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 11 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 25242528 - 25242410
Alignment:
Q  11 gcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaat 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |  |   ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| ||| |||||| |||    
T  25242528 gcatttaaagcataaatggtaaaaaaatgcaacaatagtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcattaaaatgcctaaattaacacatagaat 25242429  T
Q  111 atgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  25242428 atgttagttttgagcactt 25242410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 13829725 - 13829598
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| | || |||||||||||||| |||||||||| |  |||||| |||||  ||| ||| |||     
T  13829725 gtagaatcaggcatgtaaagcacaaatagtaaaagtacaat-aattggtagcttttcctcagataacttgtaggacaagttactaaaatgcataatttaa 13829627  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  13829626 cacatgaaatatattacctttgagcactt 13829598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 17 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 16129115 - 16129004
Alignment:
Q  17 aaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtta 116  Q
    |||||||||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  ||| ||||| ||| ||| ||    
T  16129115 aaagcataaatggtcaaattacaa-caaatgattgcttttccttagataacttgcaaaacaagtcattaaaatgcctattttaacacatgaaagatggta 16129017  T
Q  117 cttttgagcactt 129  Q
    |||||||||||||    
T  16129016 cttttgagcactt 16129004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 16 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 7062789 - 7062711
Alignment:
Q  16 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 95  Q
    ||||||||||||||||   || || |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  7062789 taaagcataaatggtatttattca-tcaaattgtagtttttctttagataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 7062711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 95
Target Start/End: Original strand, 13249909 - 13249963
Alignment:
Q  41 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 95  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||  |||||||    
T  13249909 tcaaattgtagcttttccttaaataacttgtaaaacaagtaactaaagtgcctaa 13249963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 53 - 129
Target Start/End: Original strand, 432869 - 432945
Alignment:
Q  53 ttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  |||||| | ||||||||||||||    
T  432869 ttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaaatatatcacttttgagcactt 432945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 114; Significance: 7e-58; HSPs: 2)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 174166 - 174033
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  174166 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 174067  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  174066 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 174033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 185324 - 185191
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||     
T  185324 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtcattaattttcctaagttaa 185225  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  185224 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 185191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 22817960 - 22817832
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  22817960 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactattttgcctaagttaa 22817861  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  22817860 cacctgaaatatgttacttttgagcactt 22817832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 31158916 - 31159044
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31158916 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 31159015  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31159016 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 31159044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 7143179 - 7143044
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  7143179 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaattttcctaagttaa 7143080  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaagc 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7143079 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaagc 7143044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 23794615 - 23794481
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23794615 gtagaatcaggcatgtaaagaataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 23794516  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 135  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23794515 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaag 23794481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 10346946 - 10347074
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10346946 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 10347045  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  10347046 cacatgaaaaatgttacttttgagcactt 10347074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 2630941 - 2630809
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  2630941 gtagaatcaggcatg-aaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 2630843  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2630842 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 2630809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 12183387 - 12183259
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||     
T  12183387 gtagaatcaggcatgtgaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaggtcactaatttacataagttaa 12183288  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12183287 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 12183259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 22322524 - 22322652
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  22322524 gtagaattaggtatgtaaagcataaatggtaaaattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcgctaatttgcctaagttaa 22322623  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22322624 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 22322652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 19472900 - 19473033
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  19472900 gtagaattaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaaaggtagcttttccttagataacttgcaaaataagtcactaatttgcctaaattaa 19472999  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  19473000 cacatgaaatatgttacttttaagcacttatcaa 19473033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 45501271 - 45501400
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaac-aagtcactaatttgcctaagtta 99  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||||||| |||||||  |||    
T  45501271 gtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccttagataaatttcaaaactaagtcactaaattgcctagatta 45501370  T
Q  100 gcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45501371 gcacatgaaatatgttacttttgagcactt 45501400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 2477202 - 2477074
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||     
T  2477202 gtagaatcaggcatgtaaaacataaatggtaaaaatacactcaattagtagctttttcttagataagttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaggttaa 2477103  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  2477102 cgcataaaatatgttacttttgatcactt 2477074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 134
Target Start/End: Original strand, 2798182 - 2798314
Alignment:
Q  2 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagc 101  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||| |    
T  2798182 tagaatcaggtatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgattgtttttccttagataacttgcagaacaagtcactaaattgcctagattaac 2798281  T
Q  102 acataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||    
T  2798282 acataaaatatgttatttttgaacacttatcaa 2798314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 31878143 - 31878015
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  | |||||||||| || ||||  |||     
T  31878143 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtataaatacactcaaatgatagcttttccctagataacttgcaggataagtcactaaattacctatattaa 31878044  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||||||||| |||  ||| |||||||    
T  31878043 cacataaaatatattaactttaagcactt 31878015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 49 - 129
Target Start/End: Original strand, 31001376 - 31001456
Alignment:
Q  49 tagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31001376 tagctttttcttagataacttggagaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgttacttttgagcactt 31001456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 48 - 120
Target Start/End: Original strand, 8139848 - 8139920
Alignment:
Q  48 gtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttt 120  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  |||||||  || ||||| |||||| |||||||    
T  8139848 gtagcttttccttagataacctgcaaaataagtcactaaagtgcctaaaataacacatgaaatatattacttt 8139920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 51 - 129
Target Start/End: Original strand, 31665265 - 31665343
Alignment:
Q  51 gcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    ||| ||  ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  31665265 gcttttccttagataacttgcataacaagtcactgtaatgcatattttaacacatgaaatatattacttttgagcactt 31665343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 134
Target Start/End: Original strand, 24169396 - 24169489
Alignment:
Q  41 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||  |||||||  ||  |||| |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  24169396 tcaaattgtaacttttccttaagtaacttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaaataatacatgaaatatatcacttttgagcacttatcaa 24169489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 20403168 - 20403074
Alignment:
Q  41 tcaaatggtagcttttcc-ttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||||| ||||||||||| |||  ||| ||||||||||| |||||||  ||||||| ||| ||||  |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  20403168 tcaaattgtagcttttcccttaagtaatttgcaaaacaaatcactaaagtgcctaaattaacacaagaaatatatcacttttgagcacttatcaa 20403074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 13)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 26511141 - 26511269
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26511141 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 26511240  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26511241 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 26511269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 26516257 - 26516385
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26516257 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattatactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaa 26516356  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26516357 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 26516385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 3538569 - 3538441
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  3538569 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacgagtcactaatttgcctaagttaa 3538470  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3538469 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 3538441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 2 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 34006025 - 34005893
Alignment:
Q  2 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagc 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34006025 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcatttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaac 34005926  T
Q  102 acataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34005925 acatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 34005893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 2 - 129
Target Start/End: Original strand, 9934626 - 9934753
Alignment:
Q  2 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagc 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  9934626 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttacctaagttaac 9934725  T
Q  102 acataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||    
T  9934726 acatgaaatatgttacttttaagcactt 9934753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 2 - 134
Target Start/End: Original strand, 24161866 - 24161997
Alignment:
Q  2 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaa-atacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  24161866 tagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaaatacactcaaatggtagcttttccttatataacttgcaaaacaagtctctaatttgcctaagttaa 24161965  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  24161966 cacataaa--atgttacttttgagcacttatcaa 24161997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 26603746 - 26603622
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||     
T  26603746 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtacaa-caattggtacattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctaaattaa 26603648  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagca 126  Q
    ||||| |||||| | |||||||||||    
T  26603647 cacatgaaatatatcacttttgagca 26603622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 31131392 - 31131280
Alignment:
Q  16 taaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgtt 115  Q
    |||||||||||||||| |||||||  ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||    
T  31131392 taaagcataaatggtataaatacaa-caattgatagattttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatgcctagattaacacataaaatatgtt 31131294  T
Q  116 acttttgagcactt 129  Q
    |||||| |||||||    
T  31131293 acttttaagcactt 31131280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 4 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 15641842 - 15641761
Alignment:
Q  4 gaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaa 86  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15641842 gaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagtacaa-caattggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtcactaa 15641761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 41 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 2298378 - 2298290
Alignment:
Q  41 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||  || ||||| |||||| | |||||||| |||||    
T  2298378 tcaaattgtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaagtgtctaaaataacacatgaaatatatcacttttgaacactt 2298290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 129
Target Start/End: Original strand, 5671685 - 5671804
Alignment:
Q  9 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 108  Q
    |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||| ||| || |  ||    
T  5671685 aggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaattaacataagaa 5671783  T
Q  109 atatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||| | ||||||||||||||    
T  5671784 atatatcacttttgagcactt 5671804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 95
Target Start/End: Original strand, 18751341 - 18751395
Alignment:
Q  41 tcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaa 95  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||    
T  18751341 tcaaattgtagtttttccttaaataacttgcaaaacaagtaactaaagtgcctaa 18751395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 9 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 24878529 - 24878410
Alignment:
Q  9 aggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaa 108  Q
    |||||| | |||||||||||||  |||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||  |||||||  || || |  ||    
T  24878529 aggcatatgaagcataaatggtgtaaatgca-taaaattggagcttttccatagataacttgtagaacaagtcactaaaatgcctaaactaacataagaa 24878431  T
Q  109 atatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||| | ||||||||||||||    
T  24878430 atatatcacttttgagcactt 24878410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 109; Significance: 7e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 354380 - 354508
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  354380 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaatattacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgtctaagttaa 354479  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  354480 cacatgaaatatgttacttttgagcactt 354508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1494 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold1494
Description:

Target: scaffold1494; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 1086 - 954
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  1086 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaattgcactcaaatggtagcttttccttagataacttgc-aaacaagtcactaatttgcctaagttaa 988  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  987 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 94; Significance: 6e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 117271 - 117404
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||  |||     
T  117271 gtagaatcagacatgtaaagcataaatggtataaacacactcaaatggtagcttttccttagataactttcaaaacaagtcactaaattgcctagattaa 117370  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcacttttcaa 134  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  117371 cacatgaaatatgttacttttgagcacttatcaa 117404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 79; Significance: 5e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 43 - 129
Target Start/End: Original strand, 79922 - 80008
Alignment:
Q  43 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  79922 aaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttaacacatgaaatatgttacttttgagcactt 80008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 77; Significance: 8e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 17113 - 17241
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| |||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||     
T  17113 gtagaatcaagcacgtaaagcataaatggtacaaatacaatcacttagtggcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaacaagcctaggttaa 17212  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17213 cacataaaatatgttacttttgagcactt 17241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0744 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0744
Description:

Target: scaffold0744; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 5 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 1974 - 1851
Alignment:
Q  5 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcaca 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  ||||||| ||| ||||    
T  1974 aatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaagaacaca-atttggtagcttttccttagataacttgcagaacaagtaactaaaatgcctaaattaacaca 1876  T
Q  105 taaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  1875 taaaatatgttacttttgagcactt 1851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0458 (Bit Score: 65; Significance: 1e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0458
Description:

Target: scaffold0458; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 10197 - 10324
Alignment:
Q  1 gtagaatcaggcatgtaaagcataaatggtaaaaatacactcaaatggtagcttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttag 100  Q
    ||||||| |||||  |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||     
T  10197 gtagaataaggcacataaagcataaatggcaaaattacaa-caaatggtagtttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaaaatacctaaattaa 10295  T
Q  101 cacataaaatatgttacttttgagcactt 129  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  10296 cacataacatatattacttttgagcactt 10324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0871 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0871
Description:

Target: scaffold0871; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 52 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 4408 - 4325
Alignment:
Q  52 cttttccttagataacttgcaaaacaagtcactaatttgcctaagttagcacataaaatatgttacttttgagcacttttcaag 135  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||  |||||||| || ||||| |||| | | |||||||||||||| |||||    
T  4408 cttttccatagataacttgtaaaatcagtcactaaaatgcctaagctaacacatgaaatctatcacttttgagcacttatcaag 4325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University