View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11309_low_2 (Length: 855)

Name: NF11309_low_2
Description: NF11309
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11309_low_2
NF11309_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-840)||(38623645-38624483)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 771; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 771; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 840
Target Start/End: Original strand, 38623645 - 38624483
Alignment:
Q  1 atgtaaaataaattatttatgtgacgaaaacataaacatatgaactgtgggtgggtgtaaccgtctcaagagagaaacggaacaaattatttatgatagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38623645 atgtaaaataaattatttatgtgacgaaaacataaacatatgaactgtgggtgggtgtaaccgtctcaagagagaaagggaacaaattatttatgatagg 38623744  T
Q  101 gtaagaaaaattgatcccaaatttgcagtcaaactgtcatagtcaacaacgaccactcaccatatatcaaggcnnnnnnntataatcatacgatgaaact 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||    
T  38623745 gtaagaaaaattgatcccaaatttgcagtcaaactgtcatagtcaacaacgaccactcaccatatatcaaggcaaaaaaatataatcatacgatgaaact 38623844  T
Q  201 gaagctccaataaacagcttctgaattgaatctacctcagctcggcattttaggaaaaaactattttcagcttacaatcaaacatgcatttagtctagtt 300  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38623845 gaagctccaaaaaacagcttctgcattgaatctacctcagctcggcatgttaggaaaaaactattttcagcttacaatcaaacatgcatttagtctagtt 38623944  T
Q  301 tagactttgagctatggagctgcaaatataaattgttttcacaaaagacaacagtacataaatttcagtgtggtactttgtacagcctgtgtccttcaat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38623945 tagactttgagctatggagctgcaaatataaattgttttcacaaaagacaatagtacataaatttcactgtggtactttgtacagcctgtgtccttcaat 38624044  T
Q  401 ctaaattgtttcataaaagatgttgaagcatttagcatcgccctaatcattgaagcatctacaaagacattaatcataaaattcatggatctcaaggacc 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38624045 ctaaattgtttcataaaagatgttgaagcatttagcatcgccctaatcgttgaagcacctacaaagacattaatcataaa-ttcatggatctcaaggacc 38624143  T
Q  501 aacaagacaacacattgttaagcagcaactacatgcccaccaatactctataaccatatcccaagcagagttgtgctagcaacattcaatctaacacttt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38624144 aacaagacaacacattgttaagcagcaactacatgcccaccaatactctataaccatatcccaagcagagttgtgccagcaacattcaatctaacacttt 38624243  T
Q  601 ctttttaacatttactttttatgaagttgaaatatttgcaagactttatgtttctccattttcaaaatggtttaacctacatattttccacttaatgagt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38624244 ctttttaacatttactttttatgaagttgaaatatttgcaagactttatgtttttccattttcaaaatggtttaacctacatattttccacttaatgagt 38624343  T
Q  701 gagtgctaagaaagaaattattagaatgagtgttgccagcactcgattattttgaagcgcggatatgttttgacgggtatgcttattataatttatagac 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38624344 gagtgctaagaaagaaattattagaatgagtgttgccagcactcgattattttgaagcgcggatatgttttgacgggtatgcttattataatttatagac 38624443  T
Q  801 aacctccatgagagtgttcttacaaactcagactaatagt 840  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38624444 aacctccatgagagtgttcttacaaactcagactaatagt 38624483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University